1.一种产生包含在异源真菌内的至少一种细菌的经过设计的复合内生菌的方法，所述方法包括：
a.分离并且纯化细菌；
b.分离并且纯化真菌；
c.在液体培养基中共培养所述细菌与所述真菌；和
d.在不超过35.5℃的温度下孵育所述共培养的细菌和真菌。
2.如权利要求1所述的方法，其中步骤a)是在选自由以下组成的组的温度范围下进行的：18℃与36℃之间、20℃与30℃之间、20℃与26℃之间、20.0℃与25.5℃之间、22.0℃与25.0℃之间和23.0℃与24.0℃之间。
3.如权利要求1所述的方法，其在步骤b)之后进一步包括：用一种或多种抗生素处理所述真菌以从所述真菌消除任何组分细菌。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其进一步包括将所述共培养物接种于2％水琼脂上持续最少1周，接着将所述共培养物转移至全强度PDA/LB琼脂。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述共培养的细菌和真菌是在选自由以下组成的组的温度范围下孵育：18℃与36℃之间、20℃与30℃之间、20℃与26℃之间、20.0℃与25.5℃之间、22.0℃与25.0℃之间和23.0℃与24.0℃之间。
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述孵育的共培养的细菌和真菌进一步用庆大霉素处理。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述共培养的细菌和真菌进一步用庆大霉素接种至肉汤和/或琼脂上。
8.如权利要求6或权利要求7所述的方法，其中所述培养物用氯化镁洗涤不少于三次。
9.如权利要求6或权利要求7所述的方法，其中庆大霉素的浓度是选自由以下组成的组：5微克/mL、20微克/mL、50微克/mL和75微克/mL。
10.一种合成组合物，其包含封装异源内生细菌的内生真菌。
11.如权利要求10所述的合成组合物，其进一步包含植物元素。
12.如权利要求11所述的合成组合物，其中所述合成组合物能够向所述植物元素或与所述植物元素缔合的植物提供具有农艺重要性的性状。
13.一种合成组合物，其包含与经过设计的复合内生菌缔合的植物元素，其中所述经过设计的复合内生菌能够向所述植物元素或与所述植物元素缔合的植物提供具有农艺重要性的性状。
14.如权利要求12或13所述的合成组合物，其中所述具有农艺重要性的性状是选自由以下组成的组：改变的油含量、改变的蛋白质含量、改变的种子碳水化合物组成、改变的种子油组成、改变的种子蛋白质组成、增加的化学耐受性、增加的冷耐受性、延迟的衰老、增加的疾病抗性、增加的干旱耐受性、增加的穗重、生长改进、健康改进、增加的热耐受性、增加的除草剂耐受性、增加的食草类动物抗性、改进的固氮、改进的氮利用、改进的营养物使用效率、改进的根构型、改进的水使用效率、增加的生物量、增加的根长、增加的幼苗根长、发芽率、增加的种子重量、增加的芽长、增加的幼苗芽长、增加的芽生物量、幼苗质量、幼苗根表面积、增加的产量、增加的在水限制条件下的产量、增加的去壳谷粒质量、改进的去壳谷粒水分含量、增加的金属耐受性、增加的穗的数目、增加的每个穗的去壳谷粒数目、增加的豆荚数目、营养增强、改进的病原体抗性、改进的害虫抗性、光合性能改进、盐耐受性、保绿性、活力改进、增加的成熟种子的干重、增加的成熟种子的鲜重、增加的每株植物的成熟种子数目、增加的叶绿素含量、增加的种子发芽、增加的每株植物的豆荚数目、增加的每株植物的豆荚长度、减少的每株植物的枯萎叶子数目、减少的每株植物的严重枯萎叶子数目、增加的每株植物的未枯萎叶子数目、增加的植物高度、较早或增加的开花、增加的蛋白质含量、增加的可发酵碳水化合物含量、减少的木质素含量、雄性不育性和增加的抗氧化剂含量。
15.如权利要求14所述的合成组合物，其中所述具有农艺重要性的性状是选自由以下组成的组：发芽率、出苗率、芽生物量、根生物量、幼苗根长、幼苗芽长和产量。
16.如权利要求14所述的合成组合物，其中所述具有农艺重要性的性状是在正常浇水条件下改进的。
17.如权利要求14所述的合成组合物，其中所述具有农艺重要性的性状是在水限制条件下改进的。
18.如权利要求11所述的合成组合物，其中所述内生真菌能够调节以下至少一者：具有农艺重要性的性状、基因的转录、蛋白质的表达、激素的水平、代谢物的水平和与所述植物元素缔合的植物中或从所述植物元素生长的内源微生物群体，如与未与所述内生真菌缔合或从与所述内生真菌缔合的植物元素生长的等值线植物相比较。
19.如权利要求10至18中任一项所述的合成组合物，其中所述合成组合物进一步包含农艺制剂，所述农艺制剂进一步包含以下一者或多者：稳定剂或防腐剂或载体或表面活性剂或抗络合剂、杀真菌剂、杀线虫剂、杀细菌剂、杀昆虫剂和除草剂或其任何组合。
20.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌以每个植物元素至少约10^2个CFU的量存在。
21.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的宿主真菌：座囊菌纲、粪壳菌纲、毛霉亚门、盘菌亚门，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
22.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的细菌：杆菌、γ-变形菌纲、放线菌。
23.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的宿主真菌：粪壳菌纲、炭角菌目、毛霉目、煤炱目，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
24.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的细菌：芽胞杆菌目、肠杆菌目、黄单胞菌目、放线菌目。
25.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的宿主真菌：球腔菌科、小戴卫霉科、毛霉科、炭角菌亚纲、圆孔壳科，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
26.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的细菌：类芽胞杆菌科、肠杆菌科、黄单胞菌科、链霉菌科。
27.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的宿主真菌：拟盘多毛孢属、毛霉属、枝孢菌属，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
28.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的细菌：泛菌属、类芽孢杆菌属、藤黄色杆菌属、链霉菌属。
29.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述真菌包含与选自由SEQ ID NO:561至SEQ ID NO:758组成的组的核酸序列至少95％同一的核酸序列。
30.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述细菌包含与选自由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:560组成的组的核酸序列至少95％同一的核酸序列。
31.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌是选自表3中列出的组合物。
32.如权利要求10至12和14至18中任一项所述的合成组合物，其中所述内生真菌与植物元素缔合，但未直接地接触所述植物元素。
33.如权利要求13至17中任一项所述的合成组合物，其中其中所述经过设计的复合内生菌能够调节以下至少一者：具有农艺重要性的性状、基因的转录、蛋白质的表达、激素的水平、代谢物的水平和从所述种子生长的植物中的内源微生物群体，如与未与所述经过设计的复合内生菌缔合或从与所述经过设计的复合内生菌缔合的植物元素生长的等值线植物相比较。
34.如权利要求13至17和33中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌以每个植物元素至少约10^2个CFU的量存在。
35.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的宿主真菌：座囊菌纲、粪壳菌纲、毛霉亚门、盘菌亚门，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
36.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的细菌：杆菌、γ-变形菌纲、放线菌。
37.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的宿主真菌：粪壳菌纲、炭角菌目、毛霉目、煤炱目，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
38.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的细菌：芽胞杆菌目、肠杆菌目、黄单胞菌目、放线菌目。
39.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的宿主真菌：球腔菌科、小戴卫霉科、毛霉科、炭角菌亚纲、圆孔壳科，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
40.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的细菌：类芽胞杆菌科、肠杆菌科、黄单胞菌科、链霉菌科。
41.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的宿主真菌：拟盘多毛孢属、毛霉属、枝孢菌属，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
42.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的细菌：泛菌属、类芽孢杆菌属、藤黄色杆菌属、链霉菌属。
43.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌包含与选自由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:758组成的组的核酸序列至少95％同一的核酸序列。
44.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌是选自表3中列出的那些。
45.如权利要求13至17和33至34中任一项所述的合成组合物，其中所述经过设计的复合内生菌与植物元素缔合，但未直接地接触所述植物元素。
46.如权利要求12至45中任一项所述的合成组合物，其中所述植物元素是选自由以下组成的组：全植物、幼苗、分生组织、基本组织、维管组织、皮组织、种子、叶子、根、芽、茎、花、果实、匍匐枝、鳞茎、块茎、球茎、花柄长叶和花蕾。
47.如权利要求12至46中任一项所述的合成组合物，其中所述植物元素是来自选自由以下组成的组的植物：小麦、大豆、玉米、棉花、芥花、大麦、高粱、稷、稻、油菜籽、紫花苜蓿、西红柿、甜菜、高粱、杏树、胡桃、苹果、花生、草莓、莴苣、橙、马铃薯、香蕉、甘蔗、马铃薯、木薯、芒果、番石榴、棕榈、洋葱、油橄榄、胡椒、茶叶、山药、可可树、向日葵、芦笋、胡萝卜、椰子、柠檬、酸橙、大麦、西瓜、甘蓝、黄瓜、葡萄和草坪草。
48.如权利要求12至47中任一项所述的多种合成组合物，其被限制在选自由以下组成的组的物体内：瓶、罐、安瓿、包装、器皿、袋、盒、箱、纸袋、纸盒、容器、料仓、装运容器、车厢和柜。
49.如权利要求12至47中任一项所述的多种合成组合物，其被放置在促进植物生长的培养基中，所述培养基选自由以下组成的组：土壤、水培装置和人工生长培养基。
50.如权利要求49所述的多种合成组合物，其中所述培养基是土壤，其中所述合成组合物以各种子之间大体上相等间距被放置在所述土壤中。
51.如权利要求10至50中任一项所述的多种合成组合物，其中所述合成组合物是货架期稳定的。
52.一种从如权利要求12至50中任一项所述的合成组合生长的植物，其中所述植物展现改进的具有农艺学关注的表型，其选自由以下组成的组：改变的油含量、改变的蛋白质含量、改变的种子碳水化合物组成、改变的种子油组成、改变的种子蛋白质组成、增加的化学耐受性、增加的冷耐受性、延迟的衰老、增加的疾病抗性、增加的干旱耐受性、增加的穗重、生长改进、健康改进、增加的热耐受性、增加的除草剂耐受性、增加的食草类动物抗性、改进的固氮、改进的氮利用、改进的营养物使用效率、改进的根构型、改进的水使用效率、增加的生物量、增加的根长、增加的幼苗根长、发芽率、增加的种子重量、增加的芽长、增加的幼苗芽长、增加的芽生物量、幼苗质量、幼苗根表面积、增加的产量、增加的在水限制条件下的产量、增加的去壳谷粒质量、改进的去壳谷粒水分含量、增加的金属耐受性、增加的穗的数目、增加的每个穗的去壳谷粒数目、增加的豆荚数目、营养增强、改进的病原体抗性、改进的害虫抗性、光合性能改进、盐耐受性、保绿性、活力改进、增加的成熟种子的干重、增加的成熟种子的鲜重、增加的每株植物的成熟种子数目、增加的叶绿素含量、增加的种子发芽、增加的每株植物的豆荚数目、增加的每株植物的豆荚长度、减少的每株植物的枯萎叶子数目、减少的每株植物的严重枯萎叶子数目、增加的每株植物的未枯萎叶子数目、增加的植物高度、较早或增加的开花、增加的蛋白质含量、增加的可发酵碳水化合物含量、减少的木质素含量、雄性不育性和增加的抗氧化剂含量。
53.如权利要求48所述的植物、植物元素或所述植物的后代，其中所述植物或所述植物的后代在其植物元素中的至少一者中包含所述内生真菌、所述内生细菌、经过设计的复合内生菌、真菌宿主或细菌组分。
54.一种用经过设计的复合内生菌接种植物的方法，所述方法包括使所述植物的植物元素与包含所述经过设计的复合内生菌的制剂接触。
55.一种用内生真菌接种植物的方法，所述方法包括使所述植物的植物元素与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触，其中所述经过设计的复合内生菌包含所述内生真菌。
56.一种用内生细菌接种植物的方法，所述方法包括使所述植物的植物元素与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触，其中所述经过设计的复合内生菌包含所述内生细菌。
57.如权利要求54至56中任一项所述的方法，其中所述接种会改进所述植物中具有农艺重要性的性状。
58.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使植物元素与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触；如与与所述经过设计的复合内生菌缔合的等值线植物相比较。
59.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使所述植物从已经与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触的植物生殖元素生长；如与由未与所述经过设计的复合内生菌缔合的植物生殖元素生长的等值线植物相比较。
60.如权利要求54、58和59所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源宿主真菌内的细菌。
61.如权利要求54、58和59所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源宿主真菌内的真菌。
62.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使植物元素与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源宿主真菌内的细菌；如与未与所述细菌缔合的等值线植物相比较。
63.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使植物元素与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源宿主真菌内的第一真菌；如与未与所述第一真菌缔合的等值线植物相比较。
64.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使植物元素与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源真菌内的细菌；如与未与所述真菌缔合的等值线植物相比较。
65.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使所述植物从已经与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触的植物生殖元素生长，其中所述经过设计的复合内生菌包含在宿主真菌内的细菌；如与由未与所述细菌缔合的植物生殖元素生长的等值线植物相比较。
66.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使所述植物从已经与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触的植物生殖元素生长，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源宿主真菌内的第一真菌；如与由未与所述第一真菌缔合的植物生殖元素生长的等值线植物相比较。
67.一种改进植物中具有农艺重要性的性状的方法，所述方法包括使所述植物从已经与包含经过设计的复合内生菌的制剂接触的植物生殖元素生长，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源真菌内的细菌；如与由未与所述真菌缔合的植物生殖元素生长的等值线植物相比较。
68.如权利要求57至67中任一项所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是选自由以下组成的组：改变的油含量、改变的蛋白质含量、改变的种子碳水化合物组成、改变的种子油组成、改变的种子蛋白质组成、增加的化学耐受性、增加的冷耐受性、延迟的衰老、增加的疾病抗性、增加的干旱耐受性、增加的穗重、生长改进、健康改进、增加的热耐受性、增加的除草剂耐受性、增加的食草类动物抗性、改进的固氮、改进的氮利用、改进的营养物使用效率、改进的根构型、改进的水使用效率、增加的生物量、增加的根长、增加的幼苗根长、发芽率、增加的种子重量、增加的芽长、增加的幼苗芽长、增加的芽生物量、幼苗质量、幼苗根表面积、幼苗质量、幼苗根表面积、增加的产量、增加的在水限制条件下的产量、增加的去壳谷粒质量、改进的去壳谷粒水分含量、增加的金属耐受性、增加的穗的数目、增加的每个穗的去壳谷粒数目、增加的豆荚数目、营养增强、改进的病原体抗性、改进的害虫抗性、光合性能改进、盐耐受性、保绿性、活力改进、增加的成熟种子的干重、增加的成熟种子的鲜重、增加的每株植物的成熟种子数目、增加的叶绿素含量、增加的种子发芽、增加的每株植物的豆荚数目、增加的每株植物的豆荚长度、减少的每株植物的枯萎叶子数目、减少的每株植物的严重枯萎叶子数目、增加的每株植物的未枯萎叶子数目、增加的植物高度、较早或增加的开花、增加的蛋白质含量、增加的可发酵碳水化合物含量、减少的木质素含量、雄性不育性和增加的抗氧化剂含量。
69.如权利要求68所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是选自由以下组成的组：发芽率、出苗率、芽生物量、幼苗根长、幼苗芽长、幼苗质量、幼苗根表面积和产量。
70.如权利要求57至69中任一项所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是在正常浇水条件下改进的。
71.如权利要求57至69中任一项所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是在水限制条件下改进的。
72.如权利要求54至71中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌以能够调节以下至少一者的量存在于所述制剂中：具有农艺重要性的性状、基因的转录、蛋白质的表达、激素的水平、代谢物的水平和从所述种子生长的植物中的内源微生物群体，如与未与所述经过设计的复合内生菌缔合或从与所述经过设计的复合内生菌缔合的植物元素生长的等值线植物相比较。
73.如权利要求61至72中任一项所述的方法，其中所述制剂进一步包含以下一者或多者：稳定剂或防腐剂或载体或表面活性剂或抗络合剂、杀真菌剂、杀线虫剂、杀细菌剂、杀昆虫剂和除草剂或其任何组合。
74.如权利要求61至73中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌以每个植物元素至少约10^2个CFU的量存在。
75.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的宿主真菌：座囊菌纲、粪壳菌纲、毛霉亚门、盘菌亚门，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
76.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的细菌：杆菌、γ-变形菌纲、放线菌。
77.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的宿主真菌：粪壳菌纲、炭角菌目、毛霉目、煤炱目，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
78.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的细菌：芽胞杆菌目、肠杆菌目、黄单胞菌目、放线菌目。
79.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的宿主真菌：球腔菌科、小戴卫霉科、毛霉科、炭角菌亚纲、圆孔壳科，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
80.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的细菌：类芽胞杆菌科、肠杆菌科、黄单胞菌科、链霉菌科。
81.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的宿主真菌：拟盘多毛孢属、毛霉属、枝孢菌属，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
82.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的细菌：泛菌属、类芽孢杆菌属、藤黄色杆菌属、链霉菌属。
83.如权利要求61至74中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含与选自由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:758组成的组的核酸序列至少95％同一的核酸序列。
84.如权利要求61至83中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌是选自表3中列出的那些。
85.如权利要求61至84中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌与植物元素缔合，但未直接地接触所述植物元素。
86.如权利要求61至85中任一项所述的方法，其中所述植物元素是选自由以下组成的组：全植物、幼苗、分生组织、基本组织、维管组织、皮组织、种子、叶子、根、芽、茎、花、果实、匍匐枝、鳞茎、块茎、球茎、花柄长叶和花蕾。
87.如权利要求61至86中任一项所述的方法，其中所述植物元素是来自选自由以下组成的组的植物：小麦、大豆、玉米、棉花、芥花、大麦、高粱、稷、稻、油菜籽、紫花苜蓿、西红柿、甜菜、高粱、杏树、胡桃、苹果、花生、草莓、莴苣、橙、马铃薯、香蕉、甘蔗、马铃薯、木薯、芒果、番石榴、棕榈、洋葱、油橄榄、胡椒、茶叶、山药、可可树、向日葵、芦笋、胡萝卜、椰子、柠檬、酸橙、大麦、西瓜、甘蓝、黄瓜、葡萄和草坪草。
88.一种植物元素，其来自通过如权利要求61至87中任一项所述的方法产生的植物。
89.一种用于制备合成组合物的方法，所述方法包括使多个植物元素的表面与包含经过设计的复合内生菌的制剂缔合，其中所述经过设计的复合内生菌包含在异源真菌内的细菌并且以能够调节以下至少一者的量存在于所述制剂中：具有农艺重要性的性状、基因的转录、蛋白质的表达、激素的水平、代谢物的水平和从所述种子生长的植物中的内源微生物群体，如与未与所述制剂缔合或从与所述制剂缔合的植物元素生长的等值线植物相比较。
90.如权利要求89所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是选自由以下组成的组：改变的油含量、改变的蛋白质含量、改变的种子碳水化合物组成、改变的种子油组成、改变的种子蛋白质组成、增加的化学耐受性、增加的冷耐受性、延迟的衰老、增加的疾病抗性、增加的干旱耐受性、增加的穗重、生长改进、健康改进、增加的热耐受性、增加的除草剂耐受性、增加的食草类动物抗性、改进的固氮、改进的氮利用、改进的营养物使用效率、改进的根构型、改进的水使用效率、增加的生物量、增加的根长、增加的幼苗根长、发芽率、增加的种子重量、增加的芽长、增加的幼苗芽长、增加的芽生物量、幼苗质量、幼苗根表面积、增加的产量、增加的在水限制条件下的产量、增加的去壳谷粒质量、改进的去壳谷粒水分含量、增加的金属耐受性、增加的穗的数目、增加的每个穗的去壳谷粒数目、增加的豆荚数目、营养增强、改进的病原体抗性、改进的害虫抗性、光合性能改进、盐耐受性、保绿性、活力改进、增加的成熟种子的干重、增加的成熟种子的鲜重、增加的每株植物的成熟种子数目、增加的叶绿素含量、增加的种子发芽、增加的每株植物的豆荚数目、增加的每株植物的豆荚长度、减少的每株植物的枯萎叶子数目、减少的每株植物的严重枯萎叶子数目、增加的每株植物的未枯萎叶子数目、增加的植物高度、较早或增加的开花、增加的蛋白质含量、增加的可发酵碳水化合物含量、减少的木质素含量、雄性不育性和增加的抗氧化剂含量。
91.如权利要求90所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是选自由以下组成的组：发芽率、出苗率、芽生物量、幼苗根长、幼苗芽长、幼苗质量、幼苗根表面积和产量。
92.如权利要求89至91中任一项所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是在正常浇水条件下改进的。
93.如权利要求89至91中任一项所述的方法，其中所述具有农艺重要性的性状是在水限制条件下改进的。
94.如权利要求89至93中任一项所述的方法，其中所述合成组合物进一步包含农艺制剂，所述农艺制剂进一步包含以下一者或多者：稳定剂或防腐剂或载体或表面活性剂或抗络合剂、杀真菌剂、杀线虫剂、杀细菌剂、杀昆虫剂和除草剂或其任何组合。
95.如权利要求89至94中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌以每个植物元素至少约10^2个CFU的量存在。
96.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的宿主真菌：座囊菌纲、粪壳菌纲、毛霉亚门、盘菌亚门，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
97.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的纲的细菌：杆菌、γ-变形菌纲、放线菌。
98.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的宿主真菌：粪壳菌纲、炭角菌目、毛霉目、煤炱目，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
99.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的目的细菌：芽胞杆菌目、肠杆菌目、黄单胞菌目、放线菌。
100.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的宿主真菌：球腔菌科、小戴卫霉科、毛霉科、炭角菌亚纲、圆孔壳科，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
101.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的科的细菌：类芽胞杆菌科、肠杆菌科、黄单胞菌科、链霉菌科。
102.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的宿主真菌：拟盘多毛孢属、毛霉属、枝孢菌属，或前述的任何相应的无性型或有性型分类。
103.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含选自由以下组成的组的属的细菌：泛菌属、类芽孢杆菌属、藤黄色杆菌属、链霉菌属。
104.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌包含与选自由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:747组成的组的核酸序列至少95％同一的核酸序列。
105.如权利要求89至95中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌是选自表3中列出的那些。
106.如权利要求89至105中任一项所述的方法，其中所述经过设计的复合内生菌与植物元素缔合，但未直接地接触所述植物元素。
107.如权利要求89至106中任一项所述的方法，其中所述植物元素是选自由以下组成的组：全植物、幼苗、分生组织、基本组织、维管组织、皮组织、种子、叶子、根、芽、茎、花、果实、匍匐枝、鳞茎、块茎、球茎、花柄长叶和花蕾。
108.如权利要求89至107中任一项所述的方法，其中所述植物元素是来自选自由以下组成的组的植物：小麦、大豆、玉米、棉花、芥花、大麦、高粱、稷、稻、油菜籽、紫花苜蓿、西红柿、甜菜、高粱、杏树、胡桃、苹果、花生、草莓、莴苣、橙、马铃薯、香蕉、甘蔗、马铃薯、木薯、芒果、番石榴、棕榈、洋葱、油橄榄、胡椒、茶叶、山药、可可树、向日葵、芦笋、胡萝卜、椰子、柠檬、酸橙、大麦、西瓜、甘蓝、黄瓜、葡萄和草坪草。
109.一种植物元素，其来自通过如权利要求89至108中任一项所述的方法产生的植物。
110.一种改进内生细菌在应用中的功效的方法，所述方法包括使用经过设计的复合内生菌，其中所述经过设计的复合内生菌包含所述内生细菌。
111.一种改进内生真菌在应用中的功效的方法，所述方法包括使用经过设计的复合内生菌，其中所述经过设计的复合内生菌包含所述内生真菌。
112.如权利要求110或权利要求111所述的方法，其中所述应用是选自由以下组成的组：农业、植物改进、水质改进、雪或冰产生、生物修复、工业化合物产生、药物化合物产生和经过生物工程改造的物质的产生。
113.如权利要求110或权利要求111所述的方法，其中所述应用是属于选自由以下组成的组的化合物类别的组合物的产生方法：酸、醇、氨基酸、淀粉酶、抗生素、生物气、生物塑料、柠檬酸、酶、酯、脂肪酸、调味剂、谷氨酸、人类或动物激素、人类生长激素、冰、胰岛素、乳酸、脂肪酶、脂质、矿物、氮、油、核酸、果胶酶、防腐剂、蛋白质、雪、糖、疫苗、病毒、维生素和蜡。
114.一种改进内生细菌在应用中的性能的方法，所述方法包括合成包含细菌的经过设计的复合内生菌，所述细菌包含与所述内生细菌的核酸序列具有至少95％同一性的核酸序列，和用所述经过设计的复合内生菌取代所述应用中的所述内生细菌。
115.如权利要求114所述的方法，其中所述内生细菌进一步与植物元素缔合。
116.如权利要求114所述的方法，其中所述内生细菌是革兰氏阴性的。
117.如权利要求114所述的方法，其中所述内生真菌具有改进的孢子形成能力。
118.如权利要求114所述的方法，其中所述特征是选自由以下组成的组：功效、生存力、货架期稳定性、对抗生素的耐受性、对减少的环境水分的耐受性。