Aagab基因突变体及其应用的制作方法
【专利摘要】本发明公开了AAGAB基因突变体及其应用，具体涉及分离的编码AAGAB突变体的核酸，分离的多肽，筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法，筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的系统，用于筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的试剂盒，构建体以及重组细胞。其中，该分离的编码AAGAB突变体的核酸，与SEQ?ID?NO：1相比，具有选自下列的至少一种突变：c.552_554TAG>AT、C.535+1G>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG和c.481C>T。通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患I型点状掌跖角化症。
【专利说明】AAGAB基因突变体及其应用
[0001]优先权信息
[0002]本申请请求2013年5月23日向中国国家知识产权局提交的、专利申请号为201310234269.1的专利申请的优先权和权益，并且通过参照将其全文并入此处。
【技术领域】
[0003] 本发明涉及AAGAB基因突变体及其应用。具体地，本发明涉及分离编码AAGAB突变体的核酸，分离的多肽，筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法，筛选遗憾I型点状掌跖角化症的生物样品的系统，用于筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的试剂盒，构建体以及重组细胞。
【背景技术】
[0004]点状掌跖角化病(PPPK ；0MIM =148600)是一种以不规则分布于掌跖的大量的角化性斑块为特征的罕见的常染色体显性遗传性疾病，其典型临床表现为双手掌与足跖部位的圆形或卵圆形、较硬的黄色或淡黄色角质丘疹，若去除角质丘疹后，局部可留有火山口样的凹坑，可以伴有甲变形，典型的点状皮损可以融合成块，可能与遭受连续性高压有关，一般足跖部位皮疹比掌部较大，少数患者也可不仅累及掌跖部位，其他部位如膝部、手足背部、肘部也可受累。其中，I型点状掌妬角化症(Punctate palmoplantar keratoderma typeI，PPKP1)，又称为点状掌跖角化病Buschke-Fischer-Brauer型，其发病机制复杂、并且具有高度遗传异质性。
[0005]现阶段，寻找致病基因对疾病诊断或治疗意义重大。虽然目前已发现多个PPKPl的致病基因，涉及较多致病突变，但仍存在着相当一部分未知的致病基因及致病位点。
[0006]因而，目前对I型点状掌跖角化症的研究仍有待深入。
【发明内容】
[0007]本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于提出一种能够有效筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法。
[0008]本发明是基于发明人的下列工作完成的:发明人通过目标区域捕获测序联合候选基因突变验证的方法确定了 I型点状掌跖角化症的新的致病基因——AAGAB基因，并发现了六个AAGAB基因上的治病突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和 c.481C>T。
[0009]根据本发明的第一方面，本发明提出了一种分离的编码AAGAB突变体的核酸。根据本发明的实施例，所述核酸与SEQ ID N0:1相比，具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和c.481C>T。根据本发明的实施例，发明人确定了 AAGAB基因的新突变体，该突变体与I型点状掌跖角化症的发病密切相关，从而通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患I型点状掌跖角化症。
[0010]根据本发明的第二方面，本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例，与SEQ ID NO:2相比，所述分离的多肽具有选自下列的至少一种突变:p.Phel84Leufs*6、p.Leu252Leufs*14、p.Leu242*、p.Serll8Lysfs*3 和 p.Argl61*。通过检测生物样品中是否表达该多肽，可以有效地检测生物样品是否易患I型点状掌跖角化症。
[0011]根据本发明的第三方面，本发明提出了一种筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法。根据本发明的实施例，该方法包括以下步骤:从所述生物样品提取核酸样本；确定所述核酸样本的核酸序列；所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比，具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG和c.481C>T是所述生物样品易患I型点状掌跖角化症的指示。通过根据本发明实施例的筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法，可以有效地筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品。
[0012]根据本发明的第四方面，本发明提出了一种筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的系统。根据本发明的实施例，该系统包括:核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本；核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列；判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比，是否具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和 c.481C>T，判断所述生物样品是否易患I型点状掌跖角化症。利用该系统，能够有效地实施前述筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法，从而可以有效地筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品。
[0013]根据本发明的第五方面，本发明提出了一种用于筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的试剂盒。根据本发明的实施例，该试剂盒含有:适于检测AAGAB基因突变体的试剂，其中与SEQ ID NO:1相比，该AAGAB基因突变体具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和c.481C>T。利用根据本发明的实施例的试剂盒，能够有效地筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品。
[0014]根据本发明的第六方面，本发明还提出了一种构建体。根据本发明的实施例，该构建体包含前面所述的分离的编码AAGAB突变体的核酸。需要说明的是，“构建体包含前面所述的分离的编码AAGAB突变体的核酸”表示，本发明的构建体包含与SEQ ID NO:1相比具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG和c.481C>T的AAGAB基因突变体的核酸序列。由此，利用本发明的构建体转化受体细胞获得的重组细胞，能够有效地用于筛选治疗I型点状掌跖角化症的药物。
[0015]根据本发明的第七方面，本发明还提出了一种重组细胞。根据本发明的实施例，该重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞而获得的。根据本发明的一些实施例，利用本发明的重组细胞，能够有效地筛选治疗I型点状掌跖角化症的药物。
[0016]本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。
【专利附图】
【附图说明】
[0017]本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中:
[0018]图1显示了根据本发明实施例的筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的系统及其组成部分的示意图，其中，
[0019]图1A为根据本发明实施例的筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的系统的示意图，
[0020]图1B为根据本发明实施例的核酸提取装置的示意图，
[0021]图1C为根据本发明实施例的核酸序列确定装置的示意图；
[0022]图2-图9依次显示了根据本发明一个实施例的I型点状掌跖角化症患者家系FamiIy1-Family8 的家系图；
[0023]图10-图15依次显示了实施例2中检测获得的I型点状掌跖角化症患者的AAGAB基因的突变位点的Sanger测序验证峰图。
【具体实施方式】
[0024]下面详细描述本发明的实施例，所述实施例的示例在附图中示出，其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，仅用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。
[0025]AAGAB基因突变体
[0026]根据本发明的第一方面，本发明提出了一种分离的编码AAGAB突变体的核酸。根据本发明的实施例，所述核酸与SEQ ID N0:1相比，具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG和c.481C>T。在本文中所使用的表达方式“编码AAGAB突变体的核酸”，是指与编码AAGAB(即P34蛋白)突变体的基因相对应的核酸物质，即核酸的类型不受特别限制，可以是任何包含与AAGAB突变体的编码基因相对应的脱氧核糖核苷酸和/或核糖核苷酸的聚合物，包括但不限于DNA、RNA或cDNA。根据本发明的一个具体示例，前面所述的编码AAGAB突变体的核酸为DNA。根据本发明的实施例，发明人确定了 AAGAB基因的新突变体，这些新突变体与I型点状掌跖角化症的发病密切相关，从而通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患I型点状掌跖角化症，也可以通过检测这些突变体在生物体中是否存在，可以有效地预测生物体是否易患I型点状掌跖角化症。
[0027]对于本发明说明书和权利要求书中，提及核酸，本领域技术人员应当理解，实际包括互补双链的任意一条，或者两条。为了方便，在本说明书和权利要求书中，虽然多数情况下只给出了一条链，但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如，提及SEQ ID N0:1，实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解，利用一条链可以检测另一条链，反之亦然。
[0028]该编码AAGAB突变体的核酸，是本申请的发明人通过目标区域捕获测序联合候选基因突变验证的方法确定的I型点状掌跖角化症的新的致病基因AAGAB的突变体。该致病基因及上述的致病突变位点在现有技术中并未被提到。
[0029]其中，野生型AAGAB基因的cDNA具有如下所示的核苷酸序列:
[0030]ATGGCTGCTGGCGTACCCTGTGCGTTAGTCACCAGCTGCTCCTCCGTCTTCTCAGGAGACCAGCTGGTCCAACATATCCTTGGAACAGAAGATCTTATTGTGGAAGTGACTTCCAATGATGCTGTGAGATTTTATCCCTGGACCATTGATAATAAATACTATTCAGCAGACATCAATCTATGTGTGGTGCCAAACAAATTTCTTGTTACTGCAGAGATTGCAGAATCTGTCCAAGCATTTGTGGTTTACTTTGACAGCACACAAAAATCGGGCCTTGATAGTGTCTCCTCATGGCTTCCACTGGCAAAAGCATGGTTACCTGAGGTGATGATCTTGGTCTGCGATAGAGTGTCTGAAGATGGTATAAACCGACAAAAAGCTCAAGAATGGTGCATCAAACATGGCTTTGAATTGGTAGAACTTAGTCCAGAGGAGTTGCCTGAGGAGGATGATGACTTCCCAGAATCTACAGGAGTAAAGCGAATTGTCCAAGCCCTGAATGCCAATGTGTGGTCCAATGTAGTGATGAAGAATGATAGGAACCAAGGCTTTAGCCTTCTCAACTCATTGACTGGAACAAACCATAGCATTGGGTCAGCAGATCCCTGTCACCCAGAGCAACCCCATTTGCCAGCAGCAGATAGTACTGAATCCCTCTCTGATCATCGGGGTGGTGCATCTAACACAACAGATGCCCAGGTTGATAGCATTGTGGATCCCATGTTAGATCTGGATATTCAAGAATTAGCCAGTCTTACCACTGGAGGAGGAGATGTGGAGAATTTTGAAAGACTCTTTTCAAAGTTAAAGGAAATGAAAGACAAGGCTGCGACGCTTCCTCATGAGCAAAGAAAAGTGCATGCAGAAAAGGTGGCCAAAGCATTCTGGATGGCAATCGGGGGAGACAGAGATGAAATTGAAGGCCTTTCATCTGATGAAGAGCACTGA(SEQ ID NO:1)，
[0031]其编码的蛋白质具有如下所示的氨基酸序列:
[0032]MAAGVPCALVTSCSSVFS ⑶ QLVQHILGTEDLIVEVTSNDAVRFYPWTIDNKYYSADINLCWPNKFLVTAEIAESVQAFVVYFDSTQKSGLDSVSSWLPLAKAWLPEVMILVCDRVSEDGINRQKAQEWCIKHGFELVELSPEELPEEDDDFPESTGVKRIVQALNANVWSNVVMKNDRNQGFSLLNSLTGTNHSIGSADPCHPEQPHLPAADSTESLSDHRGGASNTTDAQVDSIVDPMLDLDIQELASLTTGG⑶VENFERLFSKLKEMKDKAATLPHEQRKVHAEKVAKAFWMAIGGDRDEIEGLSSDEEH(SEQ ID NO:2)。
[0033]发明人发现的AAGAB基因突变体与SEQ ID NO:1相比，具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG和 c.481C>T,即相对于野生型AAGAB基因，本发明的AAGAB基因突变体发生下列的至少一种突变:其cDNA的第552位碱基到554位碱基由TAG突变为AT(c.552_554TAG>AT)，第535位碱基往后推一个碱基处由G突变为A(C.535+lG>A，剪切位点突变)，第 755 到 756 位碱基之间插入了 AAGCCAGTCT10 个碱基(c.755_756insAAGCCAGTCT),第725位碱基从T突变为G (c.725T>G)，第352位碱基到355位碱基之间缺失了TCTG4个碱基(c.352_355delTCTG),第481位碱基从C突变为T。由此，其所编码的产物与野生型的AAGAB相比，具有相应的突变:p.Phel84Leufs*6 (c.552_554TAG>AT)、p.Leu252Leufs*14 (c.755_756insAAGCCAGTCT)、ρ.Leu242* (c.725T>G)、p.Serll8Lysfs*3(c.352_355delTCTG)和p.Argl61* (c.481C>T),即上述突变是由于AAGAB基因的相应突变而引起的。具体地，P.Phel84LeufS*6突变表示:第184位氨基酸处由苯丙氨酸变为亮氨酸，后推6个变为终止子密码；p.Leu252Leufs*14突变表示:第252位氨基酸处开始发生改变(252密码子处依然为亮氨酸)，后推14位碱基突变为终止子；p.Leu242*突变表示--第242位氨基酸处由亮氨酸密码子突变为终止密码子；P.Serl 18Lysf s*3突变表示:第118位氨基酸处由丝氨酸突变为赖氨酸，后推3位突变为终止密码子；p.Argl61*突变表示:第161位氨基酸处由精氨酸直接突变为终止密码子。其中，c.535+lG>A对应的蛋白突变，是一个剪切位点突变，其后面的氨基酸变异无法预知。
[0034]AAGAB基因编码一种由315个氨基酸组成的衔接素结合蛋白p34(在本文中有时也称为“AAGAB”)，α-和Y -衔接蛋白是两种可溶性配体复合体ΑΡ-1/ΑΡ-2的组成成分，而ρ34蛋白通常以配体的方式与α-和Y-衔接蛋白的ΝΗ2端相结合，从而通过与ΑΡ-1/ΑΡ-2结合来引导可溶性配体到达细胞膜的位置。另外AP-2通常还发挥一个EGFR信号的配体作用，此通路在形成胞内小泡系统中发挥一个重要作用。有研究表明在HaCaT细胞系中对AAGAB基因进行敲除可以使得EGFR信号表达升高20倍，p34蛋白的缺失可以导致与AP-2的结合受到抑制从而减少EGFR蛋白转化，诱导小泡重新回到细胞表面。通过这个机制，p34蛋白在表皮角质细胞的增殖过程中发挥重要作用。因而，从机制方面，也可以证明发明人的发现，即AAGAB的突变会引起I型点状掌跖角化症。但是，本发明发现的I型点状掌跖角化症的致病新基因AAGAB以及上述的致病突变位点并未见报道。
[0035]根据本发明的第二方面，本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例，与野生型AAGAB相比，该分离的多肽具有选自下列的至少一种突变:p.Phel84Leufs*6、p.Leu252Leufs*14、p.Leu242*、p.Serll8Lysfs*3 和 p.Argl61*,即该突变是由于 AAGAB基因的 c.552_554TAG>AT、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和c.481C>T突变的至少一种而引起的。具体地，p.Phel84Leufs*6突变表示:第184位氨基酸处由苯丙氨酸变为亮氨酸，后推6个变为终止子密码；p.Leu252Leufs*14突变表示:第252位氨基酸处开始发生改变(252密码子处依然为亮氨酸)，后推14位碱基突变为终止子；P.Leu242*突变表示:第242位氨基酸处由亮氨酸密码子突变为终止密码子；p.Serl 18Lysfs*3突变表示:第118位氨基酸处由丝氨酸突变为赖氨酸，后推3位突变为终止密码子；P.Argl61*突变表示--第161位氨基酸处由精氨酸直接突变为终止密码子。根据本发明的一些具体示例，该多肽是由前述分离的编码AAGAB突变体的核酸编码的。通过检测生物样品中是否表达该多肽，可以有效地检测生物样品是否易患I型点状掌跖角化症，也可以通过检测这些多肽在生物体中是否存在，可以有效地预测生物体是否易患I型点状掌跖角化症。
[0036]根据本发明的第三方面，本发明提出了一种筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法。根据本发明的实施例，该方法包括以下步骤:
[0037]从所述生物样品提取核酸样本。根据本发明的实施例，生物样品的类型并不受特别限制，只要从该生物样品中能够提取到反映生物样品AAGAB是否存在突变的核酸样本即可。根据本发明的实施例，生物样品可以为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种，优选外周血。由此，可以方便地进行取样和检测，从而能够进一步提高筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的效率。根据本发明的实施例，这里所使用的术语“核酸样本”应做广义理解，其可以是任何能够反映生物样品中MGAB是否存在突变的样本，例如可以是从生物样品中直接提取的全基因组DNA，也可以是该全基因组中包含AAGAB编码序列的一部分，可以是从生物样品中提取的总RNA，也可以是从生物样品中提取的mRNA。根据本发明的一个实施例，所述核酸样本为全基因组DNA。由此，可以扩大生物样品的来源范围，并且可以同时对生物样品的多种信息进行确定，从而能够提高筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的效率。另外，根据本发明的实施例，针对采用RNA作为核酸样本，从生物样品提取核酸样本可以进一步包括:从生物样品提取RNA样本，优选RNA样本为mRNA ；以及基于所得到的RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所得到的cDNA样本构成核酸样本。由此，可以进一步提高利用RNA作为核酸样本筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的效率。
[0038]接下来，在得到核酸样本之后，可以对核酸样本进行分析，从而能够确定所得到核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例，确定所得到核酸样本的核酸序列的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的具体实施例，可以通过测序方法，确定核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例，可以用于进行测序的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的实施例，可以采用第二代测序技术，也可以采用第三代以及第四代或者更先进的测序技术。根据本发明的具体示例，可以利用选自Hiseq2000、S0LiD、454和单分子测序装置的至少一种对核酸序列进行测序。由此，结合最新的测序技术,针对单个位点可以达到较高的测序深度，检测灵敏度和准确性大大提高，因而能够利用这些测序装置的高通量、深度测序的特点，进一步提高对核酸样本进行检测分析的效率。从而，能够提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。由此，根据本发明的实施例，确定核酸样本的核酸序列可以进一步包括:首先，针对所得到的核酸样本，构建核酸测序文库；以及对所得到的核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果。根据本发明的一些实施例，可以采用选自HiSeq2000、S0LiD、454和单分子测序装置的至少一种对所得到的核酸测序文库进行测序。另外，根据本发明的实施例，可以对核酸样本进行筛选，富集AAGAB外显子，该筛选富集可以在构建测序文库之前，构建测序文库过程中，或者构建测序文库之后进行。根据本发明的一个实施例，针对核酸样本，构建核酸测序文库进一步包括:利用AAGAB外显子特异性引物，对核酸样本进行PCR扩增；以及针对所得到的扩增产物，构建核酸测序文库。由此，可以通过PCR扩增，富集AAGAB外显子(尤其是第3、5、6、8号外显子)，从而能够进一步提高筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的效率。根据本发明的实施例，AAGAB外显子特异性弓丨物的序列不受特别限制，根据本发明的优选实施例，这些AAGAB外显子特异性引物(针对AAGAB的第3、5、6、8号外显子)具有SEQ ID NO:5_12所示的核苷酸序列:
[0039]
【权利要求】
1.一种分离的编码AAGAB突变体的核酸，其特征在于，所述核酸与SEQ ID N0:1相比，具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、c.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和 c.481C>T, 任选地，所述核酸为DNA。
2.一种分离的多肽，其特征在于，与SEQ ID NO:2相比，所述分离的多肽具有选自下列的至少一种突变:p.Phel84Leufs*6、p.Leu252Leufs*14、p.Leu242*、p.Serll8Lysfs*3 和p.Argl61*。
3.一种筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的方法，其特征在于，包括以下步骤: 从所述生物样品提取核酸样本； 确定所述核酸样本的核酸序列； 所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比，具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和c.481C>T，是所述生物样品易患I型点状掌跖角化症的指示， 任选地，所述生物样本为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种， 任选地，所述核酸样本为全基因组DNA。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，从所述生物样品提取核酸样本进一步包括: 从所述生物样品提取RNA样本，优选所述RNA样本为mRNA ；以及 基于所述RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。
5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括: 针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及 对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果，任选地，采用选自Hiseq2000、S0LiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序， 任选地,针对所述核酸样本,构建核酸测序文库进一步包括: 利用AAGAB基因外显子特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增；以及 针对所得到的扩增产物，构建所述核酸测序文库， 任选地，所述特异性引物具有如SEQ ID NO:5-12所示的核苷酸序列。
6.一种筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的系统，其特征在于，包括: 核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本； 核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列； 判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID N0:1相比，是否具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和 c.481C>T,判断所述生物样品是否易患I型点状掌跖角化症， 任选地，所述核酸提取装置进一步包括:RNA提取单元，所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本；以及反转录单元，所述反转录单元与所述RNA提取单元相连,用于对所述RNA样本进行反转录反应，以便获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。
7.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述核酸序列确定装置进一步包括: 文库构建单元，所述文库构建单元用于针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及 测序单元，所述测序单元与所述文库构建单元相连，用于对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果， 任选地,所述文库构建单元进一步包括: PCR扩增模块，所述PCR扩增模块中设置有AAGAB基因外显子特异性引物，以便利用所述特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增， 任选地，所述特异性引物具有如SEQ ID NO:5-12所示的核苷酸序列， 任选地，所述测序单元包括选自HISEQ2000、SOLiD,454和单分子测序装置的至少一种。
8.一种用于筛选易患I型点状掌跖角化症的生物样品的试剂盒，其特征在于，含有: 适于检测AAGAB基因突变体的试剂，其中与SEQ ID NO:1相比，所述AAGAB基因突变体具有选自下列的至少一种突变:c.552_554TAG>AT、C.535+lG>A、c.755_756insAAGCCAGTCT、c.725T>G、c.352_355delTCTG 和 c.481C>T, 任选地，所述试剂为核酸探针或引物， 任选地,所述核酸探针或引物具有如SEQ ID NO:5-12所示的核苷酸序列。
9.一种构建体，其特征在于，包含权利要求1所述的分离的编码AAGAB突变体的核酸。
10. 一种重组细胞，其特征在于，所述重组细胞是通过权利要求9所述的构建体转化受体细胞而获得的。
【文档编号】C12Q1/68GK104178489SQ201310264083
【公开日】2014年12月3日 申请日期:2013年6月27日 优先权日:2013年5月23日
【发明者】张学军, 王俊, 杨森, 肖若, 孙良丹, 张青, 高敏, 崔红宙, 王文俊 申请人:安徽医科大学第一附属医院, 深圳华大基因科技有限公司