专利名称：Sars冠状病毒的一种膜蛋白及其编码基因与应用的制作方法
技术领域：
本发明涉及一种病毒膜蛋白及其编码基因与应用，特别涉及严重急性呼吸综合征冠状病毒的一种膜蛋白及其编码基因与应用。
背景技术：
严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS，Severe Acute Respiratory Syndrome)是人类非典型肺炎的病原体。最近加拿大科学家测定并发布了该冠状病毒的全基因组数据(http//ybweb.bcgsc.ca/sars/TOR2_draft_genome_assembly_140403.fasta)。
发明内容
本发明的目的是提供SARS冠状病毒的一种膜蛋白及其编码基因。
本发明所提供的SARS冠状病毒膜蛋白命名为SCM(SARS membrane protein，严重急性呼吸综合征冠状病毒膜蛋白)，是序列表中SEQ ID №1的氨基酸残基序列或将SEQ ID №1的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №1相同活性的由SEQ ID №1衍生的蛋白质。
序列表的SEQ ID №1中，71位的氨基酸残基可以是Ala也可以是Val；157位的氨基酸残基可以是Ser，也可以是Pro。
该SCM蛋白的N-糖化区为第7位-10位氨基酸残基，蛋白激酶C磷酸化位点为第42位-44位、第101位-103位、第174位-176位和第186位-188位氨基酸残基，酪蛋白激酶II磷酸化位点为第11位-14位氨基酸残基，N-myristoylation位点为第81位-86位、第128位-133位、第190位-195位和第214位-219位氨基酸残基，原核细胞膜脂蛋白脂附着位点为第56位-66位和第78位-88位(如图3所示)。
序列表中序列1氨基酸残基序列是由224个氨基酸残基组成的蛋白质。
本发明所提供的SARS冠状病毒膜蛋白的编码基因scm，是下列核苷酸序列之一1)序列表中的SEQ ID №2；2)编码序列表中SEQ ID №1蛋白质序列的多核苷酸；3)与序列表中SEQ ID №2限定的RNA序列具有90％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的RNA序列。
序列表中序列2的RNA序列由672个碱基组成。其中自5’端第198，212及469位碱基可以是c，也可以是t。
含有本发明基因的表达载体及细胞系均属于本发明的保护范围。
发明的SCM可以通过以下方法获得培养含有scm表达载体的宿主细胞，在多肽表达适宜的条件下从宿主细胞培养基中提取多肽。
本发明的SARS冠状病毒膜蛋白SCM及其编码基因可作为抗原、疫苗、药物靶标、或药物修饰对象，用于诊断和治疗非典型肺炎药物，具有重要的理论及实际意义。例如可以通过PCR扩增本发明scm来进行SARS冠状病毒的检测，用SARS冠状病毒膜蛋白的编码基因scm制备反义核酸(anti-sense)，制备RNAi干扰药物等。
图1为SARS冠状病毒膜蛋白SCM与E1膜糖蛋白的blast比对示意图。
图2为SARS冠状病毒膜蛋白SCM与E1膜糖蛋白的全序列比较示意图。
图3为SCM的主要特性片段。
具体实施例方式
实施例1、非典型性肺炎冠状病毒膜蛋白SCM与E1膜糖蛋白的比较SARS冠状病毒膜蛋白SCM与E1膜糖蛋白的blast比对如图1所示，SARS冠状病毒膜蛋白SCM与E1膜糖蛋白的全序列比较如图2所示，表明SARS冠状病毒膜蛋白SCM与E1膜糖蛋白有41％的同源性。
实施例2、SCM的主要特性片段SCM的主要特性片段是N-糖化区，蛋白激酶C磷酸化位点，酪蛋白激酶II磷酸化位点，N-myristoylation位点和原核细胞膜脂蛋白脂附着位点(如图3所示)。
序列表<160>2<210>1<211>224<212>PRT<213>SARS冠状病毒(SARS coronavirus)<220>
<222>(71)<223>Xaa＝Ala或Val<220>
<222>(157)<223>Xaa＝Ser或Pro<400>1Leu Leu Ile Met Ala Asp Asn Gly Thr Ile Thr Val Glu Glu Leu1 5 10 15Lys Gln Leu Leu Glu Gln Trp Asn Leu Val Ile Gly Phe Leu Phe20 25 30Leu Ala Trp Ile Met Leu Leu Gln Phe Ala Tyr Ser Asn Arg Asn35 40 45Arg Phe Leu Tyr Ile Ile Lys Leu Val Phe Leu Trp Leu Leu Trp50 55 60Pro Val Thr Leu Ala Cys Phe Val Leu Ala Xaa Val Tyr Arg Ile65 70 75Asn Trp Val Thr Gly Gly Ile Ala Ile Ala Met Ala Cys Ile Val80 85 90Gly Leu Met Trp Leu Ser Tyr Phe Val Ala Ser Phe Arg Leu Phe95 100 105Ala Arg Thr Arg Ser Met Trp Ser Phe Asn Pro Glu Thr Asn Ile110 115 120Leu Leu Asn Val Pro Leu Arg Gly Thr Ile Val Thr Arg Pro Leu125 130 135
Met Glu Ser Glu Leu Val Ile Gly Ala Val Ile Ile Arg Gly His140 145 150Leu Arg Met Ala Gly His Xaa Leu Gly Arg Cys Asp Ile Lys Asp155 160 165Leu Pro Lys Glu Ile Thr Val Ala Thr Ser Arg Thr Leu Ser Tyr170 175 180Tyr Lys Leu Gly Ala Ser Gln Arg Val Gly Thr Asp Ser Gly Phe185 190 195Ala Ala Tyr Asn Arg Tyr Arg Ile Gly Asn Tyr Lys Leu Asn Thr200 205 210Asp His Ala Gly Ser Asn Asp Asn Ile Ala Leu Leu Val Gln215 220 224<210>2<211>672<212>RNA<213>SARS冠状病毒(SARS coronavirus)<220>
<222>(198，212，469)<223>n＝c或t<400>2ttgcttatca tggcagacaa cggtactatt accgttgagg agcttaaaca actcctggaa 60caatggaacc tagtaatagg tttcctattc ctagcctgga ttatgttact acaatttgcc120tattctaatc ggaacaggtt tttgtacata ataaagcttg ttttcctctg gctcttgtgg180ccagtaacac ttgcttgntt tgtgcttgct gctgtctaca gaattaattg ggtgactggc240gggattgcga ttgcaatggc ttgtattgta ggcttgatgt ggcttagcta cttcgttgct300tccttcaggc tgtttgctcg tacccgctca atgtggtcat tcaacccaga aacaaacatt360cttctcaatg tgcctctccg ggggacaatt gtgaccagac cgctcatgga aagtgaactt420gtcattggtg ctgtgatcat tcgtggtcac ttgcgaatgg ccggacacnc cctagggcgc480tgtgacatta aggacctgcc aaaagagatc actgtggcta catcacgaac gctttcttat540tacaaattag gagcgtcgca gcgtgtaggc actgattcag gttttgctgc atacaaccgc600taccgtattg gaaactataa attaaataca gaccacgccg gtagcaacga caatattgct660ttgctagtac ag67权利要求
1.非典型性肺炎冠状病毒膜蛋白SCM，它是序列表中SEQ ID №1的氨基酸残基序列或将SEQ ID №1的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №1相同活性的由SEQ ID №1衍生的蛋白质。
2.根据权利要求1所述的非典型性肺炎冠状病毒膜蛋白SCM，其特征在于它具有序列表中SEQ ID №1的氨基酸残基序列。
3.非典型性肺炎冠状病毒膜蛋白的编码基因scm，它是下列核苷酸序列之一1)序列表中的SEQ ID №2；2)编码序列表中SEQ ID №1蛋白质序列的多核苷酸；3)与序列表中SEQ ID №2限定的RNA序列具有90％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的RNA序列。
4.根据权利要求3所述的基因，其特征在于所述非典型性肺炎冠状病毒膜蛋白的编码基因scm是序列表中的SEQ ID №2。
5.含有权利要求3所述基因的表达载体。
6.含有权利要求3所述基因的细胞系。
7.权利要求1所述的非典型性肺炎冠状病毒膜蛋白SCM在制备治疗非典型肺炎的疫苗和药物中的应用。
8.权利要求3所述的基因在制备核酸疫苗中的应用。
9.权利要求3所述的基因在制备反义核酸中的应用。
10.权利要求3所述的基因在制备RNAi药物中的应用。
全文摘要
本发明公开了一种SARS冠状病毒膜蛋白及其编码基因与应用，目的是提供一种SARS冠状病毒膜蛋白SCM及其编码基因scm。本发明所提供的SARS冠状病毒膜蛋白SCM是序列表中SEQ ID №1的氨基酸残基序列或将SEQ ID№1的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №1相同活性的由SEQ ID №1衍生的蛋白质。本发明的SARS冠状病毒膜蛋白SCM及其编码基因可作为抗原、疫苗、药物靶标、或药物修饰对象，可用于制备治疗非典型肺炎药物，具有重要的实际意义。
文档编号A61K48/00GK1548452SQ0312429
公开日2004年11月24日 申请日期2003年5月8日 优先权日2003年5月8日
发明者刘湘军, 魏国柱, 乔立安 申请人:清华大学