本发明涉及用于预防和/或治疗炎症的分离的蛋白。更具体地，本发明涉及组织金属蛋白酶抑制剂蛋白在减轻、缓解和/或预防炎症中的用途。发明背景炎症是在对感知的损伤或威胁的应答中通过免疫系统启动的非特异性反应。其为区别于免疫系统更精确定制的适应性应答的先天性防御应答。炎症可以与免疫系统的适应性应答协同作用，这发展更缓慢，但靶向可能正引起局部损伤的有害物质(如病原体)更精确。虽然炎症与感染有关，但其发生于针对许多类型的损伤、化学或微粒刺激物、细菌性或病毒性病原体、以及局部缺氧(缺血)的应答中，所述损伤包括物理创伤、烧伤(例如，来自辐射、热或腐蚀性材料)。炎症还与自身免疫疾病和过敏反应有关。炎症包括发红、热、肿胀和疼痛的经典症状，并且可伴随有发炎的器官或组织的功能降低。虽然用于治疗炎症的许多方法是已知的，但它们均具有局限性，特别是关于广泛基础功效方面。因此，需要用于减轻、缓解和/或预防与多种原因相关的炎症的新方法。发明概述本发明涉及用于治疗和/或预防炎症和/或与炎症相关的疾病或病况的方法和组合物。以广泛的形式来说，本发明涉及一种或多种组织金属蛋白酶抑制剂(TMP)蛋白在减轻、缓解和/或预防炎症和/或与炎症相关的疾病或病况(如哮喘和/或炎症性肠病)中的用途。在一个方面中，本发明提供减轻或缓解个体中的炎症的方法，所述方法包括以下的步骤：向所述个体施用治疗有效量的包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列的分离的蛋白，其生物学活性片段、变体或衍生物或者它们的组合，从而减轻或缓解个体中的炎症。优选地，分离的蛋白包含SEQIDNO:1-31中任一项所示的氨基酸序列。在一个实施方案中，该方面还包括向个体施用至少一种其它药剂的步骤。适当地，根据上文的实施方案，所述至少一种其它药剂选自：非类固醇抗炎药(NSAID)、氨基水杨酸盐、皮质类固醇、免疫抑制剂、抗细胞因子/细胞因子受体剂(例如抗TNFα剂、抗IL-5剂、抗IL-13剂、抗IL-17剂和抗IL-6R剂)、抗生素及其组合。在一些实施方案中，炎症与个体中的疾病、病症和/或病况特别是免疫学疾病、病症和/或病况有关，或者继发于个体中的疾病、病症和/或病况特别是免疫学疾病、病症和/或病况。在某些实施方案中，所述疾病为消化道疾病或呼吸系统疾病。在其它实施方案中，所述疾病、病症和/或病况对基础疗法是难治的。适当地，根据上文的实施方案，基础疗法包括施用选自以下的至少一种基础药剂：非类固醇抗炎药(NSAID)、氨基水杨酸盐、皮质类固醇、免疫抑制剂、抗细胞因子/细胞因子受体剂(例如抗TNFα剂、抗IL-5剂、抗IL-13剂、抗IL-17剂和抗IL-6R剂)、抗生素及其组合。在另一方面中，本发明提供了预防个体中的炎症的方法，所述方法包括以下的步骤：向所述个体施用治疗有效量的包含SEQIDNO:1-31中任一项所示的氨基酸序列的分离的蛋白、其生物学活性片段或变体或者它们的组合，从而减轻或缓解个体中的炎症。在一个实施方案中，该方面还包括向所述个体施用至少一种其它药剂的步骤。优选地，个体为哺乳动物。更优选地，个体为人。本发明的又一方面提供了药物组合物，所述药物组合物包含治疗有效量的含有图1和/或图2中所示的氨基酸序列的分离的蛋白，其生物学活性片段、变体或衍生物或者它们的组合，连同药学可接受的载体、稀释剂或赋形剂。优选地，分离的蛋白包含SEQIDNO:1-31中任一项所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，药物组合物还可以包含至少一种其它药剂。所述至少一种其它药剂可以选自：非类固醇抗炎药(NSAID)、氨基水杨酸盐、皮质类固醇、免疫抑制剂、抗细胞因子/细胞因子受体剂(例如抗TNFα剂、抗IL-5剂、抗IL-13剂、抗IL-17剂和抗IL-6R剂)、抗生素及其组合。适当地，药物组合物用于预防或治疗炎症和/或用于预防或治疗与炎症相关的疾病或病况。本发明的相关方面包括包含图1和图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的生物学活性片段的分离的蛋白；编码所述分离的蛋白的分离的核酸；包含所述分离的核酸的遗传构建体；和/或包含所述遗传构建体的宿主细胞。整个说明书中，除非上下文另有要求，否则单词“包含(comprise)”、“包含(comprises)”和“包含(comprising)”将被理解为暗示包含所述的整体或整体群，但不排除任何其它整体或整体群。本说明书中使用的不定冠词“一个/一种(a)”和“一个/一种(an)”可以指一个实体或多个实体(例如蛋白)，并且不应被解读为或理解为局限于单个实体。附图简述图1.命名为SEQIDNO:1-33的氨基酸序列。图2：基于其二级结构预测的组织金属蛋白酶抑制剂(TIMP)的氨基酸序列比对。智人(Homosapiens)TIMP-1(GenBank登录号XP_010392.1)、TIMP-2(NP_003246.1)、TIMP-3(P35625.2)、TIMP-4(Q99727.1)，家犬(Canisfamiliaris)TIMP-2(AF112115.1)，原鸡(Gallusgallus)TIMP-2(AAB69168.1)，穴兔(Oryctolaguscuniculus)TIMP-2(AAB35920.1)，小家鼠(Musmusculus)TIMP-1(P12032.2)、TIMP-2(P25785.2)、TIMP-3(P39876.1)、TIMP-4(Q9JHB3.1)，黑腹果蝇(Drosophilamelanogaster)TIMP(AAL39356.1)，秀丽隐杆线虫(Caenorhabditiselegans)CRI-2(K07C11.5)，犬钩虫(Ancylostomacaninum)TMP-1(AF372651.1)、TMP-2(EU523696.1)，十二指肠钩口线虫(Ancylostomaduodenale)TIMP-1(ABP88131.1)，美洲板口线虫(Necatoramericanus)(NECAME_13168、NECAME_07191、NECAME_01063、NECAME_05356、NECAME_05357、NECAME_14664、NECAME_08457和NECAME_08458)，丝状网尾线虫(Dictyocaulusfilaria)(1495356.2；http://www.gasserlab.org)，有齿食道口线虫(Oesophagostomumdentatum)(E59TEJM01BU99S和E59TEJM02GRTKW；http://www.gasserlab.org)，猪蛔虫(Ascarissuum)(GS_21732、GS_04796、GS_08199；http://www.wormbase.org)，埃及裂体吸虫(Schistosomahaematobium)A_01727，曼森氏裂体吸虫(Schistosomamansoni)Smp_087690以及日本裂体吸虫(Schistosomajaponicum)Sjp_0053050(http://www.genedb.org)。还包括锡兰钩口线虫(Ancylostomaceylanicum)AceES-2(GenBankQ6R7N7)。图3：四种含神经突起生长导向因子(netrin)结构域的蛋白的结构比较。将Ac-TMP-2(基于Hs-TIMP-2的同源模型)、Hs-TIMP-2(PDB登录代码1br9)、AceES-2(PDB登录代码3nsw)和Sh-TIMP(A_01727；基于Hs-TIMP-2的同源模型)的神经突起生长导向因子结构域着为蓝色，将半胱氨酸侧链残基呈现为黄色的棍。红色高亮区指示与MMP相互作用的区域；基于图2中的比对，推断这些区域为Ac-TMP-2、AceES-2和Sh-TIMP。寄生虫蛋白Ac-TMP-2和Sh-TIMP以及人Hs-TIMP-2共有相同的结构域内二硫键键合模式。与此相反，AceES-2具有与两个分子内二硫键不同的模式。接合N端半胱氨酸的二硫键(Cys3-Cys62)使人联想到Ac-TMP-2、Sh-TIMP和Hs-TIMP-2中发现的二硫键。另一二硫键(Cys77-Cys84)是AceES-2独有的。Hs-TIMP-2的C端结构域呈洋红色。仅出于说明的目的，以灰色显示Ac-TMP-2和Sh-TIMP的C端结构域，以及这些结构域的三维结构既不基于计算的证据也不基于实验证据。基于图2中显示的基于结构的序列比对，利用MODELLER[59]进行比较建模。图4：基于贝叶斯推理的组织金属蛋白酶抑制剂(TIMP)的系统发育关系。指示了支持各进化枝的后验概率。智人TIMP-1(GenBank登录号XP_010392.1)、TIMP-2(NP_003246.1)、TIMP-3(P35625.2)、TIMP-4(Q99727.1)，原鸡TIMP-2(AAB69168.1)，家犬TIMP-2(AF112115.1)，穴兔TIMP-2(AAB35920.1)，黑腹果蝇TIMP(AAL39356.1)，小家鼠TIMP-1(P12032.2)、TIMP-2(P25785.2)、TIMP-3(P39876.1)、TIMP-4(Q9JHB3.1)，秀丽隐杆线虫CRI-2(K07C11.5)，犬钩虫TMP-1(AF372651.1)、TMP-2(EU523696.1)，十二指肠钩口线虫TIMP-1(ABP88131.1)，美洲板口线虫(NECAME_13168、NECAME_07191、NECAME_01063、NECAME_05356、NECAME_05357、NECAME_14664、NECAME_08457和NECAME_08458)，丝状网尾线虫(1495356.2；http://www.gasserlab.org)，有齿食道口线虫(E59TEJM01BU99S和E59TEJM02GRTKW；http://www.gasserlab.org)以及猪蛔虫(GS_21732、GS_04796、GS_08199；http://www.wormbase.org)。发明详述本发明涉及用于减轻、缓解和/或预防炎症和/或炎症性疾病或病况(如哮喘和/或炎症性肠病)的方法。本发明至少部分依据这样的意外发现：包含图1和图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种组织金属蛋白酶抑制剂蛋白(TMP)可以用于减轻、缓解和/或预防个体中的炎症和/或炎症性疾病或病况。图1和图2(如SEQIDNO:1-31)的蛋白可获自任何多种不同的动物门、纲、目、属和/或种，包括哺乳动物(如人、狗和小鼠)、鸟类(如鸡)、昆虫、蠕虫以及原生动物。在具体方面中，本发明考虑分别包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种分离的蛋白或者它们的生物学活性片段或变体或者它们的组合在减轻、缓解和/或预防炎症和/或炎症性疾病或病况中的用途。虽然包含图1和图2中所示的各氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的分离的蛋白可被统称为组织金属蛋白酶抑制剂或“TMP”或“TIMP”蛋白，但是应当理解，所述一种或多种分离的蛋白不一定具有该特定的生物学活性。而且，即使所述一种或多种蛋白具有该生物活性，其对于所述分离的蛋白的抗炎特性不一定是必要的或需要的。在一个方面中，本发明提供了减轻或缓解个体中炎症的方法，所述方法包括以下的步骤：向所述个体施用治疗有效量的分别包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种分离的蛋白或其生物学活性片段、衍生物或变体或者它们的组合，从而减轻或缓解个体中的炎症。在另一方面中，本发明提供了预防个体中的炎症的方法，所述方法包括以下的步骤：向所述个体施用治疗有效量的分别包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种分离的蛋白或者它们的生物学活性片段、衍生物或变体或者它们的组合，从而预防个体中的炎症。“减轻”(如在减轻个体中的炎症方面)意为与炎症相关的症状、方面或特征(例如发红、热、肿胀和/或疼痛)或者个体经历与炎症相关的症状、方面或特征的时长的减轻或缩短。此类减轻不需要对个体完全有益。“缓解”(如在缓解个体中的炎症方面)意为与炎症相关的症状、方面或特征(例如，发红、热、肿胀和/或疼痛)的严重程度或严重性的降低。此类缓解不需要对个体完全有益。可以使用普通技术人员已知的任何方法或标准来测定个体中炎症的减轻和/或缓解，所述方法或标准既包括定性的方法和标准又包括定量的方法和标准。应当理解，减轻或缓解个体中的炎症是治疗个体中的炎症的方法。本文使用的“治疗(treating)”(或者“治疗(treat)”或“治疗(treatment)”)指炎症开始发展之后改善炎症的征象或症状的治疗干预。关于炎症的术语“改善”指任何可观察的治疗的有益效果。可以使用普通技术人员已知的任何方法或标准来测定有益效果。本文使用的“预防(preventing)”(或者“预防(prevent)”或“预防(prevention)”)指在炎症的症状、方面或特征发生之前起始的以预防或减轻所述症状、方面或特征的行动过程。应当理解，此类预防不需要对个体完全有益。“预防性”治疗是指出于降低发展炎症的症状、方面或特征的风险的目的，向未显示出炎症征象或仅显示早期征象的个体施用的治疗。本文使用的“炎症”指针对各种类型的损伤或感染的众所周知的局部应答，其特征是发红、热、肿胀和疼痛，并且通常还包括功能障碍或活动性降低。炎症代表了控制感染并防止其从最初的病灶蔓延的早期防御机制。炎症的主要事件包括毛细血管扩张以增加血液流动、微脉管系统结构的变化,导致血浆和蛋白以及白细胞从循环逃离以及白细胞从毛细血管迁出并在损伤或感染部位积聚。炎症通常与个体中的疾病、病症和/或病况相关或者继发于个体中的疾病、病症和/或病况，所述疾病、病症和/或病况包括免疫性疾病、病症和/或病况(如自身免疫性疾病、病症和/或病况)和过敏反应。示例性的免疫性疾病、病症和/或病况包括但不限于：爱迪生氏病、强直性脊柱炎、乳糜泻、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病(CIDP)、慢性复发性多灶性脊髓炎(chronicrecurrentmultifocalostomyelitis)(CRMO)、克罗恩病、脱髓鞘性神经病、肾小球肾炎、古德帕斯彻综合征、格雷夫氏病、古兰-巴雷综合征、桥本脑病、桥本甲状腺炎、低丙种球蛋白血症、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、胰岛素依赖型糖尿病(1型)、幼年型关节炎、川崎综合征、多发性硬化、重症肌无力、心肌梗死后综合征、原发性胆汁性肝硬化、银屑病、特发性肺纤维化、赖特综合征、类风湿性关节炎、结节病、硬皮病、干燥综合征、系统性红斑狼疮(SLE)、血小板减少性紫癜(TTP)、溃疡性结肠炎、血管炎、白癜风以及韦格纳肉芽肿。本领域普通技术人员将会理解，消化道疾病(例如，慢性胃炎或炎症性肠病(例如克罗恩病或溃疡性结肠炎))和呼吸系统疾病(例如，哮喘、肺气肿、慢性支气管炎和慢性阻塞性肺疾病(COPD))具有炎症性组分，因此特别适合利用本公开的方法进行治疗。在一个实施方案中，本发明提供了治疗和/或预防个体中的炎症性肠病的方法。在一个实施方案中，所述炎症性肠病为克罗恩病或溃疡性结肠炎。在其它实施方案中，本发明提供了治疗和/或预防个体中的哮喘的方法。本领域普通技术人员还将理解，当疾病、病症和/或病况对基础疗法是难治的时，经常发生与个体的疾病、病症和/或病况相关或继发于个体的疾病、病症和/或病况的炎症，所述基础疗法例如包括下述的基础疗法：非类固醇抗炎药(NSAID)、氨基水杨酸盐、皮质类固醇、免疫抑制剂、抗细胞因子/细胞因子受体剂(例如，抗TNFα剂、抗IL-5剂、抗IL-13剂、抗IL-17剂和抗IL-6R剂)、抗生素以及它们的组合。“难治的”意指对治疗特别是一线治疗有抗性。术语“个体”既包括人类个体，又包括兽医个体。例如，向个体施用可包括向人类个体或兽医个体施用。优选地，所述个体为人。然而，根据本发明的治疗用途还可应用于哺乳动物，如家养动物和伴生动物、表演动物(如马)、家畜以及实验室动物。“施用”意指通过选择的途径将组合物(例如，药物组合物，其包含分别含有图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种分离的蛋白或其生物学活性片段、衍生物或变体或者它们的组合，从而减轻或缓解个体中的炎症)导入个体。术语“治疗有效量”描述了足以在正用指定的药剂进行治疗的个体中实现预期效果的该药剂的量。例如，其可以是减轻、缓解和/或预防炎症所必需的组合物的量，所述组合物包含分别含有图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种分离的蛋白或其生物学活性片段、衍生物或变体或者它们的组合。在一些实施方案中，“治疗有效量”足以减轻或消除炎症症状。在其它实施方案中，“治疗有效量”为足以实现期望生物效应的量，例如有效降低与炎症相关的发红、热、肿胀和/或疼痛的量。理想地，药剂的治疗有效量为足以诱导期望的结果而不在个体中引起大量细胞毒性效应的量。用于减轻、缓解和/或预防炎症的药剂(例如分别含有图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种分离的蛋白或其生物学活性片段或变体或者它们的组合)的有效量将取决于被治疗的个体，任何相关疾病、病症和/或病况的类型和严重性以及治疗性组合物的施用方式。在治疗进程中，可以以例如每日单一剂量或数个剂量的形式施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含分别含有图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的一种或多种分离的蛋白或其生物学活性片段或变体或者它们的组合。然而，施用的频率取决于应用的制剂、正被治疗的个体、炎症的严重性以及疗法或组合物的施用方式。出于本发明的目的，“分离的”意指已从其天然状态移出或者以其它方式经受人工操作的材料。分离的材料可大体上或基本不含在其天然状态下通常伴有的组分或者可以对其进行操作以使其与在其天然状态下通常伴有的组分一同处于人工状态。分离的材料包括天然或重组形式的材料。术语“分离的”还包含诸如“富含的”、“纯化的”和/或“合成的”的术语。合成的包括重组合成的和化学合成的。本文使用的“片段”描述了分离的蛋白的结构域、部分、区域或子序列，其包含图1和图2中所示的任何一种蛋白(如SEQIDNO:1-31)的不超过6、10、12、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180或190个连续氨基酸。在一个具体实施方案中，片段为包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的分离的蛋白的N端结构域、部分、子序列或区域，或者与包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的分离的蛋白的N端结构域、部分、子序列或区域相对应。适当地，可以在基本不减少抗炎活性的情况下，缺失一个或多个N端和/或C端氨基酸。例如，截短的多肽或蛋白可以缺少至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个或者更多个正常情况下存在于全长或野生型蛋白或多肽中的N端和/或C端氨基酸。在一个实施方案中，一个或多个N端氨基酸可以缺失或不存在。在一些实施方案中，N端氨基酸为可被缺失或被异源的信号肽氨基酸序列(例如用于酵母表达)替代的信号肽的N端氨基酸。例如，截短的多肽或蛋白可以缺少至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个正常情况下存在于TMP蛋白中的N端氨基酸。适当地，截短的多肽或蛋白包含位于或邻近N端的氨基酸序列C-X-C。在该方面，“邻近N端”意指N端或在N端约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸内。虽然不希望被任何具体理论束缚，但是建议，可以单独或与一些N端氨基酸一起缺失C端氨基酸特别是从野生型TMP2缺失，只要保留位于或临近N端的C-X-C基序以允许插入MMP活性位点裂缝内，随后抑制催化活性。虽然图1和图2的蛋白(如SEQIDNO:1-31)可被称为组织金属蛋白酶抑制剂，但是应当理解，此类蛋白不一定具有该特定的生物活性。此外，即使任何或所有蛋白均具有该生物活性，但其对于蛋白的抗炎特性不一定是必要的或必需的。优选地，所述片段为“生物学活性片段”。在一些实施方案中，生物学活性片段具有不少于10％，优选不少于25％，更优选不少于50％，以及甚至更优选不少于75％、80％、85％、90％或95％的分离的蛋白的抗炎活性。可以利用本领域技术人员公认作为通常用于鉴定此类活性的标准测试方法和生物分析来评估此类活性。在一些实施方案中，分离的蛋白可以包含多个相同或不同的片段，包括生物学活性片段。还考虑包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的分离的蛋白中任一种的变体。通常，以及涉及蛋白时，“变体”蛋白含有已被不同的氨基酸替代的一个或多个氨基酸。本领域熟知，可将某些氨基酸变为具有大致上类似特性的其它氨基酸(即，保守替换)而不改变蛋白活性性质。还将理解，可将一个或多个氨基酸残基进行修饰或缺失，或者添加另外的序列，而基本不改变分离的蛋白或其片段的功能和/或生物活性。可以利用本领域技术人员公认为通常用于鉴定此类活性的标准测试方法和生物分析来评估此类活性。术语“变体”包括含SEQIDNO:1-31中所示的氨基酸序列的分离的蛋白的肽模拟物和直系同源物。“肽模拟物”意指含有能够模拟或拮抗天然亲本肽的生物作用的非肽结构元件的分子。肽模拟物的实例包括肽骨架被一个或多个苯二氮分子替代的肽类化合物(参见，例如，Jamesetal.,Science260:1937-42,1993)和“反-倒位(retro-inverso)”肽(参见，例如，美国专利第4,522,752号)。该术语还指除天然存在的氨基酸之外的部分，所述部分在构象上和功能上作为蛋白中特定氨基酸的代替而未显著程度上不利地干扰蛋白的功能。氨基酸模拟物的实例包括D-氨基酸。可以使用熟知的肽合成程序来制备被一个或多个D-氨基酸替换的蛋白。其它替换物包括具有含官能团的不同侧链的氨基酸类似物，如例如：β-氰丙氨酸、刀豆氨酸、黎豆氨酸、正亮氨酸、3-磷酸丝氨酸、高丝氨酸、二羟基苯丙氨酸、5-羟色氨酸、1-甲基组氨酸以及3-甲基组氨酸。“直系同源物”意指来自图1和图2中的蛋白(如SEQIDNO:1-31)所获自或源自的相同或不同的生物体的结构上相关的蛋白。在一个实施方案中，蛋白变体或直系同源物与图1和图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)共有至少70％，优选至少75％、80％或85％以及更优选至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。优选地，基于参考序列(由SEQIDNO:1-31中所示的氨基酸序列组成)的至少60％，更优选基于至少75％，更优选基于至少90％或更优选基于至少95％、98％或者基本上全长来测量序列同一性。为了测定序列同一性百分比，可以通过计算机化执行算法(Intelligenetics的Geneworks程序；Wisconsin遗传软件包第7.0版,GeneticsComputerGroup,WI,USA)中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA)或者通过检验和由选择的各种方法中任何一种所产生的最佳比对(即，在比较窗口中产生最高同源性百分比)来进行氨基酸和/或核苷酸序列的最佳比对。还可以参考BLAST程序家族，如例如由Altschul等(Nucl.AcidsRes.25:3389-402,1997)公开的BLAST程序家族。序列分析的详细讨论可见于Ausubel等人编著的《分子生物学实验指南》(CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY)第19.3单元(JohnWiley&SonsIncNY,1995-1999)。本发明考虑的具体变体的非限制性实例为糖基化位点的氨基酸被缺失或被其它氨基酸替代的非糖基化变体。参照SEQIDNO:33，氨基酸序列MSTTANGTWSYH(SEQIDNO:35)包含粗体的N连接糖基化位点，所述糖基化位点可被突变成非糖基化的氨基酸，如突变成谷氨酰胺(Gln或Q)残基。可将类似的突变掺入SEQIDNO:1-31中的一项或多项中。可通过本领域技术人员已知的各种标准诱变程序产生变体蛋白。突变可涉及单个基因、基因模块或整个染色体的核苷酸序列的修饰，随后产生一种或多种突变蛋白。单个基因中的变化可能是涉及DNA序列内单个核苷酸碱基的移除、添加或替换的点突变的结果，或者它们可能是涉及大量核苷酸的插入或缺失的变化的结果。突变发生于暴露于化学或物理诱变剂之后。此类突变诱导剂包括电离辐射、紫外光和一系列不同的化学剂(例如烷化剂和多环芳香烃)，其全部都能够与核酸直接或间接地(通常在某些代谢生物转化之后)相互作用。当受影响的DNA被复制或修复时，由此类环境试剂所诱导的DNA损伤可导致碱基序列的修饰，并因此导致可随后反映在蛋白水平的突变。通过使用具体的靶向方法，突变也可以是定点的。用于产生包含一种或多种突变的分离的蛋白的诱变程序包括但不限于随机诱变(例如，基于通过插入已知的DNA片段而使基因的失活的插入诱变、化学诱变、辐射诱变、易错PCR(CadwellandJoyce,PCRMethodsAppl.2:28-33,1992))和定点诱变(例如，利用编码期望的突变的DNA序列的特异性寡核苷酸引物序列)。定点诱变的其它方法公开于美国专利申请第5,220,007号；第5,284,760号；第5,354,670号；第5,366,878号；第5,389,514号；第5,635,377号和第5,789,166号。还提供了分离的蛋白的“衍生物”、生物学活性片段和变体。此类衍生物可以包括化学修饰的蛋白(例如氨基酸侧链的修饰)，化学交联蛋白，修饰以包含抗生物素蛋白、生物素和其它结合部分、添加表位标签和/或融合配偶体(fusionpartner)(例如FLAG、血凝素、myc标签、GST或MBP、六聚组氨酸融合配偶体)、标记(例如放射性标记、荧光标记)和酶(例如HRP、碱性磷酸酶)的蛋白，尽管不限于此。可以通过本领域技术人员已知的任何合适的程序制备分离的蛋白(包括片段、变体和衍生物)。在一个实施方案中，通过化学合成产生分离的蛋白(包括片段、变体和衍生物)。化学合成技术在本领域是众所周知的，但是对于合适的方法的实例，本领域技术人员可以参考Coligan等人编著的《蛋白质科学实验指南》(CURRENTPROTOCOLSINPROTEINSCIENCE)第18章(JohnWiley&SonsNY(1995-2001)。在另一实施方案中，将分离的蛋白(包括片段、变体和衍生物)制备为重组蛋白。因此，本发明的另一方面涉及编码所述分离的蛋白或其片段的分离的核酸。本文使用的“核酸”可以是单链或双链DNA，包括cDNA和基因组DNA或RNA(包括mRNA)。适当地，为了核酸的表达(如为了重组蛋白的表达)，遗传构建体可以包含与一个或多个其它核苷酸序列可操作地连接或相连的分离的核酸。此类核苷酸序列可以包括调控核苷酸序列，如启动子、增强子、聚腺苷酸化序列、剪接位点、翻译起始或终止序列、抗生素抗性基因和筛选标记基因，尽管不限于此。通常根据用于表达的宿主细胞(如酵母、细菌、昆虫、植物或哺乳动物宿主细胞)来选择启动子。还可以添加融合配偶体或表位标签序列，如六聚组氨酸、MBP、GST、血凝素、FLAG和/或c-myc序列。使遗传构建体在被工程化或操作以包含所述遗传构建体的宿主细胞中适当地操作、增殖和/或表达。此类宿主细胞可以包括酵母、细菌、昆虫、植物或哺乳动物宿主细胞，尽管不限于此。虽然重组蛋白的产生在本领域是众所周知的，但是技术人员可以参考如例如下述中所述的标准程序：Sambrook等人的《分子克隆实验指南》(ColdSpringHarborPress,1989)，特别是第16和17部分；Ausubel等人编著的《分子生物学实验指南》(JohnWiley&Sons,Inc.1995-1999)，特别是第10章和16章；以及Coligan等人编著的《蛋白质科学实验指南》(JohnWiley&Sons,Inc.1995-1999)，特别是第1、5和6章。除治疗有效量的包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白(或其生物学活性片段或变体)之外，可以向需要的个体施用本领域技术人员已知的用于减轻、缓解和/或预防炎症(和/或用于治疗或预防与炎症相关的疾病、病症和/或病况)的一种或多种其它药剂的不同组合。即，除治疗有效量的包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的分离的蛋白(或其生物学活性片段或变体)之外，可以向个体施用常规用于治疗和/或预防炎症的一种或多种其它药剂。例如，在某些实施方案中，为了减轻、缓解和/或预防炎症，可将非类固醇抗炎药(NSAID)、氨基水杨酸盐、皮质类固醇、免疫抑制剂、抗细胞因子/细胞因子受体剂(例如，抗TNFα剂、抗IL-5剂、抗IL-13剂、抗IL-17剂和抗IL-6R剂)特别是抗细胞因子/细胞因子受体抗体、抗生素以及它们的组合与包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白(或其生物学活性片段或变体)一起施用。在某些实施方案中，一种或多种其它药剂提供了对图1和图2中所示的如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白(或其生物学活性片段或变体)的保护作用。在其它实施方案中，包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白(或其生物学活性片段或变体)提供了对一种或多种其它药剂的保护作用。在其它实施方案中，一种或多种其它药剂为包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白(或其生物学活性片段或变体)的作用提供了互补效果，优选地，消除或减轻(和/或预防)与炎症相关的一种或多种症状的频率或严重性。如本领域技术人员所熟知的，非类固醇抗炎药(NSAID)(也被称作非类固醇抗炎剂(NSAIA))是具有止痛、退热以及抗炎效果的药物，并且其包括水杨酸盐(例如，阿司匹林)和丙酸衍生物(例如，布洛芬和萘普生)。本领域众所周知氨基水杨酸盐用于治疗炎症性肠道疾病(特别是溃疡性结肠炎)，并且其包括例如巴柳氮、美沙拉嗪、奥沙拉秦和柳氮磺胺吡啶。如本领域技术人员所熟知的，皮质类固醇是与由肾上腺产生的激素皮质醇极其类似的药物。示例性的皮质类固醇包括但不限于：可的松、泼尼松、泼尼松龙和甲基泼尼松龙。本领域众所周知免疫抑制剂用于治疗与某些疾病或病况相关的炎症，并且其包括例如药物环孢素、硫唑嘌呤和霉酚酸酯。如本领域技术人员所熟知的，抗细胞因子/细胞因子受体剂(例如，抗TNFα剂、抗IL-5剂、抗IL-13剂、抗IL-17剂和抗IL-6R剂)包括但不限于小分子抑制剂和抗体。在一些实施方案中，包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白(或其生物学活性片段或变体)与一种或多种其它药剂的组合在炎症的治疗和/或预防中产生协同效果。因此，本发明还包括提高药剂在治疗使用该药剂的任何病况(例如，炎症以及任何相关疾病、病症和/或病况)中的治疗效力的方法。在一个实施方案中，在施用一种或多种其它药剂之前施用图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)。在另一实施方案中，在施用一种或多种其它药剂之后施用图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)。在另一实施方案中，在施用其它药剂的同时施用图1和图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)。在另一实施方案中，施用图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)和施用一种或多种其它药剂(依序或同时)导致炎症的减轻或缓解，所述减轻或缓解优于来自在另一种不存在的情况下施用图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)或者一种或多种其它药剂的减轻或缓解。如本领域技术人员所熟知的，可以结合治疗性组合物，通过可用的任何常规方法/路径施用图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)和一种或多种其它药剂。此类方法包括但不限于通过以下方式施用：微针注射进特定的组织(如美国专利第6,090,790号中所述的)，应用于炎症部位的局部乳霜、洗液或密封剂式敷料(sealantdressing)(如美国专利第6,054,122号中所述的)或者释放图1和/或图2的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)的植入物(如国际公开WO99/47070中所述的)。就这一点而言，可将包含图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)以及任选地一种或多种其它药剂的组合物与适当地浸渍、包被或以其它方式包含所述组合物的生物材料、生物聚合物、无机材料(如羟基磷灰石或其衍生物)、外科植入物、假体、填疮、伤口敷料、敷布(compress)、绷带等结合施用，或者作为上述的组分施用。适当地，所述组合物包含合适的药学可接受的载体、稀释剂或赋形剂。优选地，所述药学可接受的载体、稀释剂或赋形剂适合于向哺乳动物以及更优选地向人施用。“药学可接受的载体、稀释剂或赋形剂”意为可以安全地用于全身施用的固体或液体填充物、稀释剂或包封物质。根据具体的施用途径，可以使用本领域熟知的各种载体。这些载体可以选自：糖、淀粉、纤维素及其衍生物、麦芽、明胶、滑石、硫酸钙、植物油、合成油、多元醇、海藻酸、磷酸盐缓冲溶液、乳化剂、等渗盐水和盐类(如无机酸盐(包括盐酸盐、溴化物和硫酸盐)、有机酸盐(如乙酸盐、丙酸盐和丙二酸盐))以及无热原水。描述药学可接受的载体、稀释剂和赋形剂的有用参考文献为《雷明顿药物科学》(“Remington’sPharmaceuticalSciences”)(MackPublishingCo.NJUSA,1991)。为了向个体提供包含图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)以及任选地一种或多种其它药剂的组合物，可以采用任何安全的施用途径。例如，可以采用口服施用、直肠施用、肠胃外施用、舌下施用、颊部施用、静脉内施用、关节内施用、肌肉内施用、真皮内施用、皮下施用、吸入施用、鼻内施用、眼内施用、腹膜内施用、脑室内施用、经皮施用等。剂型包括片剂、分散体(dispersion)、悬液、注射剂、溶液、糖浆剂、锭剂、胶囊、栓剂、气雾剂、经皮贴剂等。这些剂型还可包括为控制注射或植入的目的专门设计的控制注射和植入的释放装置或者改良以以该方式另外起作用的植入物的其它形式。图1和/或图2的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)以及任选地一种或多种其它药剂的控制释放可能受用例如疏水聚合物，包括丙烯酸树脂、蜡、高级脂肪醇、聚乳酸和聚乙醇酸以及某些纤维素衍生物(如羟丙基甲基纤维素)进行包被的影响。此外，控制释放可能受利用其它聚合物基质、脂质体和/或微球的影响。上文的组合物可以以与剂型兼容的方式以及以药学/治疗有效量施用。在本发明的背景下，向个体施用的剂量应当足以在适当的时间段内在个体中产生有益的应答(例如，炎症的减轻)。待施用的图1和/或图2中的一种或多种分离的蛋白(如包含SEQIDNO:1-31的氨基酸序列的一种或多种分离的蛋白)(或其生物学活性片段或变体)的量可取决于待治疗的个体，包括其年龄、性别、体重和整体健康状况，根据本领域普通技术从业者的判断的因素。本文所描述的组合物还可包含表达载体，如病毒载体，例如牛痘病毒载体、腺病毒载体和腺病毒相关病毒(AAV)载体、逆转录病毒载体和慢病毒载体以及源自单纯疱疹病毒和巨细胞病毒的载体。如根据美国专利第5,929,040号和美国专利第5,962,427号中所述的方法，在该方面也可应用基因疗法。为了容易地理解本发明并将其投入实际应用，提供下述非限制性实施例。实施例材料&方法序列数据以及TIMP的鉴定和生物信息学分析获自公共序列数据库(即http://www.ncbi.nlm.nih.gov/的国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)；http://www.ensembl.org/index.html的ENSEMBL基因组浏览器；www.wormbase.org的线虫数据库(WormBase)；http://www.genedb.org/的GeneDB；www.gasserlab.org)[32-34,39,40,42-45]并在本文进行分析的序列数据包括已知的TIMP氨基酸序列以及预测的肽，所述已知的TIMP氨基酸序列来自：智人(GenBank登录号XP_010392.1、NP_003246.1、P35625.1和Q99727.1)、小家鼠(登录号P12032.2、P25785.2、P39876.1和Q9JHB3.1)、家犬(AF112115.1)、原鸡(AAB69168.1)、穴兔(AAB35920.1)、黑腹果蝇(AAL39356.1)、犬钩虫(AF372651.1和EU523698.1)、十二指肠钩口线虫(ABP88131.1)以及秀丽隐杆线虫(NP_505113.1)，所述预测的肽推测自：(i)曼森氏裂体吸虫、日本裂体吸虫、埃及裂体吸虫(www.genedb.org)、猪蛔虫(www.wormbase.org)、旋毛虫(T.spiralis)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/316979833)、马来布鲁线虫(Brugiamalayi)和班氏吴策线虫(Wuchereriabancrofti)(人类丝虫线虫)(http://www.sanger.ac.uk/；[46])、美洲板口线虫(人类钩虫；[36])的全基因组序列或基因组序列草图；以及(ii)猪鞭虫(T.suis)(猪的鞭虫)、有齿食道口线虫(猪的结节虫)(http://www.gasserlab.org)、丝状网尾线虫(羊的肺线虫；[47])和华支睾吸虫(C.sinensis)、麝猫后睾吸虫(O.viverrini)(人的肝吸虫)、肝片吸虫(Fasciolahepatica)和巨片形吸虫(F.gigantica)(分别为牛和鹿的肝吸虫)(http://www.gasserlab.org)的转录组。基于与来自真核生物的已知TIMP蛋白[50]的序列同源性(e-值截止值：10-5)，利用算法BLASTp[48]和InterProScan[49]来鉴定各个基因组和转录组数据集中的TIMP蛋白。此外，使用软件pScan(http://www.psc.edu/general/software/packages/emboss/appgroups/pscan.html)来鉴定基于常规表达的TIMP的诊断模式(Prosite：PS00288)。同时采用神经网络和隐马尔可夫模型，利用程序SignalP3.0预测信号肽[51]。基于信号肽的存在以及与分泌蛋白数据库(http://spd.cbi.pku.edu.cn/；[52])和信号肽数据库(http://proline.bic.nus.edu.sg/spdb/index.html；[53])中列出的一种或多种已知ES蛋白的序列同源性来鉴定推定的ESTIMP蛋白。二级结构预测和同源建模用由利用PSIPRED软件[55]预测的二级结构元件所引导的SBAL[54]对TIMP蛋白的基于结构的序列比对进行计算和手动编辑。利用程序MrBayesv.3.1.2[56]，通过贝叶斯推理(BI)，对各个基于结构的氨基酸序列比对进行分析，并且利用程序MEGAv.5[57]和位点间具有一致速率的Jones-Taylor-Thornton替换模型(JTT+G+I)，通过最大似然分析，对其进行核实。使用下述参数将各个BI分析进行1,000,000代(ngen＝1,000,000)，其中每100棵树保存一次：速率＝gamma，aamodelpr＝混合的，以及其它参数保留默认设置。利用参数‘sumtburnin＝1000测量树长和枝长；构建无根的一致树，其中利用一致的后验概率测定‘contype＝halfcompat’节点支持，并采用软件FigTree(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/)来展示。对于选择的TIMP，利用蛋白折叠识别软件pGenTHREADER[58]来鉴定具有已知三维结构的同源物，并将其选为模板用于利用MODELLER[59]进行比较建模。生成二十个独立的模型，并选择具有最低能量的模型，利用PROCHECK[60]分析其几何结构，然后用PyMOL[61]进行视觉检查。TIMP编码基因转录水平的评估利用程序SOAP2[62]，将源自来自以下的各个非标准化的cDNA文库的原始序列读取定位至编码各推定的TIMP蛋白的最长重叠群：猪蛔虫传染性L3(iL3；来自卵)、迁移性L3(来自肝脏和肺)、第四阶段的幼虫(L4，来自小肠)和来自各成年雄虫和雌虫的肌肉和生殖组织[34]，美洲板口线虫iL3和成虫(混合的雄虫和雌虫)[36]，以及埃及裂体吸虫的卵和成年雄虫及雌虫[40]。简言之，将原始序列读取与非冗余的转录组数据进行比对，以唯一定位各原始序列读取(即定位至唯一的转录本)。将定位至多个转录本的读取(被称为‘多读取’)随机地分配至唯一的转录本，以使其仅被记录一次。为了提供转录本丰度的相对评估，将定位至各序列的原始读取的数目针对长度标准化(即，每百万读取中每千碱基读取数，RPKM)[34,40,63]。结果&讨论寄生性蠕虫的TIMP蛋白从寄生性蠕虫可用的序列数据的补充中预测了总共15条与已知的真核TIMP具有高度同源性(e-值截止值：10-5)的蛋白序列(表1)，因此其代表了寄生虫中的该蛋白家族的未来结构和功能调查研究的可靠来源。本文中分析的FASTA格式的序列数据可获自附加文件1。在本文包含的数据集中，美洲板口线虫和猪蛔虫可用的蛋白编码基因的补充编码最大数量的预测的TIMP蛋白(分别地，n＝8和3；参考表1)。根据之前分别对犬钩虫Ac-TMP-1和Ac-TMP-2以及来自锡兰钩口线虫的包含神经突起生长导向因子结构域的同源物(＝排泄-分泌蛋白2，AceES-2)的观察[25-27,64]，预测三种美洲板口线虫TIMP(即NECAME_13168、NECAME_07191和NECAME_08458；参考表1)和所有猪蛔虫TIMP(GS_21732、GS_04796和GS_08199；参考表1)都含有N端信号肽。尽管Ac-TMP-1、Ac-TMP-2与AceES-2之间有序列相似性，但AceES-2在体外未显示出人MMP抑制活性，因而提示该蛋白在体内的不同功能[64]。然而，应当注意，由Zhan等人[26]所描述的Ac-TMP-2的部分MMP抑制活性是基于重组TMP-2的巨大摩尔过量，这大大超出了通过其TIMP对应物[23]抑制哺乳动物MMP所需的1:1的抑制剂:酶摩尔比。此外，TIMP似乎需要位于N端的C-X-C基序以允许插入MMP活性部位裂缝，并随后抑制催化活性；将重组的Ac-TMP-2工程化以包含由质粒载体贡献的长N端延长，所以其对于在未进一步加工的情况下明确地将MMP抑制活性分配至钩虫TIMP是不成熟的。在锡兰钩口线虫中，AceES-2的分泌在实验仓鼠宿主感染不久之后开始，并且与吸血活动的发生一致稳定增加[65]。而且，单一口服剂量的重组AceES-2导致用锡兰钩口线虫攻击感染仓鼠之后贫血减轻[66]，这导致我们猜测该分子可能在钩虫疾病的发病机制中发挥作用[66]。基于可从犬钩虫成虫的提取物和ES产物中单独地分离Ac-TMP-2的事实，还猜测钩虫TIMP在与哺乳动物宿主的入侵和/或在附着的最终位点处宿主MMP的抑制相关的分子进程中发挥作用，尽管从该寄生虫的L3和成虫中检测到了对应的mRNA[26]。在编码美洲板口线虫推定的TIMP的八个基因中，NECAME_13168和NECAME_07191的转录在iL3中显著上调(参考表1；[36])，因而支持这些蛋白在人宿主的感染进程中发挥作用。相反地，NECAME_08457和NECAME_08458在成年美洲板口线虫中显示出高转录水平(参考表1；[36])，这可能反映了该蛋白家族成员在该寄生虫的不同发育阶段中功能的多元化。在将来，对编码TIMP的基因在美洲板口线虫雌性和雄性中以及在不同组织中的差异转录的研究可以帮助阐明这些分子在成年线虫的基本分子生物学中发挥的作用。在猪蛔虫中，GS_04796的转录在该线虫的成年雌性生殖组织中显著上调，而GS_21732在雄性肌肉中上调(参考表1；参考[34])。由GS_04796和GS_21732编码的推定的TIMP蛋白与秀丽隐杆线虫CRI-2(WBGene00019478；http://www.wormbase.org)共有～40％的相似性，其表达已被定位于成年线虫的体壁肌肉组织以及外阴、肛门和咽部的肌肉(参考http://www.wormbase.org)。在秀丽隐杆线虫中，已知cri-2在与针对脂多糖(LPS)的先天免疫应答的调控有关的分子事件级联中发挥作用[67]。在之前的研究中，通过小干扰RNA(siRNA)对用大肠杆菌(Escherichiacoli)LPS刺激的小鼠巨噬细胞细胞系中秀丽隐杆线虫cri-2的小家鼠直系同源物的抑制导致白细胞介素-6(IL-6)的产生减少[67]。该细胞因子在体内与大范围的生物活性相关，包括在针对病原体感染的应答中急性期反应的产生[68]。在扁形动物中，埃及裂体吸虫基因A_01727编码仅有的吸虫TIMP蛋白，所述TIMP蛋白可以使用计算方法来鉴定。对不同的发育阶段中埃及裂体吸虫A_01727的转录调控的分析显示，该分子在所述寄生性吸虫的成年雄性中上调(表1；参考[40])。在睾丸形态发生期间，编码小鼠TIMP-1的转录物在雄性生殖腺中上调，而相应的蛋白的表达被限制于胎儿睾丸索[70]。此外，已知编码TIMP-2的人和小鼠基因包含在精子发生期间转录增强的差异显示克隆8(DDC8)基因[71]。这些观察连同较早前的发现(人胎儿塞尔托利细胞中TIMP-1的增加的表达[72,73]以及大鼠中TIMP-2的增加的睾丸表达[74])导致了这样的假设：这些分子在睾丸器官发生和发育期间[70]以及在生殖细胞穿过生精上皮的迁移[71]中发挥特定的作用。因此，易于推测埃及裂体吸虫A_01727在与成年雄性吸虫的生殖活动相关的生物进程中发挥作用；然而，该假设需要严格检验。在将来，通过RNA干扰(RNAi)和/或转基因对美洲板口线虫、猪蛔虫和埃及裂体吸虫进行遗传操作[75-78]可以帮助阐明推定的蠕虫TIMP在这些生物体的生殖生物学中以及在其它基本分子进程(例如与宿主入侵和宿主先天免疫应答的调整有关的分子进程)中的功能。在曼森氏裂体吸虫(Smp_087690；e-值3e-110)和日本裂体吸虫(Sjp_0053050.1；e-值6.3e-64)中都检测到了与埃及裂体吸虫A_01727具有同一性的基因组序列数据。然而，预测自埃及裂体吸虫A_01727的氨基酸序列与来自曼森氏裂体吸虫和日本裂体吸虫的相应的同源物之间的序列重叠仅限于NTRN端组件(参考图2)，这将使得TIMP编码基因在后两种物种的基因组序列中的存在的任何推论具有高推测性。虽然可能的是，在曼森氏裂体吸虫和日本裂体吸虫基因组的当前装配中可能已经发生了TIMP编码基因的开放阅读框(ORF)的片段化，但是全基因组序列当前可用的其它物种(例如马来布鲁线虫和旋毛虫)中真核生物TIMP的同源物的缺乏可以反映蠕虫中该蛋白家族成员之间序列和长度的实质变化[23]。的确，利用PScan软件对真核生物TIMPN端NTR组件的典型特征的研究显示，在本文分析的所有寄生性蠕虫中均存在神经突起生长导向因子蛋白家族成员(n＝26；范围1–5；参考表1)。该发现与这样的当前认识一致：蠕虫的基因组编码与脊椎动物TIMP的N端结构域同源的单结构域TIMP蛋白，但其缺乏相应的C端区域[79]。在真核生物中，已知TIMP的N端NTR结构域负责其金属蛋白酶抑制活性[24,80,81]，而C端结构域为金属蛋白酶提供了结合位点[80,82,83]或者为TIMP结合至细胞表面和/或细胞外基质提供了结合位点[24,81,84]。当与相应的C端分离时，TIMP的N端结构域保留了其金属蛋白酶抑制活性[24,81-84]。虽然基于该认识，可以假设单结构域的蠕虫TIMP发挥与其脊椎动物对应物对应物类似的金属蛋白酶抑制活性，但存在于一些成熟的蠕虫分子第2位的氨基酸残基(例如赖氨酸、精氨酸和谷氨酰胺；参考图2)对于脊椎动物TIMP是非典型的，并且提示这些蛋白可以执行与金属蛋白酶活性的抑制无关的功能(参见[23,85])。TIMP蛋白的氨基酸序列的比较结构分析以及N端NTR组件对于协助深入研究该蠕虫蛋白家族的功能是至关重要的。真核生物TIMP的结构分析在结构上，四种人TIMP被充分表征(参考http://www.rcsb.org)。这些蛋白由两个结构域组成：采取NTR折叠的N端结构域(N-TIMP)和C端结构域(C-TIMP)。已经确定了全长的TIMP-1、TIMP-2以及NTIMP-1、N-TIMP-2和N-TIMP-3的三级结构，一些与它们的靶标MMP形成复合体(关于概述，参见表2)。通过三个域内的二硫桥，N-TIMP和C-TIMP都是内部稳定地，并且它们的结构元件不是互相缠绕的，提示这两部分的确是单独的折叠单元，即结构域。该想法被下述观察进一步支持：可以体外获得显示MMP抑制活性的作为折叠实体的N-TIMP[79,86-88]。全长的TIMP的形状呈楔形，并且尽头的N端通过与蛋白酶活性部位裂缝的相互作用负责对MMP的抑制作用。在某些情况下，在C-TIMP与远离催化部位的蛋白酶的周边区域之间观察到了其它相互作用。然而，在TIMP-2/MMP-2复合体的情况下，C-TIMP-2与MMP-2的血红素结合蛋白结构域的相互作用显著增强了抑制剂的亲和性[89,90]。TIMP与其靶标蛋白酶的主要相互作用通过位于N末端的连续肽(人TIMP-1中的Cys1-Pro5)和位于连接两条相邻β-链的环中的连续肽(人TIMP-1中的Met66-Cys70)形成。两个区域通过二硫键(人TIMP-1中的Cys1-Cys70)共价地连接，并且位于所述蛋白的神经突起生长导向因子组件(N-TIMP)，所述N-TIMP采取具有希腊钥匙拓扑结构的五链α-桶的折叠(OB-折叠)，侧翼接有两条α-螺旋。将N-TIMP的N端插入靶标蛋白酶的活性部位，并且Cys-1(人TIMP-1)的α-氨基和羰基通过置换另外结合至金属的水分子来整合蛋白酶的活性部位锌离子[23]。第2个残基(Ser，Thr)伸入所述蛋白酶的特异性(S1)口袋。第3–5个残基与主要亚位点(primedsubsite)处的蛋白酶残基相互作用，所述主要亚位点通常容纳易裂键C端的底物残基。类似地，TIMP-1的第66–70残基占据不同地与易裂键N端残基相互作用的蛋白酶的非主要亚位点。根据基于结构的氨基酸序列比对显而易见的是(图2)，来自寄生性蠕虫的TIMP的特征为比其哺乳动物同源物更高的序列变异，这与无脊椎动物TIMP之前分析的结果一致[23]。然而，关于结构-功能关系，接枝至神经突起生长导向因子折叠上的最重要的特征似乎是邻近Cys-1的构象。在脊椎动物TIMP中，第2位是伸入蛋白酶的特异性口袋的丝氨酸或苏氨酸。重要的是注意Ac-TMP-1或Ac-TMP-2(经1:1的抑制剂:酶摩尔比)均未信服地显示出具有MMP抑制活性。而且，以15:1和115:1摩尔比，针对MMP活性，对产生的具有齐平的N端的AceES-2进行筛选，并且其未显示出抑制活性(参考[64])。图2中的氨基酸序列比对突出了该区域中TIMP的一般基序C-X-C。对于具有公开的抑制活性的蠕虫TIMPAc-TMP-2，其显示除丝氨酸和苏氨酸之外，位于第2位的赖氨酸是用于抑制的允许残基。值得注意的是，来自十二指肠钩口线虫的AceES-2和Ad-TIMP-1缺乏第二个半胱氨酸残基以及能够伸入蛋白酶的S1’口袋用于抑制的位于第2位的适合的残基(Ser/Thr/Lys)(参考图2)。在该基础上，将会预测到Ad-TIMP-1不具有任何MMP-抑制活性。因此，在第2位显示保守性的蠕虫TIMP可能展现出针对人MMP的抑制活性。由A_01727编码的埃及裂体吸虫蛋白在两个N端半胱氨酸残基之间具有两个残基(Arg-Ser)，这使得在不存在实验结构的情况下功能作用的预测变得困难。除Ad-TIMP-1之外，可获得完整氨基酸序列数据的蠕虫TIMP显示出NTR组件的重要结构元件的保守性，如两个N端半胱氨酸残基及其共价结合配偶体以及与维持OB-折叠相关的残基。最大变化的区域是三个表面暴露的环状区域，即残基28–41、56–59和66–70(Hs-TIMP-2编号；参见图2)。值得注意的是，脊椎动物和蠕虫TIMP中存在高度保守的碱性残基(Hs-TIMP-1中的Arg20)，所述碱性残基为蛋白酶相互作用部位远侧的表面上的暴露残基(图3)。据我们所知，该残基生理学方面的重要功能尚未被描述。它的位置(位于蛋白的表面)提示蛋白-蛋白或蛋白-基质相互作用；然而，还未报道位于该位置处的碱性残基参与细胞外基质的结合[91]。虽然埃及裂体吸虫A_01727与其它真核生物TIMP共有最低的氨基酸序列同一性(参考图2)，但是基于结构的序列比对连同相应地预测的3D结构，指示其可能是TIMP蛋白家族的功能性成员。该结论以神经突起生长导向因子样折叠的分子内二硫键所需的所有保守半胱氨酸残基的存在以及预期伸入MMP的催化位点的丝氨酸残基(Ser3)的保守性为基础。系统发育分析真核生物TIMP的系统发育分析允许我们研究蠕虫TIMP及其脊椎动物对应物之间的关系(图4)。所述分析鉴定了包含来自无脊椎动物(包括自由生活的和寄生性蠕虫)的TIMP的一个主要的进化枝(节点支持：0.90)，以排除由来自脊椎动物的同源物形成的进化枝(参考图4)。在无脊椎动物进化枝内，代表来自线虫的亚进化枝聚簇以排除来自黑腹果蝇的TIMP蛋白(节点支持：0.76；参考图4)，这支持寄生性线虫单源群TIMP的存在。根据系统发育分析中包含埃及裂体吸虫A_01727之后，保持关于脊椎动物同源物的线虫TIMP进化枝的单系群。在来自钩虫的TIMP与来自其它自由生活和寄生性线虫的TIMP之间未观察到明显分离，因此支持这样的假设：线虫TIMP的特征可能是区别于其脊椎动物同源物的特定的功能特性。线虫TIMP是否起源于来自脊椎动物祖先或来自不同基因系的C端结构域的丢失之后(参考[23])还有待探索。被命名为SEQIDNO:1-31且在图1和/或图2中示出的TIMP蛋白的氨基酸序列可能具有适合于预防或治疗炎症性病况的抗炎特性。在PCT/AU2013/000247(公开为WO2013/134822)中所述的先前的工作中，AcTIMP-1(SEQIDNO:32)和AcTIMP-2(SEQIDNO:33)显示具有抗炎活性。在最初的研究中，在两个单独的TNBS结肠炎实验中，重组的Ac-TMP-1(SEQIDNO:32)和Ac-TMP-2(SEQIDNO:33)提供了针对对体重减轻的优良保护。针对临床和大体评分(macroscopicscores)和结肠长度以及在肠病理学中提供显著减轻方面，对Ac-TMP-2进行进一步评估。而且，处理的小鼠表现出显著降低的嗜酸性粒细胞增多、肺部血管周围和支气管周围的细胞浸润。与初始组相比，PBS处理的BSA激发的小鼠表现出增加水平的Th2细胞因子(如白细胞介素(IL)-5和IL-13)以及炎症标志物(如IL-6)。发现Ac-TMP-1的治疗导致肺中IL-5一至五倍的减少(分别地)和IL-132倍的减少。在用Ac-TMP-1处理的小鼠中，炎症性细胞因子IL-6也降低2倍至3倍。虽然促炎性细胞因子TNFα或IFNγ与哮喘诱导的炎症不直接相关，但是在处理的小鼠中，其水平有3倍和5倍的增加(分别地)。然而，水平保持不受Ac-TMP-1处理的影响，提示Ac-TMP-1被很好地耐受且不诱导炎症应答。IL-12和MCP-1的水平保持不受Ac-TMP-1处理的影响，这意味着BSA诱导的炎症的预防不需要诱导Th1应答，并且其不影响单核细胞的趋化性。意外地，Ac-TMP-1处理引起肺中IL-17A水平2倍至3倍的降低，已报道高水平的IL-17A与严重的哮喘诱导的炎症和气道高反应性相关。合起来看，这些结果说明Ac-TMP-1不仅显著减少了BSA诱导的嗜酸性粒细胞和淋巴细胞的气道浸润，还显著减少了Th2和Th17应答以及促炎性细胞因子如IL-6。在研究哮喘的其它实验中，与模拟注射组相比，用Ac-TMP-1(SEQIDNO:32)或Ac-TMP-2(SEQIDNO:33)处理的小鼠在气道中显示出显著降低的嗜酸性粒细胞增多，腹膜中无嗜酸性粒细胞的浸润，指示Ac-TMP-1和Ac-TMP-2仅在过敏或炎症应答部位预防嗜酸性粒细胞的诱导。用OVA体外刺激，来自OVA激发的小鼠的肺细胞显示增加水平的IL-5、IL-10和IL-13分泌。另一方面，当用OVA刺激时，MCP-1和IL-17A的上清水平在PBS模拟和OVA激发的小鼠的肺细胞中类似地升高。根据支气管肺泡灌洗物的发现，在来自Ac-TMP-1处理的小鼠的OVA刺激的肺细胞中，Th2细胞因子(IL-5、IL-10和IL-13)和促炎性细胞因子(MCP-1和IL-17A)的水平减少。类似地，在用Ac-TMP-2处理的小鼠中，肺部细胞因子的含量显著降低，提示Ac-TMP-2有效抑制Th2和促炎性细胞因子，如IL-6和IL-17A。为了评估仅在首次OVA激发(+/-)或两次OVA激发(+/+)期间施用的Ac-TMP-2是否降低了慢性哮喘小鼠模型中的气道炎症，收集初始小鼠、用PBS模拟注射处理的小鼠或用Ac-TMP-2处理的小鼠(+/-和+/+)的支气管肺泡灌洗物并通过FACS进行分析。在该OVA诱导的慢性哮喘模型中，与PBS模拟注射处理的小鼠相比，不管是在首次激发(+/-)还是两次激发(+/+)期间施用Ac-TMP-2，处理的小鼠均表现出总细胞以及嗜酸性粒细胞气道浸润的显著减少。为了确定当以预防性(Tp，OVA激发之前)或治疗性(Tc，OVA激发之后)方式给药时，经鼻内注射局部施用Ac-TMP-2是否可以减弱气道炎症，收集初始小鼠、用PBS模拟注射处理的OVA激发的小鼠或用Ac-TMP-2处理(Tc和Tp)的OVA激发的小鼠的支气管肺泡灌洗物，并通过FACS进行分析，从所述FACS得到总细胞计数和分类细胞计数。不管是以预防性的还是治疗性的形式处理小鼠，鼻内注射Ac-TMP-2显著减弱了总的气道细胞浸润和嗜酸性粒细胞的气道细胞浸润。重要的是，这些数据强调还可以局部施用Ac-TMP-2，而不只是肠胃外施用，以预防该哮喘小鼠模型中的气道炎症。制备来自初始小鼠、用PBS模拟注射处理的OVA激发的小鼠或用Ac-TMP-2处理(Tc和Tp)的OVA激发的小鼠的肺的全蛋白提取物，并通过流式微珠阵列(CBA)分析Th2细胞因子IL-5以及IL-13。与初始组相比，PBS处理的OVA激发的小鼠显示出显著升高水平的的IL-5和IL-13。我们发现用Ac-TMP-2(以预防性或治疗性方式)显著降低了IL-5和IL-13的水平。合起来看，这些发现说明，当鼻内施用Ac-TMP-2时，其显著减少了OVA诱导的嗜酸性粒细胞的气道浸润以及相关的Th2炎症应答。向初始小鼠施用Ac-TMP-2显著诱导了Treg至小肠固有层的招募。相反地，用Ac-TMP-2处理观察到了来自肠系膜淋巴结(MLN)的Treg的频率的显著降低。这些数据提示了Treg从MLN向肠粘膜的迁移模式。在该支持下，百分之六十的固有层Treg表达趋化因子受体CCR9，指示它们已被印记于肠相关的引流淋巴结(即MLN)内。该观察与提示MLN中产生的Treg在粘膜中累积以维持针对普遍存在的抗原的耐受性的数据一致。Ac-TMP-2处理显著减轻了OVA激发的野生型小鼠中的气道炎症。相反地，用Ac-TMP-2处理的OVA激发的DEREG小鼠表现出与用OVA激发的未处理的DEREG小鼠相当的支气管肺泡浸润水平。与这些发现相一致，基于用Ac-TMP-2进行的处理，Th2细胞因子(IL-5、IL-10和IL-13)和促炎性IL-6的水平在OVA激发的野生型小鼠中显著降低，而在OVA激发的DEREG小鼠中未显著降低。合起来看，这些结果指示，在该哮喘小鼠模型中，Treg在Ac-TMP-2的抗炎作用中发挥重要作用。将利用前述的实验方法、模型和途径中的至少一些来实验性地证实图1和/或图2所示的蛋白(如SEQIDNO:1-31中所示的)中的一种或多种的抗炎活性。首先，在TNBS实验性结肠炎模型中对NECAME_07191、NECAME_13168和十二指肠钩口线虫TIMP-1进行测试。因此，期望实验验证将证实包含图1和/或图2中所示的氨基酸序列(如SEQIDNO:1-31)的蛋白可以具有抗炎活性，并因此可用于治疗或预防包括但不限于以下的疾病或病况：哮喘、哮喘、肺气肿、慢性支气管炎和慢性阻塞性肺疾病(COPD)、爱迪生氏病、强直性脊柱炎、乳糜泻、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病(CIDP)、慢性复发性多灶性脊髓炎(CRMO)、克罗恩病、脱髓鞘性神经病、肾小球肾炎、古德帕斯彻综合征、格雷夫氏病、古兰-巴雷综合征、桥本脑病、桥本甲状腺炎、低丙种球蛋白血症、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、胰岛素依赖型糖尿病(1型)、幼年型关节炎、川崎综合征、多发性硬化、重症肌无力、心肌梗死后综合征、原发性胆汁性肝硬化、银屑病、特发性肺纤维化、赖特综合征、类风湿性关节炎、结节病、硬皮病、干燥综合征、系统性红斑狼疮(SLE)、血小板减少性紫癜(TTP)、溃疡性结肠炎、血管炎、白癜风以及韦格纳肉芽肿。在整个说明书中，目的是描述本发明的优选实施方案，而不将本发明限于任一实施方案或特征的特定集合。因此本领域技术人员将会理解，在不脱离本发明的范围的情况下，鉴于当前的公开内容，可以对例示的具体实施方案做出各种改进和改变。将本文提及的所有计算机程序、算法、专利和科学文献通过引用并入本文。表1–各个序列数据集中鉴定的并根据分类群列出的组织金属蛋白酶抑制剂(TIMP)和含神经突起生长导向因子组件(NTR)的蛋白序列分别的数目。还显示了含有预测的N端信号肽(SP)的蛋白的数目。*这些中，As-GS_21732在成年雄性的肌肉组织中上调。*Sh-A_01727在成年雄性中上调。表2–可获自2012年11月的蛋白数据库(PDB；http://www.rcsb.org.pdb/home/home.do)的组织金属蛋白酶抑制剂(TIMP)及其复合体的三维结构蛋白PDB登录代码N-TIMP-11d2bMMP1:TIMP-12j0tMMP3:TIMP-11ueaMMP3N:TIMP-11oo9MMP10:TIMP-13v96MMP14:TIMP-13ma2TIMP-21br9N-TIMP-22tmppro-MMP2-TMP-21gxdMMP-13:TIMP-22e2dMMP-14:TIMP-21bqqMMP-14:TIMP-21buvTACE:N-TIMP-33cki参考文献1.HotezPJ,BrindleyPJ,BethonyJM,KingCH,PearceEJ,etal:Helminthinfections:thegreatneglectedtropicaldiseases.JClinInvest2008,118:1311–1321.2.LustigmanS,PrichardRK,GazzinelliA,GrantWN,BoatinBA,etal:Aresearchagendaforhelminthdiseasesofhumans:theproblemofhelminthiasis.PLoSNeglTropDis2012,6:e1582.3.RollinsonD:Awakeupcallforurinaryschistosomiasis:reconcilingresearcheffortwithpublichealthimportance.Parasitology2009,136:1593–1610.4.ShinHR,OhJK,MasuyerE,CuradoMP,BouvardV,etal:Epidemiologyofcholangiocarcinoma:anupdatefocusingonriskfactors.CancerSci2010,101:579–585.5.FriedB,ReddyA,MayerD:Helminthsinhumancarcinogenesis.CancerLett2011,305:239–249.6.KeiserJ,UtzingerJ:Thedrugswehaveandthedrugsweneedagainstmajorhelminthinfections.AdvParasitol2010,73:197–230.7.CaffreyCR,SecorWE:Schistosomiasis:fromdrugdeploymenttodrugdevelopment.CurrOpinInfectDis2011,24:410–417.8.WolstenholmeAJ,FairweatherI,PrichardR,vonSamson-HimmelstjernaG,SangsterNC:Drugresistanceinveterinaryhelminths.TrendsParasitol2004,20:469–476.9.BeechRN,SkuceP,BartleyDJ,MartinRJ,PrichardRK,etal:Anthelminticresistance:markersforresistance,orsusceptibility？Parasitology2011,138:160–174.10.HosteH,Torres-AcostaJF:Nonchemicalcontrolofhelminthsinruminants:adaptingsolutionsforchangingwormsinachangingworld.VetParasitol2011,180:144–154.11.DeClercqD,SackoM,BehnkeJ,GilbertF,DornyP,etal:FailureofmebendazoleintreatmentofhumanhookworminfectionsinthesouthernregionofMali.AmJTropMedHyg1997,57:25–30.12.ReynoldsonJA,BehnkeJM,PallantLJ,MacnishMG,GilbertF,etal:Failureofpyrantelintreatmentofhumanhookworminfections(Ancylostomaduodenale)intheKimberleyregionofnorthwestAustralia.ActaTrop1997,68:301–312.13.SackoM,DeClercqD,BehnkeJM,GilbertFS,DornyP,etal:Comparisonoftheefficacyofmebendazole,albendazoleandpyrantelintreatmentofhumanhookworminfectionsinthesouthernregionofMali,WestAfrica.TransRSocTropMedHyg1999,93:195–203.14.AlbonicoM,EngelsD,SavioliL:Monitoringdrugefficacyandearlydetectionofdrugresistanceinhumansoil-trasmittednematodes:apressingpublichealthagendaforhelminthcontrol.IntJParasitol2004,34:1205–1210.15.KotzeAC,KoppSR:Thepotentialimpactofdensitydependentfecundityontheuseofthefaecaleggcountreductiontestfordetectingdrugresistanceinhumanhookworms.PLoSNeglTropDis2008,2:e297.16.GilleardJS,BeechRN:Populationgeneticsofanthelminticresistanceinparasiticnematodes.Parasitology2007,134:1133–1147.17.KotzeAC:Target-basedandwhole-wormscreeningapproachestoanthelmiticdiscovery.VetParasitol2012,186:118–123.18.KnoxDP:Proteinaseinhibitorsandhelminthparasiteinfection.ParasiteImmunol2007,29:57–71.19.KlotzC,ZieglerT,Danilowicz-LuebertE,HartmannS:Cystatinsofparasiticorganisms.AdvExpMedBiol2011,712:208–221.20.CappelloM,VlasukGP,BergumPW,HuangS,HotezPJ:Ancylostomacaninumanticoagulantpeptide:ahookworm-derivedinhibitorofhumananticoagulantfactorXa.ProcNatlAcadSciUSA1995,92:6152–6156.21.MolehinAJ,GobertGN,McManusDP:Serineproteaseinhibitorsofparasitichelminths.Parasitology2012,139:681–695.22.HartmannS,LuciusR:Modulationofhostimmuneresponsesbynematodecystatins.IntJParasitol2003,33:1291–1302.23.BrewK,NagaseH:Thetissueinhibitorsofmetalloproteinases(TIMPs):anancientfamilywithstructuralandfunctionaldiversity.BiochimBiophysActa2010,1803:55–71.24.BányaiL,PatthyL:TheNTRmodule:domainsofnetrins,secretedfrizzledrelatedproteins,andtypeIprocollagenC-proteinas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