抗-fgfr3抗体及其使用方法

文档序号:3570347阅读:1345来源:国知局
专利名称:抗-fgfr3抗体及其使用方法
技术领域
本发明总体上涉及分子生物学领域。更具体地,本发明涉及抗-FGFR3抗体及其用途。
背景技术
成纤维细胞生长因子(FGFs)和它们的受体(FGFRs)在胚胎发育、组织内环境稳定和代谢过程中具有关键性的作用(1-3)。在人类中,存在22种FGFs(FGFl-14,FGF16-23) 和4种具有酪氨酸激酶结构域的FGF受体(FGFR1-4)。FGFR由具有两个或三个免疫球蛋白样结构域(IgDl-3)的细胞外配体结合区,单次跨膜区和细胞质的分开的酪氨酸激酶结构域组成。FGFR1,2和3各自具有两个主要的选择性剪接同种型,称为Inb和IIIc。这些同种型在后半个IgD3中有约50个氨基酸的差异,并且具有截然不同的组织分布和配体特异性。通常,IIIb同种型见于上皮细胞中,而IIIc在间充质细胞中表达。在与硫酸乙酰肝素蛋白聚糖(h印aran sulfat印roteoglycans)协同结合FGF后,FGFR 二聚化并且在特定的酪氨酸残基处磷酸化。这有助于募集关键性的衔接蛋白(adaptor protein),诸如FGFR 底物2a (FRS2ci),导致多个信号传导级联的激活,包括促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和 PII-AKT途径(1,3,4)。因此,FGF和它们的同源受体以前后相关(context-d印endent)的方式调节众多的细胞过程,包括增殖、分化、迁移和存活。异常激活的FGFRs已经被认为与特定的人恶性肿瘤有关(1,5)。特别地,W4 ; 14) (pl6. 3 ;q32)染色体易位发生在约15_20%的多发性骨髓瘤患者中,导致FGFR3的过度表达并且与较短的总存活时间相关(6-9)。FGFR3也与赋予培养中的骨髓瘤细胞系以化学抗性有关(10),这与t G ;14) +患者对常规化疗的临床反应差相一致(8)。突变活化的FGFR3的过度表达足以诱导造血干细胞和成纤维细胞(11-14,15)、转基因小鼠模型(16)、和鼠骨髓移植模型(16,17)中的癌性转化。因此,FGFR3已经被提议作为多发性骨髓瘤中的潜在治疗靶标。实际上,靶向FGFRs的几种小分子抑制剂,尽管对FGFR3没有选择性并且针对某些其他激酶具有交叉抑制活性,但已经证明针对培养中和小鼠模型中的FGFR3-阳性骨髓瘤细胞具有细胞毒性(18-22)。还已经记载了在大部分膀胱癌症中存在FGFR3过度表达03,对)。此外,已经在60-70%的乳头状膀胱癌和16-20%的肌肉侵袭性膀胱癌中鉴定到FGFR3的体细胞激活突变04,25)。在细胞培养实验中,RNA干扰(11,26)或FGFR3单链Fv抗体片段抑制膀胱癌细胞增殖、2 )。近来的研究证明FGFR3抗体-毒素缀合物通过FGFR3-介导的毒素递送至肿瘤而减弱膀胱癌细胞系的异种移植物的生长08)。然而,仍然不清楚FGFR3 信号传导是否的确是膀胱肿瘤体内生长的致癌驱动力。此外,基于体内模型还没有明确在膀胱癌中靶向FGFR3的治疗可能性。涉及FGFR3和抗-FGFR3抗体的出版物包括美国专利公开号 2005/0147612 ;Rauchenberger 等,J BiolChem(生物化学杂志)278 00) 38194-38205(2003) ;W02006/048877 ;Martinez-Torrecuadrada 等,(2008)Mol Cancer Ther(分子癌症治疗)7(4) :862-873 ;W02007/144893 ;Trudel 等· (2006) 107(10) 4039-4046 ;Martinez-iTorrecuadrada 等 Q005) Clin Cancer Res (临床癌症研究)11 (17) 6280-6290 ;Gomez-Roman 等 U005)Clin Cancer Res(临床癌症研究)11 :459-465 ; Direnzo, R 等 O007)Proceedings of AACR Annual Meeting(AACR 年会进展),摘要 No. 2080 ;W02010/002862。很明显持续存在着对具有临床属性的药剂的需求,所述药剂最适于开发为治疗剂。本文所述的发明满足此需求并且提供其他益处。本文引用的所有参考文献,包括专利申请和出版物的全部内容通过引用合并。发明概述本发明部分地基于多种FGFR3结合剂(诸如抗体,及其片段)的鉴定。FGFR3呈现了重要的和有利的治疗靶标,并且本发明基于所述试剂与FGFR3的结合提供了组合物和方法。本发明的FGFR3结合剂,如本文所述,提供了用于靶向与FGFR3信号传导途径的表达和/或活性相关的病理学状况的重要的治疗剂和诊断剂。因此,本发明提供了与FGFR3结合相关的方法、组合物、试剂盒和制品。本发明提供了与FGFR3结合的抗体。在一个方面,本发明的特征在于与FGFR3结合的分离抗体。在一些实施方案中,所述抗体结合FGFR3inb同种型和/或FGFR3IIIC同种型。在一些实施方案中,所述抗体结合突变的FGFR3(例如,FGFR3 IIIb R248C,S249C, G372C, Y375C, K652E,中的一种或多种和 / 或 FGFR3 IIIc R248C, S249C, G370C, Y373C, K650E中的一种或多种)。在一些实施方案中,所述抗体结合单体的FGFR3(例如,单体的 FGFR3IIIb和/或IIIc同种型)。在一些实施方案中,所述抗体促进单体FGFR3的形成,诸如通过稳定与二聚体FGFR3形式相关的单体FGFR3形式。在一个方面,本发明提供了分离的抗-FGFR3抗体,其中所述抗体的全长IgG形式以lxlO—7或更强的Kd结合人FGFR3。如本领域中众所周知的那样,配体与其受体的结合亲合力可以使用多种测定中的任一种来测定,并且可以按照多种定量值来表示。因此,在一个实施方案中,结合亲合力表示为Kd值并且反映固有的结合亲合力(例如,具有最小化的抗体亲抗原性效应(avidity effect) )0通常和优选地,结合亲合力在体外测量,无论是在无细胞的环境中还是在细胞相关的环境中测量。本领域中已知的许多测定中的任一种,包括本文所述的那些,可以用来获得结合亲合力测量值,包括,例如,Biacore,放射免疫测定 (RIA),和ELISA。在一些实施方案中,所述抗体的全长IgG形式以1χ10_8或更强的Kd,以 lxlO—9或更强的Kd,或以IxKTki或更强的Kd结合人FGFR3。通常,本发明的抗-FGFR3抗体是拮抗剂抗体。因此,在一个方面,所述抗-FGFR3 抗体抑制FGFR3活性(例如,FGFR3-IIIb和/或FGFR3-IIIc活性)。在一些实施方案中, 抗-FGFR3抗体(通常以二价形式)不具有实质的FGFR3激动剂功能。在一些实施方案中, 抗-FGFR3拮抗剂抗体(通常以二价形式)具有很少或没有FGFR3激动剂功能。在一个实施方案中,本发明的抗体(通常以二价形式)不显示超出本底水平的有统计学显著性的FGFR3 激动剂活性水平。在一个方面,所述抗体与FGFR3的结合可以抑制所述受体与另一单位的所述受体的二聚作用,从而抑制所述受体的激活(至少部分由于缺乏受体二聚作用导致)。抑制可以是直接的或间接的。在一个方面,本发明提供了抗-FGFR3抗体,其不具有实质的凋亡活性(例如,不诱导细胞的凋亡,所述细胞例如,移行性细胞癌细胞或多发性骨髓瘤细胞,诸如包含FGFR3易位,诸如W4;14)易位的多发性骨髓瘤细胞)。在一些实施方案中,抗-FGFR3抗体拥有很少或没有凋亡功能。在一些实施方案中,所述FGFR3抗体不显示超出本底水平的有统计学显著性的凋亡功能。在一个方面,本发明提供了抗-FGFR3抗体,其不诱导实质的TOFR3下调。在一些实施方案中,抗-FGFR3抗体诱导很少的或不诱导受体下调。在一些实施方案中,FGFR3抗体不诱导超出本底水平的有统计学显著性的受体下调。在一个方面,本发明提供了抗-FGFR3抗体,其拥有效应子功能。在一个实施方案中,效应子功能包括抗体-依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)。在一个实施方案中, 抗-FGFR3抗体(在一些实施方案中,裸抗-FGFR3抗体)能够杀死细胞,在一些实施方案中, 杀死多发性骨髓瘤细胞(例如,包含易位,例如W4;14)易位的多发性骨髓瘤细胞)。在一些实施方案中,抗-FGFR3抗体能够杀死每个细胞表达约10,000或更多个FGFR3分子(诸如每个细胞约 11,000,约 12,000,约 13,000,约 14,000,约 15,000,约 16,000,约 17,000,约 18,000或更多个FGFR3分子)的细胞。在其他实施方案中,所述细胞每个细胞表达约2000, 约3000,约4000,约5000,约6000,约7000,约8000,或更多个FGFR3分子。在一个方面,本发明的抗-FGFR3抗体抑制组成型FGFR3活性。在一些实施方案中, 组成型FGFR3活性是配体依赖性FGFR3组成型活性。在一些实施方案中,组成型FGFR3活性是配体不依赖性组成型FGFR3活性。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制包含对应于FGFR3_IIIbK248G的突变的FGFR3。如本文所使用的术语“包含对应于FGFR3-IIIbK248G的突变”理解为包涵FGFR3-IIIbK248G和 FGFR3-IIIce248c,以及另外的包含在对应于FGFR3-IIIb R248的位置处的R至C突变的FGFR3 形式。本领域普通技术人员理解如何比对FGFR3序列从而鉴定各个FGFR3序列之间的对应残基,例如,比对FGFR3-IIIc序列与FGFR3_IIIb序列以鉴定FGFR3中对应FGFR3_IIIb中的R248位置的位置。在一些实施方案中,所述抗-FGFR3抗体抑制FGFR3_inbK248G和/或 FGFR3-III cK248C。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制包含对应于FGFR3_IIIbK652E的突变的FGFR3。为了方便起见,术语“包含对应于FGFR3-II IbK652E的突变“理解为包涵FGFR3-II IbK652E和 FGFR3-IIIck650e,以及另外的包含在对应于FGFR3-IIIb K652的位置处的K至E突变的FGFR3 形式。本领域普通技术人员理解如何比对FGFR3序列从而鉴定各个FGFR3序列之间的对应残基,例如,比对reFR3-IIIc序列与FGFR3-inb序列以鉴定FGFR3中的对应FGFR3-IIIb中的K652位置的位置。在一些实施方案中,所述抗-FGFR3抗体抑制FGFR3_inbK652E和/或 FGFR3-II Ick650eo在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制包含对应于FGFR3_IIIbS249G的突变的FGFR3。为了方便起见,术语“包含对应于FGFR3-IIIbS249G的突变〃理解为包涵FGFR3-IIIb ^49g和 FGFR3-IIIc S249C,以及另外的包含在对应于FGFR3_IIIb S249的位置处的S至C突变的 FGFR3形式。在一些实施方案中,所述抗-FGFR3抗体抑制FGFR3-IIIbs249c和/或FGFR3-IIIcS249C
O在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制包含对应于FGFR3_inbG372G的突变的FGFR3。为了方便起见,术语“包含对应于FGFR3-IIIbG372G的突变〃理解为包涵FGFR3-IIIb G372G和 FGFR3-IIIc G370C,以及另外的包含在对应于FGFR3_IIIb G372的位置处的G至C突变的 FGFR3形式。在一些实施方案中,所述抗-FGFR3抗体抑制FGFR3-IIIbc372c和/或FGFR3-IIIc
G370C
ο在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制包含对应于FGFR3_IIIbY375G的突变的FGFR3。为了方便起见,术语“包含对应于FGFR3-II Iby375c的突变“理解为包涵FGFR3-II Iby375c和 FGFR3-IIIcy373c,以及另外的包含在对应于FGFR3-IIIb S249的位置处的S至C突变的FGFR3 形式。在一些实施方案中,所述抗-FGFR3抗体抑制FGFR3-IIIbY375G和/或FGFR3-IIIcY373G。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制(a)FGFR3-IIIbK652E 和(b)FGFR3-IIIbE248C, FGFR3-IIIbY375C, FGFR3-IIIbs249c,和 FGFR3IIIb G372C 中的一种或多种。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制(a)FGFR3-IIIck650e 和(b)FGFR3-IIIce248c, FGFR3-IIIcy373c, FGFR3-IIIcs249g,和 FGFR3IIIc G370C 中的一种或多种。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制(a)FGFR3-IIIbE248C 和(b)FGFR3-IIIbK652E, FGFR3-IIIbY375C, FGFR3-IIIbs249c,和 FGFR3_IIIbG372C 中的一种或多种。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制(a)FGFR3-IIIcE248C 和(b)FGFR3-IIIck650e, FGFR3-IIIcy373c, FGFR3-IIIcS249G,和 FGFR3-IIIcg37qg 中的一种或多种。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制(a)FGFR3_IIIbG372C 和(b)FGFR3-IIIbK652E, FGFR3-IIIbY375C, FGFR3-IIIbs249c,和 reFR3_IIIbK248C 中的一种或多种。在一个方面,抗-FGFR3抗体抑制(a)FGFR3-IIIcg370c 和(b)FGFR3-IIIck650e, FGFR3-IIIcy373c, FGFR3-IIIcs249c,和 FGFR3-IIIck248c 中的一种或多种。在一个方面,抗-FGFR3 抗体抑制 FGFR3-II IbE248C, FGFR3-II IbK652E, FGFR3-II IbY375C, FGFR3-IIIb S249C,和 FGFR3_IIIb G372C。在一个方面,抗-fgfr3抗体抑制 fgfr3-i iice248c, fgfr3-i iick650e, fgfr3-i iicy373c, FGFR3-IIIc S249C,和 FGFR3_IIIc G370C。在一个方面,本发明提供了分离的抗-FGFR3抗体,其包含(a)至少一个、两个、三个、四个或五个高变区(HVR)序列,所述高变区序列选自(i) HVR-Ll,其包含序列 Al-Al 1,其中 Al-All 是 RASQDVDTSLA (SEQ ID NO 87),(ii)HVR-L2,其包含序列 B1-B7,其中 B1-B7 是 SASFLYS(SEQ IDNO :88),(iii)HVR-L3,其包含序列 C1-C9,其中 C1-C9 是 QQSTGHPQT(SEQ ID NO :89),(iv) HVR-Hl,其包含序列 D1-D10,其中 Dl-DlO 是 GFTFTSTGIS (SEQ ID NO 84),(v)HVR-H2,其包含序列 E1-E18,其中 E1-E18 是 GRIYPTSGSTNYADSVKG(SEQ ID NO: 85),和(vi)HVR-H3,其包含序列 F1-F20,其中 F1-F20 是 ARTYGIYDLYVDYTEYVMDY(SEQ ID NO 86);和(b)至少一个变体HVR,其中所述变体HVR序列包含SEQ IDNOS 1-18,48-131和 140-145中所示的序列的至少一个残基(至少两个残基,至少三个或更多个残基)的修饰。 所述修饰合意的是置换、插入或缺失。
在一些实施方案中,HVR-Ll变体包含下列位置的任意组合中的1_6个(1,2,3,4, 5,或 6 个)置换:A5 (V 或 D),A6 (V 或 I),A7 (D,E 或 S),A8 (T 或 I),A9 (A 或 S)和 AlO (V 或 L)。在一些实施方案中,HVR-L2变体包含下列位置的任意组合中的1-2个(1或2个)置换B1 (S或G),B4(F或S或Τ)和Β6 (Α或Y)。在一些实施方案中,HVR-L3变体包含下列位置的任意组合中的1-6个(1,2,3,4,5,或6个)置换C3 (G或S或Τ),C4 (Τ或Y或Α), C5 (G或S或T或A),C6 (A或H或D或T或N),C7⑴或P或幻,和C8 (S或Y或L或P或Q)。 在一些实施方案中,HVR-Hl变体包含下列位置的任意组合中的1-3个(1,2,或3个)置换 D3 (S或T),D5 (W或Y或S或T),D6 (S或G或T)。在一些实施方案中,HVR-H2变体包含下列位置的任意组合中的1-6个(1,2,3,4,5,或6)置换E2 (R或S),E6 (Y或A或L或S或 T),E7 (A或Q或D或G或Y或S或N或F),E8 (A或D或G),E9 (T或幻,ElO (K或F或T或 S),Ell (Y 或 H或 N或 I)。在一个方面,本发明提供了分离的抗-FGFR3抗体,其包含(a)至少一个、两个、三个、四个或五个高变区(HVR)序列,所述高变区序列选自(i)HVR-Ll,其包含序列 RASQXA2X3X4X5X6A,其中 &是¥或0,)(2是¥或1,)(3是0』 或 S,& 是 T 或 I,& 是 A 或 S,和 & 是 V 或 L(SEQID NO :146),(ii)HVR-L2,其包含序列 ^C1ASFLX2S,其中 &是3或G且)(2是々或 Y(SEQ ID NO: 147),(iii)HVR-L3,其包含序列 QQX1X2X3X4X5X6TjJt^ &是6,3或1\)(2是1\¥或六,)(3是 G,S,T,或A, 是A,H,D,T,或N,)(5是Q,P或S,)(6是S,Y,L,P或Q(SEQ ID NO :148),(iv) HVR-Hl,其包含序列 GFXiRyCJGIS,其中 X1 是 S 或 T,X2 是 W,Y,S 或 T,X3 是 S, G,或 T (SEQ ID NO :149),(v) HVR-H2,其包含序列 GRIYP^CA^y^^y^YADSVKG,其中 ^C1 是 Y,A, L, S,或 T,& 是 A, Q,D,G,Y,S,N 或 F,X3 是 A,D,或 G,& 是 T 或 S,X5 是 K,F,T,或 S,& 是 Y,H,N 或 I (SEQ ID NO :150),和(vi) HVR-H3,其包含序列 ARTYGIYDLYVDYTEYVMDY (SEQ IDNO 151)。在一些实施方案中,HVR-Ll包含序列RASQX1VX2X3X4VA,其中&是乂或D,&是0, E或S,^是!1或I,)(4是々或S(SEQ ID NO :152)。在一些实施方案中,HVR-L3包含序列 QQXA^yCJAT,其中 &是5,6,或1\)(2是¥,1\ 或六,)(3是11 或6,)(4是1\!1或队)(5是?或5,)(6是 P,Q,Y,或L(SEQ ID NO :153)。在一些实施方案中,HVR-H2包含序列GRIYPXAGSTAYADSVKG, 其中 是T或L, 是N,Y,S,G,A,或Q; 是N或H(SEQ ID NO 154) 在另一个方面,本发明的特征在于分离的抗-FGFR3抗体,所述分离的抗-FGFR3抗体包含一个、两个、三个、四个、五个或六个HVR,其中各个HVR包含选自下列的序列,由选自下列的序列组成,或基本上由选自下列的序列组成=SEQ ID NOS 1-18,48-131和140-145, 并且其中 SEQID NO 1,7,13,48,54,60,66,72,78,84,90,96,102,108,114,120,126 或 143 对应于 HVR-H1,SEQ ID NO :2,8,14,49,55,61,67,73,79,85,91,97,103,109,115,121,127 或 144 对应于 HVR-H2, SEQ ID NO :3,9,15,50,56,62,68,74,80,86,92,98,104,110,116, 122,128 或 145 对应于 HVR-H3, SEQ ID NO :4,10,16,51,57,63,69,75,81,87,93,99,105, 111,117,123,129 或 140 对应于 HVR-Ll, SEQ ID NO :5,11,17,52,58,64,70,76,82,88,94, 100,106,112,118,124,130 或 141 对应于 HVR-L2,且 SEQ ID NO :6,12,18,53,59,65,71,77,
983,89,95,101,107,113,119,125,131 或 142 对应于 HVR-L3。在一个方面,本发明提供包含HVR-Hl的抗-FGFR3抗体,所述HVR-Hl包含SEQ ID NO 1,7,13,48,54,60,66,72,78,84,90,96,102,108,114,120,126 或 143 的序列。在一个方面,本发明提供包含HVR-H2的抗-FGFR3抗体,所述HVR-H2包含SEQ ID NO 2,8,14,49,55,61,67,73,79,85,91,97,103,109,115,121,127 或 144 的序列。在一个方面,本发明提供包含HVR-H3的抗-FGFR3抗体,所述HVR-H3包含SEQ ID NO 3,9,15,50,56,62,68,74,80,86,92,98,104,110,116,122,128 或 145 的序列。在一个方面,本发明提供包含HVR-Ll区的抗-FGFR3抗体,所述HVR-Ll区包含SEQ ID NO 4,10,16,51,57,63,69,75,81,87,93,99,105,111,117,123,129 或 140 的序列。在一个方面,本发明提供包含HVR-L2区的抗-FGFR3抗体,所述HVR-L2区包含SEQ ID NO 5,11,17,52,58,64,70,76,82,88,94,100,106,112,118,124,130 或 141 的序列。在一个方面,本发明提供包含HVR-L3区的抗-FGFR3抗体,所述HVR-L3区包含SEQ ID NO 6,12,18,53,59,65,71,77,83,89,95,101,107,113,119,125,131 或 142 的序列。在一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-H1,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO 1,2,3,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :4,5,6。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :7,8,9,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:10,ll,12。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :13,14,15,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :16,17,18。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO =48,49, 50,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:51,52,53。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :54,55,56,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:57,58,59。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :60,61,62,63,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :63,64,65。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :66,67,68,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:69,70,71。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :72,73,74,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:75,76,77。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :78,7980,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:81,82,83。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :84,85,86,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:87,88,89。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :90,91,92,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID N0:93,94,95。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :96,97,98,所述轻链可变区包含HVR-Ll,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :99,100,101。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO 102,103,104,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :105,106,107。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :108,109,110,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :111,112,113。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :114,115,116,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :117,118,119。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :120,121,122,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :123,124,125。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO 126,127,128,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO 1 ,130,131。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区包含HVR-Hl,HVR-H2,HVR-H3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :140,141,142,所述轻链可变区包含HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3,其中各个按顺序地包含SEQ ID NO :143,144,145。SEQ ID NOs :1-18,48-131和140-145的氨基酸序列关于如

图1中所示的单个 HVR( S卩,HI, H2或H3)进行编号,所述编号与如下所述的Kabat编号系统一致。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含 SEQ ID NO :132ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含轻链可变区和重链可变区,所述轻链可变区包含 SEQ ID NO :133ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含SEQ ID NO 132,所述轻链可变区包含SEQ ID Ν0:133。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含 SEQ ID NO :134ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含轻链可变区和重链可变区,所述轻链可变区包含 SEQ ID NO :135ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含轻链可变区和重链可变区,所述轻链可变区包含 SEQ ID NO :139 ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含SEQ ID NO 134,所述轻链可变区包含SEQ ID ΝΟ: ;35。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含 SEQ ID NO :136 ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含轻链可变区和重链可变区,所述轻链可变区包含 SEQ ID NO :137ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含SEQ ID NO 136,所述轻链可变区包含SEQ ID Ν0:137。在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含 SEQ ID NO :138 ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含轻链可变区和重链可变区,所述轻链可变区包含 SEQ ID NO :139 ο在另一个方面,抗-FGFR3抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含SEQ ID NO 138,所述轻链可变区包含SEQ ID Ν0:139。在一个方面,本发明提供抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体包含至少一个、两个、三个、四个、五个或六个高变区(HVR)序列,所述高变区序列选自由下列各项组成的组(a)HVR-Ll,其包含序列SASSSVSYMH(SEQ ID NO 155), SASSSVSYMH (SEQ ID NO: 156) LASQTIGTffLA(SEQ ID NO :157),(b)HVR-L2,其包含序列 TWIYDTSILAS(SEQ ID NO 158), RffIYDTSKLAS (SEQ ID NO: 159),或 LLIYAATSLAD (SEQ ID NO 160),(c)HVR-L3,其包含序列 QQWTSNPLT(SEQ ID NO :161), QQffSSYPPT (SEQ ID NO: 162),或 QQLYSPPffT (SEQ ID NO 163),(d) HVR-Hl,其包含序列 GYSFTDYNMY (SEQ ID NO :164), GYVFTHYNMY (SEQ ID NO: 165),或 GYAFTSYNMY (SEQ ID NO 166),(e)HVR-H2,其包含序列 WIGYIEPYNGGTSYNQKFKG(SEQ IDNO :167), WIGYIEPYNGGTSYNQKFKG (SEQ ID NO : 168),或 WIGYIDPYIGGTSYNQKi7KG (SEQ ID NO: 169),和(f)HVR-H3 包含序列 ASPNYYDSSPFAY(SEQ ID NO :170), ARGQGPDFDV (SEQ ID NO: 171),或 ARWGDYDVGAMDY (SEQ IDNO : 172)。在一个方面,本发明提供抗-FGFR3抗体,其包含至少一个、两个、三个、四个、五个或六个高变区(HVR)序列,所述高变区序列选自由下列各项组成的组(a) HVR-Ll,其包含序列 SASSSVSYMH (SEQ ID NO : 155),(b)HVR-L2,其包含序列 TWIYDTSILAS (SEQ ID NO :158),(c)HVR-L3,其包含序列 QQWTSNPLT (SEQ ID NO :161),(d) HVR-Hl,其包含序列 GYSFTDYNMY (SEQ ID NO : 164),(e) HVR-H2,其包含序列 WIGYIEPYNGGTSYNQKFKG (SEQ IDNO 167),禾口(f) HVR-H3,其包含序列 ASPNYYDSSPFAY (SEQ ID NO : 170)。
在一个方面,本发明提供抗-FGFR3抗体,其包含至少一个、两个、三个、四个、五个或六个高变区(HVR)序列,所述高变区序列选自由下列各项组成的组(a) HVR-Ll,其包含序列 SASSSVSYMH(SEQ ID NO :156),(b)HVR-L2,其包含序列 RWIYDTSKLAS (SEQ ID NO :159),(c)HVR-L3,其包含序列 QQWSSYPPT (SEQ ID NO :162),(d) HVR-Hl,其包含序列 GYVFTHYNMY (SEQ ID NO 165),(e) HVR-H2,其包含序列 WIGYIEPYNGGTSYNQKFKG (SEQ IDNO 168),禾口(f)HVR-H3,其包含序列 ARGQGPDFDV(SEQ ID NO :171).在一个方面,本发明提供抗-FGFR3抗体,其包含至少一个、两个、三个、四个、五个或六个高变区(HVR)序列,所述高变区序列选自由下列各项组成的组(a) HVR-Ll,其包含序列 LASQTIGTWLA (SEQ ID NO 157),(b)HVR-L2,其包含序列 LLIYAATSLAD (SEQ ID NO :160),(c)HVR-L3,其包含序列 QQLYSPPWT (SEQ ID NO :163),(d) HVR-Hl,其包含序列 GYAFTSYNMY (SEQ ID NO 166),(e) HVR-H2,其包含序列 WIGHDPnGGTSYNQKi7KG (SEQ IDNO 169),禾口(f) HVR-H3,其包含序列 ARWGDYDVGAMDY (SEQ ID NO 172)。在一个方面,本发明提供抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体包含(a)轻链,所述轻链包含(i) HVR-Ll,其包含序列 SASSSVSYMH(SEQ IDNO :155) ; (ii) HVR-L2,其包含序列 TffIYDTSILAS (SEQ ID NO :158);禾口 (iii) HVR-L3,其包含序列 QQWTSNPLT (SEQ ID NO :161); 和/或(b)重链,所述重链包含⑴HVR-Hl,其包含序列GYSFTDYNMY(SEQ IDNO :164) ; (ii) HVR-H2,其包含序列 WIGYIEPYNGGTSYNQKFKG(SEQID NO :167);和(iii) HVR-H3,其包含序列 ASPNYYDSSPFAY(SEQ IDNO :170)。在一个方面,本发明提供抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体包含(a)轻链, 其包含(i)HVR-Ll,其包含序列 SASSSVSYMH(SEQ IDNO :156) ; (ii)HVR_L2,其包含序列 RWIYDTSKLAS (SEQ ID NO :159);和(iii) HVR-L3,其包含序列 QQWSSYPPT (SEQ ID NO: 162);和 / 或(b)重链,其包含(i) HVR-Hl 包含序列 GYVFTHYNMY (SEQ ID NO 165) ; (ii) HVR-H2,其包含序列 WIGYIEPYNGGTSYNQKFKG(SEQ ID NO :168);和(iii) HVR-H3,其包含序列 ARGQGPDFDV(SEQ ID NO :171)。在一个方面,本发明提供抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体包含(a)轻链, 其包含(i)HVR-Ll,其包含序列 LASQTIGTWLA(SEQ IDNO :157) ; (ii)HVR_L2,其包含序列 LLIYAATSLAD (SEQ ID NO :160);和(iii) HVR-L3,其包含序列 QQLYSPPWT (SEQ ID NO :163); 和 / 或(b)重链,其包含(i) HVR-Hl,其包含序列 GYAFTSYNMY (SEQ ID NO 166) ; (ii) HVR-H2,其包含序列 WIGYIDPYIGGTSYNQKi7KG (SEQ ID NO 169);和(iii) HVR-H3,其包含序列ARWGDYDVGAMDY(SEQ ID NO :172)。本发明的抗体的一些实施方案包含如下面SEQ ID NO 173 中所示的人源化 4D5 抗体(huMAb4D5_8) ( HERCEPTIN , Genentech, Inc.,South SanFrancisco, CA, USA)(也在美国专利号 6,407, 213 和 Lee 等·,J. Mol. Biol.(分子生物学杂志)(2004),340 (5) :1073-1093中提及)的轻链可变结构域。I Asp lie Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val GlyAsp Arg Val Thr lie Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val .1.、" Thr Ala
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Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu lieTyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser GlySer Ar^' Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr lie Ser Ser Leu Gln Pro GluAsp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Hk Tyr Thr Thr Pro Pro ThrPhe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu lie Lys 107(SEQ ID NO :173)(HVR残基被下划线)在一个实施方案中,huMAb4D5-8轻链可变结构域序列在位置30,66,和91(分别如上面以粗体/斜体所示的ASn,Arg,和His)中的一个或多个处被修饰。在具体的实施方案中,修饰的huMAb4D5-8序列包含位置30中的kr,位置66中的Gly,和/或位置91中的 Ser0因此,在一个实施方案中,本发明的抗体包含轻链可变结构域,所述轻链可变结构域包含下面SEQ ID NO 174中所示的序列I Asp lie Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val GlyAsp Arg Val Thr lie Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Scr Thr AlaVal Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu lieTyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly SerGty Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr lie Ser Ser Leu Gln Pro GluAsp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln SCi' Tyr Thr Thr Pro Pro ThrPhe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu lie Lys 107(SEQ ID NO :174)(HVR残基被下划线)关于huMAb4D5_8的置换残基以粗体/斜体指示。本发明的抗体可以包含任何合适的构架可变结构域序列,条件是基本上保留与 FGFR3的结合活性。例如,在一些实施方案中,本发明的抗体包含人亚组III重链构架共有序列。在这些抗体的一个实施方案中,构架共有序列包含位置71,73,和/或78处的置换。 在这些抗体的一些实施方案中,位置71是A,73是T和/或78是A。在一个实施方案中, 这些抗体包含 huMAb4D5-8(HERCEPTIN ,Genentech,Inc. , South San Francisco, CA, USA)(也在美国专利号6,407,213和5,821,337,和Lee等.,J. Mol. Biol.(分子生物学杂志)(2004),340 (5) :1073-1093中提及)的重链可变结构域构架序列。在一个实施方案中, 这些抗体还包含人κ I轻链构架共有序列。在具体的实施方案中,这些抗体包含如美国专利号6,407,213和5,821,337中所述的huMAb4D5_8的轻链HVR序列。在一个实施方案中, 这些抗体包含 huMAb4D5-8 ( HERCEPTIN , Genentech, Inc.,South San Francisco, CA, USA)(也在美国专利号6,407,213和5,821,337,和Lee等.,J. Mol. Biol.(分子生物学杂志)(2004),340 (5) :1073-1093中提及)的轻链可变结构域序列。在一个实施方案中,本发明的抗体包含重链可变结构域,其中构架序列包含SEQ ID NOS 19 和 203-205,20 和 206-208,21 和 209-211,22 和 212-214,23 和 215-217,24 和 218-220,25 和 221-223,26 和 224-226,27 和 227-229,28 和 230-232,29 和 233-235,30 和 236-238,31 和 239-241,32 和 242-244,33 和 245-247,34 和 248-250,35 和 251-253,36 和 254-256,和 / 或 37 禾口 257-259 的序列,并且 HVR HI, H2,禾口 H3 序列分别是 SEQ IDNOS :13, 14和/或15。在另一个实施方案中,所述构架序列包含SEQ IDNOS 19和203-205,20和 206-208,21 和 209-211,22 和 212-214,23 和 215-217,24 和 218-220,25 和 221-223,26 和224-226,27 和 227-229,28 和 230-232,29 和 233-235,30 和 236-238,31和 239-241,32 和 242-244,33 和 245-247,34 和 248-250,35 和 251-253,36 和 254-256,和 / 或 37 禾口 257-259 的序列,并且HVR H1,H2,和H3序列分别是SEQ ID NOS :48,49和/或50。还在另一个实施方案中,所述构架序列包含SEQ ID NOS 19和203-205,20和206-208,21和209-211,22和 212-214,23 和 215-217,24 和 218-220,25 和 221-223,26 和 224-226,27 和 227-229,28 和 230-232,29 和 233-235,30 和 236-238,31和 239-241,32 和 242-244,33 和 245-247,34 和 248-250,35 和 251-253,36 和 254-256,和 / 或 37 禾口 257-259 的序列,并且 HVR HI, H2,禾口 H3序列分别是SEQ ID NOS :84,85,和/或86。在进一步的实施方案中,所述构架序列包含 SEQ ID NOS 19 和 203-205,20 和 206-208,21 和 209-211,22 和 212-214,23 和 215-217,24 和 218-220,25 和 221-223,26 和 224-226,27 和 227-229,28 和 230-232,29 和 233-235,30 和 236-238,31和 239-241,32 和 242-244,33 和 245-247,34 和 248-250,35 和 251-253,36 和254-256,和/或37禾口 257-259的序列,并且HVR HI, H2,禾口 H3序列分别是SEQ IDNOS 108,109,和 / 或 110。在具体的实施方案中,本发明的抗体包含轻链可变结构域,其中构架序列包含SEQ ID NOS 38和洸0-洸2,39和洸3_洸5,40和洸6_洸8,和/或41和洸9_271的序列,并且HVR L1,L2,和L3序列分别是SEQ IDNOS 16,17,和/或18。在另一个实施方案中,本发明的抗体包含轻链可变结构域,其中构架序列包含SEQ ID NOS 38和260-262,39和沈3力65,40 和洸6-洸8,和/或41和洸9-271的序列,并且HVR Li,L2,和L3序列分别是SEQ ID NOS 51,52和/或53。在另外的实施方案中,本发明的抗体包含轻链可变结构域,其中构架序列包含 SEQ ID NOS 38 和 260-262,39 和 263-265,40 和 266-268,和 / 或 41 禾口 269-271 的序列,并且HVR L1,L2,和L3序列分别是SEQ ID NOS :87,88和/或89。还在另一个实施方案中,本发明的抗体包含轻链可变结构域,其中构架序列包含SEQ ID NOS 38和沈0力62,39 和263-265,40 ^P 266-268,和/或41和269-271的序列,并且HVR Li, L2,和L3序列分别是 SEQ ID NOS :111,112,和 / 或 113。在另一个方面,本发明的抗体包含重链可变结构域和/或轻链可变结构域,所述重链可变结构域包含SEQ ID NO 132的序列,所述轻链可变结构域包含SEQ ID NO :133的序列。在另一个方面,本发明的抗体包含重链可变结构域和/或轻链可变结构域,所述重链可变结构域包含SEQ IDNO 134的序列,所述轻链可变结构域包含SEQ ID NO :135的序列。 在另一个方面,本发明的抗体包含重链可变结构域和/或轻链可变结构域,所述重链可变结构域包含SEQ ID NO :136的序列,所述轻链可变结构域包含SEQ ID NO :137的序列。在另一个方面,本发明的抗体包含重链可变结构域和/或轻链可变结构域,所述重链可变结构域包含SEQ ID NO 138的序列,所述轻链可变结构域包含SEQ ID NO :139的序列。在一个方面,本发明提供结合多肽的抗-FGFR3抗体,所述多肽包含下列的氨基酸序列,基本上由下列的氨基酸序列组成或由下列的氨基酸序列组成LAVPAANTVRFRCPA (SEQ ID NO 179)和 / 或 SDVEFHCKVYSDAQP (SEQ ID NO :180)。在一些实施方案中,所述抗体结合多肽,所述多肽包含成熟的人FGFR3氨基酸序列的氨基酸数164-178和/或沈9-观3,基本上由成熟的人FGFR3氨基酸序列的氨基酸数 164-178和/或269-283组成或由成熟的人FGFR3氨基酸序列的氨基酸数164-178和/或 269-283 组成。
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在一个实施方案中,本发明的抗-FGFR3抗体特异性地结合与序列 LAVPAANTVRFRCPA (SEQ ID NO 179)和 / 或 SDVEHICKVYSDAQP (SEQ ID NO :180)具有至少 50%,60%, 70%,80%,90%, 95%,98%序列同一性或相似性的氨基酸序列。在一个方面,本发明的抗呼6 1 3抗体与?6 1 311让多肽的残基154,155,158,159, 161,162,163,164,165,166,167,168,169,170,171,172,173,174,175,177,202,205,207, 210,212,214,216,217,241,246,247,248,278,279,280,281,282,283,314,315,316,317 和 /或318,或FGFR3IIIC多肽的等效残基中的至少一个、两个、三个、四个或至多达全部的任意数目个残基结合。本领域普通技术人员理解如何比对FGFR3序列从而鉴定各个FGFR3序列之间的对应残基。两个或多个残基的组合可以包括FGFR3inb多肽的残基154,155,158, 159,161,162,163,164,165,166,167,168,169,170,171,172,173,174,175,177,202,205, 207,210,212,214,216,217,241,246,247,248,278,279,280,281,282,283,314,315,316, 317和/或318,或FGFR3IIIC多肽的等效残基中的任一个。在一些实施方案中,抗-FGFR3 抗体与 FGFR3IIIb 多肽的残基 158,159,169,170,171,173,175,205,207,和 / 或 315,或 FGFR3IIIC多肽的等效残基中的至少一个、两个、三个、四个或至多达全部的任意数目个残基结合。在一些实施方案中,抗-FGFR3抗体与FGFR3inb多肽的残基158,170,171,173, 175,和/或315,或FGFR3IIIC多肽的等效残基中的至少一个、两个、三个、四个或至多达全部的任意数目个残基结合。在一个方面,本发明提供了抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体与上面提及的抗体中的任一个竞争与FGFR3的结合。在一个方面,本发明提供了抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3 抗体结合与上面提及的抗体中的任一个所结合的相同或相似的FGFR3上的表位。如本领域中已知的那样,以及如下文更详细描述的那样,对抗体的高变区划界的抗体的氨基酸位置/边界可以根据具体情况和本领域中已知的各种定义(如下所述)而变化。可变结构域内的一些位置可以视为杂合的超变位置,因为根据一组标准这些位置可以视为处于高变区内,而根据不同组的标准这些位置可以被视为在高变区之外。这些位置中的一个或多个也可见于扩展的高变区中(如下面进一步定义)。在一些实施方案中,所述抗体是单克隆抗体。在其他实施方案中,所述抗体是多克隆抗体。在一些实施方案中,所述抗体选自由嵌合抗体、亲和力成熟抗体、人源化抗体和人抗体组成的组。在某些实施方案中,所述抗体是抗体片段。在一些实施方案中,所述抗体是 Fab, Fab ‘ , Fab' -SH, F (ab ‘ )2,或 scFv。在一些实施方案中,FGFR3抗体是包含Fc区的单臂抗体(即,重链可变结构域和轻链可变结构域形成单个抗原结合臂),其中Fc区包含第一和第二 Fc多肽,其中第一和第二 Fc多肽以复合体存在并形成Fc区,所述Fc区与包含所述抗原结合臂的Fab分子相比增加所述抗体片段的稳定性。参见,例如,W02006/015371。在一个实施方案中,所述抗体是嵌合抗体,例如,包含移植至异源的非人、人或人源化序列(例如,构架和/或恒定结构域序列)的来自非人供体的抗原结合序列的抗体。在一个实施方案中,所述非人供体是小鼠。在进一步的实施方案中,抗原结合序列是合成的, 例如,通过诱变获得(例如,噬菌体展示筛选等)。在具体的实施方案中,本发明的嵌合抗体具有鼠的V区和人的C区。在一个实施方案中,鼠轻链V区与人K轻链融合。在另一个实施方案中,鼠重链V区与人IgGlC区融合。
本发明的人源化抗体包括在构架区(FR)中具有氨基酸置换的那些和在移植的 CDR中有改变的亲和力成熟变体。CDR或FR中被置换的氨基酸不限于存在于供体或受体抗体中的那些。在其他的实施方案中,本发明的抗体还包含Fc区中的氨基酸残基改变,所述改变导致提高的效应子功能,包括增强的CDC和/或ADCC功能和B-细胞杀伤作用。本发明的其他抗体包括具有改善稳定性的特异性改变的那些。在其他实施方案中,本发明的抗体包含Fc区中的氨基酸残基改变,所述改变导致降低的效应子功能,例如降低的CDC和/或 ADCC功能和/或减小的B-细胞杀伤作用。在一些实施方案中,本发明的抗体的特征在于与自然杀伤(NK)细胞上的人补体因子Clq和/或人Fc受体的结合减少(诸如缺乏结合)。 在一些实施方案中,本发明的抗体的特征在于与人Fc γ RI,Fc γ RIIA,和/或Fc γ RIIIA的结合减少(诸如缺乏结合)。在一些实施方案中,本发明的抗体是IgG类(例如,IgGl或 IgG4)并且包含 E233, L234, G236, D265, D270, N297, E318, K320, K322, A327, A330, P331, 和/或(根据EU指数编号)中的至少一个突变。在一些实施方案中,所述抗体包含突变 L234A/L235A 或 D265A/N297A。在抗体包含Fc区的情况下,与其结合的糖类可以改变。例如,具有成熟的糖结构(所述糖结构缺少与抗体的Fc区连接的岩藻糖)的抗体记述在美国专利申请号US 2003/0157108 (Presta,L.)中。还参见 US2004/0093621 (Kyowa Hakko Kogyo Co. , Ltd)。 在与抗体的Fc区连接的糖中具有平分型N-乙酰氨基葡糖胺(GlcNAc)的抗体参见WO 2003/011878,Jean-Mairet等和美国专利号6,602,684,Umana等。在与抗体的Fc区连接的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体在WO 1997/30087,Patel等中报道。还参见,WO 1998/58964 (Raju, S.)和WO 1999/22764 (Raju, S.),它们涉及与抗体的Fc区连接的糖发生改变的抗体。还参见US 2005/0123546 (Umana等),其关于具有改变的糖基化作用的抗原结合分子。在一个方面,本发明提供了 FGFR3结合多肽,所述多肽包含本文提供的任一个抗原结合序列,其中所述FGFR3结合多肽特异性地结合FGFR3,例如,人和/或犬和/或小鼠 FGFR3。本发明的抗体结合(诸如特异性结合)FGFR3 (例如,FGFR3_IIIb和/或 FGFR3-IIIC),并且在一些实施方案中,可以调节(例如,抑制)FGFR3信号传导(诸如FGFR3 磷酸化)中的一个或多个方面和/或破坏任何生物学相关的FGFR3和/或FGFR3配体生物学途径,和/或治疗和/或预防肿瘤、细胞增生性病症或癌症;和/或治疗或预防与FGFR3 表达和/或活性(诸如增加的FGFR3表达和/或活性)相关的病症。在一些实施方案中, FGFR3抗体特异性结合由FGFR3 (例如,人或小鼠FGFR3)组成或基本上由FGFR3 (例如,人或小鼠FGFR3)组成的多肽。在一些实施方案中,所述抗体以Ixl0-7M或更强的Kd特异性结合 FGFR3。在一些实施方案中,本发明的抗-FGFR3抗体不是美国专利公开号2005/0147612 中所述的抗-FGFR3 抗体(例如,抗体 MSPR02,MSPROl2,MSPR059, MSPROl 1,MSPR021, MSPR024, MSPR026, MSPR028, MSPR029, MSPR043, MSPR055), Rauchenberger 等,J Biol Chem(生物化学杂志)27800) =38194-38205(2003)中所述的抗体;PCT公开号 W02006/048877 中所述的抗体(例如,抗体 PR0-001),Martinez-Torrecuadrada 等,Mol Cancer Ther (分子癌症治疗)0008)7(4) :862-873中所述的抗体(例如,scFv α FGFR3 3C), Direnzo, R 等 Q007) Proceedings of AACR Annual Meeting (AACR 年会进展),摘要
17No. 2080中所述的抗体(例如,Dll),或WO 2010/002862中所述的抗体(例如,抗体15D8, 27H2,4E7,2G4,20B4)。在一个方面,本发明提供包含载体和本发明的一种或多种抗体的组合物。在一个实施方案中,所述载体是药用的。在另一个方面,本发明提供编码本发明的FGFR3抗体的核酸。还在另一个方面,本发明提供包含本发明的核酸的载体。在进一步的方面,本发明提供包含载体和本发明的一种或多种核酸的组合物。在一个实施方案中,所述载体是药用的。在一个方面,本发明提供包含本发明的核酸或载体的宿主细胞。载体可以是任何类型,例如,重组载体诸如表达载体。可以使用多种宿主细胞中的任一种。在一个实施方案中,宿主细胞是原核细胞,例如,大肠杆菌(E. coli)。在另一个实施方案中,宿主细胞是真核细胞,例如,哺乳动物细胞,诸如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。在进一步的方面,本发明提供制备本发明的抗体的方法。例如,本发明提供制备抗-FGFR3抗体的方法(所述抗-FGFR3抗体如本文所定义其包括全长抗体及其片段),所述方法包括在合适的宿主细胞表达编码所述抗体的本发明的重组载体,并回收所述抗体。在一些实施方案中,所述方法包括培养包含编码所述抗体的核酸的宿主细胞,使得所述核酸得以表达。在一些实施方案中,所述方法进一步包括从所述宿主细胞培养物中回收所述抗体。在一些实施方案中,所述抗体从所述宿主细胞培养基中回收。在一些实施方案中,所述方法进一步包括将回收的抗体与药用载体、赋形剂或载体组合从而制备包含所述人源化抗体的药物制剂。在一个方面,本发明提供一种包含容器的制品;和包含在容器内的组合物,其中所述组合物包含本发明的一种或多种FGFR3抗体。在一个实施方案中,所述组合物包含本发明的核酸。在另一个实施方案中,包含抗体的组合物还包含载体,在一些实施方案中所述载体是药用的。在一个实施方案中,本发明的制品还包含用于将所述组合物(例如,所述抗体)施用于个体的说明书(诸如用于本文所述的任一种方法的说明书)。在另一个方面,本发明提供一种包含第一容器和第二容器的试剂盒,所述第一容器包含组合物,所述组合物包含本发明的一种或多种抗-FGFR3抗体;所述第二容器包含缓冲剂。在一个实施方案中,所述缓冲剂是药用的。在一个实施方案中,包含抗体的组合物还包含载体,在一些实施方案中所述载体是药用的。在另一个实施方案中,试剂盒还包含用于将所述组合物(例如,所述抗体)施用于个体的说明书。在进一步的方面,本发明提供了本发明的抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体用作药物。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体用于治疗或预防病症,诸如与FGFR3激活和/或表达(在一些实施方案中,过表达)相关的病理学状况。在一些实施方案中,所述病症是癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症。在一些实施方案中,所述癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症是多发性骨髓瘤或膀胱癌症(例如,移行性细胞癌),乳腺癌或肝癌。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体用于治疗或预防病症诸如骨骼病症。在一些实施方案中,所述病症是软骨发育不全(achondroplasia)、软骨发育不良(hypochondroplasia)、侏儒症(dwarfism)、至文死性发育不全(thantophoricdysplasia) (TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症 (craniosynostosissyndrome)。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体用于减少细胞增殖。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体用于杀伤细胞。在一些实施方案中,所述细胞是多发性骨髓瘤细胞。在一些实施方案中,所述细胞被ADCC杀伤。在一些实施方案中,所述抗体是裸抗体。在一些实施方案中,所述细胞过表达 FGFR3。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体,所述抗-FGFR3抗体用于清除细胞,诸如多发性骨髓瘤细胞。在一些实施方案中,所述细胞被ADCC杀伤。在一些实施方案中,所述抗体是裸抗体。在一些实施方案中,所述细胞过表达FGFR3。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体在制备用于治疗性和/或预防性治疗病症的药物中的用途,所述病症诸如与FGFR3激活和/或表达(在一些实施方案中,过表达)相关的病理学状况。在一些实施方案中,所述病症是癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症。在一些实施方案中,所述癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症是多发性骨髓瘤或膀胱癌(例如,移行性细胞癌),乳腺癌或肝癌。在一些实施方案中,所述病症是骨骼病症,例如,软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。在一个方面,本发明提供本发明的核酸在制备用于治疗性和/或预防性治疗病症的药物中的用途,所述病症诸如与FGFR3激活和/或表达(在一些实施方案中,过表达)相关的病理学状况。在一些实施方案中,所述病症是癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症。在一些实施方案中,所述癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症是多发性骨髓瘤或膀胱癌(例如, 移行性细胞癌),乳腺癌或肝癌。在一些实施方案中,所述病症是骨骼病症,例如,软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。在另一个方面,本发明提供本发明的表达载体在制备用于治疗性和/或预防性治疗病症的药物中的用途,所述病症诸如与FGFR3激活和/或表达(在一些实施方案中,过表达)相关的病理学状况。在一些实施方案中,所述病症是癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症。 在一些实施方案中,所述癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症是多发性骨髓瘤或膀胱癌(例如,移行性细胞癌),乳腺癌或肝癌。在一些实施方案中,所述病症是骨骼病症,例如,软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。还在另一个方面,本发明提供本发明的宿主细胞在制备用于治疗性和/或预防性治疗病症的药物中的用途,所述病症诸如与FGFR3激活和/或表达(在一些实施方案中,过表达)相关的病理学状况。在一些实施方案中,所述病症是癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症。在一些实施方案中,所述癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症是多发性骨髓瘤或膀胱癌 (例如,移行性细胞癌),乳腺癌或肝癌。在一些实施方案中,所述病症是骨骼病症,例如,软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。在进一步的方面,本发明提供本发明的制品在制备用于治疗性和/或预防性治疗病症的药物中的用途,所述病症诸如与FGFR3激活和/或表达(在一些实施方案中,过表达)相关的病理学状况。在一些实施方案中,所述病症是癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症。 在一些实施方案中,所述癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症是多发性骨髓瘤或膀胱癌(例如,移行性细胞癌),乳腺癌或肝癌。在一些实施方案中,所述病症是骨骼病症,例如,软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。在进一步的方面,本发明提供本发明的试剂盒制备用于治疗性和/或预防性治疗病症的药物中的用途,所述病症诸如与FGFR3激活和/或表达(在一些实施方案中,过表达)相关的病理学状况。在一些实施方案中,所述病症是癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症。 在一些实施方案中,所述癌症、肿瘤和/或细胞增生性病症是多发性骨髓瘤或膀胱癌(例如,移行性细胞癌),乳腺癌或肝癌。在一些实施方案中,所述病症是骨骼病症,例如,软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体在制备用于抑制细胞增殖的药物中的用途。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体在制备用于细胞杀伤的药物中的用途。在一些实施方案中,所述细胞是多发性骨髓瘤细胞。在一些实施方案中,所述细胞被ADCC杀伤。在一些实施方案中,所述抗体是裸抗体。在一些实施方案中,所述细胞过表达FGFR3。在进一步的方面,本发明提供本发明的抗-FGFR3抗体在制备用于清除细胞(诸如多发性骨髓瘤细胞)的药物中的用途。在一些实施方案中,所述细胞被ADCC杀伤。在一些实施方案中,所述抗体是裸抗体。在一些实施方案中,所述细胞过表达FGFR3。本发明提供可用于调节与FGFR3的表达和/或信号传导,诸如增加表达和/或信号传导或不合乎需要的表达和/或信号传导相关的病症的方法和组合物。本发明的方法可以用来影响任何合适的病理学状态。示例性的病症如本文所述,并且包括选自由下列各项组成的组的癌症非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer),卵巢癌,甲状腺癌,睾丸癌(testicularcancer),子宫内膜癌(endometrial cancer),头颈癌,脑癌(例如,神经母细胞瘤(neuroblastoma)或脑膜瘤(meningioma)), 皮肤癌(例如,黑色素瘤,基底细胞癌(basal cell carcinoma)或鳞状细胞癌),膀胱癌 (例如,移行性细胞癌),乳腺癌,胃癌,结直肠癌(CRC),肝细胞癌,子宫颈癌,肺癌,胰腺癌, 前列腺癌和恶性血液病(例如,T-细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL),B-细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL),急性髓细胞白血病(AML),B-细胞恶性肿瘤,霍奇金淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)和多发性骨髓瘤)。在一些实施方案中,所述病症是侵袭性移行性细胞癌。在一些实施方案中,所述病症是多发性骨髓瘤。其他的示例性病症包括骨骼病症,诸如软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。在某些实施方案中,所述癌症表达FGFR3,扩增的FGFR3,易位的FGFR3,和/或突变的FGFR3。在某些实施方案中,所述癌症表达激活的FGFR3。在某些实施方案中,所述癌症表达易位的FGFR3(例如,t(4 ; 14)易位)。在某些实施方案中,所述癌症表达组成型FGFR3。 在一些实施方案中,组成型TOFR3包括酪氨酸激酶结构域和/或近膜结构域和/或配体结合结构域中的突变。在某些实施方案中,所述癌症表达配体不依赖性FGFR3。在一些实施方案中,所述癌症表达配体依赖性FGFR3。在一些实施方案中,所述癌症表达包含对应于FGFR3-inbS248G&突变的FGFR3。在一些实施方案中,所述癌症表达FGFR3-IIIb S248C ^P /或FGFR3-IIIcS248G。在一些实施方案中,所述癌症表达包含对应于FGFR3_IIIbK652E的突变的FGFR3。在一些实施方案中,所述癌症表达FGFR3-IIIb Κ6521Π/或FGFR3-IIIc K65°E。FGFR3包含对应于FGFR3_IIIbS249G的突变。在一些实施方案中,所述癌症表达 FGFR3-IIIbs249c 和 / 或 FGFR3_IIIc S249C。在一个方面,所述癌症表达包含对应于FGFR3-inbG372G的突变的FGFR3。在一些实施方案中,所述癌症表达 FGFR3-IIIbG372lP / 或 FGFR3-IIIc G37°G。在一个方面,所述癌症表达包含对应于FGFR3_inbY375G的突变的FGFR3。在一些实施方案中,所述癌症表达FGFR3-inbY375G和/或FGFR3-IIIcY373G。在一些实施方案中,所述癌症表达(a)FGFR3-II IbK652E 和(b) FGFR3-II IbE248C, FGFR3-IIIbY375C, FGFR3-IIIbs249c,和 FGFR3IIIb G372C 中的一种或多种。在一些实施方案中,所述癌症表达(a)FGFR3-II IbE248C 和(b) FGFR3-II IbK652E, FGFR3-IIIbY375C, FGFR3-IIIbs249c,和 FGFR3_IIIbG372C 中的一种或多种。在一些实施方案中,所述癌症表达(a)FGFR3-II Ibc372c 和(b) FGFR3-II IbK652E, FGFR3-IIIbY375C, FGFR3-IIIbs249c,和 reFR3_IIIbK248C 中的一种或多种。在一些实施方案中,所述癌症表达FGFR3_IIIbK248G,FGFR3_IIIbK652E, FGFR3-IIIbY375C,FGFR3-IIIb S249C,和 FGFR3_IIIb G372C。在某些实施方案中,所述癌症表达相对于对照样品(例如,正常组织的样品)或水平增加水平的磷酸-FGFR3,磷酸-FRS2和/或磷酸-MAPK。在一些实施方案中,所述癌症表达(例如,在细胞表面上)约10,000个FGFR3分子 / 细胞或更多(诸如 11,000,12,000,13,000,14,000,15,000,16,000,17,000,18,000 或更多个FGFR3受体)。在一些实施方案中,所述癌症表达约13000个FGFR3分子。在其他实施方案中,所述癌症表达约5000,6000,7000,8000,或更多个FGFR3分子。在一些实施方案中,所述癌症表达小于约4000,3000,2000,1000,或更少个FGFR3分子。在一些实施方案中,所述癌症表达小于约1000个FGFR3分子。在一个实施方案中,在本发明的方法中被靶向的细胞是癌细胞。例如,癌细胞可以是选自由下列各项组成的组的一种乳腺癌细胞,结直肠癌细胞,肺癌细胞(例如,非小细胞肺癌细胞),甲状腺癌细胞,多发性骨髓瘤细胞,睾丸癌细胞,乳头状癌(papillary carcinoma)细胞,结肠癌细胞,胰腺癌细胞,卵巢癌细胞,宫颈癌细胞,中枢神经细胞癌细胞,骨源性肉瘤(osteogenic sarcoma)细胞,肾癌细胞,肝细胞癌细胞,膀胱癌细胞(例如, 移行性细胞癌细胞),胃癌细胞,头颈鳞状癌细胞,黑色素瘤细胞,白血病细胞,多发性骨髓瘤细胞(例如,包含W4 14)FGFR3易位的多发性骨髓瘤细胞)和结肠腺瘤细胞。在一个实施方案中,在本发明的方法中被靶向的细胞是过度增生和/或增生的细胞。在另一个实施方案中,在本发明的方法中被靶向的细胞是异常增生细胞(dysplastic cell)。还在另一个实施方案中,在本发明的方法中被靶向的细胞是转移细胞。在一个方面,本发明提供抑制受试者中的细胞增殖的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗-FGFR3抗体以减少细胞增殖。在一个方面,本发明提供杀伤受试者中的细胞的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗-FGFR3抗体以杀伤细胞。在一些实施方案中,所述细胞是多发性骨髓瘤细胞。在一些实施方案中,所述细胞被ADCC杀伤。在一些实施方案中,所述抗体是裸抗体。 在一些实施方案中,所述细胞过表达FGFR3。在一个方面,本发明提供清除受试者中的细胞(诸如多发性骨髓瘤细胞)的方法, 所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗-FGFR3抗体以杀伤细胞。在一些实施方案中, 所述细胞被ADCC杀伤。在一些实施方案中,所述抗体是裸抗体。在一些实施方案中,所述细胞过表达FGFR3。在一个方面,本发明提供治疗或预防骨骼病症的方法。在一些实施方案中,所述病症是软骨发育不全、软骨发育不良、侏儒症、致死性发育不全(TD ;临床形式TDl和TDII)或颅缝早闭综合症。本发明的方法可以进一步包括附加的治疗步骤。例如,在一个实施方案中,一种方法进一步包括一个步骤,在所述步骤中被靶向的细胞和/或组织(例如,癌细胞)暴露于放射治疗或化疗剂。在一个方面,本发明提供了下述方法,所述方法包括施用有效量的抗-FGFR3抗体结合有效量的另一种治疗剂(诸如抗-血管生成剂,另一种抗体,化疗剂,细胞毒性剂,免疫抑制剂,前药,细胞因子,细胞毒性放射治疗,皮质类固醇,止吐剂,癌症疫苗,止痛剂,或生长抑制剂)。例如,抗-FGFR3抗体与抗癌剂或抗血管生成剂联合使用以治疗多种肿瘤或非肿瘤病症。在具体的实例中,抗-FGFR3抗体与下列联合使用万珂(velcade),来那度胺(revlimid),他莫昔芬(tamoxifen),来曲唑(Ietrozole),依西美坦(exemestane), 阿那曲唑(anastrozole),伊立替康(irinotecan),西妥昔单抗(cetuximab),氟维司群(fulvestrant),长春瑞滨(vinorelbine),贝伐珠单抗(bevacizumab),长春新碱 (vincristine),顺钼(Cisplain)AllKt!^ (gemcitabine),甲氨蝶呤(methotrexate),长春喊(vinblastine),卡怕(carboplatin),紫杉醇(paclitaxel),多西他赛(docetaxel), 培美曲塞(pemetrexed), 5-氣尿口密 Pg (5-f luorouracil),多柔比星(doxorubicin), 硼替佐米(bortezomib),来那度胺(Ienalidomide),地塞米松(dexamethasone),马法兰(melphalin),泼尼松(prednisone),长春新碱(vincristine)和/或沙利度胺 (thalidomide)。取决于待治疗的具体癌症适应证,本发明的联合疗法可以与附加的治疗剂诸如化疗剂,或附加的疗法诸如放疗或手术结合。许多已知的化疗剂可以用于本发明的联合疗法中。优选使用为用于治疗所述具体适应证的标准的那些化疗剂。要联合使用的每种治疗剂的剂量或频次优选与当不使用其他一种或多种药剂时相应治疗剂的剂量或频次相同,或小于相应治疗剂的剂量或频次。在另一个方面,本发明提供本文所述的任一种抗-FGFR3抗体,其中所述抗-FGFR3 抗体包含可检测的标记物。在另一个方面,本发明提供本文所述的任一种抗-FGFR3抗体和FGFR3的复合体。在一些实施方案中,所述复合体在体内或体外。在一些实施方案中,所述复合体包含癌细胞。在一些实施方案中,抗-FGFR3抗体被可检测地标记。附图简要说明图1A,IB和IC 抗-FGFR3抗体的重链和轻链HVR环序列。所述附图显示重链HVR 序列,HI, H2和H3,以及轻链HVR序列,Li,L2,禾口 L3。序列编号如下克隆184. 6 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 1 ;HVR-H2 是 SEQ ID NO 2 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 3 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 4 ;HVR-L2 是 SEQ IDNO 5 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 6);克隆184. 6. 1 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 7 ;HVR-H2 是 SEQ ID NO 8 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 9 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 10 ;HVR-L2 是 SEQ IDNO 11 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 12)克隆184. 6. 58 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 13 ;HVR-H2 是 SEQ ID NO 14 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 15 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 16 ;HVR-L2 是 SEQ IDNO 17 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 18)克隆184. 6. 62 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 48 ;HVR-H2 是 SEQ ID NO 49 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 50 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 51 ;HVR-L2 是 SEQ IDNO 52 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 53)克隆184. 6. 21 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 54 ;HVR-H2 是 SEQ ID NO 55 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 56 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 57 ;HVR-L2 是 SEQ IDNO 58 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 59)克隆184. 6. 49 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 60 ;HVR-H2 是 SEQ ID NO 61 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 62 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 63 ;HVR-L2 是 SEQ IDNO 64 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 65)克隆184. 6. 51 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 66 ;HVR-H2 是 SEQ ID NO 67 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 68 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 69 ;HVR-L2 是 SEQ IDNO 70 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 71)克隆184. 6. 52 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 72 ;HVR-H2 是 SEQ IDNO 73 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 74 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 75 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO 76 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 77)克隆184. 6. 92 (HVR-H1 是 SEQ ID NO 78 ;HVR-H2 是 SEQ IDNO 79 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 80 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 81 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO 82 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 83)克隆184. 6. 1. N54S (HVR-H1 是 SEQ ID NO 84 ;HVR-H2 是 SEQ IDNO 85 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 86 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 87 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO 88 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 89)克隆184. 6. 1. N54G (HVR-H1 是 SEQ ID NO 90 ;HVR-H2 是 SEQ IDNO 91 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 92 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 93 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO 94 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 95)克隆184. 6. 1. N54A (HVR-H1 是 SEQ ID NO 96 ;HVR-H2 是 SEQ IDNO 97 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 98 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO 99 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO :100 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 101)克隆184. 6. 1. N54Q (HVR-H1 是 SEQ ID NO :102 ;HVR-H2 是 SEQID NO :103 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 104 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO :105 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO :106 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 107)克隆184. 6. 58. N54S (HVR-H1 是 SEQ ID NO 108 ;HVR-H2 是 SEQID NO 109 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 110 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO :111 ;HVR_L2 是 SEQ ID NO :112 ;HVR_L3 是 SEQ ID NO 113)克隆184. 6. 58. N54G(HVR-H1 是 SEQ ID NO :114 ;HVR_H2 是 SEQID NO 115 ;HVR-H3是 SEQ ID NO 116 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO :117 ;HVR_L2 是 SEQ ID NO :118 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 119)克隆184. 6. 58. N54A (HVR-H1 是 SEQ ID NO :120 ;HVR-H2 是 SEQID NO :121 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 122 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO :123 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO 124 ;HVR_L3 是 SEQ ID NO 125)克隆184. 6. 58. N54Q (HVR-H1 是 SEQ ID NO :126 ;HVR-H2 是 SEQID NO :127 ;HVR-H3 是 SEQ ID NO 128 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO :129 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO :130 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 131)。克隆184. 6. l.NS D30E (HVR-H1 是 SEQ ID NO 143 ;HVR_H2 是 SEQ ID NO :144; HVR-H3 是 SEQ ID NO :145 ;HVR-Ll 是 SEQ ID NO :140 ;HVR-L2 是 SEQ ID NO :141 ;HVR-L3 是 SEQ ID NO 142)。氨基酸位置根据下述Kabat编号系统进行编号。图 2A 和 2B 描绘了 (A)抗-FGFR3 抗体 184. 6. 1. N54S, 184. 6. 58,和 184. 6. 62 的重链可变区和轻链可变区的氨基酸序列;和⑶抗-FGFR3抗体1G6,6G1,和15B2的高变区。图3A,3B,和4 描绘了示例性的接纳体(acceptor)人共有构架序列,其用于使用如下的序列标识符实施本发明可变重链(VH)共有构架(图3A,3B)人VH 亚组 I 共有构架减去 Kabat CDRs (SEQ ID NOS 19 和 203-205)人VH亚组I共有构架减去延伸的高变区(SEQ ID NOS :20和206-208,21和 209-211,22 和 212-214)人VH 亚组 II 共有构架减去 Kabat CDRs (SEQ ID NOS 23 和 215-217)人VH亚组II共有构架减去延伸的高变区(SEQ ID NOS : 和218-220,25和 221-223,26 和 224-226)人VH亚组II共有构架减去延伸的人VH 亚组 III 共有构架减去 Kabat CDRs (SEQ ID NOS 27 和 227-229)人VH亚组III共有构架减去延伸的高变区(SEQ ID NOS 和230-232,四和 233-235,30 和 236-238)人VH 接纳体构架减去 Kabat CDRs (SEQ ID NOS 31 和 239-241)人VH接纳体构架减去延伸的高变区(SEQ ID NOS :32和M2-M4,33和2245-247)人VH 接纳体 2 构架减去 Kabat CDRs (SEQ ID NOS 34 和 248-250)人VH接纳体2构架减去延伸的高变区(SEQ ID NOS :;35和251-253,36和254-256, 37 和 257-259)可变轻链(VL)共有构架(图4)人VL κ亚组I共有构架(SEQ ID NO 38和洸0_262)人VL κ 亚组 II 共有构架(SEQ ID NO 39 和洸3_265)人VLk 亚组 III 共有构架(SEQ ID NO 40 和洸6_268)人VL κ 亚组 IV 共有构架(SEQ ID NO 41 和洸9_271)图 5 描绘了 huMAb4D5-8 轻链(SEQ ID NOS 42-45)和重链(SEQ IDNOS :46,47, 175,176)的构架区序列。上标/粗体中的数字表示按照Kabat的氨基酸位置。
图 6 描绘了 huMAb4D5-8 轻链(SEQ ID NOS :42,43,177,45)和重链(SEQ ID NOS 46,47,178,和176)的修饰/变体的构架区序列。上标/粗体中的数字表示按照Kabat的氨基酸位置。上标/粗体中的数字表示按照Kabat的氨基酸位置。图7 在膀胱癌细胞RTl 12中敲低FGFR3抑制增殖并在体外诱导Gl细胞周期停滞, 并在体内抑制肿瘤生长。将三种不同的FGFR3shRNA克隆进Tet-可诱导型表达载体中。使用嘌呤霉素选择建立稳定表达FGFR3shRNAs或对照shRNA的RTl 12细胞。㈧在选择的用强力霉素处理或未用强力霉素(DoX,0,0. 1和1μ g/ml,从左至右)处理的克隆中显示FGFR3 表达的代表性印迹.(B)RT112稳定细胞的[咕]-胸苷的掺入。将RT112稳定的克隆用或不用 1 μ g/ml强力霉素培养3天,然后与[3H]-胸苷(1 μ Ci/孔)温育16小时。掺入的[3H]-胸苷的计数针对来自没有使用强力霉素诱导的细胞的计数进行标准化。误差条代表SEM。(C) RTl 12稳定细胞的DNA荧光流式细胞仪直方图。表达对照shRNA或FGFR3 shRNA4的RTl 12 克隆用或不用1 μ g/ml强力霉素培养72小时,并用碘化丙啶(PI)染色细胞核。对FGFR3 shRNA2和6获得类似的结果(图16)。(D)表达对照shRNA (每个处理组η = 9)或FGFR3 shRNA4(每个处理组η= 11)的RT112细胞在小鼠中的生长。小鼠单独给予5%蔗糖或补充以lmg/ml强力霉素,并且一周测量肿瘤大小两次。误差条代表SEM。对FGFR3shRNA2和 6获得类似的结果(图16)。下部图片从对照shRNA或FGFR3shRNA4稳定细胞异种移植物组织中提取的肿瘤裂解产物中FGFR3蛋白的表达。图8 :R3Mab阻断FGF/FGFR3相互作用。(A) R3Mab对人FGFR3的选择性结合。人 FGFR1-4FC嵌合蛋白被固定并与渐增量的R3Mab温育。使用抗-人Fab抗体检测特异性结合。(B-C)R3Mab阻断FGFl与人FGFR3-IIIb(B)或IIIc(C)的结合。使用生物素化的 FGFl-特异性多克隆抗体检测特异性结合。(D-E) R3Mab阻断FGF9与人FGFR3_inb (D)或 IIIc(E)的结合。使用生物素化的FGF9-特异性多克隆抗体检测特异性结合。误差条代表平均值的标准误差(SEM)并且有时小于符号。图9 :R3Mab抑制由野生型和突变的FGFR3驱动的Ba/F3细胞增殖。(A) R3Mab对表达野生型人FGFR3-IIIb的Ba/F3细胞的活力的抑制作用。细胞在不含FGFl (无FGF1)的培养基中培养,或在单独的lOng/ml FGFl加10 μ g/ml肝素(FGFl)的存在下培养,或结合对照抗体(Control)或R3Mab培养。在与抗体温育72小时后用CellTiter-Glo (Promega) 评价细胞活力。(B)在Ba/F3-FGFR3-inbWT稳定的细胞中R3Mab对FGFR3和MAPK磷酸化的抑制。将细胞用15ng/ml FGFl和10 μ g/ml肝素⑴或单独肝素㈠处理10分钟,然后与对照Ab (Ctrl),递减量的PBS中的R3Mab (分别为1,0,2,0. 04 μ g/ml),或单独PBS (模拟 (Mock))预温育3小时。裂解产物用分别针对pFGFRY65V654和pMAPK—4的抗体进行免疫印迹以评价FGFR3和p44/42MAPK的磷酸化。(C)基于发表的数据的膀胱癌中FGFR3突变热点和频次的示意性图示(绘制的序列编号基于FGFR3inb同种型氨基酸序列)(32)。TM, 跨膜结构域;TKl和TK2,酪氨酸激酶结构域1和2。(D-H) R3Mab对表达癌相关FGFR3突变体的Ba/F3细胞的活力的抑制作用。G372C来自IIIc同种型,且其余的来自Inb同种型。 对于所有突变体的序列编号基于FGFR3inb同种型氨基酸序列(包括G372C突变体,其将基于FGFR3IIIC同种型氨基酸序列编号为G370C)。如(A)中所述在与抗体温育72小时后评价细胞活力。误差条表示SEM。图10 :R3Mab的表位作图以及R3Mab Fab片段和人FGFR3_IIIb的IgD2_D3之间的复合体的晶体结构。(A)通过跨越人FGFR3的IgD2-D3的13个肽与R3Mab的结合确定的表位。每个生物素化的肽被俘获在链霉抗生物素蛋白(streptavidin)包被的微量滴定孔上并与R3Mab温育。使用山羊抗人IgG抗体检测特异性结合的R3Mab。(B)人FGFR3肽 3 (LAVPAANTVRFRCPA (SEQ ID NO :179)和 11 (SDVEFHCKVYSDAQP(SEQ ID NO :180)与人FGFRl 的细胞外区段(肽 3 :HAVPAAKTVKn(CPS(SEQ ID NO :181);肽 11 :SNVEFMCKVYSDPQP (SEQ ID NO 182))的序列比对。参与初级FGF2-FGFR1相互作用、肝素结合、和受体-受体缔合的 FGFRl残基分别以粗体、斜体和下划线的字体显示。FGFRl残基的功能比对基于Plotnikov 等(34)。(C)与人reFR3IgD2-D3(显示在分子表面,白色)形成复合体的R3Mab Fab (显示为丝带-螺旋,轻链灰色,重链黑色)的结构。参与配体结合和二聚作用的受体残基基于Plotnikov等(34)分别以灰色/阴影交叉线和深灰色着色。(D)晶体结构的特写显示来自Fab的⑶R-H3和-H2构成与FGFR3的IgD2和IgD3的主要相互作用位点。(E) FGFR3-IIIc-FGFl 复合体(PDB 代码 1RY7)与 FGFR3-IIIb_Fab 复合体的重叠。FGFR3_IIIc 和FGFl分别以灰色和深灰色着色。FGFR3-IIIb以白色显示,且Fab以浅灰色显示轻链,深灰色显示重链。IgD2用作用于重叠的锚。注意当被R3Mab结合时来自两个结构的重叠良好的IgD2和FGFR3-IIIb的IgD3所采取的新构象。(F)FGFR3-IIIc-FGFl复合体(PDB代码 1RY7)与FGFR3-IIIb-Fab复合体重叠的另一图示。FGFR3_IIIc和FGFl显示为分子表面, 它们分别是灰色/网状构造和深灰色/斑点构造。FGFR3-inb显示为白色且Fab以灰色显示轻链,黑色显示重链。IgD2用作用于重叠的锚。注意当被R3Mab结合时来自两个结构的重叠良好的IgD2和FGFR3-IIIb的IgD3所采取的新构象。图11 :R3Mab抑制表达野生型或突变的FGFR3S249e的膀胱癌细胞中的增殖、克隆性生长和FGFR3信号传导。㈧在膀胱癌细胞系RT112中R3Mab抑制[3H]-胸苷掺入。误差条代表SEM。(B)在膀胱癌细胞系RT112中与单独处理培养基(Mock)或对照抗体(Ctrl)相比较,R3Mab (15 μ g/ml)阻断FGFl-激活的FGFR3信号传导。细胞裂解物用抗-FGFR3抗体免疫沉淀并用抗磷酸-酪氨酸抗体GG10)评价FGFR3磷酸化。将裂解物免疫印迹以检测 AKT(pAKTs473)和p44/42MAPK(pMAPK—4)的磷酸化。(C)在膀胱癌细胞系UMUC_14(携带 FGFR3S249C)中与单独处理培养基(Mock)或对照抗体(Ctrl)相比较,R3Mab (10 μ g/ml)抑制克隆性生长。(D) (C)中研究的定量,从12个孔的复孔报告每孔直径大于120 μ m的集落数。 误差条代表 SEM。P < 3. 4X10"9 相对于 Mock 或 Ctrl。(E)在 UMUC-14 细胞中 R3Mab (15 μ g/ ml)抑制FGFR3磷酸化。如(B)中那样分析FGFR3磷酸化。注意在此细胞系中FGFR3的组成型磷酸化。图12 :R3Mab通过将二聚体-单体平衡朝向单体状态驱动来减少二硫化物连接的 FGFR3S249C 二聚体的稳态水平。(A)在UMUC-14细胞中R3Mab对FGFR3S249e 二聚体的作用。将细胞与R3Mab (15 μ g/ml)或对照抗体(Ctrl)温育3小时,且通过在非还原和还原条件下的免疫印迹来分析全细胞裂解物。(B)在UMUC-14细胞中游离巯基阻断剂DTNB对FGFR3S249G二聚体-单体平衡的作用。将UMUC-14细胞用渐增浓度的DTNB处理3小时,如㈧中那样分析细胞裂解物。(C)在体外R3Mab对纯化的重组FGFR3S249e 二聚体的作用。由IgD2_D3构成的 FGFR3S249C 二聚体通过尺寸排阻柱纯化,并与PBS (Mock),对照抗体(Ctrl),或R3Mab在37°C 下温育。在指定的时间收集样品用于在非还原条件下进行免疫印迹分析。使用抗-FGFR3 杂交瘤抗体6G1 (A-C)检测FGFR3 二聚体-单体。
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图13 :R3Mab抑制膀胱癌细胞的异种移植物生长和Ba/F3_FGFR3S249G的同种异体移植物生长。(A)与赋形剂(vehicle)对照相比,R3Mab对预先形成的RT112膀胱癌异种移植物的生长的作用。每组η = 10。(B)R3Mab抑制RT112肿瘤组织中的FGFR3信号传导。在独立的实验中,收集用15mg/kg对照抗体(Ctrl)或R3Mab处理48小时或72小时的RTl 12 异种移植物肿瘤(每组η = 3),勻浆并通过免疫印迹分析FRS2 α和MAPK激活。(C) R3Mab 对预先形成的Ba/F3-FGFR3S249G同种异体移植物的生长的作用。每组n = 10。(D)R3Mab对预先形成的UMUC-14膀胱异种移植物的生长的作用,每组η = 10。(E)在UMUC-14肿瘤组织中R3Mab对FGFR3S249G 二聚体和信号传导的作用。收集用30mg/kg对照抗体(Ctrl)或 R3Mab处理M小时或72小时的UMUC-14异种移植物肿瘤(每组η = 3),勻浆并通过免疫印迹分析FGFR3S249G 二聚体-单体以及MAPK激活。使用抗-FGFR3兔多克隆抗体sc9007检测FGFR3 二聚体-单体以避免来自肿瘤裂解物中小鼠IgG的干扰。误差条代表SEM。图14 :在^4 ; 14)阳性多发性骨髓瘤模型中,ADCC有助于R3Mab的抗-肿瘤功效。 (A-B) R3Mab对预先形成的0PM2 (A)和KMSll (B)骨髓瘤异种移植物的生长的作用。每组η =10。(C-F)在细胞培养中R3Mab诱导的骨髓瘤细胞系0PM2 (C)和KMSll (D),或膀胱癌细胞系RT112(E)和UMUC-14(F)的细胞裂解。骨髓瘤或膀胱癌细胞与新鲜分离的人PBMC在 R3Mab或对照抗体的存在下温育。细胞毒性通过测量上清液中释放的LDH来测定。(G-H) R3Mab或其DANA突变体对预先形成的0PM2 (G)和KMSll (H)骨髓瘤异种移植物的生长的作用。每组η = 10。误差条代表SEM并且有时小于符号。图15 用SiRNA敲低FGFR3抑制膀胱癌细胞系的细胞增殖。在Genentech设计和合成6-7种不同的FGFR3 siRNAs和三种非特异性对照siRNA。将膀胱癌细胞系RTl 12 (A), SW780 (B),RT4 (C)和UMUC-14 (D)接种至96孔板(3000细胞/孔)中并使其贴壁过夜,并且用与RNAiMaxanvitrogen)形成复合体的25nM siRNA瞬时转染。转染后72hr,将[3H]-胸苷(1 μ Ci/孔)加入至培养物(Α,C,和D)中进行另外16小时温育。掺入的[3H]-胸苷用 TopCoimt定量。数据针对来自用单独RNAiMax转染的细胞(Mock)的数据进行标准化。误差条代表SEM。下部图片显示siRNA转染的细胞中FGFR3表达的代表性印迹。(B)转染后 96小时用CellTiter-Glo(Promega)测量细胞活力。误差条代表SEM。图16 在膀胱癌细胞系RTl 12中敲低FGFR3在体外诱导Gl细胞周期停滞,并在体内抑制肿瘤生长。设计三种不同的FGFR3RNA并克隆至Tet-诱导型shRNA表达逆转录病毒载体中。采用嘌呤霉素选择建立表达FGFR3shRNA或对照shRNA的RT112稳定的克隆。 (A)在用或不用1 μ g/ml强力霉素处理72小时后从表达FGFR3shRNA2或shRNA6的RT112 稳定的细胞获得的碘化丙啶(PI)-染色的细胞核的DNA荧光流式细胞仪直方图。(B)表达 FGFR3shRNA2-4(每个处理组 η = 11)或 FGFR3shRNA6_16 (每个处理组 η = 10)的 RT112 稳定的细胞在nu/nu小鼠中的生长。荷瘤小鼠接受仅5%蔗糖(实心圆圈)或5%蔗糖加 lmg/ml强力霉素(实心方形),并且用测径器测量肿瘤一周两次。误差条代表SEM。图17 抗-FGFR3杂交瘤抗体16G,6G1和15B2对由野生型和突变的FGFR3驱动的 Ba/F3细胞增殖的作用。抗-FGFR3杂交瘤抗体通过用人FGFR3_IIIb/Fc或人FGFR3_IIIc/ Fc嵌合体免疫BALB/c小鼠产生。在来自ClonaCell 杂交瘤选择试剂盒(StemCell Technologies, Inc.,Vancouver, BC, Canada)的培养基D中使用次黄嘌呤-氨基喋呤_胸苷选择来选择融合的杂交瘤细胞。相继地通过ELISA筛选杂交瘤抗体结合FGFR3-inb和FGFR3-IIIC的能力并通过FACS识别细胞表面FGFR3。然后将选择的杂交瘤通过有限稀释克隆。类似于图9A中所述,16G,6G1和15B2是用来评价对表达野生型或突变的FGFR3的 Ba/F3细胞增殖的作用的克隆。误差条代表SEM。图18 通过肽谱和晶体结构分析确定的R3Mab表位的比较。㈧由与人FGFR3的细胞外IgD2-D3区段形成复合体的R3Mab Fab片段的结构揭示的表位。与Fab重链和轻链接触的FGFR3残基分别用黑色和灰色着色。(B)FGFR3上肽3和11的位置。图19 在包含野生型或突变的FGFR3S249G的膀胱癌细胞中,R3Mab抑制增殖和FGFR3 信号传导。(A)在膀胱癌细胞系RT4中R3Mab抑制细胞活力。在与抗体温育96hr后用 CellTiter-Gl0(Promega)评价细胞活力。误差条代表SEM。(B)在膀胱癌细胞系RT4中 R3Mab (15ug/ml)阻断FGFl-激活的FGFR3信号传导。(C)在膀胱癌细胞系RCC-97-7 (包含FGFR3S249G)中,R3Mab抑制[3H]-胸苷掺入。误差条代表SEM。(D)在TCC-97-7细胞中, R3Mab(15ug/ml)抑制 FGFR3 磷酸化。(E)与对照抗体(Ctrl)相比,在与 R3Mab (15ug/ml) 温育3小时后TCC-97-7细胞中的FGFR3S249G 二聚体减少。图20 在UMUC-14细胞中,胞吞作用抑制剂对R3Mab和FGFR3S249e 二聚体的内在化的作用。(A)胞吞作用抑制剂对R3Mab的内在化的作用。将用各种胞吞作用抑制剂或DMSO 在37°C下预处理1小时的UMUC-14细胞与R3Mab (15ug/ml)在37°C下温育3小时以允许内在化。使用低PH洗涤来移除细胞表面R3Mab从而使内在化的抗体可视化。固定细胞并用 Alexa 488-标记的抗-人IgG染色细胞。使用共聚焦显微镜摄取图像。(B)在用R3Mab处理的UMUC-14细胞中,胞吞作用抑制剂对FGFR3S249e 二聚体的作用。将用各种胞吞作用抑制剂或DMSO在37°C下预处理1小时的UMUC-14细胞与载体对照(mock) (1道),对照抗体O 道),或R3Mab (15ug/ml,3道)在37°C下温育3小时。细胞裂解物在非还原或还原条件下通过免疫印迹分析FGFR3蛋白。注意氯丙嗪(网格蛋白介导的胞吞作用的抑制剂)和染料木素(胞吞作用的pan-抑制剂(pan-inhibitor))阻断R3Mab内在化,但对R3Mab诱导的 FGFR3S249C 二聚体减少没有作用。图21 不同抗-FGFR3抗体在非还原条件下针对单体和二聚体FGFR3S249G的检测灵敏度。在用R3Mab (1道),对照IgGl O道),或PBS (3道)处理3小时后,将UMUC-14细胞裂解,并将细胞裂解物在还原或非还原条件下进行免疫印迹分析。注意6G1 (在Genentech 产生的鼠杂交瘤抗体)检测FGFR3S249G:聚体和单体两者,而sc9007(兔多克隆抗体, SantaCruz Biotechnology)或 scl3121 (鼠杂交瘤抗体,Santa Cruz Biotechnology)优先地检测二聚体FGFR3S249G。图22 :R3Mab对t(4 ; 14) +多发性骨髓瘤细胞的增殖的作用。(A) R3Mab对UTMC-2细胞的[3H]-胸苷掺入的抑制作用。UTMC-2细胞在包含R3Mab或对照抗体的培养基中在25ng/ ml FGF9和5ug/ml肝素或单独肝素(无FGF9)的存在下生长。温育6天后,加入[3H]-胸苷温育16hr。数据针对来自在缺少FGF9和抗体的条件下生长的细胞的数据进行标准化。 (B-C) R3Mab对0PM2 (B)和KMSll(C)细胞的[3H]-胸苷掺入的作用。生长在1. 5% FBS培养基中的细胞用R3Mab或对照抗体处理6天。数据针对来自未处理的细胞的数据进行标准化。误差条代表SEM。图23 骨髓瘤和膀胱癌细胞中FGFR3的细胞表面表达水平。(A)通过FACS分析评估的骨髓瘤细胞和膀胱癌细胞中的细胞表面FGFR3表达。细胞用藻红蛋白-缀合的针对人FGFR3的小鼠mAb (FAB766P,R&DSystems)或藻红蛋白-缀合的同种型对照小鼠IgGl (BD Pharmingen)染色。(B)骨髓瘤细胞和膀胱癌细胞中FGFR3密度的katchard分析。R3Mab 被放射性碘化并与细胞在含有过量未标记的抗体的悬浮液中温育。在RT下温育2小时后, 细胞通过离心沉淀,并洗涤两次。测定特异性结合的1251。受体密度和结合亲合力(Kd)代表两次结合实验的平均值。图M :R3Mab或其DANA突变体对膀胱癌细胞的异种移植物生长的作用。(A) R3Mab 和其DANA突变体(各自50mg/kg)对预先形成的RTl 12肿瘤的生长的作用。⑶R3Mab和其 DANA突变体(各自50mg/kg)对预先形成的UMUC-14肿瘤的生长的作用。误差条代表SEM。发明详述本发明在本文中提供可用于例如,治疗或预防与FGFR3的表达和/或活性,诸如增加的表达和/或活性或不合乎需要的表达和/或活性相关的疾病状态的抗-FGFR3抗体。在一些实施方案中,本发明的抗体用来治疗肿瘤、癌症和/或细胞增生性病症。在另一个方面,本发明的抗-FGFR3抗体具有用作检测和/或分离FGFR3,诸如在多种组织和细胞类型中检测FGFR3的试剂的用途。本发明进一步提供制备和使用抗-FGFR3抗体、和编码抗-FGFR3抗体的多核苷酸的方法。通用技术本文所述或参考的技术和方法通常是本领域技术人员充分了解的并且使用常规方法普遍地采用的,诸如例如,在下述参考文献中所述广泛使用的方法Sambrook等, 分子克隆实验室手册(Molecular Cloning =ALaboratory Manual),第 3 版(2001) 冷泉港实验室出版社,冷泉港,N. Y.现代分子生物学实验技术(⑶RRENT PROTOCOLS IN M0LECULARBI0L0GY) (F. Μ· Ausubel,等.编辑,(2003));酶学方法(Methods INENZYM0L0GY)系列(学术出版社公司)PCR 2 实用方法(PCR 2 :APRACTICAL APPROACH) (Μ. J. MacPherson,B. D. Hames 和 G. R. Taylor 编辑(1995)),Harlow 和 Lane,编辑(1988) 抗体,实验室手册,和动物细胞培养(ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL, and ANIMAL CELLCULTURE) (R. I. Freshney,编辑(1987))。定义“分离的”抗体指已经鉴定且与其天然环境的成分分离和/或从其回收的抗体。 抗体的天然环境的污染性成分是将会干扰其诊断或治疗用途的物质,并且可包括酶、激素、 和其它蛋白质性或非蛋白质性的溶质。在优选实施方案中,将抗体纯化至(1)通过例如 Lowry法确定,超过95重量%的抗体,并且最优选超过99重量%的抗体,( 足以通过使用转杯式测序仪(spinning cup sequenator)获得至少15个残基的N-末端或内部氨基酸序列的程度,或C3)通过使用例如考马斯蓝或优选银染色,在还原性或非还原性条件下的 SDS-PAGE (十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳),达到同质。既然抗体的天然环境的至少一种成分不会存在,那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而,分离的抗体通常通过至少一个纯化步骤来制备。“分离的”核酸分子是这样的核酸分子,其被鉴定并与至少一种污染性核酸分子分离,其与所述至少一种污染性核酸分子通常在所述核酸的天然来源中缔合。分离的核酸分子不同于其在自然界中被发现时的形式或环境。因此,分离的核酸分子不同于存在于天然细胞中的核酸分子。然而,分离的核酸分子包括包含在通常表达核酸分子的细胞中的核酸分子(例如,编码抗体的核酸),其中,例如,所述核酸分子存在的染色体位置与天然细胞的染色体位置不同。术语“依照Kabat的可变结构域残基编号方式”或“依照Kabat的氨基酸位置编号方式”及其变化形式指 Kabat 等,Sequences of Proteins of Immunological Interest (免疫学感兴趣的蛋白的序列),第 5 版,PublicHealth Service, National Institutes of Health,Bethesda,MD. (1991)中的用于抗体编制的重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。使用此编号系统,实际的线性氨基酸序列可包含较少或另外的氨基酸,对应于可变结构域FR或⑶R的缩短或插入。例如,重链可变结构域可包含H2的残基52后的单一氨基酸插入物(依照Kabat为残基52a)及重链FR残基82后的多个插入残基(例如依照 Kabat为残基82a、82b和82c等)。给定抗体的Kabat残基编号方式可通过将抗体序列与 “标准” Kabat编号序列的同源区进行比对来确定。术语“基本相似”或“基本不同,”用于本文时,是指在两个数值(通常一个与本发明的抗体相关,而另一个与参照/比较抗体相关)之间的足够高程度的相似性,从而使本领域技术人员认为在通过所述值(例如,Kd值)测量的生物学特征的背景下,在两个值之间的差异是具有很少或没有生物学和/或统计学显著性的。在所述两个值之间的差异作为参照/比较抗体的值的函数优选小于约50%,优选小于约40%,优选小于约30%,优选小于约 20%,和/或优选小于约10%。“结合亲合力”通常指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有说明,在用于本文时,“结合亲合力”指反映结合对(例如抗体与抗原)的成员之间1 1相互作用的固有结合亲合力。分子X对其配偶体Y的亲合力通常可用解离常数(Kd)来表述。合乎需要的是Kd为1χ10_7,1χ10_8, &10-8,1Χ10-9,3Χ10-9,&10-9,或甚至1x10,或更强。亲合力可通过本领域知道的常用方法来测量,包括本文中所描述的那些方法。低亲合力抗体通常缓慢的结合抗原且趋于容易解离,而高亲合力抗体通常更快速的结合抗原且趋于保持更长时间的结合。本领域知道测量结合亲合力的多种方法,其中任一种都可用于本发明的目的。具体说明型实施方案在下文中描述。在一个实施方案中,根据本发明的“Kd”或“Kd值”通过如在下面测定法中所述用目的抗体的Fab形式和其抗原进行的放射性标记的抗原结合测定法(RIA)测量所述测定法测量Fabs对抗原的溶液结合亲合力,这通过在存在滴定系列的未标记抗原时,用最小浓度的(125I)-标记的抗原来平衡Fab,接着用抗-Fab抗体-包被的板捕获结合的抗原来进行 (Chen,等,(1999)分子生物学杂志(J. Mol. Biol.) 293 :865-881)。为了确定测定的条件,将微量滴定板(Dynex)用5 μ g/ml的在50mM碳酸钠(pH 9. 6)中的捕获抗-Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜,并随后用PBS中的2% (w/v)牛血清白蛋白在室温(约23°C )封闭2_5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中,将IOOpM或^pM[125I]-抗原与目的Fab的系列稀释物混合(例如,与在 I^resta 等,(1997)癌症研究(Cancer Res). 57 :4593-4599 中的抗-VEGF 抗体,Fab-12的评价一致)。接着,将目的Fab温育过夜;然而温育可以持续更长的阶段(例如65小时)从而确保达到平衡。随后,将混合物转移到捕获板中来在室温进行温育(例如, 1小时)。接着,去除溶液,并将所述板用在PBS中的0.1%吐温-20洗涤8次。当所述板已经干燥时,加入150 μ 1/孔的闪烁剂(Micrc^cint-20 ;Packard),并将所述板在!"opcount γ 计数器O^ckard)上计数10分钟。选择提供少于或等于20%的最大结合的每种Fab的浓度用在竞争性结合测定法中。根据另一个实施方案,Kd或Kd值是通过使用表面等离振子共振测定法使用 BIAcore -2000 或 BIAcore -3000 (BIAcore,Inc.,Piscataway, NJ)在 25°C 使用固定化抗原CM5芯片以约10个响应单位(RU)测量的。简言之,依照供应商的说明书用盐酸 N-乙基-N,- (3- 二甲基氨基丙基)-碳化二亚胺(N-ethyl-N,- (3-dimethylaminoprop yl)-carbodiimide hydrochloride) (EDC)禾口 N-轻基琥拍酉先亚胺(N-hydroxysuccinimide) (NHS)活化羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5,BIAcore Inc.) 0用IOmM乙酸钠pH4. 8 将抗原稀释至5 μ g/ml (约0. 2 μ Μ),然后以5 μ 1/分钟的流速注入以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后,注入IM乙醇胺以封闭未反应的基团。为了进行动力学测量,将Fab的两倍连续稀释液(0. 78ηΜ至500ηΜ)在25°C以约25 μ 1/分钟的流速注入在含0.05%吐温20的PBS(PBST)中。在一些实施方案中,下列的改进用于表面等离振子共振测定法将抗体固定在CM5生物传感器芯片以达到大约400RU,并用于动力学测量,靶蛋白(例如,FGFR3-IIIb或-IIIc)的两倍系列稀释液(从67nM开始)在25°C以约30ul/分钟的流速注入至PBST缓冲液中。使用简单一对一朗格缪尔结合模型(one-to-oneLangmuir binding model) (BIAcore 评价软件 3· 2 版(BIAcore EvaluationSoftware version 3.2)) 通过同时拟合缔合和解离传感图来计算缔合速率(k。n)和解离速率(k。ff)。平衡解离常数 (Kd)以比率!^乂!^计算。参见例如Chen等,(1999) J. Mol. Biol.(分子生物学杂志)293 865-881。如果根据上文表面等离振子共振测定法,缔合速率(on-rate)超过106M.1 S—1,则缔合速率可使用荧光淬灭技术来测定,即如在分光计诸如配备了断流装置的分光光度计 (Aviv Instruments)或 8000 系列 SLM-Aminco 分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯(stirred cuvette)测量,在存在渐增浓度的抗原的条件下,测量PBS,pH 7. 2中的 20nM抗-抗原抗体(Fab形式)在25 °C的荧光发射强度(激发=295nm ;发射=340nm, 16nm 通带)的升高或降低。 Aimi _ 白勺 “·& Ι·,, (on—rate,g rate of association, association rate)或 “k。n” 也可使用 BIAcore -2000 或 BIAcore -3000 (BIAcore,Inc.,Piscataway, NJ)采用上述相同的表面等离振子共振技术,在25°C利用固定的抗原CM5芯片以约10个响应单位(RU)来测定。简言之,依照供应商的说明书用盐酸N-乙基-N’ -(3-二甲基氨基丙基)_碳化二亚胺(EDC)和N-羟基-琥珀酰亚胺(MB)活化羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5,BIAcore Inc.)。用IOmM乙酸钠ρΗ4· 8将抗原稀释至5 μ g/ml (约0· 2 μ Μ),然后以5μ1/分钟的流速注入至获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后,注入 IM乙醇胺以封闭未反应的基团。为了进行动力学测量,在25°C以约25 μ 1/分钟的流速在含0. 05%吐温20的PBS(PBST)中注入Fab (0. 78ηΜ至500ηΜ)的两倍连续稀释液。在一些实施方案中,下列的改进用于表面等离振子共振测定法将抗体固定在CM5生物传感器芯片以达到大约400RU,并对于动力学测量,靶蛋白(例如,FGFR3-inb或-IIIc)的两倍连续稀释液(从67nM开始)在25°C以约30ul/分钟的流速注入至PBST缓冲液中。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(BIAcore Evaluation Software version 3. 2)通过同时拟合缔合和解离S型曲线计算缔合速率(k。n)和解离速率(k。ff)。平衡解离常数(Kd) 以比率k。ff/k。n计算。参见例如Chen,Y.等,(1999) J. Mol. Biol.(分子生物学杂志)皿
31865-881。然而,如果根据上文表面等离振子共振测定法,缔合速率超过IO6M-1S^那么缔合速率优选地使用荧光淬灭技术来测定,即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计 (stop-flow equippedspectrophometer) (Aviv Instruments)或 8000 系列 SLM-Aminco 分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量,在存在浓度渐增的抗原的条件下, 测量PBS,pH 7.2中的20碰抗-抗原抗体(Fab形式)在25°C的荧光发射强度(激发= 295nm ;发射=340nm, 16nm带通)的升高或降低。当用于本文时,术语“载体”意在指能够运送已经与其连接的另一核酸的核酸分子。一种类型的载体是“质粒”,其指环状双链DNA环,另外的DNA区段可以连接在该环状双链DNA环中。另一种类型的载体是噬菌体载体。另一种类型的载体是病毒载体,其中另外的DNA区段可以连接至病毒基因组中。某些载体能够在已经引入它们的宿主细胞中自主复制(例如,具有细菌复制起始点的细菌载体和附加型哺乳动物载体)。其他载体(例如,非附加型哺乳动物载体)在引入至宿主细胞中时可以整合至宿主细胞的基因组中,并且因此它们与宿主基因组一起复制。此外,某些载体能够指导与它们可操作地连接的基因的表达。 这样的载体在本文中称为“重组表达载体”(或简单地,“重组载体”)。通常,用于重组DNA 技术中的表达载体经常是质粒的形式。在本说明书中,“质粒”和“载体”可以互换使用,因为质粒是最普遍使用的载体形式。“多核苷酸”或“核酸”当在本文中可互换使用时,是指任意长度的核苷酸的聚合物,包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基、和 /或它们的类似物、或可以通过DNA或RNA聚合酶、或通过合成反应掺入至聚合物中的任何基质。多核苷酸可以包含修饰的核苷酸,诸如甲基化的核苷酸和它们的类似物。如果存在, 可以在所述聚合物组装之前或之后施加对核苷酸结构的修饰作用。核苷酸的序列可以被非核苷酸成分中断。多核苷酸可以在合成后进一步被修饰,诸如通过与标记物缀合。其他类型的修饰作用包括,例如,“帽(caps) ”,一个或多个天然存在的核苷酸被类似物的置换, 核苷酸间修饰诸如,例如,具有不带电荷的键的那些(例如,膦酸甲酯,膦酸三酯,氨基磷酸酯(phosphoamidates),氨基甲酸酯,等)和具有带电荷键的那些(例如,硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,等),包含侧基结构部分的那些,诸如,例如,蛋白质(例如,核酸酶,毒素,抗体, 信号肽,聚-L-赖氨酸,等),具有嵌入剂的那些(例如,吖啶,补骨脂素(psoralen),等), 包含螯合剂的那些(例如,金属,放射性金属,硼,氧化性金属,等),包含烷化剂的那些,具有修饰的键的那些(例如,α异头核酸,等),以及一种或多种未修饰形式的多核苷酸。此外,通常存在于糖中的任一个羟基可以被例如膦酸酯基团、磷酸酯基团置换,被标准的保护基团保护,或被活化以制备与另外的核苷酸连接的另外的键,或可以与固体或半固体的支持体缀合。5’和3’末端OH可以被磷酸化或被胺或1-20个碳原子的有机封端基团结构部分取代。其他羟基也可以被衍生为标准的保护基团。多核苷酸也可以包含本领域中普遍已知的核糖或脱氧核糖糖类的类似形式,包括,例如,2’-0-甲基-,2’-0-烯丙基,2’-氟-或 2’-叠氮基-核糖,碳环糖类似物,α -异头糖,差向异构糖诸如阿拉伯糖,木糖或来苏糖,吡喃糖,呋喃糖,景天庚酮糖(sedoh印tulose),无环类似物和碱性核苷类似物诸如甲基核糖核苷。一个或多个磷酸二酯键可以被可选的连接基团置换。这些可选的连接基团包括,但不限于,其中磷酸酯被P (O)S ( “硫代酯(thioate)"),P(S)S( “二硫代酯(dithioate) ”), (0)NR2( “酰胺化物”),P(0)R,P(O)OR', CO 或 CH2( “ 甲缩醛(formacetal)")置换的实施方案,其中每个R或R’独立地是H或取代的或未取代的烷基(1-20C),任选地包含醚(-0-) 键,芳基,烯基,环烷基,环烯基或araldyl。多核苷酸中的所有键没有必要是相同的。前面的描述适用于本文提及的所有多核苷酸,包括RNA和DNA。“寡核苷酸,,,当用于本文中时,通常是指短的、-般是单链的、-般是合成的多核苷酸,其通常,但非必要地,长度小于约200个核苷酸。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”不互斥。上面对于多核苷酸的描述同样和完全地适用于寡核苷酸。关于肽或多肽序列的“百分比(%)氨基酸序列同-性”,定义为将候选序列与具体肽或多肽序列在进行序列比对(并在必要时导入空隙)以获取最大百分比序列同-性,且不将任何保守置换视为序列同-性的部分之后,候选序列中的氨基酸残基与所述具体肽或多肽序列中的氨基酸残基相同的百分数。可使用本领域技术内的各种方法进行序列比对以便测定氨基酸序列同-性百分比,例如,使用公众可得到的计算机软件如BLAST、BLAST-2、 ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以决定测量比对的适宜参数,包括对所比较的序列全长获得最大比对所需的任何算法。然而,为此目的,氨基酸序列同-性%值使用序列比较计算机程序ALIGN-2产生,其中用于ALIGN-2程序的全部源代码在下面的表 A中提供。ALIGN-2序列比对计算机程序的作者是Genentech,Inc.,该源代码已经随用户文档提交至美国版权局(Washington D. C.,20559),其美国版权注册登记号为TXU510087。 公众可通过Genentech,Inc. (South SanFrancisco,加利福尼亚)得到ALIGN-2程序,或者可以从例如W02007/001851中提供的源代码进行编译。ALIGN-2程序应当为在UNIX操作系统,优选在数字UNIX V4. OD上使用而进行编译。ALIGN-2程序设定了所有序列比对参数并且不变。在ALIGN-2应用于氨基酸序列比较的情况中,给定氨基酸序列A相对于(to)、与 (with)、或针对(against)给定氨基酸序列B的氨基酸序列同-性% (或者这样说给定氨基酸序列A具有或含有相对于、与或针对给定氨基酸序列B的某氨基酸序列同-性)如下计算X/Y 比值乘以 100,其中X是用序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B比对中评分为相同匹配的氨基酸残基数,且其中Y是B中的氨基酸残基总数。可以理解,当氨基酸序列A与氨基酸序列 B的长度不相等时,A相对于B的氨基酸序列同-性%将不等于B相对于A的氨基酸序列同-性%。在-些实施方案中,两个或多个氨基酸序列至少50 %,60 %,70 %,80 %,或90 %相同。在-些实施方案中,两个或多个氨基酸序列至少95 %,97 %,98 %,99 %,或甚至100 % 相同。除非另外特别指出,使用ALIGN-2计算机程序如在紧接的前面段落中所述获得在本文中所用的所有的%氨基酸序列同-性的值。术语“FGFR3,”当在本文中使用时,除非具体或另外根据上下文指示,是指任何天然或变体(不论天然或合成的)FGFR3多肽(例如,FGFR3-IIIb同种型或FGFR3-IIIc同种型)。术语“天然序列”具体包涵天然存在的截短形式(例如,细胞外结构域序列或跨膜亚基序列),天然存在的变体形式(例如,选择性拼接形式)和天然存在的等位基因变体。术语“野生型FGFR3”通常是指包含天然存在的FGFR3蛋白的氨基酸序列的多肽。术语“野生型FGFR3序列”通常是指存在于天然存在的FGFR3中的氨基酸序列。
术语“FGFR3配体,”(可互换地称为“FGF”)当在本文中使用时,除非具体或另外根据上下文指示,是指任何天然或变体(不论天然或合成的)FGFR3配体(例如,FGF1,FGF2, FGF4,FGF8,FGF9,FGF17,FGF18,FGF23)多肽。术语“天然序列”具体地包涵天然存在的截短形式(例如,细胞外结构域序列或跨膜亚基序列),天然存在的变体形式(例如,选择性拼接形式)和天然存在的等位基因变体。术语“野生型FGFR3配体”通常是指包含天然存在的FGFR3配体蛋白的氨基酸序列的多肽。术语“野生型FGFR3配体序列”通常是指存在于天然存在的FGFR3配体中的氨基酸序列。"FGFR3激活”是指FGFR3受体的激活或磷酸化。一般而言,FGFR3激活导致信号转导(例如,由FGFR3受体的胞内激酶结构域磷酸化FGFR3或底物多肽中的酪氨酸残基所导致)。FGFR3激活可由FGFR配体结合目的FGFR3受体介导。结合FGFR3的FGFR3配体(例如,诸如FGFl或FGF9)可激活FGFR3的激酶结构域,从而导致FGFR3中的酪氨酸残基的磷酸化和/或另外的一种或多种底物多肽中的酪氨酸残基的磷酸化。术语“组成型”当用于本文中时,当例如应用于受体激酶活性时,是指受体的连续信号传导活性,该活性不依赖于配体或其他激活分子的存在。取决于受体的性质,所有活性可以是组成型的或受体的活性可以进一步被其他分子(例如,配体)的结合激活。导致受体的激活的细胞事件对于本领域普通技术人员是公知的。例如,激活可以包括低聚化(例如,二聚化,三聚化等)成为更高级的受体复合物。复合物可以包含单一的蛋白物种,即,均聚复合物(homomeric complex)。备选地,复合物可以包含至少两种不同的蛋白物种,S卩,异聚复合物(heteromeric complex)。复合物形成可以由例如,正常或突变体形式的受体在细胞表面上的过表达导致。复合物形成也可以由受体中一个或多个特定的突变导致。术语“配体-不依赖性”当用于本文中时,当例如应用于受体信号传导活性时,是指不依赖于配体的存在的信号传导活性。具有配体-不依赖性激酶活性的受体没有必要排除用于产生另外的激酶活性激活的配体与该受体的结合。术语“配体-依赖性”当用于本文中时,当例如应用于受体信号传导活性时,是指依赖于配体的存在的信号传导活性。短语"基因扩增"是指这样的过程,通过该过程在特定细胞或细胞系中形成多拷贝的基因或基因片段。被复制的区(一段扩增的DNA)常常被称为“扩增子”。通常,所产生的信使RNA(mRNA)的量,即基因表达的水平,也与被表达的该特定基因产生的拷贝数成比例地增加。‘‘酪氨酸激酶抑制剂〃是这样的分子,其在一些程度上抑制酪氨酸激酶如FGFR3 受体的酪氨酸激酶活性。“显示FGFR3表达、扩增或激活”的癌症或生物学样品是在诊断检测中,表达(包括过表达)FGFR3,具有扩增的FGFR3基因,和/或以其他方式证明FGFR3的激活或磷酸化的癌症或生物学样品。‘‘显示FGFR3激活〃的癌症或生物学样品是在诊断测试中,证明FGFR3的激活或磷酸化的癌症或生物学样品。此类激活可直接确定(例如通过ELISA测量FGFR3磷酸化) 或间接确定。丨'显示FGFR3激活〃的癌症或生物学样品是在诊断检测中,表现出FGFR3的组成型激活或磷酸化的癌症或生物学样品。此类激活可直接确定(例如通过ELISA测量C-FGFR3磷酸化)或间接确定。‘‘显示FGFR3扩增‘‘的癌症或生物学样品是在诊断检测中具有扩增的FGFR3基因的癌症或生物学样品。“显示FGFR3易位〃的癌症或生物学样品是在诊断检测中具有易位的FGFR3基因的癌症或生物学样品。FGFR3易位的实例是W4;14)易位,其发生在一些多发性骨髓瘤肿瘤中。“磷酸-ELISA测定(phospho-ELISA assay) ”在本文中是其中在酶联免疫吸附测定法(ELISA)中评估一种或多种FGFR3、底物或下游信号传导分子的磷酸化的测定,该测定使用试剂,通常是抗体,检测磷酸化的FGFR3、底物或下游信号传导分子。在一些实施方案中,使用检测磷酸化的FGFR3或pMAPK的抗体。该测定可对细胞裂解物、优选来自新鲜的或冷冻的生物学样品的细胞裂解物进行。‘‘显示配体-不依赖性FGFR3激活〃的癌症或生物学样品是在诊断检测中,表现出FGFR3的配体-不依赖性激活或磷酸化的癌症或生物学样品。此类激活可直接确定(例如通过ELISA测量FGFR3磷酸化)或间接确定。“显示配体-依赖性FGFR3激活"的癌症或生物学样品是在诊断检测中,表现出 FGFR3的配体-依赖性激活或磷酸化的癌症或生物学样品。此类激活可直接确定(例如通过ELISA测量FGFR3磷酸化)或间接确定。“显示配体-不依赖性FGFR3激活"的癌症或生物学样品是在诊断检测中,表现出FGFR3的配体-不依赖性激活或磷酸化的癌症或生物学样品。此类激活可直接确定(例如通过ELISA测量FGFR3磷酸化)或间接确定。具有“FGFR3过表达或扩增”的癌细胞指与同一组织类型的非癌细胞相比,具有显著更高的FGFR3蛋白质或基因水平的癌细胞。此类过表达可以是由基因扩增或者转录或翻译增加引起。可在诊断或预后测定中通过评估细胞表面上存在的增加的FGFR3蛋白质水平 (例如通过免疫组化测定,IHC)来测定FGFR3的过表达或扩增。备选地,或另外地,可测量细胞中编码FGFR3的核酸的水平,例如通过荧光原位杂交(FISH ;参见1998年10月公布的 W098/45479), Southern印迹或聚合酶链式反应(PCR)技术,诸如定量实时PCR(qRT-PCR)。 在上述测定法之外,熟练从业人员还可利用多种体内测定法。例如,可将患者体内细胞暴露于任选用可检测标记物例如放射性同位素标记的抗体,并且可评估该抗体与患者体内细胞的结合,例如通过外部扫描放射性或通过分析取自事先已暴露于所述抗体的患者的活组织检查。术语“突变”在本文中使用时指特定蛋白质或核酸(基因,RNA)分别相对于野生型蛋白质或核酸的氨基酸或核酸序列的差异。突变的蛋白质或核酸可以由基因的一个等位基因(杂合的)或两个等位基因(纯合的)表达或者在其中找到,而且它可以是体细胞的或种系的。在本发明中,突变一般是体细胞的。突变包括序列重排,诸如插入、缺失、和点突变 (包括单核苷酸/氨基酸多态性)。“抑制”是与参照相比降低或减少活性、功能,和/或量。当一种药剂模拟目的多肽(例如,FGFR配体,诸如FGFl或FGF9)的至少一种功能性活性时,其具有“激动剂活性或功能”。“激动剂抗体”在本文中使用时是模拟目的多肽(例如,FGFR配体,诸如FGFl或FGF9)的至少一种功能性活性的抗体。蛋白质“表达”指基因中所编码的信息转换成信使RNA(mRNA),然后转换成蛋白质。在本文中,“表达”目的蛋白质(诸如FGF受体或FGF受体配体)的样品或细胞指这样的样品或细胞,在所述样品或细胞中确定存在有编码该蛋白质的mRNA,或蛋白质(包括其片段)。“免疫缀合物”(可互换地称为“抗体-药物缀合物”或“ADC” ),是指与一种或多种细胞毒性剂缀合的抗体,所述细胞毒性剂诸如化疗剂、药物、生长抑制剂、毒素(例如蛋白毒素,细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素,或其片段)或放射性同位素(即放射缀合物)。术语“Fc区”用于本文时一般是指包含免疫球蛋白重链C末端的多肽序列的二聚体复合物,其中C末端多肽序列是可以通过木瓜蛋白酶消化完整抗体获得的序列。Fc区可以包括天然或变体Fc序列。虽然免疫球蛋白重链Fc序列的边界可以变化,但是人IgG重链Fc序列通常定义为Fc序列自大约Cys2^位置或大约ft~o230位置的氨基酸残基至羧基末端的区段。免疫球蛋白的Fc序列一般包含两个恒定结构域,即CH2结构域和CH3结构域,任选包含CH4结构域。Fc区的C-末端赖氨酸(依照EU编号系统的残基447)可以被移除,例如,在抗体的纯化期间或通过编码所述抗体的核酸的重组改造。因此,根据本发明包含具有Fc区的抗体的组合物可以包含具有K447的抗体、所有K447均被移除的抗体、或具有K447残基的抗体和没有K447残基的抗体的混合物。本文中“Fe多肽”的意思是构成Fc区的多肽之一。Fc多肽可从任何适当的免疫球蛋白(如IgG1, IgG2, IgG3,或IgG4亚型,IgA,IgE, IgD或IgM)获得。在一些实施方案中, Fc多肽包含部分或全部野生型铰链序列(一般在其N末端)。在一些实施方案中,Fc多肽不包含功能的或野生型铰链序列。“封闭”抗体或抗体“拮抗剂”是抑制或降低其结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的封闭抗体或拮抗性抗体完全抑制抗原的生物学活性。“裸抗体(naked antibody),,是没有缀合异源分子(如细胞毒性结构部分或放射性标记)的抗体。具有指定抗体的“生物学特征”的抗体指具有该指定抗体区别于结合相同抗原的其它抗体的一项或多项生物学特征的抗体。为了筛选这样的抗体,其结合由目的抗体结合的抗原的表位,可以实施常规交叉阻断测定法,诸如抗体,实验室手册(Antibodies,A Laboratory Manual),冷泉港实验室, Ed Harlow 和 David Lane (1988)中所记载的。为增加包含本发明的氨基酸序列的抗体或多肽的半衰期,可将拯救受体(salvage receptor)结合表位连接到抗体(尤其是抗体片段),如例如美国专利5,739,277所述。例如,可将编码拯救受体结合表位的核酸分子与编码本发明多肽序列的核酸符合阅读框地连接,从而使改造的核酸分子所表达的融合蛋白包含所述拯救受体结合表位和本发明的多肽序列。本文所用的术语“拯救受体结合表位”指IgG分子(例如IgG1, IgG2, IgG3,或IgQ)的 Fc区的表位,其负责增加IgG分子的体内血清半衰期(例如(ihetie等,Arm. Rev. Immunol. (免疫学年评)18 =739-766 (2000),表1)。在其Fc区具有取代并且血清半衰期增加的抗体也见于 W000/42072,WO 02/060919 ;Shields 等,生物化学杂志(J. Biol. Chem.) 276
366591-6604(2001) ;Hinton,生物化学杂志(J. Biol. Chem.) 279 :6213-6216 (2004))的描述。 在另一个实施方案中,例如通过连接其它多肽序列,也可以增加血清半衰期。例如,本发明的方法中有用的抗体或其它多肽可与血清白蛋白或血清白蛋白的结合Fcfoi受体的部分或血清白蛋白结合肽连接,从而使所述血清白蛋白结合所述抗体或多肽,例如这样的多肽序列见于W001/45746的公开。在一个优选的实施方案中,所连接的血清白蛋白肽包含氨基酸序列DICLPRWGCLW(SEQID NO :183)。在另一个实施方案中,Fab的半衰期是通过这些方法增加的。血清白蛋白结合肽序列也见Dermis等,生物化学杂志(J. Biol. Chem.) 277 35035-35043(2002)。“片段”意指优选包含参照核酸分子或多肽的完整长度的至少10^,20^,30%, 40%, 50%,60%, 70%,80%,90%,95%,或更多的多肽或核酸分子的部分。片段可以包含 10,20,30,40,50,60,70,80,90,或 100,200,300,400,500,600,或更多个核苷酸或 10,20, 30,40,50,60,70,80,90,100,120,140,160,180,190,200 个氨基酸或更多个氨基酸。关于本发明的抗体的短语“很少至没有激动剂功能”在本文中使用时是指例如,在施用于受试者时,所述抗体不引发有生物学意义的量的激动剂活性。如本领域中所理解的, 活性的量可以定量地或定性地确定,只要在本发明的抗体和参照副本之间可以作出比较。 所述活性可以根据本领域已知的任何测定或技术来测量或检测,包括,例如,本文所述的那些。本发明的抗体及其参照副本的活性的量可以平行地确定或在单独的运行中确定。在一些实施方案中,本发明的二价抗体不具有实质的激动剂功能。术语“凋亡”和“凋亡活性”以广义使用,并且是指哺乳动物中细胞死亡的有秩序或可控形式,其典型地伴有一种或多种特征性细胞改变,包括细胞质的凝聚,质膜微绒毛的损失,细胞核的分裂(segmentation),染色体DNA的降解或线粒体功能的丧失。此活性可以使用本领域中已知的技术确定和测量,例如,通过细胞活力测定,FACS分析或DNA电泳,和更具体地通过膜联蛋白Vbrmexin V)的结合,DNA的片段化,细胞收缩,内质网的扩张,细胞片段化,和/或膜囊泡的形成(称为凋亡小体)确定和测量。术语“抗体”和“免疫球蛋白”以最广义可互换使用,并且包括单克隆抗体(例如, 全长或完整的单克隆抗体)、多克隆抗体、多价抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体,只要它们显示所需的生物学活性),并且还可以包括某些抗体片段(如本文中更详细地描述的那样)。抗体可以是人的、人源化的和/或亲和力成熟的。术语“可变的”指可变结构域中的某些部分在抗体间序列差异广泛且用于每种特定抗体对其特定抗原的结合和特异性的事实。然而,变异性并非均勻分布于抗体的整个可变结构域。它集中于轻链和重链可变结构域中称作互补性决定区(CDRS)或高变区的三个区段。可变结构域中更加高度保守的部分被称作构架(FR)。天然重链和轻链的可变结构域各自包含四个FR区,它们大多采取β -折叠构象,通过形成环状连接且在有些情况中形成β-折叠结构一部分的三个⑶Rs连接。每条链中的⑶Rs通过FR区非常接近的保持在一起,并与另一条链的CDRs —起促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat等,免疫学感兴趣的蛋白的序列(Sequences of Proteins of Immunological Interest),第 5 版,国立卫生研究所(National Institute of Health), Bethesda, MD. (1991))。恒定结构域不直接参与抗体与抗原的结合,但展现出多种效应子功能,诸如抗体在抗体依赖性细胞毒性中的参与。
抗体的木瓜蛋白酶消化产生两个相同的抗原结合片段,称为“Fab”片段,所述 “Fab”片段每个具有单抗原结合位点,并且产生残余的“Fe”片段,其名称反映其容易结晶的能力。胃蛋白酶处理产生F (ab’)2片段,所述片段具有两个抗原组合位点,并且仍旧能够交联抗原。“Fv”是包含完整抗原识别和结合位点的最小抗体片段。在双链Fv种类中,此区由一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域以紧密的、非共价缔合的二聚体组成。在单链 Fv种类中,一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域可以通过柔性肽接头共价连接从而使轻链和重链可以以类似于双链Fv种类的“二聚体”结构缔合。在这种构型中,每个可变结构域的三个CDRs相互作用从而限定在VH-VL 二聚体的表面上的抗原结合位点。总而言之,六个CDRs将抗原结合特异性赋予抗体。然而,即使是单个可变结构域(或只包含对抗原特异的三个CDRs的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力,然而亲和性低于完整结合位点οFab片段还包含轻链的恒定结构域和重链的第一恒定结构域(CHl)。Fab’片段与 Fab片段的不同之处在于在重链CHl结构域的羧基端加入几个残基,包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab’ -SH是本文关于Fab’的名称,其中恒定结构域的半胱氨酸残基具有游离巯基。F(ab’)2抗体片段最初作为在它们之间具有铰链半胱氨酸的Fab’片段对产生。还已知抗体片段的其它化学偶联。基于抗体(免疫球蛋白)的恒定结构域的氨基酸序列,可以将来自任何脊椎动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”分为两种清楚区分的类型之一,称为kappa(K)和
lambda (入)。取决于免疫球蛋白的重链的恒定结构域的氨基酸序列,可以将免疫球蛋白分为不同的种类。存在五种主要的免疫球蛋白类别IgA,IgD, IgE, IgG,和IgM,并且这些中的一些可以进一步分为亚类(同种型),例如IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1JP IgA2。对应于不同类别的免疫球蛋白的重链恒定结构域分别被称为α,δ,ε,Y,和μ。不同类别的免疫球蛋白的亚基结构和三维构型是众所周知的。“抗体片段”仅包含完整抗体的一部分,其中所述部分优选地保留与该部分存在于完整抗体中时正常相关的至少一种、优选大多数或全部功能。抗体片段的实例包括Fab、Fab'、F(ab' ) 2和Fv片段;双抗体;线性抗体;单链抗体分子;和由抗体片段形成的多特异性抗体。在一个实施方案中,抗体片段包含完整抗体的抗原结合位点,并且因此保留了结合抗原的能力。在另一个实施方案中,抗体片段,例如包含Fc区的抗体片段保留了与Fc区存在于完整抗体中时正常相关的至少一种生物学功能, 诸如Fcfoi结合,抗体半衰期调节,ADCC功能和补体结合。在一个实施方案中,抗体片段是单价抗体,其在体内的半衰期基本上类似于完整的抗体。例如,这样的抗体片段可以在与Fc 连接的抗原结合臂上包含能够赋予该片段以体内稳定性的序列。术语“高变区”、“HVR”或“HV”在用于本文时指抗体可变结构域中序列上高度可变和/或形成结构上限定的环的区域。通常,抗体包含六个高变区三个在VH中(HI、 H2、H3),三个在VL中(L1、L2、L3)。本文中使用且涵盖许多高变区的叙述。Kabat互补性决定区(CDR)是以序列变异性为基础的,而且是最常用的(Kabat等,免疫学感兴趣的蛋白的序列(Sequences of Proteins of Immunological Interest),第 5 版·公众健康服务(Public Health Service),国立卫生研究所(National Institutes of Health),Bethesda,MD. (1991))。相反,Chothia指结构环的位置(Chothia和Lesk,分子生物学杂志 (J. Mol. Biol.) 196 :901-917 (1987))。AbM 高变区代表 Kabat CDRs 与 Chothia 结构环之间的折衷,而且由Oxford Molecular的AbM抗体建模软件使用。“接触(contact) ”高变区是以对可获得的复合物晶体结构的分析为基础的。下文记录了这些高变区中每一个的残基。
权利要求
1.一种分离的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体以1X10—8或更强的Kd结合人 FGFR3,其中所述抗体抑制FGFR3受体与另一单位的所述受体的二聚作用,从而抑制所述受体的活化,并且其中所述抗体具有抗体-依赖性细胞介导的细胞毒性活性。
2.权利要求1所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体能够杀伤包含tG ; 14)易位的多发性骨髓瘤细胞。
3.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体不诱导实质性的FGFR3下调。
4.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体的二价形式不具有实质性的激动剂功能。
5.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体结合这样的多肽,所述多肽包含与氨基酸序列LAVPAANTVRFRCPA (SEQ ID NO 179)和/或 SDVEFHCKVYSDAQP (SEQ ID NO :180)具有至少 50%,60%,70%,80%,90%,95%,98% 的序列同一性或相似性的氨基酸序列。
6.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体结合FGFR3inb 的残基 154,155,158,159,161,162,163,164,165,166,167,168,169,170,171,172,173, 174,175,177,202,205,207,210,212,214,216,217,241,246,247,248,278,279,280,281, 观2,观3,314,315,316,317和/或318中的至少一个、两个、三个、四个或至多达全部的任意个残基。
7.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体抑制组成型 FGFR3活性。
8.权利要求7所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中组成型FGFR3活性是配体-依赖性 FGFR3活性。
9.权利要求7所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中组成型FGFR3活性是配体-不依赖性组成型FGFR3活性。
10.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗-FGFR3抗体抑制(a)reFR3-inbK248C 禾口 (b)FGFR3-IIIbK652E, FGFR3-IIIbY375C, FGFR3-IIIbs249c,和 FGFR3-IIIbc372c中的一种或多种。
11.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体包含(i)HVR-L3,其包含序列QQX1X2X3X4X5X6T (SEQ ID NO :148),其中 X1 是 G,S 或 T,& 是 T, Y 或 A,& 是 G,S,T,或 A,& 是 A,H,D,T,或 N,& 是 Q,P 或 S,X6 是 S,Y,L,P 或 Q,(ii)HVR-H2,其包含序列GRIYPA^yy^XgXeYADSVKG (SEQ IDNO :150),其中 \ 是 Y,A,L, S,或 T,& 是 A,Q,D,G,Y,S,N 或 F,X3 是 A,D,或 G,& 是 T 或 S,X5 是 K,F,T,或 S,& 是 Y, H,N或I,和(iii)HVR-H3,其包含序列ARTYGIYDLYVDYTEYVMDY (SEQ IDNO :151)。
12.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体包含(i)HVR-Ll,其包含序列 RASQX1X2X3X4X5X6A (SEQ ID NO 146),其中 & 是 V 或 D,& 是 V 或 I,&是D,E或S,&是T或I,&是A或S,且&是V或L,(ii)HVR-L2,其包含序列^C1ASFLX2S (SEQ ID NO 147),其中 & 是 S 或 G 且 & 是 A 或 Y,和(iii)HVR-L3,其包含序列 QQX1X2X3X4X5X6T (SEQ ID NO :148),其中 X1 是6,S 或 T,X2 是 T,Y 或 A,& 是 G,S,T,或 A,& 是 A,H,D,T,或 N,& 是 Q,P 或 S,X6 是 S,Y,L,P 或 Q0
13.权利要求1或12所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体包含(i)HVR-Hl,其包含序列 GFX1RyC3TGIS (SEQ ID NO 149),其中 ^C1 是 S 或 T,& 是 W,Y,S 或 1\)(3是5,6,或 T,(ii)HVR-H2,其包含序列GRIYPA^yy^XgXeYADSVKG (SEQ IDNO :150),其中 \ 是 Y,A,L, S,或 T,& 是 A,Q,D,G,Y,S,N 或 F,X3 是 A,D,或 G,& 是 T 或 S,X5 是 K,F,T,或 S,& 是 Y, H,N或I,和(iii)HVR-H3,其包含序列ARTYGIYDLYVDYTEYVMDY (SEQ IDNO :151)。
14.权利要求12所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中HVR-Ll包含序列 RASQX1VX2X3X4VA(SEQ ID 而152),其中)(1是¥或0,)(2是0或5,)(3是11或1,)(4是六或5。
15.权利要求12所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中HVR-L3包含序列 QQX1X2X3X4X5X6T (SEQ ID NO 153),其中 & 是 S,G,或 T,& 是 Y,T,或 A,)(3 是 T 或 G,& 是 T, H 或 N,& 是 P 或 S,& 是 P,Q,Y,或 L0
16.权利要求13所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中HVR-H2包含序列 Griypx1X2Gstx3YAdsvkG(seq id no :i54),其中 X1 是丁或l,X2 是队 y, s, g,A,或Q ;X3是ν 或H。
17.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体包含重链可变区和轻链可变区,所述重链可变区包含SEQ ID NO :132且所述轻链可变区包含SEQ ID NO: 133。
18.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中构架序列的至少一部分是人共有构架序列。
19.权利要求18所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体包含人κ亚组共有构架序列。
20.权利要求18所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体包含重链人亚组III共有构架序列。
21.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体是单克隆抗体。
22.前述权利要求中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其中所述抗体选自由嵌合抗体、人源化抗体、亲和力成熟抗体、人抗体、双特异性抗体和抗体片段组成的组。
23.编码前述权利要求中任一项所述的抗体的多核苷酸。
24.包含权利要求23所述的多核苷酸的载体。
25.权利要求M所述的载体,其中所述载体是表达载体。
26.包含权利要求M或25所述的载体的宿主细胞。
27.权利要求沈所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是原核细胞。
28.权利要求沈所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是真核细胞。
29.权利要求沈所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是哺乳动物细胞。
30.一种制备抗-FGFR3抗体的方法,所述方法包括培养包含编码权利要求1-22中任一项所述的抗体的多核苷酸的宿主细胞,从而表达所述多核苷酸,和任选地,从培养物中回收所述抗体。
31.权利要求30所述的方法,其中所述宿主细胞是原核细胞。
32.权利要求30所述的方法,其中所述宿主细胞是真核细胞。
33.一种药物制剂,所述药物制剂包含权利要求1-22中任一项所述的抗体和药用载体。
34.权利要求1-22中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其用作药物。
35.权利要求1-22中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其用于治疗癌症。
36.权利要求1-22中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体,其用于抑制细胞增殖或消除多发性骨髓瘤细胞。
37.权利要求1-22中任一项所述的抗-FGFR3拮抗剂抗体在制备药物中的用途。
38.权利要求37所述的用途,其中所述药物用于治疗癌症。
39.权利要求37所述的用途,其中所述药物用于抑制细胞增殖或消除多发性骨髓瘤细
全文摘要
本发明提供了FGFR3抗体,和包含这些抗体的组合物和使用这些抗体的方法。
文档编号C07K16/28GK102378767SQ201080013816
公开日2012年3月14日 申请日期2010年3月24日 优先权日2009年3月25日
发明者克里斯蒂安·维斯曼, 吴雁, 阿维·阿什克纳济, 青婧 申请人:霍夫曼-拉罗奇有限公司
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