本发明属于分子生物学领域,涉及一种采用分子生物学手段检测微生物耐药基因的方法,具体为一种用于检测b族链球菌四环素耐药基因的分子标记及其应用。
背景技术:
b族链球菌学名为无乳链球菌,是一种有荚膜的细菌,能够引起牛乳房炎,危害牧业非常严重,所以早为畜医界注目。后来发现该细菌能够感染人类,尤其是新生儿。该细菌所引起的败血症、脑膜炎、肺炎等疾病的死亡率极高,并且通常伴有神经系统后遗症,由此又被医学界所重视。
b族链球菌是妇女生殖道常见的携带菌,也是妇女围产期感染、泌尿道感染、新生儿菌血症、心内膜炎等主要病原菌。目前治疗b族链球菌感染多选用β内酰胺类抗生素,对有过敏体质或轻微感染患者,常用大环内酯类抗生素替代。随着大环内酯类抗生素的使用显著增加,导致大量耐药菌株出现,我国有关b族链球菌耐药性及耐药基因谱的资料少见报道。
技术实现要素:
本发明的目的是:为了克服现有技术的缺陷,获得一种能够特异性检测b族链球菌耐药基因的方法,本发明提供了一种用于检测b族链球菌四环素耐药基因的分子标记及其应用。
技术方案:一种用于检测b族链球菌四环素耐药基因的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
优选的,所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰并附加10个碱基t。
表1分子标记序列
所述分子标记在制备检测b族链球菌四环素耐药基因试剂盒中的应用。
优选的,所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
优选的,所述试剂盒检测b族链球菌四环素耐药基因的步骤包括:
(1)取样:选取纯化后的b族链球菌,划线接种培养基,形成单个菌落,向无菌ep管中加入10~60μl60%的甘油,用接种针挑取单菌落于甘油中洗涤数次,-20℃保存;
(2)以步骤(1)收集的菌体作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释50~200倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释10~100倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
优选的,所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
优选的,所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
优选的,所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
优选的,所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
有益效果:(1)本发明所述分子标记具有特异性好、灵敏度高、稳定性好的优点;(2)本发明所述分析标记能够有效检测耐药基因,确定造成耐药的原因,了解耐药流行株的发生、发展、传播规律,对预防和控制耐药发展起着非常重要的作用。
附图说明
图1是实施例1~3检测结果图;
其中,1为分子量为2000bp的maker;2为实施例1pcr产物电泳结果;3为实施例2pcr产物电泳结果;4为实施例3pcr产物电泳结果。
具体实施方式
实施例1
一种用于检测b族链球菌四环素耐药基因的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰并附加10个碱基t。
所述分子标记在制备检测b族链球菌四环素耐药基因试剂盒中的应用。
所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
所述试剂盒检测b族链球菌四环素耐药基因的步骤包括:
(1)取样:选取纯化后的b族链球菌,划线接种培养基,形成单个菌落,向无菌ep管中加入10μl60%的甘油,用接种针挑取单菌落于甘油中洗涤数次,-20℃保存;
(2)以步骤(1)收集的菌体作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释50倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释100倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
实施例2
一种用于检测b族链球菌四环素耐药基因的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰并附加10个碱基t。
所述分子标记在制备检测b族链球菌四环素耐药基因试剂盒中的应用。
所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
所述试剂盒检测b族链球菌四环素耐药基因的步骤包括:
(1)取样:选取纯化后的b族链球菌,划线接种培养基,形成单个菌落,向无菌ep管中加入30μl60%的甘油,用接种针挑取单菌落于甘油中洗涤数次,-20℃保存;
(2)以步骤(1)收集的菌体作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释150倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释50倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
实施例3
一种用于检测b族链球菌四环素耐药基因的分子标记,所述分子标记及其序列为:p1,seqidno.1~2;p2,seqidno.3~4;p3,seqidno.5~6。
所述分子标记p1、p2和p3的上游引物5’端进行氨基化修饰并附加10个碱基t。
所述分子标记在制备检测b族链球菌四环素耐药基因试剂盒中的应用。
所述试剂盒的组分包括:分子标记、dntp、lataq、pcr反应缓冲液、mgcl2、双蒸水。
所述试剂盒检测b族链球菌四环素耐药基因的步骤包括:
(1)取样:选取纯化后的b族链球菌,划线接种培养基,形成单个菌落,向无菌ep管中加入60μl60%的甘油,用接种针挑取单菌落于甘油中洗涤数次,-20℃保存;
(2)以步骤(1)收集的菌体作为pcr模板,以p1为特异性引物,进行第一轮pcr扩增;
(3)取步骤(2)的扩增产物,稀释200倍后作为第二轮pcr的模板,以p2作为特异性引物,进行第二轮pcr扩增;
(4)取第二轮pcr扩增的产物,稀释10倍后作为第三轮pcr的模板,以p3作为特异性引物,进行第三轮pcr扩增;
(5)收集第三轮pcr扩增的产物,并采用琼脂糖凝胶电泳检测。
所述pcr扩增的体系为25μl:模板2μl、pcr反应缓冲液2.5μl、dntp2μl、lataq2μl、分子标记1μl、双蒸水15.5μl。
所述第一轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,52℃,30s,72℃,55s,35个循环;72℃,7min。
所述第二轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,45s,35个循环;72℃,5min。
所述第三轮pcr扩增的程序为:95℃,2min;95℃,30s,55℃,30s,72℃,35s,35个循环;72℃,4min。
sequencelisting
<110>苏州乔纳森新材料科技有限公司
<120>一种用于检测b族链球菌四环素耐药基因的分子标记及其应用
<130>
<160>6
<170>patentinversion3.3
<210>1
<211>24
<212>dna
<213>人工序列
<400>1
aggaacgaatatcgcacctgaaat24
<210>2
<211>22
<212>dna
<213>人工序列
<400>2
atgctgggcaatctacgtttct22
<210>3
<211>25
<212>dna
<213>人工序列
<400>3
cgaaacgatttatcgcacctgaaat25
<210>4
<211>22
<212>dna
<213>人工序列
<400>4
atgctgcccaatcaatgtttct22
<210>5
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<400>5
cgtactgggagctggtttag20
<210>6
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<400>6
cggcggtttgctaagctgat20