短片段DNA序列特异性传感检测方法及基于该方法的检测系统与流程

文档序号:15457516发布日期:2018-09-15 01:32阅读:350来源:国知局

本发明涉及dna分子测序技术领域,特别涉及短片段dna序列特异性传感检测方法及基于该方法的检测系统。



背景技术:

纳米孔自1996年一经提出就被认为是一种快速高通量、超高读长、无标记、无扩增、单分子检测技术之一,更重要的是它可以在不损失任何结构和动力学上的有用信息的前提下准确地分析dna。相比于前面三代测序技术,第四代纳米孔测序技术将是完全摆脱了洗脱过程、pcr扩增过程,从光学检测到电子传导检测的双重跨越单分子测序方法,也是将来最有希望实现1000美元基因组甚至100美元基因组的测序技术。

现有技术中有使用树枝状大分子改性纳米管,通过改性前后整流特性的变化为基础,制备了dna杂交传感器,但制备复杂且灵敏性不高。也有学者通过气相沉积法在氮化硅纳米孔上修饰一层氨基硅烷,然后使用化学交联剂将氨基dna共价固定到纳米孔上,但是没有对实现对dna的特异性识别,信号无法区分。国外有研究者使用含有6bp骨干区域、20bp长的发夹环dna探针对氧化硅纳米孔功能化修饰提高其选择性,检测样品中加入了固定探针的主干形成区域具有错配位点的ssdna,但是该系统未实现对于单碱基不匹配和多碱基不匹配的区分。

高精度、快速、无扩增、非标记、低成本、多功能的第四代纳米孔单分子dna的特异性识别的实现具有重要的科学意义。



技术实现要素:

本发明的第一目的是提供一种短片段dna序列特异性传感检测方法,其能够利用纳米孔非标记,无扩增、高灵敏的离子电流检测技术,研究dna探针与目标dna链在纳尺度下特异性识别时空信号、分子运动规律以及动力学机制,以进行dna序列识别。

本发明的上述技术目的是通过以下技术方案得以实现的:

短片段dna序列特异性传感检测方法,包括以下步骤:s1:功能化纳米孔,将dna探针偶联在纳米孔内壁,得到功能化纳米孔;s2:dna特异性检测,使目标dna链穿过功能化纳米孔进行特异性识别,即已知序列的dna探针与目标dna链杂交;s3:信号提取及分析,对dna探针与目标dna链杂交过程中的时空信号进行提取、分析。

通过采用上述技术方案,在对目标dna链进行序列检测时,将dna探针偶联在纳米孔内壁,以得到功能化纳米孔,从而可以使目标dna链穿过功能化纳米孔的过程中与已知序列的dna探针进行特异性识别,即互补形成dna双链,并对识别过程中时空信号的改变进行提取分析,以了解其规律,从而帮助对dna序列进行判断,以及实现实时在线检测。

进一步的,还包括s1’:对纳米孔及功能化纳米孔进行表征,以确认dna探针是否有效固定,其中s1’位于s1与s2之间。

通过采用上述技术方案,在制备功能化纳米孔后,进行dna特异性检测前对功能化纳米孔进行表征,以判断dna探针是否有效固定在纳米孔内壁,从而避免在dna探针固定失败的情况下继续进行后续实验操作,浪费实验材料及时间。

进一步的,s1中采用原位法或非原位法、利用硅烷化处理对纳米孔表面和内壁进行差异化修饰改性;通过硅烷偶联分子将dna探针偶联在纳米孔内壁。

进一步的,s2中通过电压反馈控制目标dna链,使所述目标dna链穿过功能化纳米孔,并进行特异性识别。

进一步的,s3中通过数字滤波器或小波变换技术提高dna探针与目标dna链杂交过程中,功能化纳米孔本底噪声的信噪比,并对产生的电流信号进行提取、分析。

进一步的,s1’中,利用sem、tem或afm技术对纳米孔形态结构进行表征;利用接触角测量仪、伏安电流曲线、sem或tem技术对纳米孔修饰改性进行表征;利用sem或afm技术对dna探针取向、空间位置进行表征,利用分子力谱、fret荧光标记dna探针等技术判断dna探针是否有效固定。

本发明的第二目的是提供一种纳米孔的制备方法,首先对硅晶圆进行清洗;之后,在所述硅晶圆的两面分别沉积一层二氧化硅薄膜;然后,在所述硅晶圆的两面,位于所述二氧化硅薄膜背离所述硅晶圆的一侧,分别沉积一层氮化硅薄膜;然后,在所述硅晶圆的其中一面,位于相应所述氮化硅薄膜背离所述硅晶圆的一侧覆盖一层光刻胶,形成一窗口;最后,通过该窗口依次对氮化硅薄膜及二氧化硅薄膜进行腐蚀,并利用feistrata201fib系统的稼粒子束通过所述窗口对所述硅晶圆进行轰击,得到纳米孔芯片,纳米孔制备完成。

进一步的,所述氮化硅薄膜通过低压气相化学沉积技术沉积于所述二氧化硅薄膜背离所述硅晶圆的一侧,且其中一面氮化硅薄膜的厚度为100nm,另一面为500nm,所述光刻胶位于厚度为500nm的所述氮化硅薄膜背离所述硅晶圆的一侧。

进一步的,所述氮化硅薄膜通过等离子刻蚀技术进行腐蚀,所述二氧化硅薄膜通过氟化氢进行腐蚀。

本发明的第三目的是提供一种短片段dna序列特异性传感检测方法的短片段dna序列检测系统,包括纳米孔,所述纳米孔内偶联有dna探针;还包括能够将dna序列特异性识别过程中产生的时空信号转换为可测量的电输出信号的数字转换器。。

综上所述,本发明具有以下有益效果:

1.在纳米孔内表面通过非原位的方法或原位方法将硅烷通过共价修饰到固态纳米孔上;

2.在硅烷修饰的基础上进一步通过化学偶联剂将dna探针固定在纳米孔内;

对dna探针与目标dna链识别过程中时空信号的改变进行提取分析,以了解其规律,从而帮助对dna序列进行判断。

附图说明

图1为本发明提供的不同电压下的特异性互补序列易位信号图;

图2为本发明提供的电压与阻塞电流(a)和易位持续事件(b)的函数关系图;

图3为本发明提供的短片段dna序列检测系统整体图。

具体实施方式

以下结合附图1-3对本发明作进一步详细说明。

本发明披露了一种短片段dna序列特异性传感检测方法,具体包括以下步骤。

实施例:

s1:功能化纳米孔。

本实施例中,在纳米孔内表面通过原位方法或非原位方法将甲基硅烷、三氟硅烷及羧基硅烷通过共价修饰到纳米孔上,实现纳米孔表面和内壁的差异化修饰改性。并进一步通过调控溶液的ph来调控纳米孔表面的电荷,当然也可以将梳状接枝共聚物,如poly-l-lysine-graft-poly(ethyleneglycol),通过共价或者非共价的方式修饰在纳米孔表面,以屏蔽纳米孔表面所带的电荷。

在硅烷修饰的基础上,进一步通过化学偶联剂,采用硅烷偶联分子如氨基硅烷、对苯二异硫氰酸酯、edc(1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐)、nhs(n-羟基琥珀酰亚胺)实现纳米孔内壁dna探针的固定与定点组装,从而将dna探针固定在纳米孔内,得到功能化纳米孔。dna探针可以根据实际需要设计为不同的序列,在实际使用时可以选择将不同的dna探针固定在纳米孔内壁,本实施例中所用为42-mer寡核苷酸探针分子。

s1’:对纳米孔及功能化纳米孔进行表征,以确认dna探针是否有效固定。

通过sem、tem、afm等对纳米孔形态结构进行表征,接触角测量仪、伏安电流曲线、sem、tem等技术手段对纳米孔化学修饰改性进行表征(如羧基硅烷亲水修饰,三氟硅烷疏水修饰等)。借助纳米孔内电流信号变化判断孔内dna探针是否有效固定。用扫描电镜或原子力显微镜对dna探针取向、空间位置进行表征,用分子力谱、fret荧光标记探针等评估dna探针是否有效固定化。

s2:dna特异性检测,使目标dna链穿过功能化纳米孔进行特异性识别,即已知序列的dna探针与目标dna链杂交;

通过电压反馈控制单个碱基和多个碱基突变的目标dna链穿过功能化纳米孔,并进行特异性识别。

s3:信号提取及分析,对dna探针与目标dna链杂交过程中的时空信号进行提取、分析。

已知序列的dna探针分子与未知的目标dna链杂交,dna探针的核苷酸序列通过杂交互补实现识别目标dna链;通过数字滤波器或小波变换等技术提高dna探针与目标dna链杂交过程中,功能化纳米孔本底噪声的信噪比,并对杂交形成双链过程中产生的电流信号进行分析,研究dna探针与目标dna链在纳尺度下特异性识别分子运动规律。

本实施例研究了dna探针识别单个碱基突变时的离子电流特征,并对该过程中发生的特异性互补易位事件进行分析,结果如附图1和附图2所示。

附图1为不同电压下的特异性互补序列易位信号图,根据该图可知,随着电压的增大从150mv到300mv,l3到l1这个小的平台逐渐消失,直到400mv时这个小的平台l0彻底消失,这个小的平台就是特异性互补易位事件,在较小的电压下,解链时间较长,在150mv的电压下的解链时间大约是3.6ms,随着电压的增加解链时间加快,直到在400mv的电压下,解链时间平台消失。

附图2为电压与阻塞电流(a)和易位持续事件(b)的函数关系图,根据该图可知,电压与特异性互补易位事件的阻塞电流呈线性增长,与易位时间成指数衰减的关系。

通过对dna探针与目标dna链在纳尺度下特异性识别过程中的电输出信号规律进行探索研究,那么后续可以通过测量特异性互补后离子电流的变化来分析dna序列。

本发明还披露了一种基于上述的短片段dna序列特异性传感检测方法的短片段dna序列检测系统,可用于短片段dna特异性序列分析以及碱基突变检测。如附图3所示,具有单碱基突变、两个碱基突变或者三个碱基突变的目标dna链与偶联在纳米孔内壁的dna探针进行特异性识别,并对识别过程中产生的时空信号进行提取,通过数字转换器将其转换为可测量的电输出信号,并对该信号的规律进行研究,以用于辅助推断目标dna链的序列。其在医学诊断检测方面可以给医生提供强大、高效、精准的手段对于疾病(尤其癌症)的预警具有重要的意义;为研制固态纳米孔测序仪奠定基础,同时将推动功能基因组学、精准个体化医学以及个体化药学的发展;开辟生物分子的无标记检测、生物化学和生物物理学研究的新平台。

本发明还披露了一种纳米孔的制备方法,具体为一种固态纳米孔的制备方法。

首先清洗硅晶圆,本实施例中所用硅晶圆为单晶<100>型双面剖光的硅晶圆,其直径为100nm,厚度为300μm;其次,通过热氧化法在硅晶圆的两面分别沉积一层100nm厚的二氧化硅薄膜;然后,通过低压气相化学沉积技术在其中一面二氧化硅薄膜背离硅晶圆的一侧沉积一层100nm厚的氮化硅薄膜,另一面二氧化硅薄膜背离硅晶圆的一侧沉积一层500nm厚的氮化硅薄膜;接着,利用甩胶机在已沉积500nm厚的氮化硅薄膜背离硅晶圆的一侧均匀地覆盖一层光刻胶,基片上形成一个500μm×500μm的正方形窗口;之后,采用等离子刻蚀技术对氮化硅薄膜进行垂直腐蚀,利用氟化氢腐蚀二氧化硅薄膜至硅基底终止;利用feistrata201fib系统的稼粒子束对硅晶圆进行轰击,得到纳米孔芯片,完成纳米孔的制备。当然,其他实施例中也开始利用聚焦电子束、聚焦ga离子束以及聚焦he离子束等大型加工平台制备多种尺寸及形状的纳米孔,只要能够根据实际需要完成纳米孔的制备即可。

以上所述仅是本发明的优选实施方式,本发明的保护范围并不仅局限于上述实施例,凡属于本发明思路下的技术方案均属于本发明的保护范围。应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理前提下的若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

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