1.一种脱氧核糖核酸酶1样蛋白质3(d1l3)变体,其中所述d1l3蛋白质变体具有以下中的一种或多种:增加的对蛋白水解降解的抗性;延长的循环半衰期;在体外表达系统中较高的生产水平;以及未明显变低的、相同的或较佳的体外染色质和/或net降解活性;在各种情况下均与seqidno:4和/或seqidno:5的野生型d1l3蛋白质相比。
2.根据权利要求1所述的d1l3变体,其中所述d1l3变体是融合蛋白,所述融合蛋白包含与由seqidno:4或seqidno:5限定的成熟酶具有至少80%同一性的氨基酸序列、在所述成熟酶的n端侧的白蛋白氨基酸序列以及在所述白蛋白氨基酸序列与所述成熟酶的氨基酸序列之间的连接氨基酸序列。
3.根据权利要求2所述的d1l3变体,其中所述d1l3变体包含与所述由seqidno:4或seqidno:5限定的成熟酶具有至少90%同一性的氨基酸序列。
4.根据权利要求2所述的d1l3变体,其中所述d1l3变体具有c端碱性结构域的至少5个氨基酸的缺失,所述c端碱性结构域由seqidno:4或seqidno:5的23个c端氨基酸限定。
5.根据权利要求4所述的d1l3变体,其中所述d1l3具有所述c端碱性结构域的至少10个氨基酸的缺失。
6.根据权利要求4所述的d1l3变体,其中所述d1l3具有所述c端碱性结构域的至少15个氨基酸的缺失。
7.根据权利要求6所述的d1l3变体,其中所述d1l3具有整个所述c端碱性结构域的缺失。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的d1l3变体,其中所述d1l3具有在对应于seqidno:4的101位的位置处的氨基酸取代。
9.根据权利要求8所述的d1l3变体,其中所述d1l3具有氨基酸取代q101r。
10.根据权利要求2所述的d1l3变体,其中接头是柔性、刚性的或包含蛋白酶裂解位点。
11.根据权利要求10所述的d1l3变体,其中所述接头是柔性接头。
12.根据权利要求10或11所述的d1l3变体,其中所述接头具有至少10个氨基酸,或至少15个氨基酸。
13.根据权利要求12所述的d1l3变体,其中所述接头具有15至35个氨基酸。
14.根据权利要求1所述的d1l3变体,其中所述变体包含seqidno:8至30中的任一个的氨基酸序列,在各种情况下任选地具有一至二十个独立地选自插入、缺失或取代的氨基酸修饰。
15.根据权利要求14所述的d1l3变体,其中所述变体具有seqidno:19、seqidno:22、seqidno:26、seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29或seqidno:30的氨基酸序列。
16.根据权利要求1至14中任一项所述的d1l3变体,所述d1l3变体包含一个或多个来自d1的构造单元取代,和/或与seqidno:4的酶相比,半胱氨酸残基的一个或多个缺失或取代。
17.根据权利要求16所述的d1l3变体,其中对应于seqidno:4的c68的氨基酸被取代。
18.根据权利要求17所述的d1l3变体,其中所述对应于seqidno:4的c68的氨基酸被选自ala、ser和gly的氨基酸取代。
19.根据权利要求16所述的d1l3变体,其中所述变体包含取代n64_i70delinshltavgk,其任选地通过一个、两个或三个氨基酸取代、缺失或插入修饰,条件是所述构造单元取代未被修饰成包括半胱氨酸残基。
20.根据权利要求1所述的d1l3变体,所述d1l3变体包含与对应于c68和/或c194的氨基酸缀合的peg。
21.根据权利要求1或2所述的d1l3变体,所述d1l3变体具有对存在于seqidno:4和/或seqidno:5中的精氨酸和赖氨酸残基的一个或多个取代,其中与seqidno:4的蛋白质或seqidno:5的蛋白质相比,所述取代使得所述d1l3变体对由纤维蛋白溶酶、凝血酶和/或胰蛋白酶引起的蛋白水解具有较低敏感性。
22.根据权利要求21所述的d1l3变体,其中所述精氨酸和赖氨酸取代中的一个或多个对应于seqidno:4的以下位置:k180、k200、k259和r285。
23.根据权利要求22所述的d1l3变体,其中所述精氨酸或赖氨酸取代选自相对于seqidno:4的k180a、k200a、k259a和r285a中的一个或多个。
24.根据权利要求22所述的d1l3变体,其中所述变体包含选自以下的取代:相对于seqidno:4的k180_a181delinsgl、p198_a201delinsrpsq和k259a。
25.根据权利要求21所述的d1l3变体,其中所述变体包含成对的碱性残基的一个或多个突变,所述成对的碱性残基对应于选自seqidno:4的k50/r51、r80/r81、k114/r115、k199/k200、k226/k227、k291/k292、r297/k298/k299和k303/r304的位置。
26.根据权利要求25所述的d1l3变体,其中成对的碱性残基的所述一个或多个突变包括选自相对于seqidno:4的r114t、r114a、r114d、r114q、k227s和k227e的氨基酸取代。
27.根据权利要求25所述的d1l3变体,其中成对的碱性残基的所述一个或多个突变包括选自相对于seqidno:4的r51k、r81k、r115k和r304k的氨基酸取代。
28.根据权利要求10所述的d1l3变体,其中所述接头能够由凝血途径蛋白酶裂解。
29.根据权利要求28所述的d1l3变体,其中所述接头能够由因子xii或中性粒细胞蛋白酶裂解。
30.一种脱氧核糖核酸酶1(d1)变体,所述d1变体包含与由seqidno:1限定的酶具有至少80%同一性的氨基酸序列,和半胱氨酸残基的一个或多个缺失或取代。
31.根据权利要求30所述的d1变体,其中对应于seqidno:1的c123和c126的一个或多个氨基酸缺失或被取代。
32.根据权利要求31所述的d1变体,其中所述一个或多个半胱氨酸被独立地选自ala、ser和gly的氨基酸取代。
33.根据权利要求30所述的d1变体,其中所述变体包含取代g122_n128delinsyqgda。
34.根据权利要求30至33中任一项所述的d1变体,其中所述d1变体是融合蛋白,所述融合蛋白包含白蛋白氨基酸序列和任选的肽接头。
35.根据权利要求34所述的d1变体,其中所述融合蛋白的白蛋白结构域位于d1结构域的n端侧。
36.根据权利要求34或35所述的d1变体蛋白质,其中肽接头插入于所述白蛋白结构域与所述d1结构域之间。
37.根据权利要求36所述的d1变体,其中所述肽接头是柔性接头、刚性接头或蛋白酶可裂解的接头。
38.根据权利要求37所述的d1变体,其中所述接头具有至少10个氨基酸,或至少15个氨基酸。
39.根据权利要求37所述的d1变体,其中所述接头具有15至35个氨基酸。
40.根据权利要求34至39中任一项所述的d1变体,其中所述融合蛋白的d1结构域包含与由seqidno:4或seqidno:5限定的成熟酶具有至少80%同一性的氨基酸序列。
41.根据权利要求40所述的d1变体,其中与seqidno:1的野生型d1蛋白质相比,所述d1变体具有至少80%的dna降解活性。
42.根据权利要求40或41所述的d1变体,其中所述d1变体包含与所述seqidno:1的酶具有至少85%,或至少90%,或至少95%,或至少98%同一性的氨基酸序列。
43.一种d1变体,所述d1变体包含与由seqidno:1限定的酶具有至少80%同一性的氨基酸序列,且具有与对应于c123和/或c126的氨基酸缀合的peg。
44.一种脱氧核糖核酸酶1样蛋白质1(d1l1)变体,所述变体包含与由seqidno:2限定的酶具有至少80%同一性的氨基酸序列,和一个或多个缺失或被取代的半胱氨酸残基。
45.根据权利要求44所述的d1l1变体,其中至少一个被取代或缺失的半胱氨酸残基位于对应于seqidno:2的c22或c50的位置。
46.根据权利要求45所述的d1l1变体,其中所述被取代的半胱氨酸残基中的一个或多个被氨基酸gly、arg或ser取代。
47.根据权利要求44至46中任一项所述的d1l1变体,其中所述d1l1变体包含与seqidno:2的酶具有至少85%、或至少90%、或至少95%、或至少98%同一性的氨基酸序列。
48.根据权利要求44至47中任一项所述的d1l1变体,其中所述d1l1变体是融合蛋白,所述融合蛋白包含白蛋白氨基酸序列和任选地在d1l1结构域与白蛋白结构域之间的肽接头。
49.根据权利要求48所述的d1l1变体,其中所述白蛋白结构域位于所述d1l1结构域的n端侧。
50.根据权利要求48或49所述的d1l1变体,其中所述融合蛋白包含肽接头,其中所述肽接头是柔性接头、刚性接头或蛋白酶可裂解的接头。
51.一种d1l1变体,所述d1l1变体包含与由seqidno:2限定的酶具有至少80%同一性的氨基酸序列,且具有与对应于c22和/或c50的氨基酸缀合的peg。
52.一种脱氧核糖核酸酶1样蛋白质2(d1l2)变体,所述变体包含与由seqidno:3限定的酶具有至少80%同一性的氨基酸序列,和一个或多个被取代的或缺失的半胱氨酸残基。
53.根据权利要求52所述的d1l2变体,其中对应于seqidno:3的c43的半胱氨酸残基被取代或缺失。
54.根据权利要求52或53所述的d1l2变体,其中所述被取代的半胱氨酸残基中的一个或多个被氨基酸gly、arg或ser取代。
55.根据权利要求52至54中任一项所述的d1l2变体,其中所述d1l2变体包含与seqidno:2的酶具有至少85%、或至少90%、或至少95%、或至少98%同一性的氨基酸序列。
56.根据权利要求52至55中任一项所述的d1l2变体,其中所述变体是融合蛋白,所述融合蛋白包含白蛋白氨基酸序列和任选地在d1l2结构域与白蛋白结构域之间的肽接头。
57.根据权利要求56所述的d1l2变体,其中所述白蛋白结构域位于所述d1l2结构域的n端侧。
58.根据权利要求56或57所述的d1l2变体,其中肽接头插入于所述白蛋白结构域与所述d1l2结构域之间。
59.根据权利要求58所述的d1l2变体,其中所述肽接头是柔性接头、刚性接头或蛋白酶可裂解的接头。
60.一种d1l2变体,所述d1l2变体包含与由seqidno:3限定的酶具有至少80%同一性的氨基酸序列,且具有与对应于c43的氨基酸缀合的peg。
61.一种分离的多核苷酸,所述多核苷酸编码权利要求1至60中任一项所述的d1、d1l1、d1l2或d1l3变体。
62.根据权利要求61所述的分离的多核苷酸,其中所述多核苷酸是mrna。
63.根据权利要求61所述的分离的多核苷酸,其中所述多核苷酸是dna。
64.一种载体,所述载体包含权利要求61至63中任一项所述的多核苷酸。
65.一种宿主细胞,所述宿主细胞包含权利要求64所述的载体。
66.一种宿主细胞,所述宿主细胞被修饰成表达权利要求1至60中任一项所述的d1、d1l1、d1l2或d1l3变体。
67.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求1至60中任一项所述的d1、d1l1、d1l2或d1l3变体;根据权利要求61至63中任一项所述的多核苷酸;根据权利要求64所述的载体;或根据权利要求65或66所述的宿主细胞;和药学上可接受的载剂。
68.根据权利要求67所述的药物组合物,所述药物组合物被配制成用于表面、肠胃外或经肺施用。
69.根据权利要求68所述的药物组合物,所述药物组合物被配制成用于皮内、肌肉内、腹膜内、关节内、静脉内、皮下、动脉内、经口、舌下、经肺或透皮施用。
70.一种用于治疗需要细胞外dna降解、细胞外染色质降解、细胞外陷阱(et)降解和/或中性粒细胞胞外陷阱(net)降解的受试者的方法,所述方法包括施用治疗有效量的权利要求67至69中任一项所述的组合物。
71.根据权利要求70所述的方法,其中所述受试者具有d1l3基因的功能丧失性突变。
72.根据权利要求70或71所述的方法,其中所述受试者患有选自以下的疾患:慢性中性白细胞增多、中性粒细胞聚集或白细胞淤滞、血栓形成或血管闭塞、局部缺血-再灌注损伤、手术或创伤性组织损伤、急性或慢性炎症性反应或疾病、自身免疫疾病、心血管疾病,代谢疾病、全身性炎症、呼吸道炎症性疾病、肾炎症性疾病、与移植组织相关的炎症性疾病和癌症。
73.根据权利要求70或71所述的方法,其中所述受试者具有阻塞导管系统的net或有产生所述net的风险,其中所述疾患任选地选自胰腺炎、胆管炎、结膜炎、乳腺炎、干眼病、输精管梗阻和肾病。
74.根据权利要求70或71所述的方法,其中所述受试者具有在内皮表面上积聚的net或有产生所述net的风险。
75.根据权利要求70至74中任一项所述的方法,其中d1l3变体是包含白蛋白氨基酸序列的融合蛋白,且以肠胃外方式向所述受试者施用,其中所述施用是约每周一次。
76.一种用于产生根据权利要求1至60中任一项所述的重组脱氧核糖核酸酶变体的方法,所述方法包括培养表达多核苷酸的细胞,所述多核苷酸编码所述脱氧核糖核酸酶变体;和回收重组蛋白质。
77.根据权利要求76所述的方法,其中所述细胞是毕赤酵母。
78.根据权利要求77所述的方法,其中所述毕赤酵母细胞具有天冬氨酸蛋白酶3和/或枯草溶菌素的基因缺失或失活,或药理学抑制。
79.根据权利要求76所述的方法,其中所述细胞是cho细胞。
80.根据权利要求79所述的方法,其中所述cho细胞具有弗林蛋白酶的基因缺失或失活,或药理学抑制。
81.根据权利要求76至80中任一项所述的方法,其中所述脱氧核糖核酸酶变体是d1l3变体,所述d1l3变体包含成对的碱性残基的一个或多个突变,所述成对的碱性残基对应于选自seqidno:4的k50/r51、r80/r81、k114/r115、k199/k200、k226/k227、k291/k292、r297/k298/k299和k303/r304的位置。
82.根据权利要求81所述的方法,其中成对的碱性残基的所述一个或多个突变包括选自r114t、r114a、r114d、r114q、k227s和k227e的氨基酸取代。
83.根据权利要求81所述的方法,其中成对的碱性残基的所述一个或多个突变包括选自r51k、r81k、r115k和r304k的氨基酸取代。
84.一种用于产生重组d1蛋白质家族成员或其变体的方法,所述方法包括在聚阴离子化合物存在下培养表达多核苷酸的细胞,所述多核苷酸编码脱氧核糖核酸酶变体;和回收所述重组蛋白质。
85.根据权利要求84所述的方法,其中所述重组d1蛋白质家族成员是d1、d1l3、d1l1或d1l2的变体。
86.根据权利要求84或85所述的方法,其中所述聚阴离子是选自硫酸葡聚糖、肝素、柠檬酸铁和edta中的一种或多种。
87.根据权利要求86所述的方法,其中所述聚阴离子是硫酸葡聚糖。
88.根据权利要求84至87中任一项所述的方法,其中所述细胞是原核细胞或真核细胞。
89.根据权利要求88所述的方法,其中所述脱氧核糖核酸酶是使用非哺乳动物表达系统表达,所述非哺乳动物表达系统任选地是毕赤酵母、酵母属种,或大肠杆菌。
90.根据权利要求89所述的方法,其中所述表达系统是毕赤酵母。
91.根据权利要求90所述的方法,其中所述毕赤酵母细胞具有天冬氨酸蛋白酶3和/或枯草溶菌素的基因缺失或失活,或药理学抑制。
92.根据权利要求88所述的方法,其中所述细胞是cho细胞。
93.根据权利要求92所述的方法,其中所述cho细胞具有弗林蛋白酶的基因缺失或失活,或药理学抑制。
94.根据权利要求84至93中任一项所述的方法,其中所述重组d1家族成员包含在n端通过肽接头融合的白蛋白的融合物。
95.根据权利要求94所述的方法,其中所述接头是柔性接头。
96.根据权利要求95所述的方法,其中所述接头是可裂解接头,任选地能够被凝血途径蛋白酶或中性粒细胞蛋白酶裂解。
97.根据权利要求96所述的方法,其中凝血因子蛋白酶是因子xii。
98.根据权利要求97所述的方法,其中所述肽接头选自因子xi或前激肽释放酶中的fxii裂解位点的全部或一部分。
99.根据权利要求84至98中任一项所述的方法,其中所述重组d1家族成员或变体利用构建体表达,所述构建体编码指导所述重组蛋白质从所述细胞分泌的信号肽。
100.根据权利要求84至99中任一项所述的方法,其中所述重组d1家族成员或变体使用阴离子交换树脂从所述聚阴离子化合物纯化。
101.根据权利要求100所述的方法,其中所述重组d1家族成员或变体使用阳离子交换树脂进一步纯化。