Y染色体中特异性甲基化位点作为癌症诊断标志物的应用

文档序号:8277719阅读:540来源:国知局
Y染色体中特异性甲基化位点作为癌症诊断标志物的应用
【技术领域】
[0001]本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种作为癌症诊断标志物的Y染色体中特异甲基化位点及其应用。
【背景技术】
[0002]DNA甲基化是一种常见的表观遗传(epigenetic)修饰,在DNA甲基转移酶催化下,利用S—腺苷甲硫氨酸提供的甲基,将胞嘧啶的第5位碳原子甲基化,从而使胞嘧啶转化为5 —甲基胞嘧啶,其对基因的表达调控有着至关重要的作用。
[0003]癌症,又被称为恶性肿瘤,是由控制细胞生长增殖机制的失常而引起的疾病。正常情况下,细胞的生长增殖由包括癌基因和抑癌基因在内的一些调控生长发育的基因严密调控,保持正常的生理状态;在受到辐射,化学污染,病毒感染以及内分泌失衡等多种因素的影响下,导致体内癌基因的激活以及抑癌基因的失活,从而导致的癌症的发生。除了基因突变之外,表观遗传如组蛋白修饰、DNA甲基化等异常调节也在肿瘤的发生发发展过程中起着重要的作用。在多种癌症中均有发现表观修饰的异常。总之,肿瘤的发生时一个极其复杂的过程,是由于体内癌基因、抑癌基因以及表观修饰等异常调节并积累的结果。
[0004]DNA甲基化与癌症的发生有着密切的关系,在许多癌症中都发现存在DNA甲基化异常的现象。DNA甲基化具有一定的稳定性,它是癌症发生中的早期事件。近年来许多研宄证明,DNA的甲基化异常可以作为一种癌症诊断的生物标志物。目前,许多特定基因启动子区的DNA甲基化异常被用来作为前列腺癌诊断的一种潜在标志物。
[0005]目前前列腺癌的主要诊断方法是直肠诊断、血清PSA、组织免疫切片等,其中组织免疫切片是前列腺癌的黄金诊断方法,但是由于其要首先获得病人的前列腺组织,给病人带来较大的痛苦,不太适合前期诊断。PSA是目前用于前列腺癌前期诊断的一种标志物,但是其检测并不是十分精确,存在一定的灰区。所以寻找一种方便准确的诊断标志物对于前列腺癌的早期诊断十分迫切。
[0006]现有技术中,存在各种针对DNA甲基化监测的方法,比如CN104062334A所公开的一种针对DNA甲基化监测的定量分析方法,再比如DNA甲基化芯片技术。但是,现阶段在检测甲基化是否异常时缺乏一个统一的、较为准确的标准,无法通过特定位点甲基化水平的变化以尽早预测患有癌症的风险。

【发明内容】

[0007]本发明的目的是提供一种癌症早期诊断的方法。
[0008]为了达到上述目的,本发明提供一种利用检测Y染色体特定甲基化位点甲基化水平的变化情况来辅助诊断癌症的方法。
[0009]本发明人通过癌旁间以及癌旁和癌间分别对比,找出了特定的甲基化位点,即在癌旁中个体间差异很小而在癌中具有明显差异的甲基化位点,并以该位点在癌旁中的平均甲基化水平作为验证标准,对比待检测病人的该位点甲基化水平,观察是否发生异常,来判断病人是否具有患有前列腺癌的风险。
[0010]具体地,首先从癌旁样本中筛选出相对保守的甲基化位点;然后再根据癌组织和癌旁组织进行对比,找出具有明显差异的位点;最后筛选出具有明显差异的保守性甲基化位点,即可作为潜在的诊断标志物。
[0011]所述保守性甲基化位点为癌旁样本间SD值小于等于0.25的点;所述明显差异为癌组织和癌旁组织甲基化水平差值的绝对值大于等于0.2,P值小于等于0.01。
[0012]因此,在本发明的一个方面,本发明提供一种Y染色体特异性甲基化位点,该位点的甲基化水平的突变可以作为前列腺癌诊断的新的靶点。
[0013]在另一个方面,本发明提供一种Y染色体特异性甲基化位点的筛选方法,所述方法包括:a)获取患者样本,b)从a)步骤获得的样本提取DNA,c)确定样本的全基因组甲基化水平,d)分析Y染色体甲基化信息,e)筛选甲基化保守位点,f)筛选具有明显差异的甲基化位点,g)筛选具有明显差异的甲基化保守位点。
[0014]优选地,所述样本为癌组织和癌旁组织。所述癌组织优选为前列腺癌组织。
[0015]优选地,所述甲基化保守位点为在癌旁组织中样本间标准方差SD值小于等于
0.25的点。
[0016]优选地,所述明显差异为甲基化水平变化在0.2及以上,且P值和q值均小于等于
0.0lo可选地,所述变化为升高或降低。
[0017]优选地,所述具有明显差异的甲基化保守位点为癌旁样本间标准方差SD值在
0.25以内且在癌组织中甲基化水平升高或降低了 0.2及以上水平的点。
[0018]在又一个方面,本发明提供了一种癌症诊断标志物,所述标志物由Y染色体中特异性甲基化位点组成,所述位点通过上述方法筛选得到。
[0019]具体地,所述癌症诊断标志物包括cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cgl4466580 和 cg27539893。
[0020]在另一个方面,本发明提供了一种癌症诊断标志物在制备癌症早期诊断的试剂中的用途。优选地,所述癌症为前列腺癌。
[0021]在另一个方面,本发明提供了一种癌症诊断标志物在制备预测癌症发生风险的试剂中的用途。优选地,所述癌症为前列腺癌。
[0022]在另一个方面,本发明提供了一种早期诊断癌症的试剂盒。优选地,所述癌症为前列腺癌。
[0023]有益效果:
[0024]本发明提供了一种有效筛选癌症诊断标志物的方法,并提供了较为准确的筛选标准,拓展了癌症临床检测的途径,所筛选出的特异性位点可以有效用于癌症的早期快速诊断。
【附图说明】
[0025]图1为癌旁组织中筛选出的75个保守位点的甲基化水平热图。
[0026]图2为癌组织和癌旁组织对比筛选出的37个具有明显变化的甲基化位点。
[0027]图3为在75个癌旁组织中保守的位点,6个在癌组织中发生了明显的变化。
[0028]图4为筛选出的最终的6个位点的甲基化水平(上图),以及每个位点在66例癌组织中发生明显变化的比例(下图,黑色标记代表明显变化)。
【具体实施方式】
[0029]以下实施例用于举例说明本发明,其并不用于限制本发明。
[0030]实施例1癌组织及癌旁组织的收集鉴定
[0031]从病人癌症切割手术中搜集组织,并经具有丰富经验的医师通过组织免疫切片将癌组织和癌旁组织区分对应收集。
[0032]实施例2保守甲基化位点的筛选
[0033]搜集获取66例前列腺癌病人的癌旁组织,并从中提取DNA。利用DNA甲基化芯片测得66例样本的全基因组甲基化水平,分取其中Y染色体甲基化信息分析对比,根据样本间的SD值筛选出甲基化保守位点(SD值< 0.25)。结果参见图1。
[0034]实施例3明显差异的甲基化位点的筛选
[0035]利用Illumina Methylat1n Analyzer (IMA)软件包,根据66对癌组织和癌旁组织间的Y染色体上DNA甲基化水平比对,筛选出在癌组织中具有明显变化的DNA甲基化位点(甲基化水平变化β彡0.2,P值彡0.01)。
[0036]实施例4筛选出发生明显变化的保守性位点
[0037]根据实施例2和实施例3中的结果,筛选出两者的交集(即在癌旁组织中保守而在癌组织中发生明显变化的甲基化位点),共6个位点(见图3),并且将这6个位点在每一对癌-癌旁中对比检测,计算出有多少比例的癌中确实发生了明显的甲基化变化(见图4)。这些交集位点即在癌中发生明显甲基化水平变化的保守位点,可以作为前列腺癌诊断的标志物。
[0038]以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
【主权项】
1.一种癌症早期诊断的方法,其特征在于,利用检测Y染色体特定甲基化位点甲基化水平的变化情况来辅助诊断癌症的方法。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于: 从癌旁样本中筛选出相对保守的甲基化位点,根据癌组织和癌旁组织进行对比,找出具有明显差异的位点,筛选出具有明显差异的保守性甲基化位点作为诊断标志物。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于: 所述保守性甲基化位点为癌旁样本间SD值小于等于0.25的点;所述明显差异为癌组织和癌旁组织甲基化水平差值的绝对值大于等于0.2,P值小于等于0.01。
4.一种Y染色体特异性甲基化位点,其特征在于,该位点的甲基化水平的突变可以作为前列腺癌诊断的靶点;优选地,所述位点包括cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cgl4466580 和 cg27539893。
5.—种Y染色体特异性甲基化位点的筛选方法,所述方法包括:a)获取患者样本,b)从a)步骤获得的样本提取DNA,c)确定样本的全基因组甲基化水平,d)分析Y染色体甲基化信息,e)筛选甲基化保守位点,f)筛选具有明显差异的甲基化位点,g)筛选具有明显差异的甲基化保守位点。
6.根据权利要求5所述的方法,其中所述样本为癌组织和癌旁组织,所述癌组织优选为前列腺癌组织。
7.根据权利要求5或6所述的方法,其中所述甲基化保守位点为在癌旁组织中样本间标准方差SD值小于等于0.25的点,所述明显差异为甲基化水平变化在0.2及以上,且P值和q值均小于等于0.01 ;可选地,所述变化为升高或降低。
8.—种癌症诊断标志物,所述标志物由Y染色体中特异性甲基化位点组成,所述位点通过权利要求5 - 7任一项的方法筛选得到。
9.权利要求8的癌症诊断标志物,其中所述癌症诊断标志物包括cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cgl4466580 和 cg27539893。
10.一种癌症诊断标志物在制备癌症早期诊断或预测癌症发生风险的试剂中的用途或是一种早期诊断癌症的试剂盒,优选地,所述癌症为前列腺癌。
【专利摘要】本发明涉及一种癌症早期诊断的方法,具体涉及一种Y染色体特异性甲基化位点的筛选方法,所述方法包括:a)获取患者样本,b)从a)步骤获得的样本提取DNA,c)确定样本的全基因组甲基化水平,d)分析Y染色体甲基化信息,e)筛选甲基化保守位点,f)筛选具有明显差异的甲基化位点,g)筛选具有明显差异的甲基化保守位点。本发明还涉及通过上述筛选方法获得的癌症诊断标志物,以及其在制备癌症早期诊断、预测癌症发生风险的试剂或试剂盒中的用途,优选地,上述癌症为前列腺癌。
【IPC分类】C12Q1-68, C12N15-11
【公开号】CN104593500
【申请号】CN201510027708
【发明人】孙英丽, 姚鲁帅
【申请人】中国科学院北京基因组研究所
【公开日】2015年5月6日
【申请日】2015年1月20日
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