基于ssr基因型生成果树ssr分子身份证号码的方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及分子生物学的分子标记领域，具体提供了一种基于SSR基因型生成果 树SSR分子身份证号码的方法。
【背景技术】
[0002] 近些年来，果树科研与产业获得了快速发展，新品种选育推广速度加快，大量优良 的果树品种被应用于生产。建立一套简便、快速、可靠的果树品种分子鉴别系统，用于育种 和推广环节的品种鉴定，对于提高育种效率，加速育种进程，维护育种者和生产者的利益， 保障果树产业健康发展，具有重要而现实的意义。
[0003]SSR也称微卫星、短串联重复（STR)，是由长度为1一6个喊基的基兀，串联重复而 成的，广泛分布于基因组中。SSR是基因组中变异最为迅速的序列，其串联重复数的突变率 很高，从而产生了很多等位基因，形成了SSR的高度多态性。SSR标记是基于PCR扩增的分 子标记，较之基于分子杂交的RFLP标记和基于酶切位点的AFLP标记要简单、方便地多。与 RAH)和AFLP的随机引物标记不同的是，SSR标记呈共显性，引物由待检物种的基因组序列 开发而来，物种特异性强，不易受内生及外源微生物基因组的影响，结果准确可靠，较少的 引物组合可达到较高的检测精度。正是基于这些优点，国际植物品种权保护组织（UP0V)于 2007年将SSR与最新发展的SNP标记一起确定为构建DNA指纹数据库和品种DUS测试的标 记方法。
[0004] 指纹图谱技术是利用DNA标记构建品种分子鉴别系统的常规方法，但是将品种指 纹数据图形化的指纹图谱展示形式并不利于品种间指纹信息的比较。分子身份证技术将品 种指纹数据或指纹图谱数据化成分子身份证号码码，其数字形式更利于品种指纹信息的分 析和比较。目前，果树分子身份证体系建设还处于起步阶段，鉴于果树科研与产业快速发展 的现状，建立果树SSR分子身份证体系具有重要的技术和现实意义。
【发明内容】
[0005] 为了克服现有技术的不足，本发明提供了一种基于SSR基因型生成果树SSR分子 身份证号码码的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：筛选用于果树品种扩增的SSR 引物，对果树品种进行PCR扩增；PCR扩增产物经电泳检测后，统计果树品种在各SSR位点 的基因型，对各SSR位点的所有基因型按升序排列后赋值，没有扩增产物的"零基因型"记 为〇〇,其余按顺序从01向99编号，再以此为标准将各品种在各SSR位点的基因型编号按预 定的SSR位点顺序进行串联，从而形成果树品种SSR分子身份证号码码。
[0006] 其中，统计果树品种在各SSR位点的基因型具体为：按照"第一分子量/第二分子 量"的格式，统计果树品种在各SSR位点的基因型。
[0007] 其中，为每个SSR位点设置2位字符编码，具体为：如果是没有PCR扩增产物，则为 "零基因型"，该"零基因型"用表示，赋值为"00"，其余基因型按照升序方式依次从01 向99赋值。
[0008] 其中，为每个SSR位点设置2位字符编码，还包括：当00~99共100个编号用完 后，还可以引入字母从aa向zz增加编号676个。
[0009] 其中，第一分子量小于等于所述第二分子量，当基因型纯合时，第一分子量等于第 二分子量，当基因型杂合时，第一分子量小于第二分子量。
[0010] 其中，第二分子量大于等于所述第一分子量。
[0011] 本发明提供的基于SSR基因型生成SSR分子身份证的方法，充分考虑到了选择、突 变、漂变等因素造成的各SSR位点等位基因频率的差异，释放出了常用编号方法本身无法 利用和赋予低频率等位基因或稀有等位基因的过多的编号资源。
【具体实施方式】
[0012] 以下将结合具体实施例对本发明作进一步详细说明。
[0013] 应当注意的是，下述实施例中描述的技术特征或者技术特征的组合不应当被认为 是孤立的，它们可以被相互组合从而达到更好的技术效果。
[0014] 实施例1以梨树为例进一步阐述本发明。
[0015] 参试梨树品种如下：1-白皮酥、2-高平大黄、3-汉源大白梨、4-冀蜜、5-金川雪 梨、6-金华早、7-晋州大鸭梨、8-彬县老遗生、9-巨鹿小木梨、10-苹果梨、11-胎黄梨、 12-天生伏、13-泊头大鸭梨、14-万荣金梨、15-香茌、16-香水、17-孝义伏、18-兴隆麻梨、 19-雪花、20-鸭梨、21-赵县大鸭梨、22-郑家梨、23-薄山池梨、24-茌梨、25-崇化大、26-砀 山酥、27-利布林、28-日面红、29-身不知、30-绿安久、31-外引红梨、32-八月红、33-花红 梨、34-火把、35-龙泉酥、36-鲁南黄皮水、37-马蹄黄、38-苍溪雪梨、39-蒲瓜梨、40-水葫 芦、41-巍山红雪梨、42-文山红雪梨、43-袖珍、44-云南黄酸梨、45-大叶雪、46-德胜香梨、 47-福安尖把、48-赤穗、49-二十世纪、50-江岛、51-太白、52-晚三吉、53-新世纪、54-新 水、55-早生赤、56-红糖梨、57-红霄梨、58-满园香、59-面酸梨、60-南果、61-庶梨、62-酥 梅、63-洋红霄、64-窑酸梨、65-海棠酥、66-黄句句梨、67-霍城冬黄梨、68-霍城黄句句、 69-库尔勒香梨、70-兰州长把、71-酸称砣、72-兴义海子梨。
[0016] 表2例举了本试验中筛选出的12对普通SSR引物，为节省成本，使用了表1中所 不的TP-U19-SSR(艮PsimplesequencerepeatwithtailedprimerU19)技术。
[0017] 表1U19的序列
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[0019」衣2钔物名孙及斤夕IJ
【主权项】
1. 一种基于SSR基因型生成果树SSR分子身份证号码的方法，其特征在于，所述方法包 括如下步骤： 筛选用于果树品种扩增的SSR引物，对果树品种进行PCR扩增； PCR扩增产物经电泳检测后，统计果树品种在各SSR位点的基因型； 将各SSR位点的基因型按升序进行排序，并为每个SSR位点的基因型设置2位字符编 号，所述基因型编号依次按照升序方式进行赋值； 将果树品种对应的各SSR位点的基因型编号按照预定的SSR位点顺序串联，从而生成 SSR分子身份证号码。
2. 根据权利要求1所述的方法，其中，统计果树品种在各SSR位点的基因型具体为：按 照"第一分子量/第二分子量"的格式，统计果树品种在各SSR位点的基因型。
3. 根据权利要求1所述的方法，其中，为每个SSR位点的基因型设置2位字符编号，具 体为：如果是没有PCR扩增产物的"零基因型"，则基因型编号赋值为"00"，其余基因型编号 按照升序方式依次从01向99赋值。
4. 根据权利要求1所述的方法，其中，为每个SSR位点的基因型设置2位字符编号，还 包括：当00~99共100个编号用完后,还可引入字母从aa向ZZ增加。
5. 根据权利要求2所述的方法，其中，第一分子量小于等于所述第二分子量，当基因型 纯合时，第一分子量等于第二分子量，当基因型杂合时，第一分子量小于第二分子量。
【专利摘要】本发明提供了一种基于SSR基因型生成果树SSR分子身份证号码的方法，所述方法包括如下步骤：筛选用于果树品种扩增的SSR引物，对果树品种进行PCR扩增；PCR扩增产物经电泳检测后，统计果树品种在各SSR位点的基因型，对各SSR位点的所有基因型按升序排列后赋值，没有缺失基因型记为00，其余按顺序从01向99编号，再以此为标准将各品种在各SSR位点的基因型编号按一定的SSR位点顺序进行串联，从而形成果树品种SSR分子身份证号码。本方法充分考虑到了选择、突变、漂变等因素造成的各SSR位点等位基因频率的差异。
【IPC分类】C12Q1-68
【公开号】CN104651495
【申请号】CN201510022778
【发明人】薛华柏, 李秀根, 张慧蓉, 杨健, 王龙, 王苏珂
【申请人】中国农业科学院郑州果树研究所
【公开日】2015年5月27日
【申请日】2015年1月16日