鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及分子生物技术领域，尤其是涉及鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标 记及其应用。
【背景技术】
[0002] 随着生活水平的不断提高和消费观念的转变，人们对于鸡肉的质量和口味的要求 越来越高，对优质鸡的需求日渐扩大。优质鸡主要强调的是肉质，而肌纤维是构成肌肉组织 的基本单位，大量的研宄表明肌纤维类型是直接影响肌肉品质的重要因素，慢肌纤维含量 较多的肉品质相对较好，因此培育慢肌纤维含量多的优质鸡品种成为现今家禽育种专家的 目标之一。
[0003] 随着分子数量遗传学、分子生物学技术的飞速发展，有关分子遗传标记和标记辅 助选择的研宄得到广泛开展，并在畜禽育种中应用，产生了巨大的效益。肌纤维类型具有中 等偏高的遗传力，理论上以其作为选育指标改善鸡肌肉品质是可行的。选育慢肌纤维比例 高的肌纤维类型性状是优质鸡育种中的主要目标之一，从分子水平上鉴定影响肌纤维类型 的基因或标记是目前鸡功能基因研宄的热点之一，但前提是要找到与该性状紧密连锁的标 记。将DNA分析作为主要的研宄手段应用于优质鸡的育种中，主要目的是通过在DNA分子 水平上寻找与肉鸡肌纤维类型性状密切相关的遗传标记，用于早期的选育，从而加快育种 进程。目前尚未见有关鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标记的研宄报道。
[0004] 过氧化物体增殖物激活受体y辅激活因子l_a(peroxisomeproliferators activatedreceptorgammacoactivatoralpha,PGC-1a)对肌肉中的能量代谢产生着非 常重要的作用，其在肌肉肌纤维细胞中表达丰富，慢肌纤维的表达要高于快肌纤维。对小鼠 的研宄表明，PGC-1a可能是调控肌纤维类型的关键因子并可以组合肌纤维转化过程中的 多条彳目号通路。
[0005] 然而关于PGC-la基因在鸡肌纤维类型中的研宄鲜有报道。本发明将鸡PGC-la 基因作为肌肉肌纤维类型性状的候选基因，提供了鸡PGC-1a基因外显子的一个SNP位点 作为鸡肌纤维类型性状的分子标记，并公开了应用方法。
【发明内容】
[0006] 为解决上述技术问题，在一个方面，本发明公开了一种鸡肌纤维类型性状相关基 因的分子标记，另外，本发明还公开了该鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标记的应用。
[0007] 本发明公开了一种鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标记，选择PGC-1a基因外 显子第646位核苷酸G-A的突变点作为分子标记，所述分子标记的核苷酸序列为SEQID NO. 1所示，在SEQIDNO. 1的第97bp处发生G97-A97的碱基突变。
[0008] 本发明还公开了一种利用以上所述鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标记进行 快速选育方法，检测PGC-la基因的SNP位点，即SEQIDNO. 1的第97bp是否发生G97-A97 的碱基突变作为选育条件。
[0009] 优选的，检测PGC-1 a基因的SNP位点即SEQ ID NO. 1的第97bp是否发生G97-A97 的碱基突变所采用的步骤包括：
[0010] 1) PCR扩增SNP位点所在片段；
[0011] 2)对上步的PCR扩增产物进行LDR检测反应。
[0012] 优选的，该方法所用的PCR扩增引物为：
[0013] 上游引物序列：5' -TTCCATCGCCAAAATAAAAG-3'，
[0014] 下游引物序列：5' -GGAGITGCTGTAGCCAAAAT-3'。
[0015] 优选的，PCR扩增体系为：
[0016] 50ng/ y L DNA 模板 1 y L、20mMdNTP2 y L、100mM Mg2+0. 6 y L、10XPCR 反应缓冲液 2 y L、10 y M 上下游弓丨物各 0? 4 y L、5U/ y LTaq 酶 0? 2 y L、5 X Q-solution 4 y L、加 ddH20 至 总体积20 y L。
[0017] 优选的，PCR扩增反应程序为：
[0018] 94°0预变性5!^11、941：变性3〇8、561：退火3〇8、721：延伸3〇8,35个循环、最后 72°C 延伸 8min。
[0019] 优选的，LDR检测反应探针为：
[0020] A 探针 PGC-1 a _modify 序列：
[0021] 5? -P-TCGGGCATCGGGGAAGGGCTGGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-FAM-3?,
[0022] B探针 PGC-1 a _G 序列：
[0023] 5' -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCG-3'，
[0024] C 探针 PGC-1 a _A 序列：
[0025]5> -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCA-3,〇
[0026] 优选的，LDR检测反应的体系为：
[0027] PCR产物 1 yL、10XPCR反应缓冲液 1 yL、0. 5yM探针混合物 1 yL、40U/yLDNA连 接酶0. 05 y L、加ddH20至总体积10 y L。
[0028] 优选的，LDR检测反应的程序为：
[0029] 94°C预变性 2min、94°C变性 30s、60°C退火 2min，30 个循环。
[0030] 本发明又公开了一种利用以上所述鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标记进行 快速选育试剂盒，该试剂盒包括PGC-1 a基因的PCR扩增引物和LDR检测反应探针，PCR扩 增引物为：
[0031] 上游引物序列为：5' -TTCCATCGCCAAAATAAAAG-3'，
[0032] 下游引物序列为：5' -GGAGITGCTGTAGCCAAAAT-3' ；
[0033] LDR检测反应探针为：
[0034] A 探针 PGC-1 a _modify 序列：
[0035] 5' -P-TCGGGCATCGGGGAAGGGCTGGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-FAM-3'，
[0036] B探针 PGC-1 a _G 序列：
[0037] 5' -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCG-3'，
[0038] C 探针 PGC-1 a _A 序列：
[0039]5> -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCA-3,〇
[0040] 根据本发明的鸡肌纤维类型性状相关基因的分子标记及其应用，可以取得以下所 述的至少一种积极技术效果：
[0041] 1、本发明可以通过检测PGC-1 a基因的SNP位点即SEQ ID NO. 1的第97bp是否 发生G97-A97的碱基突变对鸡肌纤维类型性状进行选育。
[0042] 2、本发明能够为鸡肌纤维类型性状相关基因的检测提供一种快速、简便、价格低 廉的基因分析方法，有利于筛选出慢肌纤维含量较多、肉品质相对较好的肉鸡个体，指导鸡 肌纤维类型性状的分子标记辅助选育。
[0043] 3、本发明将鸡PGC-1 a基因作为肌肉肌纤维类型性状的候选基因，其外显子的一 个SNP位点即SEQ ID NO. 1的第97bp G - A突变作为筛选位点，不仅建立了基于连接酶检 测（Ligase Reaction Detection, LDR)反应的SNP快速检测方法，而且提供了该SNP位点 的遗传变异及其对肌纤维类型的遗传效应，并公开了应用方法。
【附图说明】
[0044] 本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变 得明显和容易理解，其中：
[0045] 图1是根据本发明实施例中的利用琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物的检测结果图；
[0046] 图2是根据本发明实施例中的LDR分型图，在图中，双峰 106bp±0. 5bp/108bp±0. 5bp 为 GA 基因型，单峰 106bp±0. 5bp 为 GG 基因型，单峰 108bp±0. 5bp 为 AA 基因型。
【具体实施方式】
[0047] 下面通过具体的实施例，并结合附图对本发明做进一步的详细描述。需要说明的 是，在不冲突的情况下，本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。实施例是示例 性的，仅用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。另外，如果没有明确说明，在下面 的实施例中所采用的所有材料均为市场上可以购得的，实施例中未提及的具体实验方法， 按照本技术领域常规实验方法进行或者为本领域技术人员容易获得的。
[0048] 在本发明中，如无特殊说明，所用专业术语按照以下所述理解：
[0049] 1) LDR :连接酶检测（Ligase Reaction Detection, LDR)〇
[0050] 2) SNP:单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SN