大肠杆菌基因工程菌及其构建方法和在生产丙酮酸中的应用_2

文档序号:9230974阅读:来源:国知局
1] 本发明所构建的大肠杆菌基因工程菌菌株ΥΡ01,在好氧条件下,利用无机盐培养 基发酵48小时,可将95g/L葡萄糖转化生成69g/L丙酮酸。
[0032] 本发明以野生型大肠杆菌为出发菌株,通过改造脂肪酸合成-降解途径,积累乙 酰辅酶A,间接抑制丙酮酸的消耗,同时强化糖酵解途径,弱化TCA循环,实现对整体代谢网 络的调控,达到积累丙酮酸的目的。本发明中构建的大肠杆菌基因工程菌可在无机盐合成 培养基中正常生长,无需添加维生素和乙酸盐等。
【附图说明】
[0033] 图1为大肠杆菌合成丙酮酸代谢途径改造示意图;
[0034] 图2为大肠杆菌基因工程菌构建方法中基因敲除操作步骤示意图;
[0035] 图3为大肠杆菌基因工程菌YPOl不同发酵时间的0D600值、丙酮酸浓度和葡萄糖 浓度。
【具体实施方式】
[0036] 下述实施例中所有的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
[0037] 下述实施例中所用的材料和试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径中得到。
[0038] 实施例1、如图1所示,大肠杆菌基因工程菌I的构建
[0039] 大肠杆菌基因工程菌I的构建需要两个步骤。
[0040] (1)敲除大肠杆菌K-12MG1655的酯酰辅酶A硫酯酶III基因(fadM)
[0041] 如图2所示,基因敲除采用两步同源重组的方法。
[0042] 第一步,采用热激转化法将pKD46质粒转入出发菌株大肠杆菌K-12MG1655中,得 到重组大肠杆菌A。具体操作为:吸取I yL pKD46质粒加入感受态细胞中混合均匀,静止 5min后置于42°C水浴锅热激90s,冰水浴3min。随后加入800 μ L无抗生素的LB培养基, 在30°C,HOrpm孵育lh,涂布于Amp抗性平板,30°C静止培养16h至单菌落长出。
[0043] 第二步,NCBI数据库中查到fadM基因的NDA序列,以此为依据设计引物fadM-F/ fadM-R,其中 fadM-F 中包括 fadM 上游 50bp、fadM 下游 50bp 及 cat-sacB 的上游 25bp, fadM-R包括fadM下游50bp及cat-sacB的下游25bp,以质粒p EASY-cat-sacB为模版进 行PCR扩增。引物序列为:
[0044] fadM-F (SEQ ID NO :5):
[0045] CGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTACGTTTTGTGGTGCCGGAT GCTCAAGCCGCATCCGGCGACACCCGGAATAGTGACGGAAGATCACTTCGCAG
[0046] fadM-R (SEQ ID NO :6):
[0047] TATTCCGGGTGTCGCCGGATGCGGCTTGAGCATCCGGCACCACAAAACGTATCAAAGGGAAAACTGTCC ATATGC
[0048] 扩增体系为:
[0049]
[0050] PCR 程序为:98 °C 预变性 2min,(98 °C 热变性 10s,55 °C 退火 20s,72 °C 延伸 2min)35cycles,72°C 5min。得到含有 fadM-F/fadM-R 和 cat-sacB 序列的 DNA 片段,记作 DNA片段I,序列表中SEQ ID NO :1。
[0051] 第三步,DNA片段I用于第一轮重组。将DNA片段I电转至重组大肠杆菌A。电转 条件为:首先准备重组大肠杆菌A的电转化感受态细胞;将50 μ 1感受态细胞置于冰上,加 入50ng DNA片段I,冰上放置2分钟,转移至0. 2em的Bio-Rad电击杯,电击参数为2. 5kv。 电击后迅速将Iml LB培养基转移至电击杯中,吹打5次后转移至试管中,200rpm,30 °C孵育 2小时。取200 μ 1菌液涂在含有氨苄青霉素和氯霉素的LB平板上,过夜培养后,挑选5个 单菌落进行PCR验证。挑选一个正确的单菌落,将其命名为重组大肠杆菌B。
[0052] 第四步,重组大肠杆菌B的自身同源重组,删除cat-sacB基因片段。具体操作为: 将重组大肠杆菌B活化于LB液体培养基,过夜培养;取ImL培养物接种于IOmL含有蔗糖 的LB液体培养基,过夜培养;取一环菌液划线培养于LB固体培养基,过夜培养;每个菌株 挑取400个单克隆点对点划线于含有氯霉素和不含氯霉素的固体培养基,过夜培养;PCR检 测失去氯霉素抗性的菌落,测定序列验证正确的即为大肠杆菌基因工程菌α (重组大肠杆 菌α )。
[0053] (2)敲除大肠杆菌基因工程菌α的酯酰辅酶A硫酯酶II基因(tesB)
[0054] 如图2所示,基因敲除采用两步同源重组的方法。
[0055] 第一步,NCBI数据库中查到tesB基因的NDA序列,以此为依据设计引物tesB-F/ tesB-R,其中 tesB-F 中包括 tesB 上游 50bp、tesB 下游 50bp 及 cat-sacB 的上游 25bp, tesB-R包括tesB下游50bp及cat-sacB的下游25bp,以质粒p EASY-cat-sacB为模版进 行PCR扩增。引物序列为:
[0056] tesB-F (SEQ ID NO :7):
[0057] ATCACGCATTTCTGCCTGTAATTAGCCCGTAATTCAGACCATTGCACCCAAAAAATAGCCGGAGGTGAA AACCGTCCGGCTGTTTTTTGCAGTGCTTGTTGTGACGGAAGATCACTTCGCAG
[0058] tesB-R (SEQ ID NO :8):
[0059] AACAAGCACTGCAAAAAACAGCCGGACGGTTTTCACCTCCGGCTATTTTTATCAAAGGGAAAACTGTCC ATATGC
[0060] 扩增体系和PCR程序同实例I (1),得到含有tesB-F/tesB-R和cat-sacB序列的 DNA片段,记作DNA片段II,序列表中SEQ ID NO :2。
[0061] 第二步,DNA片段II用于第一轮重组。将DNA片段II电转至重组大肠杆菌α。电 转条件为:首先准备重组大肠杆菌α的电转化感受态细胞;将50 μ 1感受态细胞置于冰 上,加入50ng DNA片段II,冰上放置2分钟,转移至0. 2em的Bio-Rad电击杯,电击参数为 2. 5kv。电击后迅速将Iml LB培养基转移至电击杯中,吹打5次后转移至试管中,200rpm, 30°C孵育2小时。取200 μ 1菌液涂在含有氨苄青霉素和氯霉素的LB平板上,过夜培养后, 挑选5个单菌落进行PCR验证。挑选一个正确的单菌落,将其命名为重组大肠杆菌C。
[0062] 第三步,重组大肠杆菌C的自身同源重组,删除cat-sacB基因片段。具体操作为: 将重组大肠杆菌C活化于LB液体培养基,过夜培养;取ImL培养物接种于IOmL含有蔗糖的 LB液体培养基,过夜培养;取一环菌液划线培养于LB固体培养基,过夜培养;每个菌株挑取 400个单克隆点对点划线于含有氯霉素和不含氯霉素的固体培养基,过夜培养;PCR检测失 去氯霉素抗性的菌落,测定序列验证正确的即为大肠杆菌基因工程菌I。
[0063] 实施例2、如图1所示,大肠杆菌基因工程菌II的构建
[0064] 敲除大肠杆菌基因工程菌I的乙酰磷酸化酶基因(pta)和乙酸激酶基因(ackA), 构建大肠杆菌基因工程菌II。
[0065] 如图2所示,基因敲除采用两步同源重组的方法。
[0066] 第一步,NCBI数据库中查到ackA和pta基因的NDA序列,以此为依据设计引 物 ackA-pta-F/ackA-pta-R,其中 ackA-pta-F 中包括 ackA 上游 50bp 及 cat-sacB 的上游 25bp,ackA-pta-R 包括 ackA 上游 50bp、pta 下游 50bp 及 cat-sacB 的下游 25bp,以质粒 p EASY-cat-sacB为模版进行PCR扩增。引物序列为:
[0067] ackA-pta-F (SEQ ID NO :9):
[0068] CTATGGCTCCCTGACGTTTTTTTAGCCACGTATCAATTATAGGTACTTCCGTGACGGAAGATCACTTCG CAGA
[0069] ackA-pta-R(SEQ ID NO: 10):
[0070] TTATTTCCGGTTCAGATATCCGCAGCGCAAAGCTGCGGATGATGACGAGAGGAAGTACCTATAATTGAT ACGTGGCTA
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