一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量的方法及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量的 方法及其应用。
【背景技术】
[0002] 大豆（Glycinemax)是世界上重要的油料粮食作物，其种子油是人类与动物营养 以及食品加工业植物食用油的重要来源。大豆油用量占全世界食用油的31%(Kimand Krishnan，2004)。大豆种子油主要是由甘油和脂肪酸组成的，其中脂肪酸占种子油的90% 以上，主要包括棕榈酸（16:0)与硬脂酸（18:0)两种饱和脂肪酸和油酸（18:1)、亚油酸 (18:2)与亚麻酸（18:3)等三种不饱和脂肪酸。脂肪酸的组成及其种类配比决定了种子油 的品质。硬脂酸是饱和脂肪酸，不易被人类消化吸收，但未见食用后对人类健康不利的报 道，同时，硬脂酸含量提高，可增强大豆种子油的稳定性和延长货架期，大豆硬脂酸含量的 增加还可以增加大豆的营养价值。
[0003] 由于硬脂酸含量是受多基因控制的数量性状且易受环境影响，利用传统表型鉴 定和育种方法培育高硬脂酸含量的品种不但需要花费很长的时间，而且难于成功，已经 不能够满足当前优质大豆育种的发展。随着分子标记的开发和使用，分子标记辅助选择 (Molecularmarker-assistedselection，MAS)成为可以节约人力、物力和加速育种进程 的有效方法（Creganetal. 1999)。分子标记辅助选择的最大优点为在不需要评估表型特 征的情况下，通过确认是否带有目标基因而鉴定出高硬脂酸含量的植株。
[0004] 大豆种质资源中蕴藏着丰富的基因，从育种的物质基础一种质资源中发掘所需要 的优异资源及基因可有效促进大豆品种改良。作为栽培大豆起源地，我国的大豆种质资源 在世界上最为丰富，现保存在国家种质资源库的就有3万余份，在硬脂酸含量上变异广泛 (刘兴媛等，作物品种资源，1998)。为了有效的研究和利用我国大豆资源，邱丽娟等（作物 学报，2009)构建了可代表我国大豆种质资源多样性的核心种质，为深入发掘种质资源中蕴 藏的优异基因、有效拓宽大豆遗传基础奠定了材料基础。
[0005] 关联分析，又称关联作图（AssociationMapping)，是一种以LD(Linkage Disequlibrium)分析为基础，直接对基因型变异和表型变异进行分析，从而把那些与性状 有关联的基因鉴定出来的基因定位方法（Khushetal. 2001)，已成为发掘与表型相关分 子标记的强有力工具。新型分子标记一SNP因为具有在基因组中数量多、分布广泛、可高 通量检测等优点而在近年广泛用于鉴定多基因控制的复杂性状。随着SNP标记数量的不 断增多，高通量的SNP分型平台相继推出，包括GoladenGate和BeadArray(Illumina)， GenomeLabSNPstream(Beckman)和MegAllele(AfTymetrix)等，其中Illumina公司的 BeadArray芯片鉴定技术具有高效、高通量、成本低、准确性好等优点，适合位点数从几十到 几千的中等通量基因分型研究，实验成功率>99%，是理想的中高通量基因分型检测的解决 方案，目前已被广泛用于人类、拟南芥、水稻等物种的SNP分型。
【发明内容】
[0006] 本发明的目的是鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量性状，和/或，筛选或辅助 筛选具有不同硬脂酸含量的大豆籽粒。
[0007] 为解决上述技术问题，本发明首先提供了一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含 量性状的方法，可包括如下步骤：检测待测大豆基因组中基于Map-6506SNP位点的基因型， 如果为AA纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高硬脂酸含量性状的大豆籽粒，如果为GG纯 合型、待测大豆籽粒为候选的具有低硬脂酸含量性状的大豆籽粒。
[0008] 为解决上述技术问题，本发明首先还提供了一种筛选或辅助筛选具有不同硬脂酸 含量的大豆籽粒的方法，可包括如下步骤：检测待测大豆基因组中基于Map-6506SNP位点 的基因型，如果为AA纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高硬脂酸含量性状的大豆籽粒， 如果为GG纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低硬脂酸含量性状的大豆籽粒。
[0009] 上述方法中，所述Map-6506位点的所在基因为大豆基因组第14条染色体的 Glyma. 14gl21400基因；所述Glyma. 14gl21400基因的核苷酸序列为序列表的序列1 ;所述 Map-6506位点为序列表中序列1的第1777位。
[0010] 上述方法中，所述高硬脂酸含量指的是硬脂酸含量可为3. 7%以上；所述低硬脂 酸含量指的是硬脂酸含量小于3. 7%。
[0011] 上述方法中，所述检测待测大豆基因组中基于Map-6506SNP位点的基因型的方法 可包括：（1)提取大豆基因组DNA。（2)加入Map-6506探针组，进行等位基因特异性延伸和 连接酶连接，可以得到一段包含Map-6506SNP位点和地址序列的片段。（3)将得到的片段进 行PCR扩增（扩增体系中具有Cy3标记的dATP、Cy5标记的dGTP、dCTP和dTTP)后与芯片 (美国11Iumina公司产品，芯片上具有微珠，微珠表面连接有所述地址序列的互补序列）进 行杂交。（4)芯片扫描，利用软件根据两种荧光颜色判读并输出分型结果。从而确定待测大 豆品种基于Map-6506SNP位点基因型为GG纯合型或AA纯合型。
[0012] 本发明还提供了一种产品。
[0013] 本发明所提供的产品，可为检测大豆基因组中基于Map_6506SNP位点的多态性或 基因型的物质；所述产品的功能为如下（a)、（b)或（c):
[0014] (a)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的硬脂酸含量性状；
[0015] (b)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量性状相关的单核苷酸多态性；
[0016] (C)筛选或辅助筛选具有不同硬脂酸含量的大豆籽粒。
[0017] 上述产品中，所述大豆基因组中基于Map-6506SNP位点的基因型可为AA纯合型或 GG纯合型。
[0018] 上述产品中，所述Map-6506位点的所在基因为大豆基因组第14条染色体的 Glyma. 14gl21400基因；所述Glyma. 14gl21400基因的核苷酸序列为序列表的序列1 ;所述 Map-6506位点为序列表中序列1的第1777位。
[0019] 上述产品中，所述检测大豆基因组中基于Map_6506SNP位点的多态性或基因型的 物质可包括Map-6506SNP探针组。
[0020] 上述产品中，所述硬脂酸含量为高硬脂酸含量或低硬脂酸含量；所述高硬脂酸含 量指的是硬脂酸含量可为3. 7%以上；所述低硬脂酸含量指的是硬脂酸含量小于3. 7%。
[0021] 检测大豆基因组中基于Map_6506SNP位点的多态性或基因型的物质在下述 (1)-(6)中的任一应用也属于本发明的保护范围：
[0022] (1)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的硬脂酸含量性状；
[0023] (2)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的硬脂酸含量性状的产品；
[0024] (3)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量性状相关的单核苷酸多态性；
[0025] (4)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量性状相关的单核苷酸多态性的产 品；
[0026] (5)筛选或辅助筛选具有不同硬脂酸含量的大豆籽粒；
[0027] (6)制备筛选或辅助筛选具有不同硬脂酸含量的大豆籽粒的产品。
[0028] 上述应用中，所述（1)和/或所述（2)中，所述大豆籽粒的硬脂酸含量性状可为高 硬脂酸含量性状或低硬脂酸含量性状。所述高硬脂酸含量指的是硬脂酸含量可为3. 7%以 上；所述低硬脂酸含量指的是硬脂酸含量小于3. 7%。
[0029] 上述应用中，所述（3)和/或所述（4)中，所述大豆籽粒的硬脂酸含量性状可为高 硬脂酸含量性状或低硬脂酸含量性状。所述高硬脂酸含量指的是硬脂酸含量可为3. 7%以 上；所述低硬脂酸含量指的是硬脂酸含量小于3. 7%。
[0030] 上述应用中，所述（5)和/或所述（6)中，所述具有不同硬脂酸含量的大豆籽粒可 为具有高硬脂酸含量性状的大豆籽粒或具有低硬脂酸含量性状的大豆籽粒。所述高硬脂酸 含量指的是硬脂酸含量可为3. 7%以上；所述低硬脂酸含量指的是硬脂酸含量小于3. 7%。
[0031] 上述应用中，所述大豆基因组中基于Map-6506SNP位点的基因型可为AA纯合型或 GG纯合型。
[0032] 上述应用中，所述Map-6506位点的所在基因为大豆基因组第14条染色体的 Glyma. 14gl21400基因；所述Glyma. 14gl21400基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述 Map-6506位点为序列表中序列1的第1777位。
[0033] 上述应用中，所述用于检测大豆基因组中基于Map_6506SNP位点的多态性或基因 型的物质可包括Map-6506SNP探针组。
[0034] 上述任一所述Map_6506SNP探针组可由探针1、探针2和探针3组成：
[0035] 所述探针1为单链DNA分子，探针1的序列如序列表中序列2中的核苷酸所示。
[0036] 所述探针2为单链DNA分子，探针2的序列如序列表中序列3中的核苷酸所示。
[0037] 所述探针3为单链DNA分子，探针3的序列如序列表中序列4中的核苷酸所示。
[0038] 本发明中，所述高硬脂酸含量指的是硬脂酸含量可为3. 7%以上；所述低硬脂酸 含量指的是硬脂酸含量小于3. 7%。
[0039] 实验证明，本发明所提供的一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒硬脂酸含量性状的方法 可以用于鉴定或辅助鉴定待测大豆品种中大豆籽粒硬脂酸含量的高低。所述高硬脂酸含量 指的是硬脂酸含量为3. 7%以上；所述低硬脂酸含量指的是硬脂酸含量小于3. 7%。
【具体实施方式】
[0040] 下面结合【具体实施方式】对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐 明本发明，而不是为了限制本发明的范围。
[0041] 下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
[0042] 下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0043] 下述实施例中所述的大豆地方品种和大豆选育品种记载在如下文献中：王国 励.中国大S品种资源目录.