一组与新生儿肌张力低下表型相关的基因新突变及检测试剂盒的制作方法

文档序号:9645801阅读:834来源:国知局
一组与新生儿肌张力低下表型相关的基因新突变及检测试剂盒的制作方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术领域中一组与新生儿肌张力低下表型相关的基因新突变及 检测试剂盒。
【背景技术】
[0002] 肌张力低下是婴幼儿较为常见的异常临床表现,在不同时期临床表现各异。新生 儿期起病呈四肢松软,伴有吸吮无力、喂养困难,称之为"松软儿";在儿童期以云顶发育迟 缓为主,表现独立走路时间推迟,流涎,语言发育延迟,反射减弱以及关节,四肢运动有关的 神经对刺激反应的延迟等。
[0003] 新生儿肌张力低下病因繁多,绝大多数为遗传因素。有染色体数目异常导致 的新生儿肌张力低下,如唐氏综合征。有染色体结构异常导致的新生儿肌张力低下,如 Prader-Willi综合症。有单基因病导致的新生儿肌张力低下:神经肌肉疾病,如雷特综合 征、脊肌萎缩症、强直性肌营养不良、先天性肌营养不良等;先天性代谢缺陷病,如苯丙酮尿 症、丙酸血症、甲基丙二酸血症、半乳糖血症、尿素循环疾病等;线粒体疾病,如MELAS综合 征、Leigh综合症等。根据肌张力低下的病因可分为中枢性和周围性;根据其受累部位,肌 张力低下可呈现全身性、局灶性或节段性。
[0004] 新生儿肌张力低下临床表现复杂,医生常常难以准确地找出病因,患者往往得不 到及时有效的治疗,相当多的患儿在确诊和治疗之前即已死亡,或因贻误治疗时机造成智 力和身体的终生残疾。
[0005] 导致新生儿肌张力低下的遗传疾病多,大部分有多个致病基因。传统的生化检 测灵敏度低、准确性差,且需结合影像学、细胞生物学、遗传学等领域的其他多种检测手段 进行确诊,费用高、耗时长,容易耽误患者的最佳治疗时间。常规的分子遗传学检测方法如 PCR、Sanger测序、MLPA技术等一次只能对一个基因或一个基因的部分区域进行检测。因此 采用上述方法很难对导致新生儿肌张力低下的多个致病基因同时进行检测,检出率低,临 床上很难对疾病进行确诊。
[0006]自人类基因组计划后发展起来的新一代高通量测序技术,因其通量高,迅速占领 了市场。近几年,新一代高通量测序技术不断完善,检测变异的准确性也逐步提高,与此 同时,衍生起来的靶向重测序技术大大降低了检测成本,在遗传性疾病检测应用中极具前 景。在美国,未经FDA审批的临床技术可以通过参比实验室CLIA途径进入临床,实验室具 备严格的质量控制且实验室管理人员有相应的资质,实验室就可以合法收费并提供自己验 证过LDT的临床服务。美国医学遗传学和基因组学实验室质量评估委员会(ACMG)分别于 2008年4月、2013年9月和2015年3月提出了变异分类、报告与解释的标准和新一代高通 量测序用于临床实验室检测的标准。中国于2014年12月批准了第一批高通量测序临床应 用试点单位,正在建立技术标准,开展遗传病、产前诊断、胚胎植入前筛查等应用评估。

【发明内容】

[0007] 本发明发现了三个新发突变--MPZ基因的c. 602delA突变、MTM1基因的 c. 1237A>C突变和MTM1基因的c. 231+2T>C突变与肌张力低下表型相关,所要解决的技术问 题是如何诊断肌张力低下或筛查肌张力低下患者。
[0008] 为解决上述技术问题,本发明首先提供了下述任一产品:
[0009] D1)MPZ突变蛋白质,为MPZ发生p. Lys201AsnfsTer51突变其它氨基酸残基不变得 到的蛋白质(序列22所不的蛋白质);
[0010] D2)MTM1突变蛋白质,为MTM1的第413位的Ser突变为Arg,其它氨基酸残基不变 得到的蛋白质(序列24所示的蛋白质);
[0011] D3)编码所述MPZ突变蛋白质的DNA分子或cDNA分子;
[0012] D4)编码所述MTM1突变蛋白质的DNA分子或cDNA分子;
[0013] D5)含有Μ的DNA分子或cDNA分子,所述Μ为将MTM1基因第四个内含子第2位的 Τ突变为C得到的DNA分子;
[0014]D6)由所述D1)和所述D2)中的至少一个与XI组成的成套蛋白质;所述XI为 108个与肌张力低下相关的蛋白质发生突变得到的蛋白质中的至少一个;所述108个与肌 张力低下相关的蛋白质为AARS、ALG1、ALG11、ALG12、ALG13、ALG2、ALG3、ALG6、ALG8、ALG9、 B4GALT1、CDKL5、CNBP、COG1、C0G4、C0G5、C0G6、C0G7、C0G8、C0L6A1、C0L6A2、C0L6A3、DD0ST、 DHDDS、DMPK、DNAJB2、DOLK、DPAGT1、DPMI、DPM2、DPM3、DYNC1H1、EGR2、FGD4、FIG4、FKRP、 FKTN、F0XG1、GARS、GDAP1、GMPPA、HSPB1、HSPB8、IGHMBP2、ISPD、KIF1B、LAMA2、LARGE、LITAF、 LMNA、LRSAM1、MAGT1、MAN1B1、MARS、MCEE、MECP2、MED25、MFN2、MGAT2、MMAA、MMAB、MMADHC、 M0GS、MPDU1、MPI、MTMR2、MUT、NDRG1、NEFL、PEX1、PEX10、PEX12、PEX13、PEX14、PEX16、PEX19、 PEX2、PEX26、PEX3、PEX5、PEX6、PGM1、PMM2、PMP22、POMGNT1、POMT1、P0MT2、PRX、RAB7A、RFT1、 RYR1、SBF1、SBF2、SEPN1、SH3TC2、SLC35A1、SLC35A2、SLC35C1、SMN1、SMN2、SRD5A3、SSR4、 STT3A、STT3B、TAZ、TMEM165、TRPV4 和TUSC3 基因;
[0015] D7)由所述D3)、所述D4)和所述D5)中的至少一个与X2组成的成套DNA分子或 cDNA分子;所述X2为编码所述XI的DNA分子或cDNA分子。
[0016] 上述广品中,D1)可为序列22所不的蛋白质;D2)可为序列24所不的蛋白质;D3) 可为序列21所示的DNA分子;D4)可为序列23所示的DNA分子;D5)可为序列25所示的 DNA分子。序列21为MPZ基因发生c. 602delA突变得到的核苷酸序列;序列23为MTM1基 因发生c. 1237A>C突变得到的核苷酸序列;序列25为MTM1基因发生c. 231+2T>C突变得到 的核苷酸序列。
[0017] 为解决上述技术问题,本发明还提供了诊断或辅助诊断肌张力低下患者的成套试 剂,为成套试剂1。
[0018] 本发明所提供的成套试剂1,由名称为G1的检测MPZ基因c.602delA突变的 物质、名称为G2的检测MTM1基因c. 1237A>C突变的物质和名称为G3的检测MTM1基因 c. 231+2T>C突变的物质组成;所述MPZ基因c. 602delA突变为缺失MPZ基因编码序列的第 602位核苷酸得到的基因;所述MTM1基因c. 1237A>C突变为将MTM1基因编码序列的第1237 位核苷酸得到的基因;所述MTM1基因c. 231+2T>C突变为将MTM1基因第四个内含子第2位 的T突变为C得到的DNA分子。
[0019] 上述成套试剂1中,所述MPZ基因c. 602delA突变后的核苷酸序列可为序列21 ;所 述MTM1基因c. 1237A>C突变后的核苷酸序列可为序列23 ;所述MTM1基因c. 231+2T>C突 变后的核苷酸序列可为序列25。
[0020] 上述成套试剂1中,所述MPZ基因c. 602delA突变可为杂合突变;所述MTM1基因 c. 1237A>C突变可为纯合突变;所述MTM1基因c. 231+2T>C突变可为纯合突变。
[0021] 上述成套试剂1中,所述G1可为检测MPZ基因c. 602delA突变的探针对和/或引 物对,所述探针对中的两条探针可分别与MPZ基因c. 602delA突变位点的上游和下游特异 结合,所述引物对中的两条引物可分别与MPZ基因c. 602delA突变位点的上游和下游特异 结合;
[0022] 所述G2可为检测MTM1基因c. 1237A>C突变的探针对和/或引物对,所述探针对 中的两条探针可分别与MTM1基因c. 1237A>C突变位点的上游和下游特异结合,所述引物对 中的两条引物可分别与MTM1基因c. 1237A>C突变位点的上游和下游特异结合;
[0023] 所述G3可为检测MTM1基因c. 231+2T>C突变的探针对和/或引物对,所述探针对 中的两条探针可分别与MTM1基因c. 231+2T>C突变位点的上游和下游特异结合,所述引物 对中的两条引物可分别与MTM1基因c. 231+2T>C突变位点的上游和下游特异结合。
[0024] 上述成套试剂1中,所述检测MPZ基因c. 602delA突变的引物对的两条引物的序 列可分别为序列表中序列1和序列2 ;所述检测MPZ基因c. 602delA突变的探针对的两个 探针的序列可分别为序列表中序列3和序列4 ;
[0025] 所述检测MTM1基因c. 1237A>C突变的引物对的两条引物的序列可分别为序列表 中序列5和序列6 ;所述检测MTM1基因c. 1237A>C突变的探针对的两个探针的序列可分别 为序列表中序列7和序列8;
[0026] 所述检测MTM1基因c. 231+2T>C突变的引物对的两条引物的序列可分别为序列表 中序列9和序列10 ;所述检测MTM1基因c. 231+2T>C突变的探针对的两个探针的序列可分 别为序列表中序列11和序列12。
[0027] 为解决上述技术问题,本发明还提供了下述Al)-A4)中的任一种诊断或辅助诊断 肌张力低下患者的成套试剂,该成套试剂为成套试剂2 :
[0028] A1)所述G1 ;A2)所述G2 ;A3)所述G3 ;A4)由所述G1、所述G2和所述G3这三种 中的至少两种组成的成套试剂。
[0029] 为解决上述技术问题,本发明还提供了诊断或辅助诊断肌张力低下患者的成套试 剂,该成套试剂为成套试剂3。
[0030] 本发明所提供的成套试剂3,由所述成套试剂1或所述成套试剂2与检测108个 与肌张力低下相关基因突变的物质组成;所述108个与肌张力低下相关基因为AARS、ALG1、 ALG11、ALG12、ALG13、ALG2、ALG3、ALG6、ALG8、ALG9、B4GALT1、CDKL5、CNBP、COG1、C0G4、C0G5、 C0G6、C0G7、C0G8、C0L6A1、C0L6A2、C0L6A3、DDOST、DHDDS、DMPK、DNAJB2、DOLK、DPAGT1、DPMI、 DPM2、DPM3、DYNC1H1、EGR2、FGD4、FIG4、FKRP、FKTN、F0XG1、GARS、GDAP1、GMPPA、HSPB1、 HSPB8、IGHMBP2、ISPD、KIF1B、LAMA2、LARGE、LITAF、LMNA、LRSAM1、MAGT1、MAN1B1、MARS、 MCEE、MECP2、MED25、MFN2、MGAT2、MMAA、MMAB、MMADHC、MOGS、MPDU1、MPI、MTMR2、MUT、NDRG1、 NEFL、PEX1、PEX10、PEX12、PEX13、PEX14、PEX16、PEX19、PEX2、PEX26、PEX3、PEX5、PEX6、PGM1、 PMM2、PMP22、P0MGNT1、P0MT1、P0MT2、PRX、RAB7A、RFT1、RYR1、SBF1、SBF2、SEPN1、SH3TC2、 SLC35A1、SLC35A2、SLC35C1、SMN1、SMN2、SRD5A3、SSR4、STT3A、STT3B、TAZ、TMEM165、TRPV4 和TUSC3基因。
[0031] 上
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