鉴定北京泛菌的方法及其所用引物对的制作方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术领域中鉴定北京泛菌的方法及其所用引物对。
【背景技术】
[0002] 我国从上世纪九十年代开始杏鲍菇规模化栽培。泛菌属包括作为植物促生菌、生 防菌或植物病原菌的几个种（Pantoea:insightsintoahighlyversatileanddiverse genuswithintheEnterobacteriaceae,FEMSMicrobiologyReviews(2015)39:968-984)。由泛菌引起的杏鲍菇细菌性软腐病是近几年在国内外杏鲍菇工厂化生产中发生的严 重病害，报道于北京地区的杏鲍燕软腐病的病原菌被鉴定及定名为北京泛菌（Pantoea beijingensissp.nov.,isolatedfromthefruitingbodyofPleurotuseryngii.Liu etal.AntonievanLeeuwenhoek(2013)104:1039-1047)。杏鲍燕细菌性软腐病在生产车 间一旦发生，就很难控制，给杏鲍菇工厂化生产造成严重的损失。北京泛菌也是北京地区发 生的白灵燕软腐病的致病细菌（FirstreportofPantoeabeijingensisinducedsoft rotdiseaseofPleurotusnebrodensisinChina.Xuetal.PlantDisease(2014)98 (7): 1000)。北京泛菌快速诊断技术的开发，对杏鲍菇软腐病和白灵菇软腐病的有效防控具 有重要意义。
【发明内容】
[0003]本发明所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定北京泛菌（P an t〇e a beijingensis)〇
[0004]为解决上述技术问题，本发明提供了北京泛菌特异PCR引物对。
[0005]本发明所提供的北京泛菌特异PCR引物对名称为ATF-ATR，由引物ATF和引物ATR组 成;所述引物ATF为SEQIDNo.l所示的单链DNA分子;所述引物ATR为SEQIDNo.2所示的单 链DNA分子。
[0006] 本发明还提供了包括北京泛菌特异引物对ATF-ATR的鉴定或辅助鉴定北京泛菌的 试剂或试剂盒。
[0007]上述鉴定或辅助鉴定北京泛菌的试剂或试剂盒还包括进行PCR反应所需的除引物 外的其它试剂。
[0008]本发明还提供了北京泛菌特异引物对ATF-ATR的制备方法，鉴定或辅助鉴定北京 泛菌的试剂或试剂盒的制备方法。
[0009] 本发明所提供的北京泛菌特异引物对ATF-ATR的制备方法包括将北京泛菌特异引 物对ATF-ATR的所述两条单链DNA分子分别单独包装的步骤。
[0010] 本发明所提供的鉴定或辅助鉴定北京泛菌的试剂或试剂盒的制备方法，包括将北 京泛菌特异引物对ATF-ATR的所述两条单链DNA分子分别单独包装的步骤。
[0011] 本发明还提供了SEQID13所示的0熟分子。
[0012]SEQID如.3所示的0嫩分子为北京泛菌的特异0嫩片段。
[0013] 北京泛菌特异引物对ATF-ATR在鉴定或辅助鉴定北京泛菌中的应用、鉴定或辅助 鉴定北京泛菌的试剂或试剂盒在鉴定或辅助鉴定北京泛菌中的应用和SEQIDNo.3所示的 DNA分子在鉴定或辅助鉴定北京泛菌中的应用也属于本发明的保护范围。
[0014]上述应用均不包括疾病的诊断方法和/或治疗方法。
[0015]本发明还提供了鉴定或辅助鉴定北京泛菌的方法。
[0016]本发明所提供的鉴定或辅助鉴定北京泛菌的方法，包括以待测生物样品的基因组 DNA为模板，用北京泛菌特异引物对ATF-ATR进行PCR扩增得到PCR产物，检测所述PCR产物的 大小，如果所述PCR产物含有500-700bp的DNA片段（或所述PCR产物为500-700bp的DNA片 段），所述待测生物样品为北京泛菌或含有北京泛菌，或者所述待测生物样品候选为北京泛 菌或候选含有北京泛菌；如果所述PCR产物不含有500-700bp的DNA片段(或所述PCR产物不 为500-700bp的DNA片段），所述待测生物样品不为北京泛菌或不含有北京泛菌，或者所述待 测生物样品候选不为北京泛菌或候选不含有北京泛菌。
[0017]上述鉴定或辅助鉴定北京泛菌的方法中，所述500-700bp的DNA片段具体可为 630bp的DNA片段。
[0018]实验证明，北京泛菌特异引物对ATF-ATR只在北京泛菌的基因组DNA中扩增出了特 异条带，在其它菌株中均没有得到扩增产物，北京泛菌特异引物对ATF-ATR可用于快速鉴定 北京泛菌。本发明为及早地预防和及时地切断北京泛菌引起的杏鲍菇软腐病和白灵菇软腐 病的传染源及传播途径提供了技术支持，可实现对北京泛菌引起的杏鲍菇软腐病和白灵菇 软腐病进行早期预防和控制。
【附图说明】
[0019]图1为引物对16spl-16sp2对泛菌的PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图。其中，M: lkbplusDNAladder; 1.北京泛菌（Pantoeabeijingensissp.nov.)JZB2120001T; 2.PantoeagaviniaeDSM22758；3.PantoeaeucalyptiDSM23077；4.Pantoeaanthophila DSM23080；5.PantoeaagglomeransDSM30072；6PantoeadispersaDSM30073；7.Pantoea agglomeransJCM1236；8.PantoeaagglomeransJCM20143；9.Pantoeapleuroti sp.nov.JZB2120015T〇
[0020] 图2为北京泛菌特异引物对ATF-ATR特异性检测泛菌的PCR扩增产物的琼脂糖凝胶 电泳图。其中，M:lkbplusDNAladder;l.北京泛菌（Pantoeabeijingensissp.nov.) JZB2120001T；2.PantoeagaviniaeDSM22758；3.PantoeaeucalyptiDSM23077； 4.PantoeaanthophilaDSM23080；5.PantoeaagglomeransDSM30072；6Pantoea dispersaDSM30073；7.PantoeaagglomeransJCM1236；8.Pantoeaagglomerans JCM20143;9.Pantoeapleurotisp.nov.JZB2120015T〇
【具体实施方式】
[0021] 下面结合【具体实施方式】对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐 明本发明，而不是为了限制本发明的范围。
[0022] 下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
[0023]下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0024] 下述实施例中的北京泛菌（Pantoeabeijingensissp.nov. )JZB2120001T(即LMG 27579了或队1^ 32406T)(Pantoeabeijingensissp.nov.,isolatedfromthefruiting bodyofPleurotuseryngii.Liuetal.AntonievanLeeuwenhoek(2013)104:1039-1047)公众可从北京市农林科学院植物保护环境保护研究所或比利时BCCM/LMG菌种保藏中 心或韩国KCTC菌种保藏中心获得该菌株。
[0025] 下述实施例中的Pantoeapleurotisp.nov.JZB2120015T(Pantoeapleuroti sp.nov. ,IsolatedfromtheFruitingBodiesofPleurotuseryngii.Ma eta1.CurrentMicrobiology. 19November2015)公众可从北京市农林科学院植物保护环 境保护研究所或比利时BCCM/LMG菌种保藏中心或中国CGMCC菌种保藏中心获得该菌株。
[0026] 下述实施例中的PantoeagaviniaeD