一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量的方法及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量的方 法及其应用。
【背景技术】
[0002] 大豆(Glycine max)是世界上重要的油料粮食作物，其种子油是人类与动物营养 以及食品加工业植物食用油的重要来源。大豆油用量占全世界食用油的31 % (Kim andKrishnan，2004)。如何能有效的提尚大?品种的轩粒脂肪含量，?两足大?生广和加工的 需求是大豆育种的主要研究方向之一。
[0003] 由于大豆籽粒脂肪含量是受多基因控制的数量性状且易受环境影响，特别是地理 炜度对大豆籽粒脂肪含量有显著影响，利用传统表型鉴定和常规育种方法来提高大豆籽粒 脂肪含量不但需要花费很长的时间，而且难于成功，改良空间有限，已经不能够满足当前优 质大豆育种的需求。随着分子标记的开发和使用，分子标记辅助选择(Molecular marker-ass is ted select ion， MAS) 成为可以节约人力 、物力和加速育种进程的有效方法 (Cregan et al. 1999)。分子标记辅助选择的最大优点为在不需要评估表型特征的情况下，通过确认 是否带有目标基因而鉴定出高脂肪含量的植株。
[0004] 大豆种质资源中蕴藏着丰富的基因，从育种的物质基础一种质资源中发掘所需要 的优异资源及基因可有效促进大豆品种改良。作为栽培大豆起源地，我国的大豆种质资源 在世界上最为丰富，现保存在国家种质资源库的就有3万余份，在大豆籽粒脂肪含量上变异 广泛(刘兴媛等，作物品种资源，1998)。为了有效的研究和利用我国大豆资源，邱丽娟等(作 物学报，2009)构建了可代表我国大豆种质资源多样性的核心种质，为深入发掘种质资源中 蕴藏的优异基因、有效拓宽大豆遗传基础奠定了材料基础。
[0005] 关联分析，又称关联作图（Association Mapping)，是一种以LD(Linkage Disequlibrium)分析为基础，直接对基因型变异和表型变异进行分析，从而把那些与性状 有关联的基因鉴定出来(Khush et al.2001)的基因定位方法，已成为发掘与表型相关分子 标记的强有力工具。新型分子标记一 SNP因为具有在基因组中数量多、分布广泛、可高通量 检测等优点而在近年广泛用于鉴定多基因控制的复杂性状。随着SNP标记数量的不断增多， 高通量的SNP分型平台相继推出，包括Go laden Gate和BeadArray (11 lumina)，GenomeLab 3即81:代&111(136〇1〇]1&11)和]\168厶11616(厶€€5〇1161：1^1)等，其中11111111；[仙公司的136&(^1^&7芯片 鉴定技术具有高效、高通量、成本低、准确性好等优点，适合位点数从几十到几千的中等通 量基因分型研究，实验成功率>99%，是理想的中高通量基因分型检测的解决方案，目前已 被广泛用于人类、拟南芥、水稻等物种的SNP分型。
【发明内容】
[0006]本发明的目的是鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量性状，和/或，筛选或辅助筛选 具有不同脂肪含量的大豆籽粒。
[0007] 为解决上述技术问题，本发明首先提供了一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量 性状的方法，可包括如下步骤a 1)或a2):
[0008] al)检测待测大豆基因组中基于Map-6077SNP位点的基因型（基于反义DNA分子描 述），如果为AA纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高脂肪含量性状的大豆籽粒，如果为GG 纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低脂肪含量性状的大豆籽粒；
[0009] a2)检测待测大豆基因组中基于Map-6077SNP位点的基因型（基于正义DNA分子描 述），如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高脂肪含量性状的大豆籽粒，如果为CC 纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低脂肪含量性状的大豆籽粒。
[0010] 为解决上述技术问题，本发明还提供了一种筛选或辅助筛选具有不同脂肪含量的 大豆籽粒的方法，可包括如下步骤bl)或b2):
[0011] bl)检测待测大豆基因组中基于Map-6077SNP位点的基因型（基于反义DNA分子描 述），如果为AA纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高脂肪含量性状的大豆籽粒，如果为GG 纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低脂肪含量性状的大豆籽粒；
[0012] b2)检测待测大豆基因组中基于Map-6077SNP位点的基因型（基于正义DNA分子描 述），如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高脂肪含量性状的大豆籽粒，如果为CC 纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低脂肪含量性状的大豆籽粒。
[0013] 上述方法中，所述Map-6077位点的所在基因为大豆基因组第5条染色体的 Glyma. 05G244100基因；所述Glyma. 05G244100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述 Map-6077位点为序列表中序列1的第1734位。
[0014] 上述方法中，所述高脂肪含量指的是脂肪含量可为18.5%以上;所述低脂肪含量 指的是脂肪含量可为15.5%以下。
[0015] 上述方法中，所述检测待测大豆基因组中基于Map-6077SNP位点的基因型的方法 可包括：（1)提取大豆基因组DNA。（ 2)加入Map-6077探针组，进行等位基因特异性延伸和连 接酶连接，可以得到一段包含Map-6077SNP位点和地址序列的片段。（3)将得到的片段进行 PCR扩增（扩增体系中具有Cy3标记的dATP、Cy5标记的dGTP、dCTP和dTTP)后与芯片（美国 Illumina公司产品，芯片上具有微珠，微珠表面连接有所述地址序列的互补序列）进行杂 交。（4)芯片扫描，利用软件根据两种荧光颜色判读并输出分型结果。从而确定待测大豆品 种基于Map-6077SNP位点基因型为AA纯合型或GG纯合型。
[0016] 本发明还提供了一种产品。
[0017] 本发明所提供的产品，包括检测大豆基因组中基于Map-6077SNP位点的多态性或 基因型的物质;所述产品的功能为如下(a)、(b)或(c):
[0018] (a)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的脂肪含量性状；
[0019] (b)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量性状相关的单核苷酸多态性；
[0020] (c)筛选或辅助筛选具有不同脂肪含量的大豆籽粒。
[0021 ] 上述产品中，所述大豆基因组中基于Map-6077SNP位点的基因型可为AA纯合型或 GG纯合型(基于反义DNA分子描述）。
[0022] 上述产品中，所述大豆基因组中基于Map_6077SNP位点的基因型可为CC纯合型或 TT纯合型(基于正义DNA分子描述）。
[0023]上述产品中，所述Map-6077位点的所在基因为大豆基因组第5条染色体的 Glyma. 05G244100基因；所述Glyma. 05G244100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述 Map-6077位点为序列表中序列1的第1734位。
[0024] 上述产品中，所述检测大豆基因组中基于Map_6077SNP位点的多态性或基因型的 物质可包括Map-6077SNP探针组。
[0025]上述产品中，所述脂肪含量为高脂肪含量或低脂肪含量;所述高脂肪含量指的是 脂肪含量可为18.5%以上;所述低脂肪含量指的是脂肪含量可为15.5%以下。
[0026] 检测大豆基因组中基于Map_6077SNP位点的多态性或基因型的物质在下述（1)- (6)中的任一应用也属于本发明的保护范围：
[0027] (1)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的脂肪含量性状；
[0028] (2)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒的脂肪含量性状的产品；
[0029] (3)鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量性状相关的单核苷酸多态性；
[0030] (4)制备鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量性状相关的单核苷酸多态性的产品；
[0031 ] (5)筛选或辅助筛选具有不同脂肪含量的大豆籽粒；
[0032] (6)制备筛选或辅助筛选具有不同脂肪含量的大豆籽粒的产品。
[0033] 上述应用中，所述（1)和/或所述(2)中，所述大豆籽粒的脂肪含量性状可为高脂肪 含量性状或低脂肪含量性状。所述高脂肪含量指的是脂肪含量可为18.5 %以上;所述低脂 肪含量指的是脂肪含量可为15.5%以下。
[0034] 上述应用中，所述(3)和/或所述(4)中，所述大豆籽粒的脂肪含量性状可为高脂肪 含量性状或低脂肪含量性状。所述高脂肪含量指的是脂肪含量可为18.5 %以上;所述低脂 肪含量指的是脂肪含量可为15.5%以下。
[0035] 上述应用中，所述(5)和/或所述(6)中，所述具有不同脂肪含量的大豆籽粒可为具 有高脂肪含量性状的大豆籽粒或具有低脂肪含量性状的大豆籽粒。所述高脂肪含量指的是 脂肪含量可为18.5%以上;所述低脂肪含量指的是脂肪含量可为15.5%以下。
[0036] 上述应用中，所述大豆基因组中基于Map_6077SNP位点的基因型可为AA纯合型或 GG纯合型(基于反义DNA分子描述）。
[0037] 上述应用中，所述大豆基因组中基于Map_6077SNP位点的基因型可为CC纯合型或 TT纯合型(基于正义DNA分子描述）。
[0038] 上述应用中，所述Map-6077位点的所在基因为大豆基因组第5条染色体的 Glyma. 05G244100基因；所述Glyma. 05G244100基因的核苷酸序列为序列表的序列1;所述 Map-6077位点可为序列表中序列1的第1734位。
[0039] 上述应用中，所述用于检测大豆基因组中基于Map_6077SNP位点的多态性或基因 型的物质可包括Map-6077SNP探针组。
[0040] 上述任一所述Map-6077SNP探针组可由探针1、探针2和探针3组成：
[0041] 所述探针1为单链DNA分子，探针1的序列如序列表中序列2中的核苷酸所示。
[0042]所述探针2为单链DNA分子，探针2的序列如序列表中序列3中的核苷酸所示。
[0043]所述探针3为单链DNA分子，探针3的序列如序列表中序列4中的核苷酸所示。
[0044]本发明中，所述高脂肪含量指的是脂肪含量可为18.5%以上;所述低脂肪含量指 的是脂肪含量可为15.5%以下。
[0045]实验证明，本发明所提供的一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒脂肪含量性状的方法可 以用于鉴定或辅助鉴定待测大豆品种中大豆籽粒脂肪含量的高低;所述高脂肪含量指的是 脂肪含量为18.5%以上;所述低脂肪含量指的是脂肪含量为15.5%以下。本发明提供的方 法对大豆品种改良具有重要作用。
【具体实施方式】
[0046]下面结合【具体实施方式】对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐 明本发明，而不是为了限制本发明的范围。
[0047] 下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
[0048] 下述实施例中所用的材料