与绵羊多角性状相关的snp标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于遗传生物学领域，具体设及与绵羊多角性状相关的SNP标记及其应用。
【背景技术】
[0002] 我国具有丰富的绵羊品种资源，多角绵羊是其中一类珍贵的绵羊遗传资源，研究 者将头上长有两只W上角的绵羊定义为多角绵羊，其中W四个角的表型居多，也叫四角绵 羊，它仅存在于少数古老的绵羊品种中，且很多多角绵羊品种已处于溯危状态，各国都开展 了相关的保种和育种工作，如建立多角羊保护协会W促进多角羊群体的保种、育种和商业 交流。目前在欧洲、美洲的多角绵羊品种主要包括Icelandic羊、Manx Logthan羊和 Hebridean羊等。我国也有四个多角绵羊品种，包括洒水裘皮羊、阿勒泰羊、蒙古羊、己什拜 羊。由于生产管理上的不便，使得多角绵羊个体在运些品种中的比例非常低，有的溯临灭 绝。另一方面，由于运些多角绵羊具有较高的观赏价值，近些年来，作为非传统绵羊品种，多 角绵羊品种培育及基础研究越来越受到人们的重视。
[0003] 绵羊的多角性状是一种珍贵的遗传性状，绵羊角的表型要到其生长至半岁至1岁 才会确定。如何利用分子辅助育种快速准确鉴定绵羊的多角表型是开展多角绵羊育种的关 键。Alderson等认为角的遗传是由两个位点调控的，两个位点都为隐性纯合时，则绵羊为多 角表型。Icelandic绵羊的研究表明，在多角性状和两角性状运一对表型中，多角为显性遗 传。对化cob sheep和化vajo-化Iirro sheep两个国外多角绵羊品种研究表明，在绵羊2号染 色体132Mb处存在多角表型的关联位点。对我国蒙古羊、阿勒泰羊和洒水裘皮羊进行全基因 关联分析发现，在绵羊2号染色体上132.6Mb处，存在与绵羊多角性状显著相关的SNP标记。
[0004] 分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选 择，综合改良畜禽重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。 随着分子生物学的快速发展，分子标记在家畜育种中的应用日益广泛，其重要性也日益凸 现。多角绵羊育种多采用传统育种方法，对角表型的确定，从黑羊开始长角到角的数量确定 要等6个月-12个月，育种进程缓慢，育种者希望选择与多角性状紧密连锁的DNA标记，W实 现早期选种和提高育种准确性的目标，从而加快遗传育种进程。
【发明内容】
[0005] 本发明的第一个目的是提供一种辅助鉴定绵羊多角性状的SNP标记及其应用。
[0006] 本发明的另一个目的是提供用于检测与绵羊多角性状相关的SNP标记的引物及含 有该引物的试剂盒。
[0007] 为了实现本发明的第一个目的，发明人对来自不同绵羊品种的绵羊个体进行了大 量的基因型与多角表型相关性研究，意外的发现，在所有的多角绵羊个体中，有多达96.9% 的个体的MTX2基因下游53449bp处为AA或者AG基因型。在所有两角的绵羊个体中，有多达 86.3%的个体的MTX2基因下游53449bp处为GG基因型。基于W上发现，本发明提供了一种与 绵羊多角性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于绵羊MTX2基因下游53449bp处，对应于SEQ ID ^.1所示序列中的第3446口处，为6/4突变。
[0008] 本发明还提供了用于检测本发明所述SNP标记的特异性引物，包括：
[0009] 正向引物；
[0010]反向引物：
[0011] 所述特异性引物在鉴定绵羊多角性状中的应用也属于本发明的保护范围。
[0012] 利用所述引物进行PCR扩增获得的扩增产物片段为如SEQ ID NO. 1所示的核巧酸 序列。
[OOU]本发明还提供了所述的SNP标记在鉴定绵羊多角性状中的应用，包括W下步骤：
[0014] 1)提取待测绵羊的基因组DNA;
[0015] 2) W待测绵羊的基因组DNA为模板，利用特异性引物进行PCR扩增反应，获得扩增 产物片段；
[0016] 3)检测PCR扩增产物片段，如果扩增产物片段的第344bp处的碱基为A，则待测绵羊 为多角表型优势个体。
[0017] 其中，所述特异性引物包括：
[001引正向引物；
[0019]反向引物：
[0020] 其中，所述多角表型优势个体指代的是待测绵羊有高达96.9%的可能性为具有多 角性状的绵羊个体。
[0021] 如果扩增产物片段的第344bp处为GG基因型，则待测绵羊有86.3%的可能性为两 角的绵羊。
[0022] 其中，所述扩增产物片段的核巧酸序列如SEQ ID NO. 1所示。
[0023] 本发明对于检测PCR扩增产物片段的方法没有特别的限制，可W利用本领域常规 的检测方法进行，例如，可W通过基因测序方法进行检测。
[0024] 其中，步骤2)中PCR反应使用的扩增体系W40iU计为，SXhq PCR MasterMix20y iaOpmolAU正向引物和反向引物各0.^1，50ngAU模板DNA化l，dd出0 1祉1。
[0025] 其中，步骤2)中PCR反应的条件为:95°C预变性5分钟;95°C变性30秒，60°C退火30 秒，72 °C延伸45秒，共35个循环;72 °C后延伸5分钟。
[0026] 本发明还提供了含有所述特异性引物的辅助鉴定绵羊多角性状的试剂盒。
[0027] 优选的，所述试剂盒还包括dNTPs、化q DNA聚合酶、Mgh、PCR反应缓冲液中的一种 或多种。
[00%]优选的，所述试剂盒还包括标准阳性模板。
[0029] 本发明所述的特异性引物还可W与其他用于绵羊表型检测的特异性引物相结合 用于绵羊分类和育种研究。
[0030] 与绵羊多角性状相关的SNP标记在多角绵羊分子标记辅助育种中的应用也属于本 发明的保护范围。
[0031] 本发明利用绵羊MTX2基因下游53449bp处的SNP标记可W对绵羊进行基因分型，并 对该SNP标记与绵羊多角表型进行关联，该位点的检出，既为分子育种提供了新的素材，又 为绵羊多角性状的标记辅助选择提供了科学依据。
[0032] 本发明采用聚合酶链式反应(PCR)和测序技术来检验待测绵羊的基因型，优点在 于:本发明提供的分子遗传标记不受绵羊的年龄、性别等限制，可W对待测绵羊进行早期筛 选，有效缓解实际生产中优良多角种羊选择时间长的问题，减低育种花费，有效增加实际生 产中的多角绵羊个体的选留，提高经济效益，将