裸鼹鼠mhc基因snp位点及其应用

文档序号:9904644阅读:365来源:国知局
裸鼹鼠mhc基因snp位点及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于生物技术检测领域,具体设及裸廳鼠 MHC基因 SNP位点,W及将该些SNP 位点可用于裸廳鼠种群遗传多样性检测。
【背景技术】
[0002] 裸廳鼠不仅寿命是晒齿类中最长的,还具备抗自发及实验性肿瘤的特性。另外,大 量的报道表明裸廳鼠具有哺乳动物罕见的诸多特点:其皮肤缺乏P物质,无痛觉;可在低氧 条件下长期生存,具备较强的耐低氧能力;W蜜蜂式群居,群落中有一个雌性王鼠专口从事 繁殖工作;繁殖力旺盛,雌王鼠即使进入老年期仍能保持旺盛的生殖能力。因此,作为一种 新型实验动物,近年来裸廳鼠得到国际上的广泛重视,但是对于其遗传学的研究目前报道 较少。遗传背景清晰是裸廳鼠实验动物化的重要前提,因此,裸廳鼠的遗传学研究迫在眉 睫,尤其是分子遗传学研究。
[0003] 单核巧酸多态性(SNP),即基因组水平上的单个核巧酸变异引起的DNA序列多态 性。目前,SNP占所有已知多态性的90% W上,且在不同群体中的分布频率也有一定差异,该 差异可W代表某一群体或亚群的遗传差异。SNP是于限制性内切酶技术、微卫星标记技术之 后的第Ξ代分子遗传学检测技术。目前SNP检测方法有PCR-RFLP,PCR-SSCP,AS-PCR,测序W 及基因忍片等。但至今为止,对于裸廳鼠的分子遗传学研究,仅见限制性内切酶技术W及微 卫星标记技术的报道,尚未见SNP标记的相关研究报道。

【发明内容】

[0004] 为了解决上述检测技术的不足,本发明筛选并建立了裸廳鼠血1C基因序列的SNP位 点,W及该些SNP位点在检测裸廳鼠 Μ肥基因型中的应用。
[0005] 本发明的目的通过W下技术方案来实现:
[0006] 本发明的第一目的在于提供裸廳鼠 MHC基因 SNP位点,位于裸廳鼠基因组序列NW_ 004624754.1上:
[0007] 多态性位点G23900093A基因型为G/A,位点位置为第23900093个碱基,序列位置: NW_004624754.1:23899921-23900100;核巧酸序列如沈Q ID No. 1-2所示;
[000引多态性位点A23727234G基因型为A/G,位点位置为第23727234个碱基,序列位置: NW_004624754.1:23727192-23727560;核巧酸序列如沈Q ID No.3-4所示;
[0009] 多态性位点G23764780A基因型为G/A,位点位置为第23764780个碱基,序列位置: NW_004624754.1:23764601-23764870;核巧酸序列如沈Q ID No.5-6所示;
[0010]多态性位点A24081146G基因型为A/G,位点位置为第24081146个碱基,序列位置: NW_004624754.1:24081291-24080842;核巧酸序列如沈Q ID No.7-8所示;
[0011] 多态性位点C24080600T基因型为C/T,位点位置为第24080600个碱基,序列位置: NW_004624754.1:24080751-24080392;核巧酸序列如沈Q ID No.9-10所示。
[0012] 本发明的第二目的在于提供针对上述各SNP位点对应的引物对,具体如表1所示:
[001;3]多态性位点6239000934的引物,核巧酸序列如沈9 10齡.11-12所示。
[0014] 多态性位点4237272346的引物,核巧酸序列如569 10齡.13-14所示。 [001引多态性位点62376478(^的引物,核巧酸序列如沈9 10齡.15-16所示。
[0016] 多态性位点4240811466的引物,核巧酸序列如沈9 10齡.17-18所示。
[0017] 多态性位点〔240806001'的引物,核巧酸序列如沈9 10齡.19-20所示。
[001引表1.
[0019]
[0020] 本发明的再一目的在于提供上述SNP位点和引物对在检测裸廳鼠 MHC基因型中的 应用。
[0021] 本发明的另一目的在于提供一种检测裸廳鼠 MHC基因型的方法,包括:使用上述 SNP位点和引物对待测裸廳鼠进行检测时,确定所述待测裸廳鼠 MHC基因型。
[0022] 所述检测裸廳鼠 MHC基因型的方法,包括W下步骤:
[0023] 提取待测裸廳鼠的基因组DNA;
[0024] 使用权利要求2所述的引物对,将所述待测裸廳鼠的基因组DNA进行PCR扩增,获得 PCR扩增产物;
[0025] 对所述PCR扩增产物进行测序,获得测序结果;
[0026] 基于所述测序结果,确定所述待测裸廳鼠的所述SNP位点的基因型。
[0027] 主要组织相容性复合体((111日扣;1"11131:〇(3〇1119日1:化;[1;[17(30111916《,]\1肥)是具有序列 保守W及高多态性的基因家族。其多态性与免疫排斥、免疫发生发展密切相关,有助于扩大 种群对抗原肤的提呈范围,有利于维持种群的生存和延续。裸廳鼠 MHC基因序列上的SNP标 记位点的信息筛选及建立,可作为鉴定裸廳鼠基因型的方法,应用于裸廳鼠种群遗传多样 性的检测和免疫学的研究。
[0028] 使用SNP位点引物针对基因组DNA水平进行检测,剪取群落中裸廳鼠的尾尖部提取 基因组DNA,W基因组DNA为模板,使用相对应SNP位点的引物W及保真taq酶进行PCR,目的 片段测序,测序结果与基因组数据库的目的片段序列进行比对,得出目的基因的基因型。
[0029] 本发明首次建立裸廳鼠的SNP标记位点,可用于裸廳鼠群落的遗传多态性检测,为 裸廳鼠的SNP多态性检测奠定坚实的基础。
【附图说明】
[0030] 图1为SNP位点G23900093A测序比对结果;
[0031] 图2为SNP位点A23727234G测序比对结果;
[0032] 图3为SNP位点G23764780A测序比对结果;
[0033] 图4为SNP位点A24081146G测序比对结果;
[0034] 图5为SNP位点C24080600T测序比对结果;
[0035] 上述图1-图5,方框为比对结果的突变位点;划下标线处为正反引物所在位置;A、 B、C、D分别为裸廳鼠个体。
【具体实施方式】
[0036] 下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,运些实施例仅用于说明本发明 而不用于限制本发明的范围。
[0037] 下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件中所述的条件,或 按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。除非另行定 义,文中所使用的所有专业与科学用语与本领域熟练人员所熟悉的意义相同。此外,任何与 所记载内容相似或均等的方法及材料皆可应用于本发明中。文中
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