55个snp位点多色荧光复合检测的方法及试剂盒的制作方法

文档序号:9919853阅读:646来源:国知局
55个snp位点多色荧光复合检测的方法及试剂盒的制作方法
【技术领域】
[0001 ]本发明设及包括核酸的测定或检验方法技术领域。
【背景技术】
[0002] 单核巧酸多态性(Single Nucleotide Polymo;rphisms, SNPs)是指人类基因组中 特定位置核巧酸单个碱基序列的变异,一般是二等位基因,且其中最少的一种在人群中的 频率不少于1%。与限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymo;rphism, RELP)和短串联重复序列(Shod Tandem Repeats, STRs)相比,第S代遗传标记SNPs分布 更为广泛,占基因组已知多态性的80%,是最常见的遗传变异类型。近年来,SNPs在法医学领 域受到越来越多的关注,主要由于其具有W下S方面的优点= (I)SNPs是检测单碱基变异, 可W通过设计较短的扩增片段扩增小于l(K)bp的DNA模板,弥补STRs在分析降解检材方面的 局限性;(2)SNPs的突变率(1(T 8)比STR(1(T3)低,运使其在亲缘关系鉴定方面更具价值;(3) 二等位基因的特性使其检测方法多样,并且能够实现快速自动化分型;(4)利用SNPs能够进 行祖先信息W及表型信息的推断,推测嫌疑人或失踪人员特征,从而缩小侦查范围,为侦破 案件提供线索。SNPs最大的缺点是其多态性差,需要检测更多的SNP位点才能达到较高的识 别率。而对于法医学检验中经常面对的有限的检材,一个稳定的、能同时检测多个位点的方 法是十分有价值的,高效、省时且经济。

【发明内容】

[0003] 本发明要解决的技术问题是提供一种用于个体识别的55个SNP位点多色巧光复合 检测的方法及试剂盒,在专利化201010265870.3原有44个位点的基础上,将其扩展为55个 位点的复合分型体系,提高方法的检验效能;优化反应条件,使检测方法更加稳定和经济; 增加性别检测位点,使检测方法能够鉴别检材来源的性别。
[0004] 为解决上述技术问题,本发明所采取的技术方案是:55个SNP位点多色巧光复合检 测的试剂盒,其包括a)扩增体系:PCR缓冲溶液、MgCb、dNTPs、PCR引物、Taq DNA聚合酶、模 板DNA,b)扩增产物纯化试剂:核酸外切酶I、邮碱性憐酸酶,C)延伸反应试剂:延伸引物、 SNaPshot反应混合液,d)延伸产物纯化试剂:邮碱性憐酸酶,e)测试试剂:Hi-Di甲酯胺和 GeneScan? Size Standards-120 LIZ,PCR引物和延伸引物由55个SNP基因位点的引物组 成,所述55个SNP基因位点在NCBI中SNP数据库的rs号分别为rsll09037,rs3780962, rs6591147,rs2342747,rs9951171,rsl3182883,rs100 92491,rs6955448,rs6444724, rs430046,rs321198,rsl59606,rs560681,rs214955,rsl3218440,rs9905977,rsl821380, rs279844,rs8078417,rs4606077,rs445251,rs987640,rs4530059,rs338882,rsl0488710, rs6811238,rs722290,rs7041158,rs7520386,rs9866013,rsl498553,rs2270529, rs 1478829, rs1523537,rs4364205,rs985492,rs12997453,rs740598,rs1736442, rsl294331,rs993934,rsl0776839,rs315791,rs576261,rs2399332,rs2272998, rs7205345,rs2269355,rs1058083,rs10773760,rs464663,rs221956,rs1336071, rs 1027895和位于人类牙釉质蛋白基因Amelogenin gene上的一个性别检测SNP位点,所述 性别检测SNP位点在女性个体中为纯合子T/T,在男性个体中为杂合子C/T,性别检测SNP位 点的5 ' 侧翼序列为TTTTACCTTCTTCTTTCT,3 ' 侧翼序列为TTGTAGAACTCACATTCTCAGGC。
[000引除性别检巧化NP位点外,其余54个SNP基因位点根据W下标准进行选取:(1)具有高 的杂合度(含0.4); (2)等位基因频率在全球各大人群之间差异小(Fst<0.06); (3)系统内 SNPs之间要处于连锁平衡状态,位点之间的物理距离至少大于IMb; (4)系统内的SNP数目要 足够多W达到个体识别效能;所有SNP位点的群体遗传学数据已经在公开刊物上发表。其相 关仁息町1亲1。
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55个SNP基因位点的PCR引物和延伸引物的序列为: rsll09037,PCR引物沈Q ID NO. 1-2,延伸引物沈Q ID NO. 111; rs3780962,PCR引物沈Q ID NO. 3-4,延伸引物沈Q ID NO. 112; rs6591147,PCR引物沈Q ID NO. 5-6,延伸引物沈Q ID NO. 113; rs2:M2747,PCR引物沈Q ID NO. 7-8,延伸引物沈Q ID NO. 114; rs9951171,PCR引物沈Q ID NO. 9-10,延伸引物沈Q ID NO. 115; rsl3182883,PCR引物沈Q ID NO. 11-12,延伸引物沈Q ID NO. 116; rs100 92491,PCR引物沈Q ID NO. 13-14,延伸引物沈Q ID NO. 117; rs6955448,PCR引物沈Q ID NO. 15-16,延伸引物沈Q ID NO. 118; rs6444724,PCR引物沈Q ID NO. 17-18,延伸引物沈Q ID NO. 119; rs430046,PCR引物沈Q ID NO. 19-20,延伸引物沈Q ID NO. 120; rs321198,PCR引物沈Q ID NO. 21-22,延伸引物沈Q ID NO. 121; rsl59606,PCR引物沈Q ID NO. 23-24,延伸引物沈Q ID NO. 122; rs560681,PCR引物沈Q ID NO. 25-26,延伸引物沈Q ID NO. 123; rs214955,PCR引物沈Q ID NO. 27-28,延伸引物沈Q ID NO. 124; rsl3218440,PCR引物沈Q ID NO. 29-30,延伸引物沈Q ID NO. 125; rs9905977,PCR引物沈Q ID NO. 31-32,延伸引物沈Q ID NO. 126; rsl821380,PCR引物沈Q ID NO. 33-34,延伸引物沈Q ID NO. 127; rs279844,PCR引物沈Q ID NO. 35-36,延伸引物沈Q ID NO. 128; rs8078417,PCR引物沈Q ID NO. 37-38,延伸引物沈Q ID NO. 129; rs4606077,PCR引物沈Q ID NO. 39-40,延伸引物沈Q ID NO. 130; rs445251,PCR引物沈Q ID NO. 41-42,延伸引物沈Q ID NO. 131; rs987640,PCR引物沈Q ID NO. 43-44,延伸引物沈Q ID NO. 132; rs4530059,PCR引物沈Q ID NO. 45-46,延伸引物沈Q ID NO. 133; rs338882,PCR引物沈Q ID NO. 47-48,延伸引物沈Q ID NO. 134; rsl0488710,PCR引物沈Q ID NO. 49-50,延伸引物沈Q ID NO. 135; rs6811238,PCR引物沈Q ID NO. 51-52,延伸引物沈Q ID NO. 136; rs722290,PCR引物沈Q ID NO. 53-54,延伸引物沈Q ID NO. 137; rs7041158,PCR引物沈Q ID NO. 55-56,延伸引物沈Q ID NO. 138; rs7520386,PCR引物沈Q ID NO. 57-58,延伸引物沈Q ID NO. 139; rs9866013,PCR引物沈Q ID NO. 59-60,延伸引物沈Q ID NO. 140; rsl498553,PCR引物沈Q ID NO. 61-62,延伸引物沈Q ID NO. 141; rs2270529,PCR引物沈Q ID NO. 63-64,延伸引物沈Q ID NO. 142; rsl478829,PCR引物沈Q ID NO. 65-66,延伸引物沈Q ID NO. 143; rsl523537,PCR引物沈Q ID NO. 67-68,延伸引物沈Q ID NO. 144; rs4364205,PCR引物沈Q ID NO. 69-70,延伸引物沈Q ID NO. 145; rs985492,PCR引物沈Q ID NO. 71-72,延伸引物沈Q ID NO. 146; rsl2997453,PCR引物沈Q ID NO. 73-74,延伸引物沈Q ID NO. 147; rs740598,PCR引物沈Q ID NO. 75-76,延伸引物沈Q ID NO. 148; rsl736442,PCR引物沈Q ID NO. 77-78,延伸引物沈Q ID NO. 149; rsl294331,PCR引物沈Q ID NO. 79-80,延伸引物沈Q ID NO. 150; rs9939:M,PCR引物沈Q ID NO. 81-82,延伸引物沈Q ID NO. 151; rsl0776839,PCR引物沈Q ID NO. 83-84,延伸引物沈Q ID NO. 152; rs315791,PCR引物沈Q ID NO. 85-86,延伸引物沈Q ID NO. 153; rs576261,PCR引物沈Q ID NO. 87-88,延伸引物沈Q ID NO. 154; rs2399332,PCR引物沈Q ID NO. 89-90,延伸引物沈Q ID NO. 155; rs2272998,PCR引物沈Q ID NO. 91-92,延伸引物沈Q ID NO. 156; rs7205345,PCR引物沈Q ID NO. 93-94,延伸引物沈Q ID NO. 157; rs2269355,PCR引物沈Q ID NO. 95-96,延伸引物沈Q ID NO. 158; rsl058083,PCR引物沈Q ID NO. 97-98,延伸引物沈Q ID NO. 159; rsl07737
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