检测7q21.13区域SNP试剂的应用
【专利摘要】本发明涉及检测7q21.13区域SNP的试剂的应用，具体地，检测7q21.13区域SNP的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于制备肝癌患者筛查的产品，所述SNP为rs10272859。由此，利用所述检测SNP的试剂可以有效用于肝癌患者筛查。
【专利说明】
检测7q21 .13区域SNP试剂的应用
技术领域
[0001 ]本发明设及生物技术领域，具体设及检测7q21.13区域SNP试剂的应用。
【背景技术】
[0002] 原发性肝细胞肝癌化epatocellular Cance;r，HCC，W下简称肝癌）是常见的恶性 肿瘤之一，年发病率在恶性肿瘤中居第五位。我国是肝癌高发国家，每年新发病例约50万， 占全球肝癌新发病例的半数W上。流行病学和实验研究均表明，肝癌属于多因素复杂疾病， 是病毒因素、环境因素和遗传因素共同作用的结果。在我国，乙型肝炎（Hepatitis B Virus,皿V)感染是肝癌发生的最主要的因素，大约与80%的肝癌相关。但是，皿V慢性感染 者中，仅有少部分个体最终罹患肝癌，同时，肝癌的发生具有家族聚集倾向，提示遗传因素 在肝癌的发生过程中发挥重要作用。传统的基于候选基因的病例-对照关联研究W及近年 来兴起的全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWAS)陆续发现了若干与 皿V相关肝癌显著相关的单核巧酸多态性（Single nucleotide polymo;rphism，SNP)，进一 步证实了皿V相关肝癌的发生存在遗传病因，即存在皿V相关肝癌的易感基因。易感基因在 皿V相关肝癌的发生、发展中发挥着重要的作用。皿V相关肝癌易感基因的鉴定W及该基因 相关分子机制的解析，将为肝癌高危人群的预防和临床诊治提供理论依据，进而有望实现 对肝癌的早期预防与个体化治疗，达到提高肝癌治疗效果的目的。
[0003] 全基因组关联研究被证明可W无偏、有效的发掘疾病或表型相关的SNP。至今，已 有超过2000篇全基因组关联研究被报道，其中，一半W上是针对肿瘤的研究。尽管基于病 例-对照的研究策略统计效能较高，但是由于存在人群混杂或人群分层等因素，该研究策略 容易产生假阳性结果。全基因组关联研究为避免全基因组层面过多的假阳性结果，一般需 要选取关联程度最强的数个或数十个位点在验证人群中进行进一步验证，由此可能遗漏可 能相关的位点。此外，基于病例-对照的全基因组关联研究最终报道的显著关联位点经过了 多个独立人群的重复验证，仍旧无法完全排除运些位点可能是人群分层导致的假阳性结 果。
[0004] 目前，基于SNP的肝癌患者筛查的检测技术仍有待改进。
【发明内容】
[0005] 本发明是基于发明人对W下事实和问题的发现和认识作出的：
[0006] 为了进一步发掘新的皿V相关肝癌易感基因，发明人开展了新一轮的皿V相关肝癌 的全基因组关联研究。基于家系的研究策略不受人群分层现象的影响，充分弥补了病例-对 照研究策略的不足。由此，发明人采用基于家系和基于病例-对照策略，可W有效、准确地发 现疾病相关位点。在发掘阶段，发明人综合采用基于家系和基于病例-对照的策略，W充分 发挥两种策略各自的优势。在验证阶段，发明人采用基于病例-对照的策略完成两阶段的人 群验证。最终，成功定位了 7q21.13为肝癌新的易感区域。进一步，发明人对该区域进行了更 细致的分析。
[0007] 本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。
[0008] 根据本发明的第一方面，本发明提出检测SNP的试剂在制备试剂盒中的用途，其 中，所述试剂盒用于肝癌患者筛查，所述SNP为rsl0272859,该位点位于人类第7号染色体 90,318,474位置(基于人类基因组第19版本）。发明人综合采用基于家系和基于病例-对照 的策略，W充分发挥两种策略各自的优势。在验证阶段，采用基于病例-对照的策略完成两 阶段的人群验证，最终验证rsl0272859与肝癌显著相关，由此，利用所述检测SNP的试剂可 W有效进行肝癌患者筛查。
[0009] 根据本发明的一些实施例，所述试剂包括引物和/或探针。
[0010] 根据本发明的一些实施例，所述rsl0272859为GC或GG的基因型是肝癌高风险的指 示。通过分析rsl0272859基因型与肝癌病人的生存期，发明人发现，携带rsl0272859风险等 位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期显著短于未携带风险等位患者。由此，可W通过检测 rsl0272859的基因型来有效进行肝癌患者筛查。
[0011] 根据本发明的第二方面，本发明提出一种用于肝癌患者筛查的试剂盒，所述试剂 盒含有检测SNP的试剂，所述SNP为rsl0272859。发明人综合采用基于家系和基于病例-对照 的策略，W充分发挥两种策略各自的优势。在验证阶段，采用基于病例-对照的策略完成两 阶段的人群验证，最终验证rsl0272859与肝癌显著相关，由此，利用所述试剂盒可W有效检 测肝癌。
[001^ 根据本发明的一些实施例，所述试剂包括引物和/或探针。所述试剂的使用方法包 括但不限于化qMan分型和Sequenom分型等。
[OOU] 根据本发明的一些实施例，所述引物为GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA(沈Q ID N0:1) 和AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC(SEQ ID ^:2)。其中，61'(：1'(：1'1'1'撕40：1'(：1'1^440：4为前 向引物，AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC为后向引物，利用前向引物和后向引物可W有效 地检测本发明所述SNP位点。
[0014] 根据本发明的一些实施例，所述探针为（FAM)TCAGCCATATCTGCTTATTCTTGAGCACC (沈Q ID N0:3)和/或化EX)TTCAGCCATATCTGGTTATTCTTGAGCACC(SEQ ID N0:4)。利用所述探 针可W有效地检测本发明所述SNP位点。
[0015] 根据本发明的一些实施例，所述rsl0272859为GC或GG的基因型是肝癌高风险的指 示。通过分析rsl0272859基因型与肝癌病人的生存期，发明人发现，携带rsl0272859风险等 位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期显著短于未携带风险等位患者。由此，可W通过利用所 述试剂盒来检测rsl0272859的基因型来有效检测肝癌。
[0016] 根据本发明的第Ξ方面，本发明提出一种用于肝癌患者筛查的设备，包括：
[0017] 测序装置，所述测序装置用于对患者的全基因组中至少之一进行测序，W便获得 测序结果;其中，所述全基因组中至少之一为包括rsl0272859的区域。
[0018] 比对装置，所述比对装置与所述测序装置相连，且用于基于所述测序结果，确定 rsl0272859的基因类型；
[0019] 分析装置，所述分析装置与所述比对装置相连，且用于基于所述SNP类型确定肝癌 风险。发明人综合采用基于家系和基于病例-对照的策略，W充分发挥两种策略各自的优 势。在验证阶段，采用基于病例-对照的策略完成两阶段的人群验证，最终验证rsl0272859 与肝癌显著相关，由此，利用所述设备可W有效检测肝癌。
[0020] 根据本发明的具体实施例，所述测序装置用于对患者的全基因组中预定区域进行 测序，W便获得测序结果；其中，所述预定区域为rsl0272859上游Ikb，下游Ikb。由此，可W 更加有效地进行测序。
【附图说明】
[0021] 图1是根据本发明的实施例1的广西家系人群关联结果的分位数图。
[0022] 图2是根据本发明的实施例1的广西家系人群关联结果曼哈顿图。
[0023] 图3是根据本发明的实施例1的广西病例-对照人群关联结果的分位数图。
[0024] 图4是根据本发明的实施例1的广西病例-对照人群关联结果曼哈顿图。
[0025] 图5是根据本发明的实施例1的rsl0272859各阶段苔萃分析森林图。
[0026] 图6是根据本发明的实施例2的rsl0272859风险等位G与肝癌患者预后相关性示意 图。
[0027] 图7是根据本发明的实施例3的rsl0272859基因型与CDK14基因表达图。
【具体实施方式】
[0028] 下面详细描述本发明的实施例，所述实施例的示例在附图中示出。下面通过参考 附图描述的实施例是示例性的，旨在用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。
[0029] 实施例
[0030] 实施例1皿V相关肝癌的全基因组关联研究
[0031] 2.材料与方法
[0032] 2.1研究对象
[0033] 2.1.1全基因组关联研究样本
[0034] 本项全基因组关联研究分为Ξ个研究阶段:发掘阶段，验证阶段I和验证阶段II。 所有研究对象均为中国成年个体，招募自中国东部、南部、西部和北部。所有病例-对照个体 均为HBV持续感染者，入选标准为血清乙肝表面抗原化epatitis B surface antigen, 皿sAg)和乙肝核屯、抗体(anti-HBc immunoglobulin G，IgG anti-HBc)呈阳性至少6个月。 肝癌患者的入选标准为诊断为原发性肝癌，未接受放、化疗，且经过病理证实。病例-对照人 群个体均不存在亲缘关系。所有患者均已签署知情同意书，且本研究经放射与福射医学研 究所伦理委员会批准执行。
[0035] 发掘阶段包括广西肝癌核屯、家系人群（205个肝癌核屯、家系，每个家系包含一个 HBV相关肝癌患者与其健康双亲，共205X3 = 615人)和广西病例-对照人群（355例病例和 360例对照，病例为皿V相关肝癌患者，对照为慢性皿V携带者，下同）。广西核屯、家系人群由 广西肿瘤医院2005年6月至2010年7月招募自广西，经过全基因组SNP数据质量控制后，保留 189个皿V相关肝癌核屯、家系用于后续分析。其中，核屯、家系先证者的平均年龄35.7±6.9， 男女比例9.5。广西病例-对照人群由广西肿瘤医院2002年至2008年招募，该人群即发明人 开展的国际首项肝癌全基因组关联研究的发掘阶段人群。经过全基因组SNP数据质量控制 后，可用于后续分析的病例％8例，对照359例。病例人群平均年龄45.8± 10.6，男女比例 6.7 ;对照人群平均年龄41 . 6 ± 1 2 . 1，男女比例6.3。发掘阶段，全基因组SNP (包括 rsl0272859)通过全基因组忍片检测。
[0036] 验证阶段I包括陕西病例-对照人群（1,095例病例和394例对照）。病例个体由第四 军医大学西京医院和唐都医院2011年6月至2013年7月招募自陕西，病例人群平均年龄51.0 ±10.5,男女比例8.1。对照人群由西藏民族学院2011年12月至2012年7月招募自陕西，对照 人群平均年龄40.9± 14.1，男女比例1.6。
[0037] 验证阶段II包括广东病例-对照人群巧74例病例和580例对照）、北京病例-对照人 群(276例病例和266例对照）、江苏病例-对照人群(50例病例和141例对照)和广西病例-对 照人群(285例病例和623例对照）。其中广东病例-对照人群由中山大学附属第Ξ医院2011 年10月至2014年11月招募自广东，病例人群平均年龄49.4 ± 11.9，男女比例9.6，对照人群 平均年龄48.1 ±12.4,男女比例8.4。北京病例-对照人群由中国医学科学院肿瘤医院2003 年3月至2009年2月招募自北京，病例人群平均年龄55.9 ± 9.1，男女比例6.1，对照人群平均 年龄55.50 ± 12.2，男女比例5.5。江苏病例-对照使用全基因组分型数据，其中部分对照数 据(91例对照)来自南京医科大学已发表的全基因组关联研究，其余病例-对照数据来自复 旦大学附属中山医院未发表数据，病例人群平均年龄52.4±7.8,全部为男性个体，对照人 群平均年龄56.7 ± 9.6，男女比例7.3。广西病例-对照人群病例人群由广西肿瘤医院2004年 1月至2012年10月招募自广西。病例人群平均年龄47.8 ± 11.3，男女比例8.2;对照人群来自 发明人招募的广西玉林地区肝癌高危人群前瞻性队列样本(2011年2月至2012年10月），平 均年龄41.0±10.4,男女比例2.9。用于全基因组关联研究样本的人群信息可参见表1。
[0038] 验证阶段，rsl0272859通过化qMan检测，检测引物：
[0039] 前向引物:GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA(SEQ ID N0:1);
[0040] 后向引物:AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC(SEQ ID N0:2);
[0041] 探针l:(FAM)TCAGCCATATCTGcTTATTCTTGAGCACC(SEQ ID N0:3);
[0042] 探针2:(HEX)TTCAGCCATATCTG巧TATTCTTGAGCACC(SEQ ID N0:4)。
[0043]
[0044] 2.2关联研究
[0045] 广西病例-对照人群的关联研究使用基于加性模型的逻辑斯蒂化ogistic)回归分 析方法。逻辑斯蒂回归校正性别、年龄、是否吸烟、是否饮酒W及是否有家族史。使用化INK 软件1.07版本计算。
[0046] 广西家系人群的关联研究使用传递不平衡检验（Transmission/Disequi librium Test, TDT)分析。TDT分析通过检验某个SNP从杂合子的父母传递给患病后代的机率是否高 于预期值，判断该SNP是否可能与该疾病相关。使用化INK软件1.07版本计算。
[0047] 为检验研究是否存在人群分层等因素导致的系统性偏差，我们使用分位数图 (quantile-quantile plot,Q-Q plot)和膨胀系数（genomic inflation factor)进行判 另IJ。膨胀系数衡量实际获得的关联P值与预期P值之间存在的差异。分位数图和膨胀系数均 使用R软件进行计算。
[004引 2.3统计学检验
[0049] 苔萃分析使用METAL软件进行，用W将各阶段关联分析得到的比值比和95%置信 区间进行合并。Cochran Q检验和统计量I2用W评估各个阶段是否存在异质性，W判断苔萃 分析使用随机效应模型或固定效应模型。候选SNP位点与个体的性别和年龄交互作用分析 使用逻辑斯蒂回归分析。人群归因分数根据W下公式计算:PAF% = 100X(x-l)/x，其中x = (1-P) 2+化（1-P) 〇Ri+P%R2，运里P代表群体等位频率，ORi和OR2代表杂合子和纯合子的风险 比。
[0050] 3.结果
[0051] 3.1全基因组SNP数据质量控制结果
[0052] 广西病例-对照人群使用Affymetrix公司SNP 5.0忍片(Affymetrix 5.0)进行分 型。经过质量控制，348例病例和359例对照，288,424个常染色体SNP进入后续分析。所有样 本平均检出率达到99.03%。广西家系人群使用111胆111曰公司中华忍片。1111111111曰 Human0mniZhongHua-8Bead化ip)进行分型。经过质控控制，189个核屯、家系，694,794个5肥 进入后续分析(表2)。所有样本平均检出率达到99.69%。
[0053] 表2广西家系人群质量控制过程
[0054] (a)使用化INK软件去除不合格家系
[0化5]
[0056]注:检测率低于90%被认为检测率低;孟德尔错误高过5%被认定不是生物学意义 上
[0化7]的家系。
[005引（b)SNP质量控制过程
[0化9]
[0060] 3.3关联分析结果
[0061] 广西家系人群采用基于家系的研究策略。发明人使用TDT对广西家系人群进行关 联分析。在仅有少量真实关联位点淹没在大量假阳性位点的情况下，TDT分析被认为特别有 效，由此，TDT分析可用来证实或拒绝报道的显著关联结果。据此，有理由相信，通过TDT分 析，可W筛选出真实的与肝癌相关的位点。TDT结果显示，广西家系人群中，关联结果的膨胀 系数为1.04,该数值小于1.05。同时，分位数图无明显偏移，如图1所示，其中，图1中P值由广 西家系人群TDT分析获得，黑线是对90%观测值分布的拟合。由此，说明广西家系人群的关 联结果不存在系统性偏差。值得注意的是，基于家系的研究策略对基因型错误较之病例-对 照策略更加敏感，SNP推算导致的基因型错误往往较大程度影响结果的准确性。发明人注意 到，推算SNP关联结果与实际分型SNP关联结果膨胀系数相差不大，一定程度上提示推算的 结果不存在明显偏差。
[0062] 进一步地，通过TDT分析，发现众多与肝癌显著相关的位点。关联结果曼哈顿图如 图2所示，其中图2中横坐标为染色体位置，纵坐标为-logio(P)。其中包含W往通过全基因组 关联研究发现的位于1(伴18、化4-〇941/01^1、化4-〇〇和84邸2基因区域的8肥位点。提示基于 家系的TDT分析可W有效发现肝癌相关位点。
[0063] 为增加发掘阶段的统计效能，基于广西病例-对照人群，进行基于加性模型的逻辑 斯蒂回归分析。关联结果的膨胀系数为1.01，如图3所示，其中图3中P值由广西病例-对照人 群逻辑斯蒂回归分析获得，黑线是对90%观测值分布的拟合。关联结果曼哈顿图如图4所 示，其中图4中横坐标为染色体位置，纵坐标为-loglO(P)。
[0064] 3.4人群验证结果
[0065] 人群验证分为两个阶段:验证阶段I对14个候选SNP位点在陕西病例-对照人群中 进行分型。基于加性模型的逻辑斯蒂回归分析方法得到2个SNP位点（rsl 1163360和 rsl0272859)仍旧显著关联且关联方向与发掘阶段一致。验证阶段II对运2个SNP位点进一 步在广东、北京、江苏和广西病例-对照人群中进行分析。基于加性模型的逻辑斯蒂回归分 析方法发现rsl0272859仍旧显著关联且关联方向一致(表3)。
[0066] 进一步查看rsl0272859位点在各个阶段的分型情况，发现该位点在广西家系人群 中是通过推断获得的（在广西病例-对照中是实际分型获得）。为排除SNP推断导致的错误， 进一步对rsl0272859在广西家系人群中进行了化qMan分型。选取其中524个样本，成功分型 495个，成功率94.5% DTaqMan分型结果与SNP推算的结果一致率较高，达到98.4% (表4)。虽 然二者一致率较高，但对TDT检验结果产生一定影响。利用化qMan结果，对TDT检验进行更新 后，rsl0272859在广西家系人群中仍旧显著关联，P = 0.023。
[0067] 苔萃分析发现，合并所有人群的结果，rsl0272859的P值达到2.62Xl〇-s(表3)，超 过了全基因组关联研究要求的5Χ10-8的阔值，提示rsl0272859与肝癌显著相关。苔萃分析 的森林图如图5所示，其中，图5中四条蓝线自上而下代表本研究中GWAS阶段家系人群、GWAS 阶段病例-对照人群、研究阶段I和II的风险比。菱形代表合并后的风险比。苔萃分析使用 METAL软件。
[006引进一步对rsl0272859与个体的性别和年龄是否存在交互作用进行了分析。没有发 现显者差异（Pheterogeneity 二 0.79和0.39 ,表5 )。
[0069]
[0070]
[0071]
[0072] 实施例2 rsl0272859与肝癌病人预后相关
[0073] 已报道的研究显示，部分SNP与肿瘤的进展密切相关。如位于化C39A6基因5'非翻 译区（5'UTR)上的rs7242481与食管鱗状细胞癌病人的总体生存期显著相关，(XL20基因附 近的rs4458204与雌激素受体化strogen rec邱to;r，ER)阴性的乳腺癌病人总体生存期显著 相关。有趣的是，发明人之前发现与肝癌发生密切相关的SNP位点rsl7401966,最近被证明 与肝癌病人的预后显著相关。那么，rsl0272859基因型是否与肝癌病人预后显著相关。验证 阶段II中，广西病例-对照人群中部分样本具有较全面临床信息(n=104)，发明人定义该样 本集为样本集USample set 1)。通过分析rsl0272859基因型与肝癌病人的生存期，发明人 发现，携带rsl0272859风险等位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期显著短于未携带风险等 位患者(CC)(P = 9.0X10-3，皿=2.33，图6(A)，风险比由Cox比例风险模型校正性另リ、年龄和 ?m分期计算而得）。发明人在南京八一医院肿瘤外科收集的肝癌病人具有较全面临床信息 (n = 88)，并且定义该样本集为样本集2(Sample set 2)。采用TaqMan技术对运些样本的 rs 10272859进行分型。通过计算发明人发现，携带rs 10272859风险等位G等位的肝癌患者 (GG或GC)生存期也显著短于未携带风险等位患者(CC)(P = 8.6X10-3，HR = 2.46，图6(B)，风 险比由Cox比例风险模型校正性别、年龄和?!分期计算而得）。进一步通过基因表达综合数 据库中的数据集(GSE38323,样本集3)验证运一发现。该样本集共包含286例肝癌患者。该样 本集样本未对rsl0272859进行分型，但与其强连锁不平衡的SNP位点rs6976601(r2 = 0.98) 在该样本集中实际分型。发明人通过分析发现，携带rs6976601风险等位A的肝癌病人(AA或 AG)生存期明显短于未携带风险等位患者(GG)(P = 0.14,皿=1.30,图6C)。虽然该P值未到 达显著，发明人发现，携带rs6976601风险等位A的肝癌病人，五年生存率显著低于未携带风 险等位患者巧9.1%比71.3%;? = 0.031)。综上，证明了^10272859基因型与肝癌患者的生 存期显著相关。
[0074]实施例3易感基因定位分析和致病位点探索分析
[00巧]rsl0272859位于7q21.13区域，该位点所在连锁不平衡模块大约110-化，模块内包 含CDK14基因。该模块内，rsl859023(该位点与rsl0272859在中国人群中强连锁不平衡， = 0.78)被报道在非裔美国人群中与冠屯、病的发生显著相关。
[0076] 为进一步证明CDK14该区域的候选易感基因，发明人对肝脏样本中rsl0272859基 因型与CDK14基因表达相关性进行了分析。首先对用于生存分析的"样本集合2"共88个肝癌 样本进行CDK14基因表达定量。其中24个样本mRNA定量失败，最终64个样本进入分析。发明 人发现，携带rsl0272859风险等位G的样本(GG和GC)，CDK14表达显著高于未携带风险等位 的样本(CC)(P = 0.0052,图7(A))。进一步利用癌症基因组图谱计划中的82例肝癌病人的 SNP和基因表达数据，得到了类似的结论(P = 0.011，图7(B)，P值使用双端非配对t检验计 算)。
[0077] 综上，研究新发现了一个皿V相关肝癌的易感区域7q21.13。该区域的候选易感基 因可能是CDK14。本发明的发现可能有助于更好地筛选皿V相关肝癌的高危个体。
[0078] 此外，术语"第一"、"第二"仅用于描述目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性 或者隐含指明所指示的技术特征的数量。由此，限定有"第一"、"第二"的特征可W明示或者 隐含地包括至少一个该特征。在本发明的描述中，"多个"的含义是至少两个，例如两个，Ξ 个等，除非另有明确具体的限定。
[0079] 在本说明书的描述中，参考术语"一个实施例"、"一些实施例"、"示例"、"具体示 例"、或"一些示例"等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特 点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不 必须针对的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可W在任 一个或多个实施例或示例中W合适的方式结合。此外，在不相互矛盾的情况下，本领域的技 术人员可W将本说明书中描述的不同实施例或示例W及不同实施例或示例的特征进行结 合和组合。
[0080]尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例，可W理解的是，上述实施例是示例 性的，不能理解为对本发明的限制，本领域的普通技术人员在本发明的范围内可W对上述 实施例进行变化、修改、替换和变型。
【主权项】
1. 检测SNP的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于肝癌患者筛查，所述SNP为 rsl0272859。2. 根据权利要求1所述的用途，所述试剂包括引物和/或探针。3. 根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述rsl0272859为GC或GG的基因型是肝癌 尚风险的指不。4. 一种用于肝癌患者筛查的试剂盒，其特征在于： 含有检测SNP的试剂，所述SNP为rsl0272859。5. 根据权利要求4所述的试剂盒，所述试剂包括引物和/或探针。6. 根据权利要求5所述的试剂盒，所述引物为GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA和 AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC 〇7. 根据权利要求5所述的试剂盒，所述探针为(FAM)TCAGCCATATCTGcTTATTCTTGAGCACC 和/或（HEX)TTCAGCCATATCTGgTTATTCTTGAGCACC。8. 根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述rs 10272859为GC或GG的基因型是肝 癌尚风险的指不。9. 一种用于肝癌患者筛查的设备，其特征在于，包括： 测序装置，所述测序装置用于对患者的全基因组至少之一进行测序，以便获得测序结 果； 比对装置，所述比对装置与所述测序装置相连，且用于基于所述测序结果，确定 rsl0272859的基因类型； 分析装置，所述分析装置与所述比对装置相连，且用于基于所述SNP类型确定肝癌风 险。
【文档编号】C12Q1/68GK106011244SQ201610373409
【公开日】2016年10月12日
【申请日】2016年5月31日
【发明人】周钢桥, 张红星, 贺福初, 李元丰, 翟芸
【申请人】中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所