专利名称：肽或蛋白质的磷酸化分析装置、磷酸化判别程序和程序的记录介质的制作方法
技术领域：
本发明涉及肽或蛋白质的分析装置。更具体地，本发明涉及用于确定肽或蛋白质是否被磷酸化的分析装置和程序，以及用于存储该程序的记录介质。
背景技术：
蛋白质是基于基因组(DNA)中的信息被翻译和生产的。在各种生理学条件下通过在翻译之后进行修饰(翻译后修饰)来控制它们的活性和功能。最众所周知的蛋白质翻译后修饰包括磷酸化和脱磷酸化，这些被认为是控制蛋白质激活或失活的重要反应。
蛋白质翻译后修饰包括100种以上的修饰，例如甲基化、乙酰化和糖基化。磷酸化是这种主要的翻译后修饰之一。许多细胞内蛋白质在真核细胞中被磷酸化。蛋白质的磷酸化瞬时和可逆地发生，并且作为细胞内活性的主要控制机制，是信号转导途径的基本过程之一。此处所用的术语“磷酸化”是指磷酸结合到构成肽或蛋白质的氨基酸中特定的氨基酸残基上。术语“脱磷酸化”是指从磷酸化的氨基酸上除去磷酸。
转磷酸酶(蛋白激酶)和磷酸酯酶(蛋白磷酸酯酶)将来自细胞外部的刺激传送到细胞内部，并且用于控制各种细胞功能例如代谢、生长、分化、信号转导和运动。具体地，这种蛋白激酶和蛋白磷酸酯酶用作细胞内信号转导途径和细胞周期中的中心调节因子。相反，已经知道磷酸化具有随压力和疾病而变化的状态，并且认为磷酸化诱导的异常可能与各种慢性疾病和肿瘤形成有关。因此，毫无疑问地，对修饰反应(包括磷酸化和脱磷酸化)的洞察对于生理调节机理的突破、提供药物发现和进行病理学分析是重要的。
这些酶起到磷酸基团与蛋白质之间结合的作用或将蛋白质与结合的磷酸基团切断或分开的作用。具体地，蛋白激酶作用在蛋白质特定部位的氨基酸上，以将磷酸结合到所述氨基酸残基上，由此改变蛋白质的功能。相反，磷酸酯酶作用在蛋白质特定部位处、作为靶标的磷酸化形式的氨基酸上，用来切断氨基酸和磷酸之间的结合以转化氨基酸的原始残基，由此改变其功能。
由蛋白激酶的作用而产生的蛋白质磷酸化选择性地发生在特定的氨基酸上。具体地，由于磷酸结合到与蛋白质合成相关的20种氨基酸中的三种特定氨基酸--苏氨酸(T)、丝氨酸(S)和酪氨酸(Y)的残基上，所以发生磷酸化。
当蛋白质进行磷酸化或脱磷酸化反应时，构成蛋白质的氨基酸残基的局部极性改变，并因此改变它的构象、功能和活性。
例如，Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶(磷酸转移酶)由于其苏氨酸残基的磷酸化，经受Ca2+/钙调节蛋白依赖性的激活，并且能够磷酸化另外的底物蛋白质(substrate protein)。Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶是中枢神经系统中细胞内Ca2+信号的主要调节因子之一。因此，判别Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶是否被磷酸化，是监视中枢神经系统如何被活化的重要指标。
因此已经开发了判别有无磷酸化的各种方法。例如，专利文献1公开了使用质谱仪检测肽的磷酸化的技术。专利文献2公开了根据二维凝胶电泳判别磷酸化蛋白质的技术。非专利文献1公开了根据蛋白质印迹(Westernblotting)使用对磷酸化氨基酸的特异性抗体来检测磷酸化蛋白质的技术。非专利文献2公开了通过使用分光光度计测量在紫外光区域中的波长(例如280nm)下的吸收来定量肽或蛋白质的技术。
专利文献1特开2002-267674号公报专利文献2特开2002-306198号公报非专利文献1Yoko YAMAGATA，“Ca2+/calmodulin-dependent proteinkinase II and neuronal activity”，PROTEIN，NUCLEIC ACID AND ENZYME，47(1)51～57，2002非专利文献2Lecture Series on Biochemical Experiment，1，Chemistry ofProtein II，“2.Quantitation ofprotein”，Tokyo Kagaku Dojin Co.，Ltd.，第23～28页，1981发明内容本发明所要解决的问题但是根据专利文献1公开的技术，样品肽必须与强酸例如氟乙酸反应8小时至24小时作为预处理，以检测样品肽是否包含磷酸。但是，氟乙酸是强酸，应该小心地处理从而防止氟乙酸与人体的接触，因为它可能腐蚀活组织。此外，质谱仪的价格昂贵，并且应该由专门的操作者处理。因此，进行一个样品的测量花费很长的时间，并且根据此技术难以在短时间内处理大量的样品。当没有专门的操作者服务于操作质谱仪时，难以在装置中进行该测量。
根据专利文献2中公开的技术，应该通过随后的步骤处理目标样品，以检测是否该样品被磷酸化。具体地，第一步骤中，该样品通过蛋白磷酸酯酶的反应被脱磷酸化。第二步骤中，在蛋白磷酸酯酶的反应之前和之后，在该样品上进行二维电泳。第三步骤中，检测目标样品是否在蛋白磷酸酯酶反应前后之间在不同的位置进行电泳。通过这些步骤检测有无磷酸化。但是，作为此技术中使用的二维电泳的结果而获得的蛋白质图案，随样品的状态和电泳条件的细微变化而变化。因此，应该小心地设置样品的浓度、pH和其它参数，并且二维电泳必须总是在相同的条件下进行，该相同的条件是指电泳的条件例如pH和电压/电流及缓冲液的pH。进行该技术需要经验，并且难以在一次二维电泳中处理许多样品。
根据非专利文献1中公开的技术，对包含目标蛋白质的样品进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)，以由此根据蛋白质的分子量在凝胶上分离成几部分。然后，将分离的凝胶通过电荷转移到通常是硝酸纤维素的膜上，并且在转移的膜上进行抗原抗体反应。根据此技术，将与磷酸化的氨基酸反应的抗体的特异性和敏感度是关键的因素。对一些磷酸化氨基酸特异的抗体已经可商业获得。但是，当蛋白质包含两种或多种不同的磷酸化氨基酸时，应当使用特异抗体来检测目标氨基酸是否被磷酸化。此处特异的抗体是仅在目标氨基酸(target amino acid)被磷酸化的情况下是反应性的抗体。因此，为了检测活体内存在的各种各样的蛋白质，应该使用各种各样的相应特异抗体。此外，一个过程中检测的样品数是受到限制的，并且根据此技术难以在一个过程中处理大量的样品。
此外，根据上述相关领域技术中的这些检测方法基于测得的数据不能确定在要被磷酸化的氨基酸中，哪种氨基酸是被磷酸化的，所述氨基酸包括苏氨酸、丝氨酸和酪氨酸。
非专利文献2中公开的技术是，关注色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸在紫外区域中约280nm处具有最大吸收的实事的方法。这些氨基酸是构成肽或蛋白质的氨基酸。根据此方法获得的数据根据样品肽或蛋白质中包含的氨基酸的量而变化，它不能说是精确的定量，但是该方法广泛用作简单和快速的定量方法。但是，如以上刚刚提及的定量方法中那样，使用分光光度计分析肽和蛋白质的方法仅用在紫外区域中。此外，如在该定量方法那样，使用分光光度计的测量被认为是简化的方法。如在磷酸是否结合到肽或蛋白质上的判别中那样，没有进行研究将测量技术应用于需要准确度和敏感度的分析中。
如上所述，仅有一些有经验的研究者，仅根据他们各自的研究主题的必要性，来根据上述各种技术判别肽和蛋白质的磷酸化。虽然关于磷酸化的检测信息在疾病的诊断和治疗中是有用的，但是难以累积这些信息。
在这些情况下，本发明的目的是提供一种分析装置，其设计成根据简单的操作在短时间内判别磷酸是否结合到肽或蛋白质上。本发明的另一目的是提供用于该分析装置中的程序，和用于存储该程序的记录介质。
本发明的又一目的是提供一种分析装置，其用于判别肽或蛋白质的磷酸化氨基酸的类型。本发明的另一目的是提供用于该分析装置中的程序，和用于存储该程序的记录介质。
解决问题的装置在为了达到该目的的深入研究之后，本发明人已经发现，通过分析肽或蛋白质的红外吸收光谱在特定区域的吸收能够判别磷酸是否结合到肽或蛋白质上。
也发现，该红外区域中1000～1100[cm-1]的区域中光谱峰位置的波数是判别磷酸是否结合到肽或蛋白质上的更适合的因素。
具体地，根据本发明，提供了磷酸化分析装置，其包括输入装置，其用于输入有关肽或蛋白质的红外吸收光谱的信息，该红外吸收光谱用红外分光光度计测得；存储装置，其用于存储通过输入装置输入的有关红外吸收光谱的信息；和输出装置，其用于输出至少基于存储装置中存储的信息而得到的红外吸收光谱。该分析装置包括计算装置，其基于存储装置中存储的红外吸收光谱，计算肽或蛋白质的红外吸收光谱中包含的峰值；以及存储峰值的波数的装置，并且该分析装置还包括判别装置，其用于通过比较该峰值的波数与磷酸化氨基酸的红外吸收光谱中包含的峰值的存储波数，来判别肽或蛋白质是否被磷酸化。
此处所用的术语“峰位置”是指在具有包括一个波峰或波谷的形状的光谱中的最高位置或最低位置。该光谱的“形状(profile)”是指由曲线指示的测量区域中吸收光的数据，并且属类上包括峰的形状例如波峰、波谷和肩，峰宽、峰相对于另一峰的相对高度和包含多个峰的光谱形状。
根据本发明的另一实施方案，磷酸化分析装置中的判别装置determination device)还可包括用于判别在要被分析的肽或蛋白质中包含的氨基酸中，哪种氨基酸被磷酸化的装置。
此处所用的措词“指定(或判别)氨基酸的类型”是指确定在组成肽或蛋白质的20种不同的氨基酸中，哪种氨基酸被磷酸化。更具体地，它是指确定是否要被磷酸化的所有氨基酸，即苏氨酸、丝氨酸和酪氨酸都被磷酸化了，或者它们中的任何一种被磷酸化了。
根据另一实施方案，提供用于操作计算机的磷酸化判别程序(phosphorylation determination program)，该计算机包括输入装置，其输入有关肽或蛋白质的红外吸收光谱的信息，该红外吸收光谱用红外分光光度计测得；存储装置，其用于存储通过输入装置输入的有关红外吸收光谱的信息；和输出装置，其用于输出至少基于存储装置中存储的信息而得到的红外吸收光谱。该程序设计成使用计算装置，其基于存储装置中存储的红外吸收光谱，计算肽或蛋白质的红外吸收光谱中包含的峰值；以及用于存储峰值波数的装置来操作计算机，以由此驱动判别装置，所述判别装置通过比较该峰值波数与磷酸化氨基酸的红外吸收光谱中包含的峰值的存储波数，基于波数间的差别判别肽或蛋白质是否被磷酸化；以及用于输出关于肽或蛋白质是否被磷酸化的信息的装置。
根据又一实施方案，磷酸化判别程序还可包括一种程序，其设计成驱动用来判别要被分析的肽或蛋白质中包含的氨基酸中哪类氨基酸被磷酸化了的判别装置，和用来输出关于哪种氨基酸被磷酸化了的信息的输出装置。
此外，提供存储要被用于计算机中的程序的可读记录介质。该计算机包括输入装置，其输入有关肽或蛋白质的红外吸收光谱的信息，该红外吸收光谱用红外分光光度计测得；存储装置，其用于存储通过输入装置输入的有关红外吸收光谱的信息；输出装置，其用于输出基于至少存储装置中存储的信息而测得的红外吸收光谱；和用于通过计算机可读的介质读取信息的装置。在该介质中，程序为磷酸化判别程序。
发明效果本发明涉及用于判别肽或蛋白质是否被磷酸化的分析装置、磷酸化判别程序和存储该程序的记录介质。本发明显示了以下优点。具体地，因为处理能够在短时间内进行，所以能够大量地处理样品。因为能够根据简单操作进行判别，所以无需经验就能够判别肽或蛋白质是否被磷酸化。不需要对磷酸化氨基酸的特异性抗体，就能够判别苏氨酸、丝氨酸或酪氨酸是否被磷酸化。
图1是肽和磷酸化肽的傅立叶变换红外光谱(FT-IR)图。
图2是表示磷酸化肽的FT-IR光谱如何随pH值变化的图。
图3是表示作为本发明的实施方案的磷酸化分析装置的框图。
图4是作为本发明实施方案的磷酸化分析装置中的数据流的流程图。
图5是表示涉及本发明磷酸化判别的程序方法的流程图。
附图标记说明10第一存储装置11磷酸化氨基酸判别包(folder)20FT-IR30输出装置31监视器32打印机40输入装置41键盘42鼠标50工作存储器60第二存储装置61操作系统
62光谱测量程序63光谱分析程序64磷酸化判别程序65文件保存/读取程序66数据存储包70CPU具体实施方式
下面，将适当地参考
进行本发明的最佳方式。
开始，将说明用于测量光谱的方法。测量的光谱构成判别磷酸化氨基酸的基础。测量应该在800～2000[cm-1]的区域中进行。可在1000～1100[cm-1]的区域中以良好精度测量光谱的装置在本发明中是优选的。这是因为当磷酸结合到氨基酸上时，1000～1100[cm-1]区域中的光谱形状发生改变。优选傅立叶变换红外分光光度计(FT-IR)，其中安装有显微镜的显微傅立叶变换红外分光光度计是更加优选的。显微傅立叶变换红外分光光度计能够进行痕量样品的测量，因为使用红外透镜将红外线聚焦，并且能够以直径为10μm的空间分辨率进行非常小区域的红外测量。
根据本发明测量包含上述指定红外区域的区域的光谱。对测量装置没有限制，只要它能够在红外区域中进行测量。根据本发明能够判别磷酸化氨基酸的类型。尤其是，基于1000～1100[cm-1]区域中的光谱，能够确定苏氨酸、丝氨酸和酪氨酸是否与磷酸结合。三种氨基酸能够与磷酸结合。当苏氨酸、丝氨酸和酪氨酸被磷酸化时，在该区域中观察到对磷酸化氨基酸特有的光谱峰，并且通过比较和分析峰值能够确定磷酸化氨基酸的类型。
下面，将说明本发明的磷酸化分析装置。图3是表示本发明的磷酸化分析装置的结构的框图。具体地，磷酸化分析装置包括输入装置40、第二存储装置60、第一存储装置10、输出装置30和中央处理器(CPU 70)。第二存储装置60储存操作系统(OS)61、光谱测量程序62、光谱分析程序63、磷酸化判别程序64和文件保存/读取程序。CPU 70设计成控制该程序。这些组件被连接到FT-IR 20。
输入装置40设计成输入为进行磷酸化确定而用于光谱测量和分析的各种条件。此装置设计成基于由FT-IR 20测得的、显示在监视器31中的光谱进行与程序执行相关的处理。它也设计成输入与FT-IR 20的控制相关的数据。更具体地，该装置可包括例如键盘41和鼠标42。它也可为能够通过记录介质接受输入的装置。记录介质的例子为柔性磁盘、CD-ROM介质(包括CD-RW介质)、DVD-ROM介质(包括DVD-RW和DVD-RAM介质)和磁带。它也可为从远程计算机经由网络接受用来执行处理的输入的装置。
输出装置30设计成显示例如由FT-IR20测得的数据。此装置设计成产生例如由FT-IR 20获得的分析过的光谱信息和与FT-IR 20的控制相关的数据的输出。更具体地，该装置可包括例如监视器31和打印机32。它也可为能够通过记录介质产生输出的装置，记录介质如柔性磁盘、CD-ROM介质(包括CD-RW介质)、DVD-ROM介质(包括DVD-RW和DVD-RAM介质)和磁带。
将参考图4中的流程图说明磷酸化分析装置中的数据流。首先，制备将要被判别磷酸化的样品。使用FT-IR 20进行FT-IR测量的常规操作。在此操作中，根据光谱测定程序62测量样品的光谱，并且将光谱数据33输出到通常包含监视器31的输出装置30。
接着，基于光谱数据33，根据光谱分析程序63，计算峰值的波数数据。根据磷酸化判别程序64基于峰值波数的所得数据34，计算用于判别磷酸化氨基酸的数据35。第一存储装置10预先储存范围分类表。将数据应用到范围分类表以由此产生关于磷酸化氨基酸的数据。将氨基酸的判别数据输出到输出装置30。
接着，将参考图5中流程图的分析步骤说明判别磷酸化的技术。首先，光谱测量程序62在操作系统(OS)61的控制下开始运作。根据此程序设定用于测量样品的红外吸收光谱的条件，并且使用FT-IR 20在该测量条件下测量红外吸收光谱。测量的光谱和其它数据通常在监视器30中示出。
接着，光谱分析程序63在操作系统(OS)的控制下开始运作。根据此程序，分析由光谱测量程序的作用获得的数据，并且计算光谱的峰位置。光谱分析程序必须仅能够基于计算的数据(例如光谱面积的积分和光谱形状的微分)，计算峰位置的波数。
接着，磷酸化判别程序64在操作系统(OS)的控制下开始运作。此程序设计成基于由光谱分析程序的作用计算出的峰位置的波数，确定或检测有无磷酸化。根据此程序，甚至当只计算出一个峰位置的波数时，也能够进行分析。但是，为了获得具有良好精度的判别，优选基于5次或更多次测量的平均值进行分析。更优选地，进行10次或更多次的测量。图5是优选实施方案的流程图，其中进行了10次或更多次的测量。能够根据磷酸化判别程序测量平均值。因此，确定计算的峰值波数的平均值对应于以下三个区域中的哪个区域。具体地，当峰值波数(X)为1060～1068时，确定苏氨酸被磷酸化。同样地，当“X”为1068～1076时，确定丝氨酸被磷酸化。当“X”为1076～1085时，确定酪氨酸被磷酸化。当在这些区域中没有观察到峰时，确定没有氨基酸被磷酸化。根据文件读/写程序65，将关于磷酸化的确定结果储存在存储装置60中。结果由通常输出装置30(包括打印机32)输出。
数据示踪能够通过文件读/写程序65的作用在步骤中的任意时间被储存在第二存储装置60中。当储存了这种示踪数据时，可从中间的步骤重新启动判别。
实施例将参考以下的几个实施例更加详细地说明本发明。但是应该指出，这些实施例并不意图限制将使用本发明的磷酸化分析装置、磷酸化判别程序和记录程序的介质来确定的肽和蛋白质的类型。
要被测量的样品可以是肽，例如各自包含几个氨基酸的寡肽(oligopeptide)和各自包含几十个或更多氨基酸的多肽；和各自包含几百个氨基酸的蛋白质。甚至当样品为例如包含8个氨基酸的寡肽或包含约600个氨基酸的蛋白质时，也能够根据本发明进行关于样品是否被磷酸化的确定。
实验例1合成地制备包括Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶的自磷酸化部位的序列作为样品。具体地，使用九聚物肽(C02059B，SEQ ID NO2；Met-His-Arg-Gln-Glu-Thr-Val-Asp-Cys)进行合成，其中磷酸基团被引入到第六位上的苏氨酸残基中。此处所用的对照物是非磷酸化的肽(C020509A，SEQ ID NO1；Met-His-Arg-Gln-Glu-Thr-Val-Asp-Cys)，其中没有磷酸基团被引入到苏氨酸残基中。使用肽合成器合成这些肽。在制备肽之后，使用质谱仪确认磷酸化的肽中磷酸基团的引入。
将1mg样品溶于500μl的乙酸盐缓冲液中。该乙酸盐缓冲液通过混合5ml的超纯水、5ml甲醇和10μl的乙酸来制备。该超纯水已经进行了反渗透压过滤。
以下述方式进行此应用。将制备的样品溶液分三批，每批2μl，总共6μl，施涂到氟化钡(BaF2)上的点(spot)上，其包含红外透过性光学结晶板(GLSciences，Inc.)并且具有13mm的直径和lmm的厚度。在施涂了此样品溶液膜之后，放置施涂的点直到它们变干，然后在相同的点中施涂相同的样品溶液，并且此步骤重复2次。
接着，使用显微傅立叶变换红外分光光度计(Nic-plan，Nicolet)测量施涂的样品的红外吸收光谱。根据透过法在具有100μm×100μm红外透过面积的正方形区域上进行傅立叶变换红外分光光度测量。测定结果如图1中的光谱(a)和(b)所示。
实验例2在实施例1的条件下进行显微FT-IR测量，所不同的是使用的样品是C02059B(SEQ ID NO2)，其为具有磷酸化苏氨酸残基的肽；C02014B(SEQID NO4；Met-His-Arg-Gln-Glu-Ser-Val-Asp-Cys)，其为对应于C02059B的磷酸化肽，除了用引入的磷酸化丝氨酸代替磷酸化苏氨酸；和C02014D(SEQID NO6；Met-His-Arg-Gln-Glu-Tyr-Val-Asp-Cys)，其为对应于C02059B的磷酸化肽，除了用引入的磷酸化酪氨酸代替磷酸化苏氨酸。测量结果如图1中的光谱(d)和(f)所示。此处使用的对照物是引入丝氨酸的非磷酸化肽(C02014A，SEQ ID NO3；Met-His-Arg-Gln-Glu-Ser-Val-Asp-Cys)和引入酪氨酸的非磷酸化肽(C02014C，SEQ ID NO5；Met-His-Arg-Gln-Glu-Tyr-Val-Asp-Cys)。对照物的测量结果如图1中的光谱(c)和(e)所示。
参考图1，比较了三种磷酸化肽的红外吸收光谱(b)、(d)和(e)中的峰位置。磷酸化肽在1000～1100[cm-1]处显示出磷酸化特有的峰。如下所述，发现峰位置的波数根据磷酸化氨基酸的类型而变化。
具体地，发现，当红外吸收光谱中的峰位置的波数(X)为1060～1068时，苏氨酸被磷酸化；当“X”为1068～1076时，丝氨酸被磷酸化；当“X”为1076～1085时，酪氨酸被磷酸化。因此，通过使用程序能够容易地确定磷酸化氨基酸的类型，该程序包括用于分析峰位置的波数对应于这三个区域中的哪个区域的算法。
实验例3研究了在磷酸化确定中峰位置如何根据样品的pH而变化。将在实验例1和2中使用的样品调节到2～4的pH值，测量光谱，并且计算峰位置的波数。结果发现，即使样品的pH变化了，源自苏氨酸、丝氨酸和酪氨酸的峰位置间的关系保持不变，但是峰位置的波数随着pH而变化(图2)。因此，根据此技术能够确定磷酸化氨基酸的类型。
工业实用性通过使用本发明的分析装置、分析程序和程序的记录介质，不需复杂和熟练的步骤，能够确定目标肽或蛋白质是否被磷酸化。因此，可能能够累积引导诊断和治疗的发现。此外，通过监视磷酸化，在再生医学中能够阐明组织的再生过程。结果，本发明的技术可引起新诊断方法的开发、药物开发和再生医疗技术的开发。
序列表<110>住友电子工业株式会社<120>利用傅立叶红外光谱判别肽中磷酸基团的方法<130>105093<160>6<210>1<211>9<212>PRT<213>人工序列<220>
<223>基于Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶II，设计的C02059A肽<400>1Met-His-Arg-Gln-Glu-Thr-Val-Asp-Cys1 5<210>2<211>9<212>PRT<213>人工序列<220>
<221>MOD_PHOSPHORYLATION<222>6<223>基于Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶II，设计的C02059B肽<400>2Met-His-Arg-Gln-Glu-Thr-Val-Asp-Cys1 5<210>3<211>9<212>PRT<213>人工序列<220>
<223>基于Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶II，设计的C02014A肽<400>3Met-His-Arg-Gln-Glu-Ser-Val-Asp-Cys1 5<210>4<211>9
<212>PRT<213>人工序列<220>
<221>MOD_PHOSPHORYLATION<222>6<223>基于Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶II，设计的C02014B肽<400>4Met-His-Arg-Gln-Glu-Ser-Val-Asp-Cys1 5<210>5<211>9<212>PRT<213>人工序列<220>
<223>基于Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶II，设计的C02014C肽<400>5Met-His-Arg-Gln-Glu-Tyr-Val-Asp-Cys1 5<210>6<211>9<212>PRT<213>人工序列<220>
<221>MOD_PHOSPHORYLATION<222>6<223>基于Ca2+/钙调节蛋白依赖性蛋白激酶II，设计的C02014D肽<400>6Met-His-Arg-Gln-Glu-Tyr-Val-Asp-Cys1 权利要求
1.一种磷酸化分析装置，其包括输入装置，其用于输入有关肽或蛋白质的红外吸收光谱的信息，该红外吸收光谱用红外分光光度计测得；存储装置，其用于存储由输入装置输入的有关红外吸收光谱的信息；和输出装置，其用于输出至少基于存储装置中存储的信息而得到的红外吸收光谱，其中，该分析装置还包括计算装置，所述计算装置基于存储在存储装置中的红外吸收光谱，计算肽或蛋白质的红外吸收光谱中包含的峰值；以及用于存储所述峰值的波数的装置，其中该分析装置还包括判别装置，其通过比较所述峰值的波数与磷酸化氨基酸的红外吸收光谱中包含的峰值的存储波数，来判别肽或蛋白质是否被磷酸化。
2.权利要求1的磷酸化分析装置，其中判别装置还包括用于确定要被分析的肽或蛋白质中包含的氨基酸中，哪种氨基酸被磷酸化了的装置。
3.用于操作计算机的磷酸化判别程序，该计算机包括输入装置，其输入有关肽或蛋白质的红外吸收光谱的信息，该红外吸收光谱用红外分光光度计测得；存储装置，其用于存储由输入装置输入的有关红外吸收光谱的信息；和输出装置，其用于输出至少基于存储装置中存储的信息而得到的红外吸收光谱，其中该程序被设计成使用计算装置和用于存储所述峰值的波数的装置来操作计算机，以由此驱动判别装置，以及用于输出关于肽或蛋白质是否被磷酸化的信息的输出装置，所述计算装置基于存储装置中存储的红外吸收光谱，计算肽或蛋白质的红外吸收光谱中包含的峰值，所述判别装置通过比较所述峰值的波数与磷酸化氨基酸的红外吸收光谱中包含的峰值的存储波数，基于波数间的差别判别肽或蛋白质是否被磷酸化。
4.权利要求3的磷酸化判别程序，还包括设计用于驱动以下装置的程序用来判别要被分析的肽或蛋白质中包含的氨基酸中，哪种氨基酸被磷酸化了的判别装置；和用来输出关于哪种氨基酸被磷酸化了的信息的输出装置。
5.存储计算机中使用的程序的可读记录介质，该计算机包括输入装置，其用于输入有关肽或蛋白质的红外吸收光谱的信息，红外吸收光谱用红外分光光度计测得；输入装置，其用于存储由输入装置输入的有关红外吸收光谱的信息；输出装置，其用于输出基于至少存储装置中存储的信息而得到的红外吸收光谱；和用于从计算机可读的介质读取信息的装置，其中，该程序为权利要求3和4之一的磷酸化判别程序。
全文摘要
本发明提供一种分析装置，其被设计成能够根据简单操作，在短时间内判别磷酸是否结合到肽或蛋白质上，并且提供用于该分析装置中的程序，和存储该程序的记录介质。测量红外区域中的肽或蛋白质的光谱，从而基于光谱的1000～1100[cm
文档编号G01N33/483GK1993612SQ20058002548
公开日2007年7月4日 申请日期2005年7月11日 优先权日2004年7月27日
发明者中田元巳, 粟津邦男 申请人:住友电气工业株式会社