需要pd-l1抑制剂综合疗法的患者的鉴定的制作方法
【专利说明】需要PD-L1抑制剂综合疗法的患者的鉴定
[0001] 本发明涉及用于确定患者是否需要ro-Ll抑制剂综合疗法（cotherapy)的手段和 方法。若在来自患者的样品中体外测量到低的或缺失的ER表达水平和与对照相比升高的 程序性死亡配体i(ro-Li)表达水平，则该患者确定为需要ro-Li抑制剂综合疗法。该患者 正在经历包含HER2/neu(ErbB2)信号传导途径调控剂（如曲妥单抗（Tratuzumab))和化疗 剂（如多西他赛（dodetaxel))的疗法，或者对该患者涵盖此类疗法。本文中还提供了用于 治疗癌症患者中的癌症的手段和方法，对于该癌症患者涵盖包含HER2/neu(ErbB2)信号传 导途径调控剂（如曲妥单抗）和化疗剂（如多西他赛）的疗法，其中该患者要接受ro-Li 抑制剂综合疗法。
[0002] 受体酪氨酸激酶的HER家族是细胞生长、分化和存活的重要介导物。该受体家 族包括四名独特成员，包括表皮生长因子受体（EGFR、ErbBl、或HER1)、HER2(ErbB2或 pl85neu)、HER3 (ErbB3)和HER4 (ErbB4 或tyro2)。
[0003] 已经将由erbBl基因编码的EGFR与人恶性在因果上联系起来。特别地，已经 在乳腺、膀胱、肺、头、颈和胃癌及成胶质细胞瘤中观察到升高的EGFR表达。升高的EGFR 受体表达经常与相同肿瘤细胞的EGFR配体（即转化生长因子a(TGF-a))的生成增 加有关，导致由自分泌刺激途径实现的受体活化。Baselga和Mendelsohn,Pharmac. Ther. 64:127-154(1994)。已经将针对EGFR或其配体TGF-a和EGF的单克隆抗体作为治 疗此类恶性中的治疗剂评估。见例如Baselga和Mendelsohn，见上文；Masui等，Cancer Research44:1002-1007 (1984);及Wu等，J.Clin.Invest. 95:1897-1905 (1995) 〇
[0004]HER家族的第二名成员Pl85neu最初是作为来自化学处理大鼠的成神经细胞瘤 的转化基因的产物鉴定的。neu原癌基因的活化形式源自所编码蛋白质的跨膜区中的 点突变（缬氨酸至谷氨酸）。在乳腺和卵巢癌中观察到neu的人同源物的扩增，并且将 其与不良预后联系起来（Slamon等，Science235:177-182 (1987);Slamon等，Science 244:707-712(1989);及美国专利No. 4, 968, 603)。至今，对人肿瘤尚未报告与neu原癌 基因中的点突变类似的点突变。还已经在其它癌瘤（包括胃、子宫内膜、唾液腺、肺、肾、 结肠、甲状腺、胰腺和膀胱癌）中观察到J1ER2过表达（经常但不一律由基因扩增所致）。 见King等，Science229:974(1985);Yokota等，Lancet1:765-767(1986);Fukushige 等，MolCellBiol.6:955-958(1986);Guerin等，OncogeneRes. 3:21-31 (1988); Cohen等，Oncogene4:81-88(1989);Yonemura等，CancerRes.51:1034(1991);Borst 等，Gynecol.Oncol. 38:364 (1990);Weiner等，CancerRes. 50:421-425 (1990);Kern 等，CancerRes.50:5184(1990);Park等，CancerRes.49:6605(1989);Zhau等，Mol. Carcinog. 3:254-257 (1990);Aasland等，Br.J.Cancer57:358-363(1988);Williams 等，Pathobiology59:46-52(1991);及McCann等，Cancer65:88-92(1990);等等。 HER2 可以在前列腺癌中过表达（Gu等，CancerLett. 99:185-9 (1996);Ross等，Hum. Pathol. 28:827-33(1997);Ross等，Cancer79:2162-70(1997);及Sadasivan等，丄 Urol.150:126-31(1993))。
[0005] 已经描述了针对大鼠pl85neu和人HER2蛋白质产物的抗体。Drebin及同事已经 生成针对大鼠neu基因产物pl85neu的抗体。见例如Drebin等，Cell41:695-706(1985);Myers等，Meth.Enzym. 198:277-290(1991);及W094/22478。Drebin等，Oncogene 2:273-277(1988)报告了与pl85neu的两个独特区域有反应性的抗体的混合物导致对植入 裸鼠中的neu转化NIH-3T3细胞的协同抗肿瘤效果。还可见1998年10月20日公告的美 国专利No. 5, 824, 311。
[0006]肋(^丨31^等，]\1〇1.〇611.81〇1.9(3):1165-1172(1989)描述了使用人乳腺肿瘤细 胞系SK-BR-3表征的一组HER2抗体的生成。在72小时后通过单层的结晶紫染色测定 暴露于抗体后SK-BR-3细胞的相对细胞增殖。使用此测定法，用称作4D5的抗体获得最 大抑制，该抗体将细胞增殖抑制56%。该组中的其它抗体在此测定法中以更小的程度降 低细胞增殖。进一步发现了抗体4D5使HER2过表达乳腺肿瘤细胞系对TNF-a的细胞 毒性效应敏感。还可见1997年10月14日公告的美国专利No. 5, 677, 171。Hudziak等 中讨论的HER2 抗体在Fendly等，CancerResearch50:1550-1558 (1990);Kotts等，In Vitr〇26(3):59A(l99〇);Sarup等，GrowthRegulation1:72_82(1"1);Shepard等，J. Clin.Immunol. 11 (3): 117-127 (1991);Kumar等，Mol.Cell.Biol. 11 (2) :979-986 (1991); Lewis等,CancerImmunol.Immunother. 37:255-263(1993)；Pietras等,Oncogene 9:1829-1838(1994);Vitetta等，CancerResearch54:5301-5309(1994); Sliwkowski等，J.Biol.Chem. 269 (20): 14661-14665 (1994);Scott等，了.81〇1. Chem. 266:14300-5 (1991) ;D'souza等，Proc.Natl.Acad.Sci. 91:7202-7206 (1994); Lewis等,CancerResearch56:1457-1465 (1996)； 及Schaefer等,Oncogene 15:1385-1394(1997)中进一步表征。
[0007] 鼠HER2抗体4D5的一种重组人源化型式（huMAb4D5-8、rhuMAbHER2、曲妥 单抗或赫赛汀? (Here印tin);美国专利No. 5, 821，337)在已经接受广泛在先抗癌 疗法的具有HER2过表达转移性乳腺癌的患者中有临床活性（Baselga等，J.Clin. Oncol. 14:737-744(1996))。曲妥单抗在1998年9月25日自食品药品管理局收到销售批 准，用于治疗其肿瘤过表达HER2蛋白质的具有转移性乳腺癌的患者。
[0008]人源化抗ErbB2 抗体包括huMAb4D5-l、huMAb4D5-2、huMAb4D5-3、huMAb4D5-4、 huMAb4D5-5、huMAb4D5-6、huMAb4D5-7 和huMAb4D5-8 (赫赛汀? )，如美国专利 5, 821，337 (通过提及将其明确收入本文）的表3中描述的；人源化520C9 (W0 93/21319)和人源化2C4 抗体，如W0 01/000245 (通过提及将其明确收入本文）中描述的。
[0009] 帕妥珠单抗（Pertuzumab)(见例如W0 01/000245)是称为HER二聚化抑制剂 (HDI)的一类新药剂中的第一种。帕妥珠单抗在HER2的二聚化域处结合HER2,由此抑制其 形成活性二聚体受体复合物的能力，并且如此阻断最终导致细胞生长和分裂的下游信号级 联（见Franklin,M.C.,CancerCell5:317-328(2004))。帕妥珠单抗是一种针对HER2 的胞 外域的完全人源化重组单克隆抗体。帕妥珠单抗对人上皮细胞上的J1ER2的结合阻止HER2 与HER家族的其它成员（包括EGFR、HER3、HER4)形成复合物以及可能还阻止HER2同二聚 化。通过阻断复合物形成，帕妥珠单抗阻止由HERUHER3和HER4的配体（例如EGF、TGFa、 双调蛋白、和调蛋白）激活的生长刺激效应和细胞存活信号。帕妥珠单抗的另一个名称是 2C4。帕妥珠单抗是一种基于人IgGl(K)框架序列的完全人源化重组单克隆抗体。帕妥珠 单抗的结构由两条重链（449个残基）和两条轻链（214个残基）组成。与曲妥单抗（4永 赛汀?)相比，帕妥珠单抗具有轻链中的12处氨基酸差异和IgGl重链中的29处氨基酸 差异。
[0010] 具有各种特性的其它HER2抗体已经记载于Tagliabue等，Int. J.Cancer47:933_937(1991);McKenzie等，Oncogene4:543-548(1989);Maier 等,CancerRes. 51:5361-5369 (1991)；Bacus等,MolecularCarcinogenesis 3:350-362(1990);Stancovski等，PNAS(USA)88:8691-8695(1991);Bacus等，Cancer Research52:2580-2589 (1992);Xu等，Int.J.Cancer53:4(U-408 (1993); W094/00136;Kasprzyk等，CancerResearch52:2771-2776(1992);Hancock 等，CancerRes.51:4575-4580(1991);Shawver等，CancerRes.54:1367-1373(1994); Arteaga等,CancerRes. 54:3758-3765 (1994) ；Harwerth等,J.Biol. Chem. 267:15160-15167 (1992);美国专利No. 5, 783, 186;及Klapper等，Oncogene 14:2099-2109(1997)。
[0011] 同源性筛选已经导致鉴定两种其它HER受体家族成员；HER3 (美国专利 No. 5, 183, 884 和 5, 480, 968 及Kraus等，PNAS(USA) 86:9193-9197 (1989))和HER4(EP专利 申请No599, 274 ;Plo碰an等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:1746-1750 (1993);及Plo碰an 等，Nature366:473-475 (1993))。这两种受体都在至少一些乳腺癌细胞系上展现出升高的 表达。
[0012] HER受体一般在细胞中以各种组合找到，并且认为异二聚化增加对各种 HER配体的细胞应答的多样性（Earp等，BreastCancerResearchandTreatment 35:115-132(1995))。EGFR受到6种不同配体结合；表皮生长因子（EGF)、转化生长因子 a(TGF-a)、双调蛋白、肝素结合表皮生长因子（HB-EGF)、0细胞素（betacellulin)和上 皮调蛋白（epiregulin)(Groenen等，GrowthFactors11:235-257 (1994))。源自单一基 因的可变剪接的调蛋白蛋白质的一个家族是J1ER3和HER4的配体。调蛋白家族包括a、 0 和Y调蛋白（Holmes等，Science256:1205-1210(1992);美国专利No. 5,641,869; 及Schaefer等，Oncogene15:1385-1394 (1997));neu分化因子（NDF)，神经胶质生长 因子（GGF);乙酰胆碱受体诱导活性（ARIA);和感觉和运动神经元衍生因子（SMDF)。关 于综述，见Groenen等，GrowthFactors11:235-257(1994) ;Lemke，G.，Molec.&Cell. Neurosci. 7:247-262 (1996)及Lee等，Pharm.Rev. 47:51-85 (1995)。最近，鉴定出 3 种 另外的HER配体；报告为结合HER3或HER4的神经调蛋白-2 (NRG-2) (Chang等，Nature 387509-512(1997);及Carraway等，Nature387:512-516(1997));结合HER4 的神经调蛋 白-3(Zhang等，PNAS(USA) 94(18) : 9562-7 (1997));和结合HER4 的神经调蛋白-4(Harari 等，Oncogene18:2681-89(1999))。HB-EGF、0 细胞素和上皮调蛋白也结合HER4。
[0013]虽然EGF和TGFa不结合HER2，但是EGF刺激EGFR和HER2形成异二聚体， 其活化EGFR并且导致异二聚体中的HER2转磷酸化。二聚化和/或转磷酸化表现为活 化HER2酪氨酸激酶。见Earp等，见上文。同样地，当HER3与HER2共表达时，形成活 性信号传导复合物，并且针对HER2的抗体能够破坏此复合物（Sliwkowski等，J.Biol. Chem.269(20):14661-14665(1994))。另外，当与HER2 共表达时，HER3 对调蛋白（HRG)的亲 和力升高至更高的亲和力状态。就J1ER2-HER3蛋白质复合物而言还可见Levi等，Journal ofNeuroscience15:1329-1340(1995);Morrissey等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92:1431-1435(1995);及Lewis等，CancerRes. 56:1457-1465 (1996)。与HER3-样，HEIM与HER2形成活性信号传导复合物（Carraway和Cantley,Cell78:5-8(1994))。
[0014] 本领域中还描述了抗体变体组合物。美国专利No. 6, 339, 142描述了一种HER2 抗体组合物，其包含抗J1ER2抗体和一种或多种其酸性变体的混合物，其中所述酸性变 体的量小于约25%。曲妥单抗是例不的HER2抗体。在WellCharacterizedBiotech Pharmaceuticals会议（2003 年 1月）上呈现的Reid等海报"EffectsofCellCulture ProcessChangesonHumanizedAntibodyCharacteristics" 描述了一种由于其重链 上VHS信号肽、N端谷氨酰胺、和焦谷氨酸的组合而具有N端异质性的未命名的、人源化 IgGl抗体组合物。在IBC抗体生产会议（2002年2月）上呈现的Harris等演讲"The IdealChromatographicAntibodyCharacterizationMethod'，报告了--种在E25(--种 人源化抗IgE抗体）的重链上的VHS延伸。WCBP上呈现的Rouse等海报"Glycoprotein CharacterizationbyHighResolutionMassSpectrometryandItsApplicationto B