专利名称：一种高效抑制wssv的靶点选择方法
技术领域：
本发明属于RNA干扰抗病毒领域，特别涉及一种高效抑制WSSV的靶点选择方法。
背景技术：
作为对虫下白斑症(white spot disease,WSD)的病原,对虫下白斑综合征病毒(whitespot syndrome virus, WSSV)以其对宿主的泛嗜性、高致病性以及高致死率而位居“需向OIE报告的对虾三大病毒性病原”之首。对虾一般感染48h后即可出现典型症状一红体和甲壳白斑，3 IOd内死亡率可高达100%。因此，自从1993年该病首次暴发以来，几乎每年均给我国对虾养殖业带来巨大经济损失，塘口绝收现象常有发生。与其他无脊椎动物一样，对虾特异性免疫机制的缺乏大大增加了对其病毒防治的难度。由于疾病频发和专用防治药物的匮乏，导致各种消毒、防治药物的滥用；养殖生态系统遭到持续破坏，海洋生态平衡和水产养殖业的可持续发展受到严重威胁。鉴于我国对虾养殖面积和产量的逐年递增，寻求高效、特异的抗病毒方法成为确保对虾养殖业健康发展的关键。RNA干扰(RNAinterference, RNAi)是在真核细胞中由双链RNA (dsRNA)诱导的特异性RNA降解过程，在细胞水平和动植物体内均表现出高效特异的抗病毒能力。近几年的相关研究证明，RNAi在水生无脊椎动物体内也能激发高效的抗病毒效应。由于WSSV基因组序列已经明确，因此，运用RNA干扰技术抗WSSV、研究抗病毒专用制剂是完全可能的。由于WSSV的基因组长达350kb，如果按照常规的小干扰RNA设计方法，可得到大于1000条有效的(理论上)小RNA分子。由于小RNA分子合成价格较高，动物筛选研究过程较长，因此，从如此多的序列中筛选真正高效的抗WSSV的小RNA分子，势必费时费力，大大提高研究成本，不利于RNA干扰技术生产实践中的推广应用。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种高效抑制WSSV的靶点选择方法，利用该方法设计小RNA分子，可有效缩小抗病毒小RNA分子的选择范围，提高工作效率，显著降低研究成本，有利于RNA干扰技术在抗水产病毒领域的推广和应用。本发明中一种高效抑制WSSV的靶点选择方法，包括(I)挑出WSSV基因组中复制相关的酶的编码序列；(2)利用软件生成抗WSSV的小RNA分子；(3)根据siRNA设计规则，筛选理论上高效抗WSSV的siRNA分子。所述步骤(I)中的WSSV复制相关的酶为核糖核酸还原酶和DNA聚合酶。
所述步骤(3)中生成的siRNA分子构建成发卡型结构。
_2] 有益.效果本发明通过这种方法设计的小RNA分子均可明显抑制WSSV在对虾体内的增殖，提高WSSV感染虾的存活率；其中，根据病毒复制相关酶(核糖核酸还原酶和DNA聚合酶)的序列设计的小RNA分子抗病毒效果较好，尤以根据核糖核酸还原酶序列设计的小RNA分子为最佳；由于WSSV基因组巨大，利用本发明设计小RNA分子，可有效缩小抗病毒小RNA分子的选择范围，提高工作效率，显著降低研究成本，有利于RNA干扰技术在抗水产病毒领域的推广和应用。
图I是不同小siRNA分子降低南美白对虾死亡率的效果对比图；图2是不同小siRNA分子抑制南美白对虾体内WSSV增殖的效果对比图。
具体实施例方式下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。此外应理解，在阅读了本发明讲授的内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。实施例IsiRNA分子的设计与合成(I)分别选取WSSV复制和代谢等相关的酶的编码序列。(2)利用软件生成抗WSSV的小RNA干扰分子。(3)按照已公布的小RNA序列设计规则，选择理论上高效的siRNA，见表I。(4)以上小RNA分子构建成发卡型结构，即shRNA分子。表I
权利要求
1.一种高效抑制WSSV的靶点选择方法，包括 (1)挑出WSSV基因组中病毒复制相关的酶的编码序列； (2)利用软件生成抗WSSV的小RNA分子； (3)根据siRNA设计规则，筛选理论上高效抗WSSV的siRNA分子。
2.根据权利要求I所述的一种高效抑制WSSV的靶点选择方法，其特征在于所述步骤(I)中的WSSV复制相关的酶为核糖核酸还原酶和DNA聚合酶。
3.根据权利要求I所述的一种高效抑制WSSV的靶点选择方法，其特征在于所述步骤(3)生成的siRNA构建成发卡型结构。
全文摘要
本发明涉及一种高效抑制WSSV的靶点选择方法，包括(1)选取WSSV基因组中病毒核糖核酸还原酶和DNA聚合酶的编码序列；(2)利用软件生成抗WSSV的小RNA干扰分子；(3)根据siRNA设计规则，筛选理论上高效抗WSSV的siRNA。利用本发明设计小RNA分子，可有效缩小抗病毒小RNA分子的选择范围，提高工作效率，显著降低研究成本，有利于RNA干扰技术在抗水产病毒领域的推广和应用。
文档编号G06F19/16GK102646172SQ20121006323
公开日2012年8月22日 申请日期2012年3月12日 优先权日2012年3月12日
发明者周俊芳 申请人:中国水产科学研究院东海水产研究所