一种基于网络的处理高通量实验数据管理系统的制作方法
【技术领域】
[0001]本发明涉及计算机辅助软件系统，特别涉及一种利用网络大数据的基于网络的处理高通量实验数据管理系统。
【背景技术】
[0002]技术的进步允许同时测量大量的检测，产生大量的检测结果，也称为原始数据。例如，利用微阵列技术可以用一个芯片检测超过20000个基因位点。新一代测序技术(NGS)，进一步提高了传送率，在短短数天内产生数百万甚至数十亿的读取量(短序列信息)。高通量技术的发展向现有的数据存储、管理、搜索和显示发起挑战。
[0003]对检测结果(原始数据)进行分析，以确定检测的质量和信号强度。通过综合分析检测结果和实验因素，研究人员可以分析实验并获得实验检测结果。
[0004]目前用来管理和存储芯片原始数据和检测结果的系统主要有两种(GE0和ArrayExpress)。标准数据格式已经被提出来用于存储从微阵列芯片研究项目得出的检测结果。但是，目前仍缺乏一个稳健的系统来存储，管理，搜索和显示这些从高通量实验获得的实验结果。GEO和ArrayExpress主要是存储从微阵列实验得到的检测结果。在GEO系统中唯一提及实验结果的存储和管理的功能的是GEO轮廓。
[0005]研究人员可以在芯片实验中搜索特定基因的轮廓。然而，GEO没有提供倍数变化或特定基因的P值，P值对科学家而言意义重大，它可以确定该信息是否有科学意义。ArrayExpress拥有一个基因表达图谱数据库，它允许用户搜索在一定的实验条件基因是上调或下调。ArrayExpress在结果中显示p值，但不显示倍数变化。
[0006]Oncomine和NextB1是两个专注于管理高通量研究项目得出的结果的系统。Oncomine该系统能存储和管理从癌症相关的微阵列实验获得的实验结果。它提出了一个方法来存储来自基因表达和DNA拷贝数这两个研究项目得出的结果。NextB1、是一个与之类似的平台，它允许企业用户上传私人结果和私人结果与高通量实验得出的公开结果整合后的结果。在专利US2007/0162411 (科学信息知识管理的系统和方法)，US2009/0049019 (定向表达为基础的科学信息知识管理)，US2009/0222400 (分类和科学数据的过滤)，US2010/0318528(序列-中心的科学信息管理)下，Kupershmidt等人要求利用计算机实现的方法，以存储和管理从高通量的生物或化学阵列的提取的特征。
[0007]虽然有这些系统来帮助管理实验结果，然而对于研究人员判定分析和详细结果的质量起到至关重要作用的各实验的分析过程和提供数据分析的细节，他们之中没有一款系统能清楚界定。所有这些系统都不允许研究人员购买单独结果报告或选择详细结果。另外，没有一种系统能够使用所得的实验结果，指导厂商进行营销。最后，这些系统都做不到使统计学家，研究人员和供应商之间的互动。
【发明内容】
[0008]针对以上缺陷，本发明目的如何提供以个系统让研究者和商业者都可方便的利用互联网的大数据高通量实验数据，利于研究开发和商业应用。
[0009]为了实现上述目的，本发明提供了一种基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于包括:一个通信接口实现数据和指令以电信号的形式发送到或接收远程计算机或设备；一个数据库实现存储高通量实验导出的信息，所述信息包含:研究项目、结果报告、分析过程、每个研究项目对应的分析过程、每个分析过程对应的结果报告；一个可以对多个连接的远程计算机数据库的可读存储器进行数据创建和修改的数据库管理器；一个迭代数据库检索引擎，连接至上述数据库，引擎构造容许开展一次初始搜索和至少一个后续搜索，在第一个搜索或之前的搜索结果上进行后续搜索；一个程序控制器，连接到上述的数据库管理器、迭代数据库检索引擎和通信端口。
[0010]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于还包括从相应的分析过程得出的结果报告摘要和实验结果的列表。
[0011]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于还包含能从所述数据库中检索信息的网络接口，将信息呈现给用户。
[0012]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于还包括一个分面搜索系统，该系统包含:一个对所述高通量实验得出的资料进行分类的分面分类系统；和一个对分类信息进行搜索和显示的分面搜索界面。
[0013]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于分面分类系统对研究项目、分析过程和结果报告的信息进行分类，这些分类包含:搜索字段、研究项目类型、分析过程类型和实验样品类型。
[0014]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于所述的分面搜索接口是一个网页，包含:a)网页中显示搜索结果的中心对话框；b)至少一个用来输入搜索条件的对话框；c)至少一个显示类别信息的对话框。
[0015]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于还包括一个广告系统，该系统包括:a) —个通用名系统，将结果报告中的检测结果统一成通用名，并使每个检测与相应的通用名关联；b) —种允许广告商输入广告信息并与之相关联到一个或多个选定的通用名上的模块；c)利用通用名将广告关联到检测结果，将检测结果和广告一起呈现给用户的一个界面。
[0016]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于所述通用名包括:基因符号、代谢物、化学制品和装置、实验结果可读的检测方法的名称。
[0017]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于进一步还包括一个访问控制系统，该系统包含:a) —个将信息放入一个访问控制库的模块；b) —种在预定条件授予用户访问信息权限的模块。
[0018]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于所述的预定条件:包括如下:a) —个赞助商设置一个赞助并将其通过通用名关联到结果，用户在试图访问实验结果时同意接受赞助商的赞助；b)每个结果单独定价，用户付费。
[0019]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于还包括一个营销系统，所述营销系统包括:为用户提供一个输入信息的接口 ；把信息存储到一个联机数据库，并设置成访问受限型数据库；为赞助商提供以下服务:1)输入赞助信息，2)把赞助与访问受限的信息相关联；将这2个信息发布到联机数据库上，在预定条件下，向赞助商收费，授予用户访问权限，并通知该交易的有关当事人。
[0020]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于将赞助与访问首先的信息关联须通过通用名实现，这些通用名包括:基因符号、代谢物、化学制品和装置、实验结果可读的检测方法的名称。
[0021]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于所述预定的条件包括I)呈现一个界面，以允许用户接受或拒绝赞助；2)用户接受赞助。
[0022]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于所述的赞助信息，包括:每个赞助的量，每一天的预算、赞助的标题。
[0023]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于还包括广告系统，所述的广告系统包括:提供一个接口用于检索检测的分析结果；把信息存储到联机数据库；把检测统一成通用名，并把两者对应相关。为广告客户提供一个接口来检索广告信息，并把广告信息与通用名相关；把广告信息和关联存储到联机数据库；在预定条件下，把检测结果和关联的广告一起呈现给用户。
[0024]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于于所述的预定条件是:用户浏览检测的分析结果。
[0025]所述的基于网络的处理高通量实验数据管理系统，其特征在于所述的通用名，包含:基因符号、代谢物、化学制品和装置、实验结果可读的检测方法的名称。
[0026]本发明提供了一种基于网络的处理高通量实验数据管理系统，提供了研究项目、分析过程和结果报告的信息创建框架式存储，提供了小平面搜索界面，使生物学家识别重要的实验结果信息。系统还提供了 3种的新的商业模块I)零售实验结果的销售模块；2)广告模块，能够使厂商在实验结果上附加广告；3)营销模块，能够使厂商提供赞助给研究者，以帮助研究人员获得实验结果。
【附图说明】
[0027]图1是本发明的工作流和信息存储系统的示例性实施方案流程图；
[0028]图2是不同角色的用户如何在这个系统中做生意的业务逻辑描绘示例性实施方案图；
[0029]图3是根据本发明设计的元素领域信息的示例性实施方案图
[0030]图4是一个供学习的输入接口的示例性实施方案流程图；
[0031]图5是一个供学习的输入接口的示例性实施方案流程补充图；
[0032]图6是一个供分析过程的输入接口的示例性实施方案图；
[0033]图7是一个供结果报告的输入接口的示例性实施方案图；
[0034]图8是一个提供结果报告的详细结果的输入接口的示例性实施方案图；
[0035]图9是一个显示学习界面的示例性实施方案图；
[0036]图10是一个显示分析过程界面的示例性实施方案图；
[0037]图11是一个显示结果报告界面的示例性实施方案图；
[0038]图12是一个显示的详细结果结果报告界面的示范性实施方案图；
[0039]图13是一个显示界面分类类别的示例性实施方案图；
[0040]图14是一个根据本发明研发的广告模块的的示例性实施方案图；
[0041]图15是一个广告输入接口的示例性实施方案图；
[0042]图16是一个通用名输入接口的示例性实施方案；
[0043]图17是一个显示通用名和广告的输入接口的示例性实施方案图；
[0044]图18是一