专利名称：检测dna样品中预定位点的突变的试剂盒、方法及应用的制作方法
技术领域：
本发明涉及检测DNA样品中预定位点的突变的试剂盒、引物组合、方法及应用。
背景技术：
在特定位点形成突变是分子生物学实验中常用的研究手段，可以有助于分析特定位点的点突变对于基因功能的作用。通常而言，在构建了目标突变体后，如何对该位点是否正确发生了突变，是本领域技术人员所面临的问题。然而，目前分子生物学领域中，对于特定位点突变的检测仍有待改进。
发明内容
本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于提出一种能够有效检测DNA样品中预定位点的突变的方法。根据本发明的第一方面，本发明提出了一种检测DNA样品中预定位点的突变的方法。根据本发明的实施例，该方法包括以下步骤使用扩增引物对所述DNA样品进行PCR扩增反应，以便获得扩增产物，所述扩增产物包含所述预定位点；使用延伸引物以及ddNTP， 以所述扩增产物为模板，进行寡核苷酸延伸反应，以便获得在所述延伸引物的3’端连接一个碱基的延伸产物，其中，所述延伸引物的3’端紧邻所述预定位点；对所述延伸产物进行分子量检测，以便获得所述延伸产物的分子量；以及基于所述延伸产物的分子量，确定所述预定位点的突变类型。由于延伸反应是以包含预定位点的扩增产物为模板，并且进行延伸反应的延伸引物的3’端紧邻所述预定位点，并且在进行延伸反应时使用ddNTP作为原料， 因而可以保证延伸反应可以仅延伸一个碱基，即对应预定的位点，基于各个不同碱基的分子量存在较为显著的区别，因而，通过对延伸产物的分子量进行检测，可以通过所获得的延伸产物的分子量，来确定在预定位点是否发生了突变，以及所发生突变的类型。由此，可以广泛应用于分子生物领域，例如检测是否成功构建了相应的突变体。根据本发明的实施例，上述检测DNA样品中预定位点的突变的方法还可以具有下列附加技术特征根据本发明的一个实施例，所述DNA样品为人全基因组DNA。由此，可以有效地对人类中的基因突变进行检测。根据本发明的一个实施例，所述预定位点的突变为选自GJB2基因、GJB3基因、 SLC26A4基因以及mtDNA的至少一种基因的突变。由此，可以有效地检测与耳聋相关的基因突变。根据本发明的一个实施例，所述GJB2基因的突变为选自35delG、167delT、 176-191dell6、299_300delAT和235delC的至少一种，所述GJB3基因的突变为选自位点 538C > T和547G > A的至少一种，所述SLC26A4基因的突变为选自^lC > T、589G > A、 919-2A > G、1174A > T、1226G > A、1229C > T、1975G > C、2027T > A、2162C > T、2168A > G和IVS15+5G > A的至少一种，以及所述mt DNA的突变为选自1494C > !“和1555A > G的至少一种。由此，可以有效地检测遗传性耳聋相关的基因突变。根据本发明的一个实施例，所述扩增引物包括第一引物和第二引物，其中，针对所述GJB2基因的35deKi突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 1所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :2所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :33所示；针对所述GJB2基因的167delT突变， 所述第一引物为如SEQ ID NO :3所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :4所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:34所示；针对所述GJB2基因的176-191dell6突变，所述第一引物为如 SEQ ID NO :5所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 35 所示；针对所述GJB2基因的^9_300delAT突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 7所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :8所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :36所示；针对所述GJB2 基因的235delC突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :9所示，所述第二引物为如SEQID NO 10所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:37所示；针对所述GJB3基因的538C>T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :11所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :12所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:38所示；针对所述GJB3基因的M7G > A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :13所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 14所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :39所示；针对所述SLC26A4基因的突变，所述第一引物为如SEQ ID NO: 15所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :16所示，所述延伸引物为如SEQID NO :40所示；针对所述SLC26A4 基因的589G> A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 17所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 18所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 41所示；针对所述SLC26A4基因的919-2A > G 突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :19所示，所述第二引物为如SEQ ID N0:20所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 42所示；针对所述SLC26A4基因的1174A > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 43所示；针对所述SLC26A4基因的> A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 44所示；针对所述SLC26A4基因的> T突变，所述第一引物为如SEQID NO 21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :45所示；针对所述SLC26A4 基因的1975G> C突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:47所示；针对所述SLC26A4基因的2027T>A 突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 48所示；针对所述SLC26A4基因的2162C > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :27所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J8所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 49所示；针对所述SLC26A4基因的2168A > G突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 27所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J8所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:50所示；针对所述SLC26A4基因的IVS15+5G>A突变，所述第一引物为如SEQ ID N0:23所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 24所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 46所示；针对所述mtDNA 基因的1494C> T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO : 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :30所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :51所示；以及针对所述mt DNA基因的1555A> G突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :31所示，所述第二引物为如SEQ ID N0:32所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:52所示。为方便表述，将上述引物组合分别总结与下表1和2中。
表1 针对上述20个耳聋基因突变位点的扩增引物。
权利要求
1. 一种检测DNA样品中预定位点的突变的方法，其特征在于，包括以下步骤使用扩增引物对所述DNA样品进行PCR扩增反应，以便获得扩增产物，所述扩增产物包含所述预定位点；使用延伸引物以及ddNTP，以所述扩增产物为模板，进行寡核苷酸延伸反应，以便获得在所述延伸引物的3’端连接一个碱基的延伸产物，其中，所述延伸引物的3’端紧邻所述预定位点；对所述延伸产物进行分子量检测，以便获得所述延伸产物的分子量；以及基于所述延伸产物的分子量，确定所述预定位点的突变类型，其中，优选所述DNA样品为人全基因组DNA，优选所述预定位点的突变为选自GJB2基因、GJB3基因、SLU6A4基因以及mtDNA的至少一种基因的突变，更优选，所述 GJB2 基因的突变为选自35ddG、167delT、176-191dell6J99_300delAT 和235delC的至少一种，所述GJB3基因的突变为选自位点538C > !“和M7G > A的至少一种，所述 SLC26A4 基因的突变为选自 281C > T、589G > A、919_2A > G、1174A > TU226G > A、1229C > T、1975G > C、2027T > A、2162C > T、2168A > 6和 IVS15+5G > A 的至少一种， 以及所述mt DNA的突变为选自1494C > T和1555A > G的至少一种，所述扩增引物包括第一引物和第二引物，优选，针对所述GJB2基因的35deKi突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :1所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :2所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 33所示；针对所述GJB2基因的167delT突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :3所示，所述第二引物为如SEQID NO :4所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :34所示；针对所述GJB2基因的176-191dell6突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :5所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :35所示；针对所述GJB2基因的 299_300delAT突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :7所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 8 所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 36所示；针对所述GJB2基因的235delC突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :9所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 10所示，所述延伸引物为如 SEQ ID NO 37所示；针对所述GJB3基因的538C > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 11所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :12所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:38所示；针对所述GJB3基因的M7G>A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 13所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 14所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 39所示；针对所述SLC26A4基因的^1C>T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 15所示，所述第二引物为如SEQ ID NO: 16所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:40所示；针对所述SLC26A4基因的589G>A突变， 所述第一引物为如SEQ ID NO :17所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :18所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:41所示；针对所述SLC26A4基因的919-2A>G突变，所述第一引物为如SEQID NO :19所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :20所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 42所示；针对所述SLC26A4基因的1174A > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 21 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:43所示；针对所述SLC26A4基因的> A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :44所示；针对所述SLC26A4基因的> T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO: 22所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:45所示；针对所述SLC26A4基因的1975G>C突变， 所述第一引物为如SEQ ID NO :25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 47所示；针对所述SLC26A4基因的2027T > A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 48所示；针对所述SLC26A4基因的2162C > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 27 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :49所示；针对所述SLC26A4基因的2168A > G突变，所述第一引物为如SEQID NO 27所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J8所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :50所示；针对所述SLC26A4基因的IVS15+5G>A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :23所示，所述第二引物为如SEQ ID NO : 所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :46所示；针对所述mt DNA基因的1494C > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO : 所示，所述第二引物为如SEQ ID N0:30所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:51所示；以及针对所述mt DNA基因的1555A > G突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :31所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :32所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 52 所示，优选所述第一引物和第二引物的5’端均具有标签序列，所述标签序列为如SEQ ID NO 53所示，优选在进行所述寡核苷酸延伸反应之前，进一步包括使用碱性磷酸酶对所述扩增产物进行处理的步骤。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，通过MALDI-T0F质谱检测对所述延伸产物进行分子量检测，优选在对所述延伸产物进行MALDI-T0F质谱检测之前，进一步包括对所述延伸产物进行纯化的步骤，优选利用阴离子树脂对所述延伸产物进行纯化。
3.一种用于检测DNA样品中预定位点的突变的系统，其特征在于，包括DNA样品扩增装置，所述DNA样品扩增装置，用于对所述DNA样品进行PCR扩增，以便获得扩增产物，所述扩增产物包含所述预定位点；扩增产物延伸装置，所述扩增产物延伸装置与所述DNA样品扩增装置相连，以便从所述DNA样品扩增装置接收扩增产物，并且对所述扩增产物进行寡核苷酸延伸反应，以便获得在所述延伸引物的3’端连接一个碱基的延伸产物，其中，所述延伸引物的3’端紧邻所述预定位点；分子量检测装置，所述分子量检测装置与所述扩增产物延伸装置相连，以便确定所述延伸产物的分子量；以及突变分析装置，所述突变分析装置基于所述延伸产物的分子量，确定所述预定位点的突变类型，其中，优选所述DNA样品扩增装置内设置有扩增引物对，所述扩增产物延伸装置内设置有延伸引物，优选所述预定位点的突变为选自GJB2基因、GJB3基因、SLa6A4基因以及mtDNA的至少一种基因的突变，更优选所述GJB2基因的突变为选自35ddG、167delT、176-191dell6、299_300delAT和235delC的至少一种，所述GJB3基因的突变为选自位点538C > !“和M7G>A的至少一种，所述SLC26A4基因的突变为选自281C > T、589G > A、919_2A > G、1174A>T、1226G > A、1229C > T、1975G > C、2027T > A、2162C > T、2168A > G 和 IVS15+5G > A的至少一种，以及所述mt DNA的突变为选自1494C > T和1555A > G的至少一种，所述扩增引物包括第一引物和第二引物，优选针对所述GJB2基因的35deKi突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :1所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :2所示，所述延伸引物为如 SEQ ID N0:33所示；针对所述GJB2基因的167delT突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 3 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :4所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :34所示；针对所述GJB2基因的176-191dell6突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :5所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :35所示；针对所述GJB2基因的 299_300delAT突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :7所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 8 所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:36所示；针对所述GJB2基因的235delC突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :9所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 10所示，所述延伸引物为如 SEQ ID NO 37所示；针对所述GJB3基因的538C > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 11所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :12所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:38所示；针对所述GJB3基因的M7G>A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 13所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 14所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 39所示；针对所述SLC26A4基因的^1C>T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 15所示，所述第二引物为如SEQ ID NO: 16所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :40所示；针对所述SLC26A4基因的589G>A突变， 所述第一引物为如SEQ ID NO :17所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :18所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:41所示；针对所述SLC26A4基因的919-2A>G突变，所述第一引物为如SEQ IDNO 19所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :20所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 42所示；针对所述SLC26A4基因的1174A > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 21 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :43所示；针对所述SLC26A4基因的> A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :44所示；针对所述SLC26A4基因的> T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO: 22所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:45所示；针对所述SLC26A4基因的1975G > C突变， 所述第一引物为如SEQ ID NO :25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 47所示；针对所述SLC26A4基因的2027T > A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 48所示；针对所述SLC26A4基因的2162C > T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 27 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J8所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :49所示；针对所述SLC26A4基因的2168A > G突变，所述第一引物为如SEQID NO 27所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J8所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :50所示；针对所述SLC26A4基因的 IVS15+5G > A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :23所示，所述第二引物为如SEQ IDNO 24所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:46所示；针对所述mt DNA基因的1494C > T突变， 所述第一引物为如SEQ ID NO : 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :30所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:51所示；以及针对所述mt DNA基因的1555A > G突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 31所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 32所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 52所示，优选进一步包括扩增产物净化装置，所述扩增产物净化装置分别与所述DNA样品扩增装置和所述扩增产物延伸装置相连，以便对所述扩增产物进行净化处理，并将经过净化的扩增产物输入至所述扩增产物延伸装置。
4.根据权利要求3所述的系统，其特征在于，所述分子量检测装置为MALDI-T0F质谱装置。
5.根据权利要求4所述的系统，其特征在于，进一步包括延伸产物纯化装置， 其中，所述延伸产物纯化装置分别与所述扩增产物延伸装置和所述MALDI-T0F质谱装置相连，以便对所述延伸产物进行纯化处理，并将经过纯化的延伸产物输入至所述MALDI-T0F 质谱装置，优选所述延伸产物纯化装置为阴离子树脂。
6.一种诊断遗传性耳聋的方法，其特征在于，包括以下步骤 提取怀疑患有遗传性耳聋的受试者的DNA样品；根据权利要求1和2所述的方法对所述DNA样品中预定位点的突变进行分析；以及基于所述DNA样品中存在所述预定位点的突变，确定所述受试者患有遗传性耳聋。
7.一种产前诊断遗传性耳聋的方法，其特征在于，包括以下步骤分离胎儿的DNA样品，优选所述胎儿的DNA样品是从绒毛膜、羊水或脐带血取样中提取的；根据权利要求1或2所述的方法对所述胎儿的DNA样品中预定位点的突变进行分析；以及基于所述胎儿的DNA样品中存在所述预定位点的突变，推测所述胎儿患有遗传性耳ο
8.一种预测电子耳蜗效果的方法，其特征在于，包括以下步骤 提取耳聋患者的DNA样品；根据权利要求1或2所述的方法对所述DNA样品中预定位点的突变进行分析； 基于所述DNA样品中存在所述预定位点的突变，确定所述耳聋患者患有遗传性耳聋； 基于所述耳聋患者患有遗传性耳聋，预测电子耳蜗对于所述耳聋患者有效。
9.一种引物组合，其特征在于，包括扩增引物对，所述扩增引物对适于对DNA样品进行PCR扩增反应，以便获得扩增产物， 所述扩增产物包含预定位点；以及延伸引物，所述延伸产物适于利用ddNTP，以所述扩增产物为模板，进行寡核苷酸延伸反应，以便获得在所述延伸引物的3’端连接一个碱基的延伸产物，其中，所述延伸引物的 3’端紧邻所述预定位点，所述预定位点的突变为选自GJB2基因、GJB3基因、SLC26A4基因以及mtDNA的至少一种基因的突变，所述GJB2基因的突变为选自35delG、167delT、176_191del 16、 299_300delAT和235delC的至少一种，所述GJB3基因的突变为选自位点538C > T和M7G>A的至少一种，所述SLC26A4基因的突变为选自281C > T、589G > A、919_2A > G、1174A>Τ、1226G > A、1229C > Τ、1975G > C、2027T > A、2162C > T、2168A > G 和 IVS15+5G > A 的至少一种，以及所述mt DNA的突变为选自1494C > T和1555A > G的至少一种，所述扩增引物包括第一引物和第二引物，其中，针对所述GJB2基因的35deKi突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :1所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :2所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :33所示；针对所述GJB2基因的 167delT突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :3所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :4所示， 所述延伸引物为如SEQ ID NO 34所示；针对所述GJB2基因的176_191dell6突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :5所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :6所示，所述延伸引物为如 SEQ ID NO 35所示；针对所述GJB2基因的^9_300delAT突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :7所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :8所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :36所示； 针对所述GJB2基因的235delC突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :9所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :10所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:37所示；针对所述GJB3基因的538C>T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 11所示，所述第二引物为如SEQ ID NO: 12所示， 所述延伸引物为如SEQ ID NO 38所示；针对所述GJB3基因的M7G > A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :13所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 14所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :39所示；针对所述SLC26A4基因的^1C>T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO: 15所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :16所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:40所示；针对所述SLC26A4基因的589G>A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 17所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :18所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :41所示；针对所述SLC26A4基因的919-2A>G突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 19所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :20所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :42所示；针对所述SLC26A4基因的1174A > T 突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :21所示，所述第二引物为如SEQ ID N0:22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 43所示；针对所述SLC26A4基因的> A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 44所示；针对所述SLC26A4基因的> T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 21所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :22所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:45所示；针对所述SLC26A4基因的1975G > C突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :47所示；针对所述SLC26A4 基因的2027T> A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :25所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J6所示，所述延伸引物为如SEQ ID Ν0:48所示；针对所述SLC26A4基因的2162C>T 突变，所述第一引物为如SEQID NO :27所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 49所示；针对所述SLC26A4基因的2168A > G突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :27所示，所述第二引物为如SEQ ID NO J8所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 50所示；针对所述SLC26A4基因的IVS15+5G > A突变，所述第一引物为如SEQ ID NO 23所示，所述第二引物为如SEQ ID NO : 所示，所述延伸引物为如SEQ ID N0:46所示；针对所述mt DNA基因的1494C> T突变，所述第一引物为如SEQ ID NO : 所示，所述第二引物为如SEQ ID NO 30所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO 51所示；以及针对所述mt DNA基因的1555A> G突变，所述第一引物为如SEQ ID NO :31所示，所述第二引物为如SEQ ID NO :32所示，所述延伸引物为如SEQ ID NO :52所示，优选所述第一引物和第二引物的5’端均具有标签序列，所述标签序列为如SEQ ID NO 53所示。
10. 一种试剂盒，其特征在于，包括 权利要求9所述的一种引物组合，优选所述试剂盒用于选自检测DNA样品中预定位点的突变、诊断遗传性耳聋、产前诊断遗传性耳聋、以及预测电子耳蜗效果的至少一种。
全文摘要
本发明涉及检测DNA样品中预定位点的突变的引物、试剂盒、方法及应用。检测DNA样品中预定位点的突变的方法包括以下步骤使用扩增引物对DNA样品进行PCR扩增反应，使用延伸引物以及ddNTP，以所述扩增产物为模板，进行寡核苷酸延伸反应，以便获得在所述延伸引物的3’端连接一个碱基的延伸产物；以及基于延伸产物的分子量，确定所述预定位点的突变类型。可以有效地确定在预定位点是否发生了突变，以及所发生突变的类型。
文档编号C12Q1/68GK102409089SQ20111030171
公开日2012年4月11日 申请日期2011年10月8日 优先权日2011年10月8日
发明者冯大飞, 刘兴旺, 杨焕明, 汪建, 王俊, 王夏曼, 邹婧 申请人:深圳华大基因研究院, 深圳华大基因科技有限公司