本公开涉及仿真装置、仿真方法及仿真程序。
背景技术:
1、已知通过分子动力学计算进行反应机理的解析的仿真装置。根据该仿真装置,在设定分子信息或反应条件等之后,每隔规定的时间步长(time step)进行分子动力学计算和反应生成物的确定,由此能够解析反应机理。
2、【现有技术文献】
3、【专利文献】
4、【专利文献1】特开2005-34843号公报
5、【专利文献2】国际公开第2016/133002号
技术实现思路
1、【发明所要解决的课题】
2、但是,在上述仿真装置的情况下,为了在现实的解析时间内促进反应,作为反应条件,需要设定远离现实的较高温度。因此,即使在低温下(即,现实中)不会发生的反应或难以发生的反应也会被作为仿真结果输出,难以对反应机理进行有益的解析。
3、本公开,使得在基于分子动力学计算的反应机理的解析中,能够进行更有益的解析。
4、【解决课题的手段】
5、根据本公开的第1方面的仿真装置,具有:
6、判定部,在分子动力学计算的执行中,计算构成第1分子的原子和构成第2分子的原子之间的距离,判定所述第1分子和所述第2分子是否接近;
7、赋予部,在被所述判定部判定为接近的情况下,对所述第1分子和/或所述第2分子赋予提高反应概率的参数;
8、基本反应构建部,基于所述分子动力学计算中确定的化学反应构建过渡状态下的基本反应;以及
9、反应速度常数计算部,计算构建的所述基本反应的反应速度常数。
10、本公开的第2方面是根据第1方面所述的仿真装置,其中,
11、还具有设定部,在所述分子动力学计算的执行前,设定所述赋予部赋予所述参数的时间间隔,
12、所述赋予部在由所述判定部判定为接近的情况、且在从上次的赋予起经过了所述时间间隔的情况下,赋予所述参数。
13、本公开的第3方面是根据第2方面所述的仿真装置,其中,
14、所述设定部,设定不对反应系统整体的温度产生影响的时间间隔、即化学反应后的分子稳定化所需要的时间间隔。
15、本公开的第4方面是根据第1方面所述的仿真装置,其中,
16、还具有设定部,在所述分子动力学计算的执行前,设定所述赋予部不赋予所述参数的对象,
17、即使在被所述判定部判定为接近的情况下,在所述第1分子和所述第2分子双方都是不赋予所述参数的对象的情况下,所述赋予部对所述第1分子和所述第2分子都不赋予所述参数。
18、本公开的第5方面是根据第4方面所述的仿真装置,其中,
19、所述设定部通过指定原子的种类或原子的索引来设定所述赋予部不赋予所述参数的对象,
20、所述赋予部即使在被所述判定部判定为接近的情况下,在所述第1分子和所述第2分子双方都是包含所述指定的原子的分子的情况下,对所述第1分子和所述第2分子都不赋予所述参数。
21、本公开的第6方面是根据第1方面所述的仿真装置,其中,
22、还具有位置计算部,将存在于键距离的范围内的原子彼此确定为所述第1分子或所述第2分子。
23、本公开的第7方面是根据第6方面所述的仿真装置,其中,
24、所述判定部在所述第1分子所包含的原子与所述第2分子所包含的原子之间的距离为所述键距离的规定数倍以下的情况下,判定为所述第1分子与所述第2分子接近。
25、本公开的第8方面是根据第7方面所述的仿真装置,其中,
26、还具有设定部,在所述分子动力学计算的执行前,设定所述赋予部赋予的所述参数,
27、所述赋予部基于由所述设定部设定的所述参数,赋予与温度相关的信息。
28、本公开的第9方面是根据第8方面所述的仿真装置,其中,
29、所述赋予部根据由所述设定部设定的所述参数,赋予碰撞的方向的动能。
30、本公开的第10方面是根据第8方面所述的仿真装置,其中,
31、所述设定部设定与赋予的温度相关的信息作为所述参数。
32、本公开的第11方面是根据第9方面所述的仿真装置,其中,
33、所述设定部设定赋予的动能作为所述参数。
34、本公开的第12方面是根据第9方面所述的仿真装置,其中,
35、所述设定部设定赋予的平移速度作为所述参数。
36、根据本公开的第13方面的仿真方法,具有:
37、判定工序,在分子动力学计算的执行中,计算构成第1分子的原子和构成第2分子的原子之间的距离,判定所述第1分子和所述第2分子是否接近;
38、赋予工序,在被所述判定工序判定为接近的情况下,对所述第1分子和/或所述第2分子赋予提高反应概率的参数;
39、基本反应构建工序,基于所述分子动力学计算中确定的化学反应构建过渡状态下的基本反应;以及
40、反应速度常数计算工序,计算构建的所述基本反应的反应速度常数。
41、根据本公开的第14方面的仿真程序,使计算机执行如下工序:
42、判定工序,在分子动力学计算的执行中,计算构成第1分子的原子和构成第2分子的原子之间的距离,判定所述第1分子和所述第2分子是否接近;
43、赋予工序,在被所述判定工序判定为接近的情况下,对所述第1分子和/或所述第2分子赋予提高反应概率的参数;
44、基本反应构建工序,基于所述分子动力学计算中确定的化学反应构建过渡状态下的基本反应;以及
45、反应速度常数计算工序,计算构建的所述基本反应的反应速度常数。
46、【发明的效果】
47、根据本公开,使得在基于分子动力学计算的反应机理的解析中,能够进行更有益的解析。
1.一种仿真装置,具有:
2.根据权利要求1所述的仿真装置,其中,
3.根据权利要求2所述的仿真装置,其中,
4.根据权利要求1所述的仿真装置,其中,
5.根据权利要求4所述的仿真装置,其中,
6.根据权利要求1所述的仿真装置,其中,
7.根据权利要求6所述的仿真装置,其中,
8.根据权利要求1所述的仿真装置,其中,
9.根据权利要求8所述的仿真装置,其中,
10.根据权利要求8所述的仿真装置,其中,
11.根据权利要求9所述的仿真装置,其中,
12.根据权利要求9所述的仿真装置,其中,
13.一种仿真方法,具有:
14.一种仿真程序,使计算机执行如下工序: