TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统的制作方法

本发明属于mrd监测领域，涉及一种tcr/ig基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统。

背景技术：

1、tcr/ig基因重排是一种用于检测人体组织中的微小残留物技术。tcr代表t细胞受体，ig代表免疫球蛋白。这些残留物通常是由癌细胞或其他异常细胞类型产生的，可以在血液、骨髓、淋巴组织、脑脊液和其他生物体液中检测到。tcr/ig基因重排微小残留(mrd)监测系统可以应用于包括癌症的检验数据的监测处理。它可以帮助医生确定患者是否已经治愈或是否存在复发风险，并指导治疗方案。此外，该技术还可以用于监测干细胞移植后的恢复过程，以及其他病理学应用程序。该技术通常通过pcr(聚合酶链反应)或ngs(下一代测序)来进行。pcr是一种广泛使用的技术，可以检测非常低浓度的dna并扩增它，以便进行分析。ngs则是一种更高通量的方法，可以同时分析大量dna样本，以便更准确地检测微小残留物，可以生成持续监测数据，帮助医生更好地了解患者的状况。

2、原始的tcr/ig重排微小残留(mrd)检测与监控，需要研究人员根据患者检测样本信息，查找大量的数据库和专业文献找到合适的扩增序列，然后通过ngs扩增技术检测样本信息中的残留物，根据患者样本中检测到的残留物信息，提取出关键的数据，并翻阅大量的文献内容以及对患者的历史检测数据进行比对，从而给出有效的监测数据及趋势图。在这些过程中，面临数据量大、操作繁琐、查询困难等问题。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明的目的在于提供一种tcr/ig基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统。

2、为达到上述目的，本发明提供如下技术方案：

3、一种tcr/ig基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，包括：

4、患者样本信息边界管理模块：用于对患者样本信息数据进行结构化管理，实现患者历史检测数据的管理与整合；

5、初筛数据管理模块：用于对患者mrd重排初筛结果vidjil类型文件的自动化读取，获取初筛检测结果信息，并将其进行结构化存储，基于预设条件对阳性结果数据进行标注，并将检测结果以图形化数据呈现；

6、tcr/ig重排数据管理模块：用于对重排引物数据进行管理，实现多个患者样本同时上机分析需求；

7、tcr/ip重排mrd监测模块：用于对患者初筛结果的自动化引物设计与分析，获取微小残留物的浓度，并生成历史监测趋势图方便研究人员直观获取监测结果；

8、报告生成模块：用于根据历史监测数据汇总结果，一键生成数据报告。

9、进一步，所述重排引物数据包括重排引物barcode、引物内参、以及重排引物；

10、所述重排barcode是固定的多个不同碱基组成的碱基序列；重排引物内参是一组无序的碱基序列，根据阳性点碱基序列和选用barcode生成的一组碱基序列；

11、重排引物：根据阳性克隆重排序列，匹配重排引物池数据，获取前后引物序列，若引物池中没有匹配引物数据，则根据阳性克隆碱基序列以及cloneid，根据预设参数，设计生成前后引物。

12、进一步，本系统的具体工作流程如下：

13、s1：患者样本信息管理；

14、s2：若样本检测项目为初筛，继续进行s3，否则进行s6；

15、s3：导入患者mrd初筛检测vidjil文件；

16、s4：对初筛数据进行结构化处理；

17、s5：根据预设条件筛选标注阳性检测结果，继续进行s12；

18、s6：获取患者阳性位点信息；

19、s7：根据阳性位点信息设计引物；

20、s8：进行重排引物、重排引物内参、重排引物barcode管理；

21、s9：根据引物实验获取检测数据；

22、s10：上传检测数据获取历史监测数据；

23、s11：根据历史监测数据生成监测历史趋势图；

24、s12：根据送检单位获取报告模板；

25、s13：生成报告并导出。

26、进一步，所述进行重排引物、重排引物内参、重排引物barcode管理，具体包括：

27、s81：选择阳性克隆点；

28、s82：获取阳性克隆碱基序列和cloneld；

29、s83：判断引物库中是否有相匹配的引物，若不匹配，继续进行步骤s84，否则进行步骤s87；

30、s84：获取临床试验人员预设参数；

31、s85：根据克隆碱基序列以及相关参数设计引物；

32、s86：根据设计出来的前后引物以及对应的碱基序列选择合适的前后引物；

33、s87：选择合适的前后引物序列；

34、s88：判断重排引物内参库中是否存在合成的重排引物，弱不存在，继续进行步骤s89，否则进行步骤s812；

35、s89：获取临床试验人员预设参数；

36、s810：根据克隆碱基序列、cloneld以及相关参数设计内参序列；

37、s811：根据克隆碱基序列、cloneld以及相关参数设计重排引物序列；

38、s812：获取对应的重排引物序列；

39、s813：获取重排引物barcode，与重排引物barcode库进行匹配，判断是否存在已合成的barcode，若不存在，则进行步骤s814，否则进行步骤s815；

40、s814：从barcode库中匹配合适的barcode；

41、s815：判断barcode是否存在已使用的情况，若存在，返回步骤s814，否则选择内参拷贝数、投入dna量；

42、s816：进行线下实验，获取实验数据；

43、s817：将实验结果导入系统；

44、s818：根据实验结果解析实验结果数据。

45、本发明的有益效果在于：重排引物数据的管理涉及barcode管理、重排引物管理、重排引物设计、重排引物内参管理等，同时为满足多个样本同时上机实验的需求，对barcode的管理选用较为复杂，本发明通过对整体流程的管理，极大地简化研究人员的工作，改进了工作方式，提高生产效率。

46、本发明的其他优点、目标和特征在某种程度上将在随后的说明书中进行阐述，并且在某种程度上，基于对下文的考察研究对本领域技术人员而言将是显而易见的，或者可以从本发明的实践中得到教导。本发明的目标和其他优点可以通过下面的说明书来实现和获得。

技术特征：

1.一种tcr/ig基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，其特征在于：包括：

2.根据权利要求1所述的tcr/ig基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，其特征在于：所述重排引物数据包括重排引物barcode、引物内参、以及重排引物；

3.根据权利要求1所述的tcr/ig基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，其特征在于：本系统的具体工作流程如下：

4.根据权利要求3所述的tcr/ig基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，其特征在于：所述进行重排引物、重排引物内参、重排引物barcode管理，具体包括：

技术总结
本发明涉及一种TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，属于MRD监测领域，包括：患者样本信息边界管理模块：对患者样本信息数据进行结构化管理；初筛数据管理模块：对患者MRD重排初筛结果vidjil类型文件的自动化读取，获取初筛检测结果信息，进行结构化存储，基于预设条件对阳性结果数据进行标注，图形化呈现数据；TCR/IG重排数据管理模块：管理重排引物数据；TCR/IP重排MRD监测模块：对患者初筛结果的自动化引物设计与分析，获取微小残留物的浓度，并生成历史监测趋势图方便研究人员直观获取监测结果；报告生成模块：根据历史监测数据汇总结果，一键生成数据报告。

技术研发人员：王奇隆,付海阔,舒金才,陈金雄,尚华
受保护的技术使用者：北京高灵智腾信息科技有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15