用于通过质谱术识别微生物的方法
【专利摘要】本发明涉及一种通过质谱术识别微生物的方法，包括：获取所述微生物的至少一种质谱；对于每种获取的质谱：检测在预定的质量范围内的质谱的峰值；产生包括在质量-电荷比的范围内的预定的细分的每个区间中的不多于一个峰值的峰值的列表，所述细分的区间的宽度随着所述质量-电荷比呈指数增大，以及根据先前识别的微生物和/或微生物类型的知识库分析所获得的峰值的列表。
【专利说明】用于通过质谱术识别微生物的方法
【技术领域】
[0001]本发明涉及一种通过质谱术识别微生物特别是细菌的方法。
现有技术
[0002]已知使用质谱来识别微生物，特别是细菌。制备微生物的样本，之后获取和预处理样本的质谱:质谱去噪(噪声消除)、(可归因于检测器)背景噪声的过滤。然后，检测预处理质谱的明显峰值，且如此得到的峰值列表被“分析”，并与从已识别的微生物或微生物族的典型峰值的列表构建的知识库的数据(血统、属、科等等)进行“比较”。
[0003]虽然从理论上说这个原则看起来简单，但其实施却是棘手的。事实上，首先，包含在质谱中的信息量，特别是峰值的数量，是非常大的，这需要非常强大的计算工具来创建鲁棒性的知识库，以及实现分类、比较和判定算法。
[0004]其次，存在高的测量不确定性，尤其是涉及质谱中的峰值位置。确实可以观察到，从同一质谱仪的一次测量到另一次测量，以及从一个质谱仪到另一个质谱仪，代表给定分子的峰值在所测量的质谱中不具有固定的位置，或者至少峰值不包含在一个范围内。因此，所获取的质谱的对应于给定的蛋白质分子的峰值不能通过分类算法被识别为对应于所述蛋白质分子的。最后，这种不确定性在质量-电荷比的整个范围不是恒定的，且随该比值的增大而增大。
【发明内容】
[0005]由于待分析的信息量减少，以及缺乏针对质谱峰值的位置的准确性的影响减小，本发明的目的是提供一种能够通过质谱术鲁棒地识别微生物的方法。
[0006]为此，本发明的目的是一种通过质谱术识别微生物的方法，包括以下步骤:
[0007]获取所述微生物的至少一种质谱；
[0008]对于每种所获取的质谱:
[0009]检测在预定的质量范围内的所述质谱的峰值；
[0010]产生包含在质量-电荷比的范围内的预定的细分的每个区间中的不多于一个峰值的峰值的列表，所述细分的区间的宽度根据以下关系随着所述质量-电荷比而增大:
【权利要求】
1.一种通过质谱术识别微生物的方法，包括: 获取所述微生物的至少一种质谱； 对于每种所获取的质谱: 检测在预定的质量范围内的所述质谱的峰值； 产生包括在质量-电荷比的范围内的预定的细分的每个区间中的不多于一个峰值的峰值的列表，所述细分的区间的宽度根据以下关系随着所述质量-电荷比而增大:
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述质量-电荷比的预定范围在从3000汤姆森到17000汤姆森的范围内。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，有900至1500个区间。
4.根据权利要求3所述的方法，其中，有1200到1400个区间。
5.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中保持在所述细分的区间内的峰值是最大峰值。
6.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，所述质谱术是MALD1-T0F质谱术。
7.一种用于通过质谱术识别微生物的装置，包括: 质谱仪，其能够产生待识别的微生物的质谱； 计算单元，其能够通过实施根据前述任一项权利要求所述的方法来识别与由所述质谱仪产生的质谱相关的微生物。
【文档编号】H01J49/00GK103959426SQ201280058472
【公开日】2014年7月30日 申请日期:2012年11月30日 优先权日:2011年12月2日
【发明者】格里高利·施特鲁贝尔, 莫德·阿尔萨克, 丹尼斯·戴瑟利, 皮埃尔-吉恩·科特-帕塔特 申请人:生物梅里埃有限公司