一种乙肝病毒的PRINS检测方法及其引物和检测试剂盒与流程

文档序号:11145945阅读:722来源:国知局

本发明属于生物技术领域,具体涉及一种乙肝病毒的PRINS检测方法及其引物和检测试剂盒。



背景技术:

乙肝病毒(Hepatitis B Virus,HBV)是一种重要的传染性疾病,可以经过血液等各种体液传播,引起急性肝炎、慢性肝炎、肝硬化、肝癌等,严重威胁世界人类的身体健康和生命安全。其中,我国又是乙肝病毒的高发地区,据估计,约有60%的人曾经感染乙肝病毒,携带者高达10%,已感染人群中至少15~25% 最终死于HBV相关的肝病,大部分为肝细胞癌口。因此,准确、迅速诊断对乙肝的治疗和预防显得极为重要。

当前,对HBV的检测手段主要是酶联免疫吸附试验(ELISA)和聚合酶链式反应(PCR)。其中ELISA方案的依据是根据抗原抗体反应来检测乙肝病毒的血清标志物(HBV—M) 即HBsAg、HBeAg、HBcAb、HBsAb、HBeAb的浓度,因此该方案反映的主要是人体对HBV感染的免疫状态,但不能直接反映HBV在患者体内的复制情况,更不能作为判断患者是否具有传染性的直接证据。PCR方案直接扩增并检测血清中HBV的DNA,因此能够反应出在体内的真实扩增和是否有传染性等情况。由此结果判断体内HBV是否正在复制、复制程度、或者经治疗后HBV是否被清除等方面均有重要作用,并为临床观察药物疗效、病情转化等提供依据。

但是,在血清样品内本身的游离DNA很少,在抽提HBV DNA时,容易导致DNA的丢失从而导致检测结果中的HBV DNA含量比实际值降低甚至由于丢失而导致假阴性结果。基于Q-PCR方案的检测体系,进口试剂盒灵敏度仅仅在300拷贝/ml,其灵敏度不满足临床检验的需要。



技术实现要素:

因此,针对目前HBV检测方法灵敏度不高的问题,本发明提供了一种新的乙肝病毒的PRINS检测方法及其引物和乙肝病毒PRINS检测试剂盒。 为解决上述技术问题,本发明采取的技术方案:一种乙肝病毒的PRINS检测方法,其特征在于,包括以下步骤:

步骤S1、采集血样,将血样离心后的血清涂布于载玻片,利用固定液将载玻片中的血清固定5-110分钟,固定后用PBS溶液浸泡洗涤,洗涤后的载玻片利用质量百分比0.001-0.25%的蛋白酶K孵育,然后用变性缓冲液处理5-15分钟,处理后的载玻片在90℃-98℃下热处理,使蛋白酶K灭活,然后用PBS溶液浸泡洗涤该载玻片;

步骤S2、将步骤S1处理后的载玻片上加入第一PRINS反应液,在载玻片上放置盖玻片,静置1-90分钟,然后用洗涤液洗涤;

步骤S3、在步骤S2处理后的载玻片上加入第二PRINS反应液,在载玻片上放置盖玻片,进行原位扩增标记反应,将反应后的载玻片放入终止反应液中浸泡,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于洗涤液中洗涤;

步骤S4、将步骤S3处理后的载玻片置于0.1-2mg/mL的碘化丙啶溶液中孵育,孵育后用水清洗,加盖玻片,于荧光显微镜下观察。

其中,步骤S1中所述的固定液为137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L 的KCl,10mmol/L 的Na2HPO4, 2 mmol/L 的KH2PO4 ,4%的多聚甲醛和0.2 mol/L的戊二醛组成的溶液,pH=7.2~7.4,所述的百分数为质量百分数。

其中,步骤S1中所述的PBS溶液为137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L的KCl,10mmol/L的Na2HPO4, 2mmol/L的KH2PO4组成的溶液,pH7.2~7.4 。

其中,步骤S1中所述的变性缓冲液为20mmol/L的甲酰胺,3mmol/L的NaCl和0.3mmol/L的柠檬酸钠组成的溶液。

其中,步骤S2中所述的第一PRINS反应液为:1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜碱,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L ddATP、0.05-0.5 mmol/L ddCTP、0.05-0.5 mmol/L ddGTP和0.05-0.5 mmol/L ddTTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

其中,步骤S3中所述的第二PRINS反应液为:10nM-100μM的上游检测引物,10nM-100μM的下游检测引物,50nM-1mM的封闭引物,1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜碱,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L dATP、0.05-0.5 mmol/L dCTP、0.05-0.5 mmol/L dGTP,0.01-0.5 mmol/L dTTP,0.01-0.5 mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

其中,所述的上游检测引物为SEQ ID No:1所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:2,SEQ ID No:3,SEQ ID No:4,SEQ ID No:5,SEQ ID No:6,SEQ ID No:8,SEQ ID No:9,SEQ ID No:10,SEQ ID No:11和SEQ ID No:12中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

优选的是,所述的上游检测引物为SEQ ID No:13所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:14,SEQ ID No:15,SEQ ID No:16,SEQ ID No:17,SEQ ID No:18,SEQ ID No:20,SEQ ID No:21,SEQ ID No:22,SEQ ID No:23和SEQ ID No:24中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

优选的是,所述的上游检测引物为SEQ ID No:25所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:26,SEQ ID No:27,SEQ ID No:28,SEQ ID No:29,SEQ ID No:30,SEQ ID No:32,SEQ ID No:33,SEQ ID No:34,SEQ ID No:35和SEQ ID No:36中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

优选的是,所述的封闭引物为引物3’端碱基被氨基、磷酸或者双脱氧封闭,使其丧失进行PCR反应的能力。

其中,步骤S3中所述的原位扩增标记反应包括以下步骤:(1)90-98°C预变性0.5-10分钟;(2)90-96°C变性1-90秒;(3)45-68°C退火0.5-3分钟;(4)55-73°C延伸1-5分钟,(2)-(4)循环1-38次;(5)60-73℃延伸1-5分钟。

其中,步骤S3中所述的终止反应液为 0.15-0.75 mol/L NaCl和0.01-0.1 mol/L EDTA 组成的溶液,pH=6.8-8.0。

一种检测乙肝病毒的特异性引物,其特征在于,所述的特异性引物由上游检测引物,下游检测引物和封闭引物组成。

其中,所述的上游检测引物为SEQ ID No:1所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:2,SEQ ID No:3,SEQ ID No:4,SEQ ID No:5,SEQ ID No:6,SEQ ID No:8,SEQ ID No:9,SEQ ID No:10,SEQ ID No:11和SEQ ID No:12中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

优选的是,所述的上游检测引物为SEQ ID No:13所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:14,SEQ ID No:15,SEQ ID No:16,SEQ ID No:17,SEQ ID No:18,SEQ ID No:20,SEQ ID No:21,SEQ ID No:22,SEQ ID No:23和SEQ ID No:24中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

优选的是,所述的上游检测引物为SEQ ID No:25所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:26,SEQ ID No:27,SEQ ID No:28,SEQ ID No:29,SEQ ID No:30,SEQ ID No:32,SEQ ID No:33,SEQ ID No:34,SEQ ID No:35和SEQ ID No:36中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

一种乙肝病毒的PRINS检测试剂盒,其特征在于,所述PRINS检测试剂盒包括载玻片、盖玻片、固定液、蛋白酶K、第一PRINS反应液、第二PRINS反应液、阴性对照和阳性对照。

其中,所述的固定液为137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L 的KCl,10mmol/L 的Na2HPO4, 2 mmol/L 的KH2PO4 ,4%的多聚甲醛和0.2 mol/L的戊二醛组成的溶液,pH=7.2~7.4,所述的百分数为质量百分数。

其中,所述的第一PRINS反应液为:1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜碱,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L ddATP、0.05-0.5 mmol/L ddCTP、0.05-0.5 mmol/L ddGTP和0.05-0.5 mmol/L ddTTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶;所述的第二PRINS反应液为:10nM-100μM的上游检测引物,10nM-100μM的下游检测引物,50nM-1mM的封闭引物,1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜碱,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L dATP、0.05-0.5 mmol/L dCTP、0.05-0.5 mmol/L dGTP,0.01-0.5 mmol/L dTTP,0.01-0.5 mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

其中,所述的上游检测引物为SEQ ID No:1所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:2,SEQ ID No:3,SEQ ID No:4,SEQ ID No:5,SEQ ID No:6,SEQ ID No:8,SEQ ID No:9,SEQ ID No:10,SEQ ID No:11和SEQ ID No:12中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

优选的是,所述的上游检测引物为SEQ ID No:13所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:14,SEQ ID No:15,SEQ ID No:16,SEQ ID No:17,SEQ ID No:18,SEQ ID No:20,SEQ ID No:21,SEQ ID No:22,SEQ ID No:23和SEQ ID No:24中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

优选的是,所述的上游检测引物为SEQ ID No:25所示的核苷酸序列,所述的下游检测引物为SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:26,SEQ ID No:27,SEQ ID No:28,SEQ ID No:29,SEQ ID No:30,SEQ ID No:32,SEQ ID No:33,SEQ ID No:34,SEQ ID No:35和SEQ ID No:36中所示的一种或多种核苷酸序列的组合。

其中,所述的阴性对照为没有HBV污染的健康人血清。

其中,所述的阳性对照为阳性对照血清,该阳性对照血清中HBV DNA浓度为30拷贝/ml、40拷贝/ml和50拷贝/ml。

与现有技术相比,本发明实现的有益效果:

(1)灵敏度高,按照本发明的方法抽提HBV DNA,并进行PRINS反应,在待检血清中的HBV DNA达到30-50拷贝/ml时,即可以检测出来,灵敏度比现有进口的试剂盒的相应指标有明显提高。

(2)操作简单,常规的检验实验室即可完成该操作,操作人员不需要特殊培训,因而保证了可操作性。

(3)在PRINS阶段,如果没有进口的原位PCR仪,采用国产的同类型PCR仪即可。另外,除了荧光显微镜外,不需要其它的贵重设备,便于普及。

(4)本方案基于载玻片的PRINS方案,直接将待检血清涂布于经处理的载玻片上,保证了样品的完整性,提高了检测灵敏度。由于检测灵敏度的提高,可以在HBV的潜伏期内就可以被检测到,从而可以提前预警,本技术已经稳定在30-50拷贝/ml的灵敏度。

具体实施方式

如下涉及到的载玻片、盖玻片为本领域常规的载玻片、盖玻片,其处理方法也是本领域的公知常识。

实施例1

特异性引物:所述的上游检测引物、下游检测引物、封闭引物分别为SEQ ID No:1、SEQ ID No:7和 SEQ ID No:2所示的核苷酸序列。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:1,SEQ ID No:7和SEQ ID No:2所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物10nmol/L,下游检测引物10nmol/L和封闭引物50nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液:137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L 的KCl,10mmol/L 的Na2HPO4, 2 mmol/L 的KH2PO4 ,4%的多聚甲醛和0.2 mol/L的戊二醛组成的溶液,pH=7.2~7.4,所述的百分数为质量百分数。

2)变性缓冲液:20mmol/L的甲酰胺,3mmol/L的NaCl和0.3mmol/L的柠檬酸钠组成的溶液。

3)PBS 溶液:137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L的KCl,10mmol/L的Na2HPO4, 2mmol/L的KH2PO4组成的溶液,pH7.2~7.4 。

4)蛋白酶 K:质量百分数0.025%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

5)第一PRINS反应液(50μl):10mmol/L TrisCl(pH8.8),50mmol/L KCl,1.5mmol/L MgCl2,0.1% 牛血清白蛋白,2mol/L甘油,2mol/L 甜菜碱,0.5mol/L海藻糖,0.2mmol/L ddATP、0.2mmol/L ddCTP、0.2mmol/L ddGTP和0.2mmol/L ddTTP,以及2.5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

6) 第二PRINS反应液(50μl):10nmol/L的上游检测引物,10nmol/L的下游检测引物,50nmol/L的封闭引物,2.5mmol/L TrisCl(pH8.8),5m mol/L KCl,1.2mmol/L MgCl2,0.5% 牛血清白蛋白,0.5mol/L甘油,0.5mol/L 甜菜碱,0.1mol/L海藻糖,0.05mmol/L dATP、0.05mmol/L dCTP、0.05mmol/L dGTP,0.01mmol/L dTTP,0.04mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及0.5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

7)洗涤液:0.3mol/L的NaCl,0.03mol/L的柠檬酸钠,0.05%的Tween-20组成的溶液,pH=7.2,其中所述百分比为质量百分比。

8)终止反应液:0.5mol/L NaCl 和0.05mol/L EDTA (pH8.1)组成的溶液;

9)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度1 mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转下离心5分钟,取50μ离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液室温固定5分钟,固定后用25℃的 PBS溶液洗涤3次,每次5分钟,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K在4°C下孵育15分钟,然后用变性缓冲液于75℃下处理5分钟,处理后的载玻片在96°C条件下干热20分钟,使蛋白酶K灭活,然后在4℃下用PBS溶液洗涤3次,5分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在60℃下做PRINS反应1小时,反应后于25℃下用洗涤液洗涤3次,5分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到95°C预变性5分钟, 95°C下变性1分钟,58°C下退火3分钟,64°C下延伸3分钟,做28个循环,最后64°C下延伸5分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml,65°C的终止反应液,浸泡1分钟,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于25℃的洗涤液中洗涤3次,10分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,10℃下于暗盒中孵育15分钟,孵育后用水冲洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

实施例2

特异性引物:上游检测引物、下游检测引物、封闭引物分别为SEQ ID No:13、SEQ ID No:19和SEQ ID No:14所示的核苷酸序列。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:13,SEQ ID No:19和SEQ ID No:14所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物50nmol/L,下游检测引物50nmol/L和封闭引物250nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液、变性缓冲液、PBS 溶液、洗涤液和终止反应液包括的组分和含量与实施例1中的组分和含量一致。

2)蛋白酶 K:质量百分数0.1%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

3)第一PRINS反应液(50μl):1.5mmol/L TrisCl(pH8.8),5mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.05% 牛血清白蛋白,0.5mol/L甘油,0.5mol/L 甜菜碱,3mol/L海藻糖,0.15mmol/L ddATP、0. 15mmol/L ddCTP、0. 15mmol/L ddGTP和0.15mmol/L ddTTP,以及5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

4) 第二PRINS反应液(50μl):50nmol/L的上游检测引物,50nmol/L的下游检测引物,250nmol/L的封闭引物,3mmol/L TrisCl(pH8.8),20mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.05% 牛血清白蛋白,2.5mol/L甘油,1.5mol/L 甜菜碱,1mol/L海藻糖,0.08mmol/L dATP、0.08mmol/L dCTP、0.08mmol/L dGTP,0.05mmol/L dTTP,0.03mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度0.15mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转离心5分钟,取50μl离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液室温固定10分钟,固定后用35℃的PBS溶液洗涤5次,30分钟/次,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K在65°C下孵育0.5分钟,然后用变性缓冲液于65℃处理10分钟,处理后的载玻片在90°C条件下干热30分钟,使蛋白酶K灭活,然后在10℃下用PBS溶液洗涤3次,0.5分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在35℃下做PRINS反应1分钟,反应后于5℃下用洗涤液下洗涤4次,3分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到90°C预变性0.5分钟,90°C下变性1.5分钟,45°C下退火0.5分钟,55°C 下延伸5分钟,做38个循环,最后60°C下延伸1分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml,0°C的终止反应液中,浸泡30分钟,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于35℃的洗涤液中洗涤3次,1分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,55℃下于暗盒中孵育1分钟,孵育后用水冲洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

实施例3

特异性引物:上游检测引物、下游检测引物和封闭引物分别为SEQ ID No:25、SEQ ID No:31和SEQ ID No:26所示的核苷酸序列。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:25,SEQ ID No:31和SEQ ID No:26所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物1000nmol/L,下游检测引物1000nmol/L和封闭引物5000nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液、变性缓冲液、PBS 溶液、洗涤液和终止反应液包括的组分和含量与实施例1中的组分和含量一致。

2)蛋白酶 K:质量百分数0.002%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

3)第一PRINS反应液(50μl):20mmol/L TrisCl(pH8.8),5mmol/L KCl,3mmol/L MgCl2,0.01% 牛血清白蛋白,1mol/L甘油,1.5mol/L 甜菜碱,0.15mol/L海藻糖,0.1mmol/L ddATP、0.1mmol/L ddCTP、0. 1mmol/L ddGTP和0.1mmol/L ddTTP,以及3U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

4) 第二PRINS反应液(50μl):1000nmol/L的上游检测引物,1000nmol/L的下游检测引物,5000nmol/L的封闭引物,50mmol/L TrisCl(pH8.8),50mmol/L KCl,3mmol/L MgCl2,0.8% 牛血清白蛋白,1mol/L甘油,2mol/L 甜菜碱,2mol/L海藻糖,0.2mmol/L dATP、0.2mmol/LdCTP、0.2mmol/L dGTP,0.5mmol/L dTTP,0.1mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及2U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度1.5mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转下离心5分钟,取50μl离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液0℃下固定15分钟,固定后用4℃的PBS溶液洗涤4次, 0.5分钟/次,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K在45°C下孵育35分钟,然后用变性缓冲液于75℃下处理15分钟,处理后的载玻片在98°C条件下干热1分钟,使蛋白酶K灭活,然后在35℃下用PBS溶液洗涤3次,30分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在73℃下做PRINS反应90分钟,反应后于35℃下用洗涤液下洗涤5次,6分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到98°C预变性10分钟,93°C下变性1秒,68°C下退火1分钟,73°C 下延伸1分钟,做1个循环,最后73°C下延伸3分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml,73°C的终止反应液,浸泡10秒,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于30℃的洗涤液中洗涤5次,30分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,0℃下于暗盒中孵育45分钟,孵育后用水冲洗洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于在荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

实施例4

特异性引物:上游检测引物、下游检测引物和封闭引物分别为SEQ ID No:1、SEQ ID No:7和SEQ ID No:11所示的核苷酸序列。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:1,SEQ ID No:7和SEQ ID No:11所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物100nmol/L,下游检测引物100nmol/L和封闭引物800nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液、变性缓冲液、PBS 溶液、洗涤液和终止反应液包括的组分和含量与实施例1中的组分和含量一致。

2)蛋白酶 K:质量百分数0.08%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

3)第一PRINS反应液(50μl):57mmol/L TrisCl(pH8.8),55mmol/L KCl,5mmol/L MgCl2,0.35% 牛血清白蛋白,1.2mol/L甘油,3mol/L 甜菜碱,2.2mol/L海藻糖,0.3mmol/L ddATP、0.3mmol/L ddCTP、0.3mmol/L ddGTP和0.3mmol/L ddTTP,以及3.5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

4) 第二PRINS反应液(50μl):100nmol/L的上游检测引物,100nmol/L的下游检测引物,800nmol/L的封闭引物,100mmol/L TrisCl(pH8.8),100mmol/L KCl,5mmol/L MgCl2,0.65% 牛血清白蛋白,1.3mol/L甘油,2.9mol/L 甜菜碱,3mol/L海藻糖,0.4mmol/L dATP、0.4mmol/LdCTP、0.4mmol/L dGTP,0.3mmol/L dTTP,0.1mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及1.2U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度0.5mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转下离心5分钟,取50μl离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液于55℃下固定40分钟,固定后用10℃的PBS溶液洗涤3次,10分钟/次,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K在15°C下孵育10分钟,然后用变性缓冲液于75℃下处理5分钟,处理后的载玻片在96°C条件下干热10分钟,使蛋白酶K灭活,然后在4℃下用PBS溶液洗涤4次,5分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在55℃下做PRINS反应15分钟,反应后于25℃下用洗涤液洗涤3次,5分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到92°C预变性5分钟,95°C下变性1分钟,50°C下退火3分钟,60°C下延伸3分钟,做2个循环,最后68°C下延伸3分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml,15°C终止反应液,浸泡5分钟,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于25℃的洗涤液中洗涤4次,5分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分钟,孵育后用水冲洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

实施例5

特异性引物:上游检测引物和下游检测引物分别为SEQ ID No:1、SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:8所示的核苷酸序列和SEQ ID No:10所示的核苷酸序列的等量混合。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:1,SEQ ID No:7,SEQ ID No:8和SEQ ID No:10所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物5000nmol/L,下游检测引物5000nmol/L和封闭引物2.8×104nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液、变性缓冲液、PBS 溶液、洗涤液和终止反应液包括的组分和含量与实施例1中的组分和含量一致。

2)蛋白酶 K:质量百分数0.12%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

3)第一PRINS反应液(50μl):15mmol/L TrisCl(pH8.8),50mmol/L KCl,1mmol/L MgCl2,0.58% 牛血清白蛋白,0.5mol/L甘油,1.8mol/L 甜菜碱,1.5mol/L海藻糖,0.45mmol/L ddATP、0.45mmol/L ddCTP、0.45mmol/L ddGTP和0.45mmol/L ddTTP,以及2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

4) 第二PRINS反应液(50μl):5000nmol/L的上游检测引物,5000nmol/L的下游检测引物,2.8×104nmol/L的封闭引物,88mmol/L TrisCl(pH8.8),55mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.25% 牛血清白蛋白,1.8mol/L甘油,2.5mol/L 甜菜碱,0.3mol/L海藻糖,0.45mmol/L dATP、0.45mmol/LdCTP、0.45mmol/L dGTP,0.35mmol/L dTTP,0.25mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及1.8U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度2mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转下离心5分钟,取50μl离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液于55℃下固定60分钟,固定后用10℃的PBS溶液洗涤3次,10分钟/次,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K液在10°C下孵育15分钟后,然后用变性缓冲液于75℃处理5分钟,处理后的载玻片在96°C条件下干热10分钟,使蛋白酶K灭活,然后在4℃下用PBS溶液洗涤4次,5分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在45℃下做PRINS反应10分钟,反应后于25℃下用洗涤液洗涤3次,5分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到98°C预变性10分钟,90°C下变性1.5分钟,60°C下退火3分钟,73°C下延伸3分钟,做2个循环,最后68°C下延伸3分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml,15°C的终止反应液,浸泡5分钟,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于25℃的洗涤液中洗涤4次,5分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分钟,孵育后用水冲洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

实施例6

特异性引物:上游检测引物、下游检测引物和封闭引物分别为SEQ ID No:13、SEQ ID No:19和SEQ ID No:23所示的核苷酸序列。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:13,SEQ ID No:19,SEQ ID No:23所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物500nmol/L,下游检测引物500nmol/L和封闭引物2600nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液、变性缓冲液、PBS 溶液、洗涤液和终止反应液包括的组分和含量与实施例1中的组分和含量一致。

2)蛋白酶 K:质量百分数0.11%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

3)第一PRINS反应液(50μl):29mmol/L TrisCl(pH8.8),37mmol/L KCl,1.2mmol/L MgCl2,0.08% 牛血清白蛋白,1.4mol/L甘油,3mol/L 甜菜碱,1.3mol/L海藻糖,0.14mmol/L ddATP、0.14mmol/L ddCTP、0.14mmol/L ddGTP和0.14mmol/L ddTTP,以及4.2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

4) 第二PRINS反应液(50μl):500nmol/L的上游检测引物,500nmol/L的下游检测引物,2600nmol/L的封闭引物,47mmol/L TrisCl(pH8.8),65mmol/L KCl,2.9mmol/L MgCl2,0.28% 牛血清白蛋白,0.8mol/L甘油,0.9mol/L 甜菜碱,0.8mol/L海藻糖,0.45mmol/L dATP、0.45mmol/LdCTP、0.45mmol/L dGTP,0.1mmol/L dTTP,0.35mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及3.6U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度1.9mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转下离心5分钟,取50μl离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液于55℃下固定95分钟,固定后用10℃的PBS溶液洗涤3次,10分钟/次,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K在10°C下孵育15分钟,然后用变性缓冲液于75℃处理5分钟,处理后的载玻片在96°C条件下干热10分钟,灭活蛋白酶K,然后在4℃下用PBS溶液洗涤4次,5分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在45℃下做PRINS反应10分钟,反应后于25℃下用洗涤液洗涤3次,5分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到92°C预变性5分钟,95°C下变性1分钟,50°C下退火3分钟,60°C下延伸3分钟,做2个循环,最后68°C下延伸3分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml,15°C的终止反应液,浸泡5分钟,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于25℃的洗涤液中洗涤4次,5分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分钟,然后用水冲洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

实施例7

特异性引物:上游检测引物、下游检测引物分别为SEQ ID No:13、SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:15所示的核苷酸序列和SEQ ID No:17所示的核苷酸序列的等量混合。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:13,SEQ ID No:19,SEQ ID No:15和SEQ ID No:17所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物80nmol/L,下游检测引物80nmol/L和封闭引物450nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液、变性缓冲液、PBS 溶液、洗涤液和终止反应液包括的组分和含量与实施例1中的组分和含量一致。

2)蛋白酶 K:质量百分数0.18%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

3)第一PRINS反应液(50μl):56mmol/L TrisCl(pH8.8),100mmol/L KCl,2.8mmol/L MgCl2,1% 牛血清白蛋白,2.5mol/L甘油,1.9mol/L 甜菜碱,1.8mol/L海藻糖,0.05mmol/L ddATP、0.05mmol/L ddCTP、0.05mmol/L ddGTP和0.05mmol/L ddTTP,以及3.2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

4) 第二PRINS反应液(50μl):80nmol/L的上游检测引物,80nmol/L的下游检测引物,450nmol/L的封闭引物,36mmol/L TrisCl(pH8.8),49mmol/L KCl,2.8mmol/L MgCl2,0.08% 牛血清白蛋白,1.4mol/L甘油,1.9mol/L 甜菜碱,1.8mol/L海藻糖,0.5mmol/L dATP、0.5mmol/LdCTP、0.5mmol/L dGTP,0.1mmol/L dTTP,0.5mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及2.4U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度1.2mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转下离心5分钟,取50μl离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液于55℃下固定95分钟,固定后用30℃的PBS溶液洗涤3次,15分钟/次,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K液在30°C下孵育25分钟后,然后用用变性缓冲液于75℃处理5分钟,处理后的载玻片在96°C条件下干热10分钟,灭活蛋白酶K,然后在20℃下用PBS溶液洗涤4次,5分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在45℃下做PRINS反应60分钟,反应后于20℃下用洗涤液洗涤3次,5分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到92°C预变性5分钟,95°C下变性1分钟,50°C下退火3分钟,60°C下延伸3分钟,做25个循环,最后68°C下延伸3分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml终止反应液,15°C,浸泡5分钟,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于25℃的洗涤液中洗涤4次,5分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分钟,孵育后用水冲洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

实施例8

特异性引物:上游检测引物、下游检测引物分别为SEQ ID No:25、SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封闭引物为SEQ ID No:27所示的核苷酸序列和SEQ ID No:29所示的核苷酸序列的等量混合。

引物的制备:

人工合成上游检测引物、下游检测引物和封闭引物,详细序列见序列表(SEQ ID No:25,SEQ ID No:31,SEQ ID No:27和 SEQ ID No:29所示的核苷酸序列)。合成后的引物进行稀释处理,分别为上游检测引物700nmol/L,下游检测引物700nmol/L和封闭引物5600nmol/L。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下试剂:

1)固定液、变性缓冲液、PBS 溶液、洗涤液和终止反应液包括的组分和含量与实施例1中的组分和含量一致。

2)蛋白酶 K:质量百分数0.25%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;

3)第一PRINS反应液(50μl):98mmol/L TrisCl(pH8.8),69mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.25% 牛血清白蛋白,1.9mol/L甘油,2.3mol/L 甜菜碱,1.2mol/L海藻糖,0.5mmol/L ddATP、0.5mmol/L ddCTP、0.5mmol/L ddGTP和0.5mmol/L ddTTP,以及1.2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比为质量百分比。

4) 第二PRINS反应液(50μl):1×105 nmol/L的上游检测引物,1×105 nmol/L的下游检测引物,1×106 nmol/L的封闭引物,48mmol/L TrisCl(pH8.8),57mmol/L KCl,4.3mmol/L MgCl2,0.1% 牛血清白蛋白,1.3mol/L甘油,0.8mol/L 甜菜碱,2.2mol/L海藻糖,0.5mmol/L dATP、0.5mmol/LdCTP、0.5mmol/L dGTP,0.114mmol/L dTTP,0.016mmol/L 荧光素标记的dUTP,以及3.5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比为质量百分比。

5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,浓度0.8mg/mL。

乙肝病毒的PRINS检测方法中包括如下步骤:

1)以促凝血真空采血管采血1 ml,静置30分钟后,在3000转下离心5分钟,取50μl离心后的血清均匀涂布于载玻片中,利用固定液于55℃下固定95分钟,固定后用30℃的PBS溶液洗涤3次,15分钟/次,洗涤后的载玻片利用蛋白酶K在30°C下孵育25分钟,然后用变性缓冲液于75℃处理5分钟,处理后的载玻片在96°C条件下干热10分钟,灭活蛋白酶K,然后在20℃下用PBS溶液洗涤4次,5分钟/次;

2)在载玻片上加入50μl第一PRINS反应液,以ddNTPs为底物在45℃下做PRINS反应60分钟,反应后于20℃下用洗涤液洗涤3次,5分钟/次;

3)在载玻片上加入50μl第二PRINS反应液,这里以dNTPs和荧光标记的dUTP为底物,放置盖玻片,用橡皮泥封闭,将样品加热到92°C预变性5分钟;以95°C变性1分钟,50°C退火3分钟,60°C 延伸3分钟,做25个循环,最后68°C延伸3分钟;

4)去掉盖玻片,将样品载玻片放入50ml,15°C的终止反应液,浸泡5分钟,使原位扩增标记反应终止,然后将载玻片置于25℃的洗涤液中洗涤4次,5分钟/次;

5)将载玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分钟,孵育后用水冲洗3次,5分钟/次,加盖玻片,于荧光显微镜下观察,以蓝色和红/绿色重叠为阳性信号。

除了dUTP可以标记用于测定之外,dATP,dCTP,dGTP,dTTP也可以用于标记。

应理解,在阅读了本发明的上述内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

<110> 上海复阳生物科技有限公司

<120> 一种乙肝病毒的PRINS检测方法及其引物和检测试剂盒

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<213> 人工序列

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<213> 人工序列

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<222> (5)..(5)

<223> n is a, c, g, or t

<400> 31

gcccngtaaa gtttcccacc ttatg 25

<210> 32

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (5)..(5)

<223> n is a, c, g, or t

<400> 32

gcccngtaaa gtttcccacc ttavh 25

<210> 33

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (5)..(5)

<223> n is a, c, g, or t

<400> 33

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<210> 34

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (5)..(5)

<223> n is a, c, g, or t

<400> 34

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<210> 35

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (5)..(5)

<223> n is a, c, g, or t

<400> 35

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<210> 36

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物序列

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<221> misc_feature

<222> (5)..(5)

<223> n is a, c, g, or t

<400> 36

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