本发明涉及微生物dna基因组技术领域，具体涉及一种快速微生物dna基因组测序比对检测鉴定的方法。
背景技术：
现在对菌的鉴定分别有细菌培养，观察形态的方式；pcr扩增保守序列；二代高通量测序方法用片段或全基因组进行比对，即使是近几年兴起的二代高通量测序是技术，上述各方法都有个通用要求，实验室要求较高，需要联网，时间长，都需要pcr扩增后进行超长片段测序，对碱基的偏好性放大，甚至是失真等问题一直未能解决；近几年的pacificbiosciences基因测序仪技术的兴起也使得短片段的问题得到部分解决，技术最长基因测序读长21kb，远远不能满足目前的长片段测序需要，设备庞大，实验室要求较高，需要联网，在一系列的研究中有很明确的表明长读长测序可以更好的帮助诊断难以用短读长测序进行鉴定结构变异导致的罕见鉴定，美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员在2013年9月《genomebiology》上发表文章指出:在gold数据库中，仅有32％的基因组是完整的(complete)，意味着没有缺口，而finished级别的基因组更少，单个文库的组装比典型的短read组装以及短和长read混合组装更加准确。nanopore基因测序仪无需pcr扩真，直接测序dna或rna，解决了pcr扩增的技术弊端，单一基因测序片段最长达2mb，上面所有的数据进行处理无一例外都很漫长，最长时间达2个月，在微生物检测特别是流行期间，使目前对微生物无法做到时时而准确的监控，与此同时因为菌种不明确导致的药物滥用及农药的滥用所导致的后果时时暴露。
技术实现要素：
本发明的目的在于提供一种快速微生物dna基因组测序比对检测鉴定的方法，以解决上述背景技术中提出的问题。
为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：
一种快速微生物dna基因组测序比对检测鉴定的方法，包括以下步骤：
(一)在微生物样品采集地进行现场dna抽提；
(二)对微生物样品的dna进行质检；
(三)利用基因测序仪对质检合格的dna进行超长片段测序；
(四)对测序出来的基因组数据进行比对；
(五)电脑运算系统将比对结果输出；
(六)电脑运算系统对比对结果作出报告总结。
作为本发明的进一步技术方案是：所述基因测序仪的型号为nanopore。
作为本发明的再进一步技术方案是：所述步骤(六)中的比对结果包括对微生物的比对图展示和比对出菌的情况进行描述。
本发明的有益效果是基于微生物全基因组上准确、快速、时时的得到菌鉴定结果，无需网络本地运行，可广泛的运用与农业和医院的菌体快速鉴定。
附图说明
图1为本发明的工作流程图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
请参阅图1，本发明实施例中，一种快速微生物dna基因组测序比对检测鉴定的方法，包括以下步骤：
(一)在微生物样品采集地进行现场dna抽提；
(二)对微生物样品的dna进行质检；
(三)利用基因测序仪对质检合格的dna进行超长片段测序；
(四)对测序出来的基因组数据进行比对；
(五)电脑运算系统将比对结果输出；
(六)电脑运算系统对比对结果作出报告总结。
所述基因测序仪的型号为nanopore。
所述步骤(六)中的比对结果包括对微生物的比对图展示和比对出菌的情况进行描述。
本发明需要的设备有：nanopore基因测序仪(测序仪为第三方专利产品)、大容量快速ubs3数据线、笔记本电脑(operatingsystem(windows10)、ram(16-32gb)、cpu(i7)、storage(8tbssd)、ports(usb3)、基因组数据库(需要联网外接ncbi数据库、内部自有数据库)，测序数据自动分析比对系统(测序分析、优先在本电脑里自动比对基因组序列，数据库中未能找到自动的链接到ncbi数据库中)、自动生成数据传输系统(时时比对结果后生成菌图报表)和结果比对展示系统(对菌的比对图展示和比对出菌的情况进行描述)。
其中ncbi基因组数据信息外接ncbi微生物数据库；
标准菌株dna的nanopore测序信息：稻瘟病、铜绿单胞杆菌、肺炎克雷柏菌等。
以肺炎克雷伯菌，稻瘟病为例，快速测序数据拼接检测比对结果如下：
对于本领域技术人员而言，显然本发明不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本发明的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本发明。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本发明的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化囊括在本发明内。不应将权利要求中的任何附图标记视为限制所涉及的权利要求。
此外，应当理解，虽然本说明书按照实施方式加以描述，但并非每个实施方式仅包含一个独立的技术方案，说明书的这种叙述方式仅仅是为清楚起见，本领域技术人员应当将说明书作为一个整体，各实施例中的技术方案也可以经适当组合，形成本领域技术人员可以理解的其他实施方式。