赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的SNP标记及应用

本发明涉及一种赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的snp标记及应用，属于遗传育种。

背景技术：

1、赤点石斑鱼(epinephelus akaara)在分类上隶属于鮨科(serranidae)、石斑鱼亚科(epinephelinae)、石斑鱼属(epinephelus)。赤点石斑鱼体色呈浅棕灰色，侧面与背面覆盖有红色或橙色小斑点，俗称为石斑、红斑等，为暖温性中下层鱼类，幼鱼期栖息在水深10米以内的礁区水域，成鱼常见于水深55米以内岩礁底质的底层海域，幼鱼具高度洄游性；肉食性，主要以鱼、虾、蟹类等为食；分布于西太平洋区包括中国东海、南海以及日本南部(九州和本州)、韩国南部等地区。近些年来，由于石斑鱼养殖技术的提升，以及市场需求的不断扩大，石斑鱼养殖产业快速发展。集约化的养殖模式在提升养殖密度的同时也随之带来了诸多病害，尤其是鱼类神经坏死病毒(red-spotted grouper nervous necrosis virus，rgnnv)。

2、鱼类神经坏死病毒一种直径约30-40nm的无囊膜rna病毒，为海水鱼最常见、危害严重的的传染病之一，至今已报告的受病害的鱼类有鳗鲡目(anguilliformes)、鲈形目(perciformes)、鲽形目(pleuronectiformes)、鲀形目(tetraodontiformes)中的40余种，其中感染的种类集中在石斑鱼、鲈鱼，在中国影响最大的是赤点石斑鱼以及斜带石斑鱼。鱼类神经坏死病的高发期为鱼类的幼鱼阶段，对赤点石斑鱼来说，受精卵孵化后的1-3周为发病高峰期，成活率低于10％，严重的发病率可达100％。随着近些年养殖密度的不断提高以及易感水生动物种类的增多，危害程度不断加剧。给石斑鱼养殖造成巨大的经济损失，严重威胁到石斑鱼养殖产业的健康发展。因此，急需对赤点石斑鱼进行育种，以培育出抗神经坏死病病毒的石斑鱼。

3、育种技术也在渐渐从简单的通过表型优势而提升其繁殖机会，发展到通过基因组的一些标记中选择出优秀种质的过程。分子标记辅助选择(marker-assisted selection，mas)育种是将个体在dna水平的遗传变异与数量遗传结合起来，通过变异与一些数量性状基因座(quantitative trait locus,qtl)连锁这一特征，利用这些分子标记将候选群体的目标区域或全基因组进行筛选，获得期望的亲本，从而提升育种效率的育种技术。

4、目前，现有技术中比较缺乏赤点石斑鱼抗神经坏死病毒的分子标记辅助选择选育的方法。

技术实现思路

1、本发明提供了一种赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的snp标记及应用，可以有效解决上述问题。

2、本发明是这样实现的：

3、一种赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的snp标记，包括17个snp标记，17个所述snp标记所在的核苷酸的序列如seq id no.1-seq id no.17所示。

4、一种上述的赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的snp标记在赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种中的应用。

5、作为进一步改进的，上述的应用，包括以下步骤：

6、s1，提取候选亲本赤点石斑鱼基因组dna；

7、s2，对权利要求1所述的17个snp标记进行基因分型；

8、s3，根据snp分型结果，计算基因组的育种值gebv；

9、s4，选取候选亲本gebv高的个体作为亲鱼，进行繁殖，后代即为抗神经坏死病病毒的个体。

10、作为进一步改进的，所述基因分型的方法选自全基因组重测序、snp芯片、massarray、kasp等中的一种。

11、作为进一步改进的，所述计算基因组的育种值gebv的方法为使用r语言包emmreml来计算基因组的育种值gebv。

12、作为进一步改进的，步骤s2中，至少保证15个snp标记的基因分型成功，否则，重新进行基因分型。

13、一种赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的试剂盒，包括基因组dna提取试剂和基因分型试剂。

14、本发明的有益效果是：

15、本发明利用获得的17个snp标记信息，可快速的应用于挑选具有抗神经坏死病毒病潜力的候选亲本，育种效率高，相较于传统的选育，一代就可有明显的效果，育种周期短。

技术特征：

1.一种赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的snp标记，其特征在于，包括17个snp标记，17个所述snp标记所在的核苷酸的序列如seq id no.1-seq id no.17所示。

2.一种权利要求1所述的赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的snp标记在赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述基因分型的方法选自全基因组重测序、snp芯片、massarray、kasp等中的一种。

5.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述计算基因组的育种值gebv的方法为使用r语言包emmreml来计算基因组的育种值gebv。

6.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，步骤s2中，至少保证15个snp标记的基因分型成功，否则，重新进行基因分型。

7.一种赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的试剂盒，其特征在于，包括基因组dna提取试剂和基因分型试剂。

技术总结
本发明提供了一种赤点石斑鱼抗神经坏死病病毒育种的SNP标记及应用，包括17个SNP标记，17个所述SNP标记所在的核苷酸的序列如SEQID No.1‑SEQ ID No.17所示。此SNP标记可用于赤点石斑鱼抗神经坏死病性状选育。

技术研发人员：王志勇,王卓标,方铭,郑乐云,何丽斌,葛辉
受保护的技术使用者：集美大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12