一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记和dCAPS分子标记及其应用

本发明属于作物育种，具体涉及一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的snp分子标记和dcaps分子标记及其应用。

背景技术：

1、茄子(solanum melongena l.)是茄科茄属草本植物，在世界各地广为栽培，联合国粮食及农业组织将其列为第四大蔬菜作物。

2、茄子含有丰富的营养成分，并且口感好，食用方法多样，深受广大人民群众的喜爱。目前，中国已是全球最大的茄子生产国，也是全球茄子消费大国与出口大国。而不同地域的消费人群对于茄子果实颜色有着不同的需求，其颜色的种类、深浅以及均匀程度直接影响茄子的商品价值。若要选育特定颜色的茄子品种，传统育种的方法存在种植面积大，耗费时间长等缺陷。

3、随着分子育种的发展，利用分子标记辅助选择(marker-assisted selection,mas)技术能够缩短育种年限，提高育种效率，是育种工作中的一个有力工具。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)是指在基因组水平上因单个核苷酸的转换、颠换、插入和缺失引起的dna序列变异。基于snp位点开发的衍生酶切扩增多态性(derivedcleaved amplified polymorphic sequence,dcaps)分子标记是针对酶切扩增多态性(cleaved amplified polymorphic sequence,caps)分子标记的一种改良方法。通过在snp位点附近引入错配碱基使其能够被限制性内切酶识别，具有共显性、位点特异、操作简单和成本低等优点，在品种分类和分子标记辅助育种中得到了广泛的应用。

4、然而目前还未有关于茄子颜色性状相关的snp分子标记的报道，更未有基于dcaps分子标记检测茄子果皮颜色方法的报道，这无疑阻碍了茄子育种进程，具有很高的实际应用价值。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的snp分子标记，能够快速、准确检测绿色果皮茄子品种。

2、本发明的目的还在于提供一种鉴别茄子果皮颜色的dcaps分子标记及其应用，可大大减少茄子果皮颜色鉴定的工作量，提高工作效率，加快育种进程。

3、本发明提供了一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的snp分子标记，位于茄子参考基因组cnp0000734第10号染色体上第19,558,828碱基处存在多态性位点t/c，所述t控制绿色茄子果皮，所述c控制紫色茄子果皮。

4、优选的，所述snp分子标记是在seq id no:1所示的dna片段上第25位碱基处存在多态性位点t/c。

5、本发明提供了一种基于所述snp分子标记开发的dcaps分子标记egp22363，所述dcaps分子标记egp22363由正向引物和反应引物扩增得到；

6、所述正向引物的核苷酸序列如seq id no:2所示；

7、所述反向引物的核苷酸序列如seq id no:3所示。

8、本发明提供了一种用于鉴别茄子果皮颜色的试剂盒，包括扩增所述dcaps分子标记egp22363的正向引物和反向引物以及限制性内切酶mnlⅰ。

9、优选的，所述试剂盒还包括pcr扩增混合液和酶切缓冲液。

10、本发明提供了所述snp分子标记、所述dcaps分子标记egp22363或所述试剂盒在鉴别茄子果皮颜色中的应用。

11、本发明提供了一种基于所述dcaps分子标记egp22363鉴别茄子果皮颜色的方法，包括以下步骤：

12、以待检测茄子的基因组dna为模板，用所述dcaps分子标记egp22363的扩增引物进行pcr反应，得到pcr产物；

13、将所述pcr产物经限制性内切酶mnlⅰ酶切，根据得到的酶切片段长度判断茄子果皮颜色：

14、若只检测到长度210bp的片段，判断待测茄子样本果皮颜色为紫色；

15、若检测到长度分别175bp和35bp的两个片段，判断待测茄子果皮颜色为绿色；

16、若同时检测到175bp、35bp和210bp的三个片段，判断待测茄子果皮颜色为紫色的杂合型。

17、优选的，所述pcr反应的体系为10μl，无菌去离子水3.8μl、2×hieff pcr mastermix 5μl、正向引物0.4μl、反向引物0.4μl、茄子基因dna 0.4μl。

18、优选的，所述pcr反应的体系为94℃5min；94℃30sec，52～56℃30sec，72℃1.5min，35个循环；72℃10min。

19、优选的，所述pcr产物酶切反应体系为10μl包括以下组分：pcr产物2μl、无菌去离子水6.8μl、cutsmart buffer1μl、mnlⅰ0.2μl。

20、本发明提供了一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的snp分子标记，位于茄子参考基因组cnp0000734第10号染色体上第19,558,828碱基处存在多态性位点t/c，所述t控制绿色茄子果皮，所述c控制紫色茄子果皮。本发明从绿色果皮茄子和紫色果皮茄子杂交后代f1以及f1自交后代f2为材料经高通量测序，锁定与绿色果皮茄子紧密连锁的区域和snp位点。实验筛选表明，第10号染色体上第19,558,828碱基的位点存在的多态性与茄子果皮颜色连锁性较好。且基于该位点检测果皮颜色，说明所述snp分子标记能够准确有效鉴别茄子果皮颜色，为特定果皮颜色的茄子育种提供了检测靶点。

21、本发明提供了一种基于所述snp分子标记开发的dcaps分子标记egp22363，所述dcaps分子标记egp22363由正向引物和反应引物扩增得到；所述正向引物的核苷酸序列如seq id no:2所示；所述反向引物的核苷酸序列如seq id no:3所示。基于本发明提供的dcaps分子标记egp22363检测茄子果皮颜色，准确率高达88％以上，可从苗期进行鉴定，不仅节约生产成本，而且操作简便等特点，能够对茄子果皮颜色进行有效地检测，可用于果皮颜色相关茄子的选育。

技术特征：

1.一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的snp分子标记，其特征在于，位于茄子参考基因组cnp0000734第10号染色体上第19,558,828碱基处存在多态性位点t/c，所述t控制绿色茄子果皮，所述c控制紫色茄子果皮。

2.根据权利要求1所述与茄子果皮颜色性状紧密连锁的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记是在seq id no:1所示的dna片段上第25位碱基处存在多态性位点t/c。

3.一种基于权利要求1所述snp分子标记开发的dcaps分子标记egp22363，其特征在于，所述dcaps分子标记egp22363由正向引物和反应引物扩增得到；

4.一种用于鉴别茄子果皮颜色的试剂盒，其特征在于，包括扩增权利要求3所述dcaps分子标记egp22363的正向引物和反向引物以及限制性内切酶mnlⅰ。

5.根据权利要求4所述试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括pcr扩增混合液和酶切缓冲液。

6.权利要求1或2所述snp分子标记、权利要求3所述dcaps分子标记egp22363或权利要求4所述试剂盒在鉴别茄子果皮颜色中的应用。

7.一种基于权利要求3所述dcaps分子标记egp22363鉴别茄子果皮颜色的方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.根据权利要求7所述方法，其特征在于，所述pcr反应的体系为10μl，无菌去离子水3.8μl、2×hieffpcr mastermix 5μl、正向引物0.4μl、反向引物0.4μl、茄子基因dna 0.4μl。

9.根据权利要求7所述方法，其特征在于，所述pcr反应的体系为94℃5min；94℃30sec，52～56℃30sec，72℃1.5min，35个循环；72℃10min。

10.根据权利要求7～9任意一项所述方法，其特征在于，所述pcr产物酶切反应体系为10μl包括以下组分：pcr产物2μl、无菌去离子水6.8μl、cutsmart buffer 1μl、mnlⅰ0.2μl。

技术总结
本发明提供了一种鉴别茄子果皮颜色的dCAPS分子标记及其应用，属于农作物育种。本发明提供的与控制茄子果皮的基因紧密连锁的dCAPS分子标记，位于茄子第10号染色体第19,558,828碱基处。本发明利用获得的分子标记及其特异性引物，可预测茄子果皮颜色，进而准确快速筛选绿色果皮茄子单株，从而减少工作量，降低育种成本，加快育种进程，具有很高的实际应用价值。

技术研发人员：吴雪霞,谭枫,肖凯,查丁石,张爱冬,刘晓慧
受保护的技术使用者：上海市农业科学院
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12