一种水稻萌发耐淹性QTL位点、与其紧密连锁的分子标记及应用

本发明涉及分子标记，具体涉及一种水稻萌发耐淹性qtl位点、与其紧密连锁的分子标记及应用。

背景技术：

1、传统移栽种植模式在长时间内对粮食增产、农民增收、农业发展起到了重要作用。但随着城镇化的推进，农村劳动力大幅减少，而插秧对劳动力需求大、依赖高，严重阻碍了传统移栽模式的发展。水稻直播由于具有用水量少、淹水时间短、用水效率高、便于机械化操作等优点，因此已成为一种高效、经济、节约的轻简栽培模式。然而，出苗率低是阻碍水稻直播的关键问题。水稻直播过程中由于田面不平、坑洼积水、种子淹水等，致使有氧呼吸被抑制、极易烂芽烂根烂苗，导致直播稻缺苗严重，产量下降。解决缺苗问题是促进直播发展的关键环节，而选育萌发期耐淹的水稻品种被证明是最有效的措施。

2、影响水稻萌发耐淹性的分子机制在各研究报道中虽有所不同，但越来越多的研究表明，水稻萌发耐淹性是一个多基因参与的、涉及多条信号途径的复杂过程，分子标记辅助育种技术可有效解决水稻萌发耐淹性相关基因认识不全面的问题。目前，研究人员对于水稻萌发耐淹性分子标记的研究仍较为有限。因此，需进一步深入挖掘与分析水稻萌发耐淹相关分子标记，为筛选与鉴定适宜淹水直播的水稻耐淹品种提供新的选择。

技术实现思路

1、本发明的目的在于克服现有技术的不足之处而提供一种水稻萌发耐淹性qtl位点、与其紧密连锁的分子标记及应用。

2、为实现上述目的，本发明采取的技术方案如下：

3、第一方面，本发明提供了一种水稻萌发耐淹性qtl位点，所述qtl位点位于水稻第9号染色体上，遗传距离为2.47～5.81cm，物理距离为15764145～16272145bp。

4、本发明以立糯852为母本、籼稻品种ir42为父本进行杂交，以杂交fl代连续自交、回交后得到的群体为材料，对水稻萌发耐淹性进行统计和分析，同时根据初定位的结果进行进一步的精细定位，在9号染色体上发现一个lod值为3.03主效qtl，遗传距离为2.47～5.81cm，物理距离为15764145～16272145bp。上述调控水稻萌发耐淹的主效qtl可应用于水稻品种选育，通过开发与主效qtl紧密连锁的分子标记，检测水稻品种或品系中萌发耐淹相关qtl，可加快选育水稻耐淹品种的进程。

5、第二方面，本发明提供了一种与所述的qtl位点紧密连锁的分子标记，所述分子标记为id3和/或r24421；

6、所述id3能够通过如seq id no.1和2所示的引物对扩增得到；

7、所述r24421能够通过如seq id no.3和4所示的引物对扩增得到。

8、第三方面，本发明提供了一种用于扩增所述的分子标记的引物，所述引物为seqid no.1和2和/或seq id no.3和4所示的序列。

9、第四方面，本发明提供了一种含有所述的引物的试剂或试剂盒。

10、第五方面，本发明将所述水稻萌发耐淹性qtl位点、所述的分子标记、所述的引物或所述的试剂或试剂盒在鉴定水稻萌发耐淹性状表型中应用。

11、第六方面，本发明将所述水稻萌发耐淹性qtl位点、所述的分子标记、所述的引物或所述的试剂或试剂盒在水稻耐淹种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种中应用。

12、第七方面，本发明将所述水稻萌发耐淹性qtl位点、所述的分子标记、所述的引物或所述的试剂或试剂盒在筛选或创制水稻萌发耐淹性状不同的水稻中应用。

13、第八方面，本发明将所述水稻萌发耐淹性qtl位点、所述的分子标记、所述的引物或所述的试剂或试剂盒在水稻萌发耐淹性状基因分型中应用。

14、第九方面，本发明提供了一种水稻萌发耐淹性表型的方法，包括以下步骤：

15、(1)提取待测水稻的基因组dna；

16、(2)分别采用根据所述的分子标记对所述基因组dna进行pcr扩增；

17、(3)如果采用所述id3扩增出161bp的扩增产物，或采用所述r24421扩增出86bp的扩增产物，则所述待测水稻为不耐淹水稻，否则，所述待测水稻为耐淹水稻；若条带为杂合带型则所述待测水稻介于萌发耐淹与不耐淹之间。

18、第十方面，本发明提供了一种萌发耐淹型水稻育种的方法，包括以下步骤：

19、(1)提取待测水稻的基因组dna；

20、(2)分别采用根据所述的分子标记对所述基因组dna进行pcr扩增；

21、(3)如果采用所述id3扩增出161bp的扩增产物，或采用所述r24421扩增出83bp的扩增产物，则所述待测水稻为不耐淹水稻，否则，所述待测水稻为耐淹水稻，将所述耐淹水稻应用于水稻淹水直播育种。

22、与现有技术相比，本发明的有益效果为：

23、本发明以立糯852为母本、籼稻品种ir42为父本进行杂交，以杂交fl代连续自交、回交后得到的群体为材料，对水稻萌发耐淹性进行统计和分析，同时根据初定位的结果进行进一步的精细定位，在9号染色体上发现一个lod值为3.03主效qtl，遗传距离为2.47～5.81cm，物理距离为15764145～16272145bp。本发明通过构建遗传连锁图谱和qtl分析，找到与萌发耐淹相关主效qtl紧密连锁的分子标记，利用这些分子标记对水稻后代进行筛选，可以节约成本，提高育种效率。

技术特征：

1.一种水稻萌发耐淹性qtl位点，其特征在于，所述qtl位点位于水稻第9号染色体上，遗传距离为2.47～5.81cm，物理距离为15764145～16272145bp。

2.与权利要求1所述的qtl位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记为id3和/或r24421；

3.用于扩增权利要2所述的分子标记的引物，其特征在于，所述引物为seq id no.1和2和/或seq id no.3和4所示的序列。

4.含有权利要求3所述的引物的试剂或试剂盒。

5.权利要求1所述水稻萌发耐淹性qtl位点、权利要求2所述的分子标记、权利要求3所述的引物或权利要求4所述的试剂或试剂盒在鉴定水稻萌发耐淹性状表型中的应用。

6.权利要求1所述水稻萌发耐淹性qtl位点、权利要求2所述的分子标记、权利要求3所述的引物或权利要求4所述的试剂或试剂盒在水稻耐淹种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种中的应用。

7.权利要求1所述水稻萌发耐淹性qtl位点、权利要求2所述的分子标记、权利要求3所述的引物或权利要求4所述的试剂或试剂盒在筛选或创制水稻萌发耐淹性状不同的水稻中的应用。

8.权利要求1所述水稻萌发耐淹性qtl位点、权利要求2所述的分子标记、权利要求3所述的引物或权利要求4所述的试剂或试剂盒在水稻萌发耐淹性状基因分型中的应用。

9.一种水稻萌发耐淹性表型的方法，其特征在于，包括以下步骤：

10.一种萌发耐淹型水稻育种的方法，其特征在于，包括以下步骤：

技术总结
本发明属于分子标记技术领域，公开了一种水稻萌发耐淹性QTL位点、与其紧密连锁的分子标记及应用。本发明以立糯852为母本、籼稻品种IR42为父本进行杂交，以杂交F<subgt;l</subgt;代连续自交、回交后得到的群体为材料，对水稻萌发耐淹性进行统计和分析，同时根据初定位的结果进行进一步的精细定位，在9号染色体上发现一个LOD值为3.03主效QTL，遗传距离为2.47～5.81cM，物理距离为15764145～16272145bp。上述调控水稻萌发耐淹的主效QTL可应用于水稻直播耐淹品种选育，通过开发与主效QTL紧密连锁的分子标记，检测水稻品种或品系中萌发耐淹相关QTL，可加快选育水稻耐淹品种的进程。

技术研发人员：张静,李晨,刘清,江立群,吕树伟,孙炳蕊,毛兴学,于航,陈平丽
受保护的技术使用者：广东省农业科学院水稻研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12