用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记及其应用

本发明涉及番茄耐盐，具体涉及一种用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记及其应用。

背景技术：

1、土壤盐渍化是影响番茄生长和产量的重要原因之一，盐胁迫引起的离子毒害主要是细胞中钠、钾离子比例失衡。钠元素作为盐渍土壤中的主要离子，其主要从植物根系吸收并积累在光合组织中，钠离子失衡会导致细胞毒性，从而降低植物生产力。根据联合国教科文组织和粮农组织发布的数据，在全球范围内，盐碱地总面积为9.5438公顷，其中我国为9913万公顷，大约占世界盐碱地总面积的十分之一，因此，创建能够适应盐渍化土壤的耐盐种质资源，选育耐盐新品种，提高盐渍化土壤中番茄的产量，对于促进可持续发展具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明通过全基因组关联分析鉴定到与番茄耐盐性相关的遗传位点indel_18和indel_6，通过分析发现这两个indel位于七号染色体的最强关联信号中包括钾离子转运家族成员slhkt1；1和slhkt1；2，参与番茄耐盐胁迫位点，进一步研发发现sl2.50ch07：5101860的indel 6位点为耐盐的主要功能位点。本发明的目的之一在于保护上述用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记，具体为sl2.50ch07：5101860处6bp的缺失或sl2.50ch07：5090520处18bp的缺失。

2、该分子标记为番茄耐盐相关的共显性标记，可以区分材料在耐盐相关indel位点是否为纯和，此外，该分子标记不需要酶切，只需要一次pcr反应和凝胶电泳就可以鉴定番茄植株是否具有耐盐抗性，利用该标记可以有效筛选当前番茄资源中的耐盐资源，同时可以结合常规育种手段将番茄耐盐主效控制基因快速准确地导入到优良番茄亲本中，创建能够适应盐渍化土壤的耐盐种质资源，选育耐盐新品种，提高盐渍化土壤中番茄的产量。

3、本发明的目的之二还在于保护用于扩增上述分子标记的引物。

4、作为一种优选的实施方式，所述引物至少包括如seq id no.3所示的正向外引物，如seq id no.4所示的反向外引物，如seq id no.5所示的正向内引物，如seq id no.6所示反向内引物。

5、本发明的目的之三还在于保护一种鉴定番茄耐盐基因型的试剂盒，包括上述的引物。

6、本发明的目的之四还在于保护一种用于鉴定番茄耐盐基因型的方法，包括以下步骤：提取待测番茄样本的总dna，以待测番茄的总dna为模板，以序列如seq id no.3～6所示的引物进行扩增，根据扩增片段的长度进行判定；其中，扩增出486bp和191bp大小带型的为耐盐基因型，扩增出480bp和332bp大小带型的为不耐盐基因型，同时扩增出191bp和332bp的为杂合基因型。

7、作为一种优选的实施方式，扩增时的体系为：2*tag mix 9.6μl、外引物各0.4μl、内引物各0.6μl、dna模板1μl、ddh2o 7.4μl。

8、作为一种优选的实施方式，扩增时的程序为：94℃预变性3min，94℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s进行39个循环，72℃延伸5min，冷却至15℃。

9、本发明的目的还在于保护上述分子标记、引物在鉴定番茄耐盐基因型中的应用。

10、本发明的目的还在于保护上述分子标记、引物在选育耐盐番茄品种中的应用。

11、发明的目的还在于保护上述分子标记、引物在培育耐盐番茄中的应用。

技术特征：

1.用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记，其特征在于，所述分子标记为sl2.50ch07：5101860处6bp的缺失或sl2.50ch07：5090520处18bp的缺失。

2.用于扩增权利要求1所述的分子标记的引物。

3.根据权利要求2所述的引物，其特征在于，所述引物至少包括如seq id no.3所示的正向外引物，如seq id no.4所示的反向外引物，如seq idno.5所示的正向内引物，如seqid no.6所示的反向内引物。

4.一种鉴定番茄耐盐基因型的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2或3所述的引物。

5.一种用于鉴定番茄耐盐基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：

6.根据权利要求5所述的用于鉴定番茄耐盐基因型的方法，其特征在于，扩增时的体系为：2*tag mix 9.6μl、外引物各0.4μl、内引物各0.6μl、dna模板1μl、ddh2o 7.4μl。

7.根据权利要求5所述的用于鉴定番茄耐盐基因型的方法，其特征在于，扩增时的程序为：94℃预变性3min，94℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s进行39个循环，72℃延伸5min，冷却至15℃。

8.权利要求1所述的分子标记、权利要求2或3所述的引物在鉴定番茄耐盐基因型中的应用。

9.权利要求1所述的分子标记、权利要求2或3所述的引物在选育耐盐番茄品种中的应用。

10.权利要求1所述的分子标记、权利要求2或3所述的引物在培育耐盐番茄中的应用。

技术总结
本发明涉及番茄耐盐技术领域，具体涉及一种用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记及其应用。该分子标记为SL2.50ch07：5101860处6bp的缺失或SL2.50ch07：5090520处18bp的缺失。其中SL2.50ch07：5101860处6bp的缺失为耐盐的主效位点，该分子标记为番茄耐盐相关的共显性标记，可以用于区分材料在耐盐相关InDel位点是否为纯合，不需要酶切，只需要一次PCR反应和凝胶电泳就可以鉴定番茄植株的耐盐抗性，能够有效的辅助番茄耐盐种质资源的选育。

技术研发人员：叶杰,徐琴,王嘉颖,张曼楠,叶志彪,张俊红,张余洋,卢永恩
受保护的技术使用者：华中农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12