一种用于鉴定柑橘品种的SV标记及其应用

本发明涉及柑橘育种领域，更特别地，涉及一种用于鉴定柑橘品种的sv标记及其应用。

背景技术：

1、柑橘属于芸香科，是对柑橘属及其近缘植物的总称，热带、亚热带栽培的常绿果树，主要包括橘(citrus ret i cu l ata b l anco)、橙(c itrus s i nens i sosbeck)、柚(citrus grand i s osbeck)和柠檬(citrus l imon osbeck)等。

2、我国是柑橘生产大国，柑橘种植面积和总产量均居于世界第一位。近几十年来我国柑橘产业规模迅猛发展，到2019年我国柑橘总产量已达到4584.5万吨。

3、在生产上，柑橘品种繁多，目前我国已保存有1753份柑橘品种资源。柑橘的多胚特性严重妨碍了杂交育种工作，因此柑橘杂交新品种主要选择少数单胚品种作为母本，如‘克里曼丁橘’、‘清见’和‘王柑’，导致很多新的柑橘品种在植物形态上差别，难以区分。因此，开发能够鉴定不同柑橘品种的分子标记，构建柑橘品种的分子身份证，对柑橘苗木纯度鉴定和分子标记辅助育种具有重要的实际应用价值。

4、传统的rflp、rapd、ssr和aflp分子标记数目较少且检测难度大，snp分子标记开发成本和检测成本高昂。因此，需要一种新的方法和标志用于鉴定和标记柑橘品种。

技术实现思路

1、为解决以上问题，本发明提供了一种用于鉴定柑橘品种的结构变异标记组合，其特征在于，包括分别位于1-9号染色体上9个结构变异位点，参考序列分别如seq i d no:1-9所示。

2、本发明还提供了一种鉴定柑橘品种的方法，包括检测上述9个结构变异标记组合对应的pcr扩增产物的步骤。

3、在一个具体实施方案中，用于扩增所述9个结构变异位点引物对分别为引物对1-9，序列分别如seq i d no:10和11、12和13、14和15、16和17、18和19、20和21、22和23、24和25、26和27所示。

4、在一个具体实施方案中，所述方法包括以下步骤：

5、s1：从所述柑橘品种提取基因组dna；

6、s2：使用所述引物对分别对所述基因组dna进行pcr扩增，得到9份pcr扩增产物；

7、s3：将所述9份pcr扩增产物分别进行电泳观察带型；

8、s4：根据电泳带型分别对9份pcr扩增产物进行赋值并依次排列，组合成品种编码，所述品种编码即可作为所述柑橘品种的鉴定标记。

9、在一个具体实施方案中，s4中，通过以下方法进行赋值：

10、当扩增产物中仅含a带时赋值0，仅含b带时赋值1，含有a带和b带时赋值2，既不含a带又不含b带时赋值x；

11、其中，引物对1对应的a带大小为383bp，b带大小为443bp；

12、引物对2对应的a带大小为379bp，b带大小为459bp；

13、引物对3对应的a带大小为366bp，b带大小为445bp；

14、引物对4对应的a带大小为321bp，b带大小为398bp；

15、引物对5对应的a带大小为346bp，b带大小为414bp；

16、引物对6对应的a带大小为332bp，b带大小为395bp；

17、引物对7对应的a带大小为400bp，b带大小为533bp；

18、引物对8对应的a带大小为358bp，b带大小为402bp；

19、引物对9对应的a带大小为383bp，b带大小为443bp。

20、在一个具体实施方案中，所述柑橘品种选自：甜口、甜口-脱毒、清峰、大果锦橙、改良橙、阳香、乳橘、兴春椪柑、福本脐橙、p420527032、路德红夏橙、麻坡橘柚、卡里佐枳橙、改良橙-脱毒、金水橘×桃叶橙、无核本地早、大果无核椪柑、qj07-5、文旦柚、龟井、明日见、清见×金水柑、金水橘×砂糖橘、爱媛30号。

21、本发明还提供了上述结构变异标记组合在鉴定柑橘杂交后代中的应用。

22、在一个具体实施方案中，所述待鉴定的柑橘杂交后代为以下品种中的一种或多种的杂交后代：甜口、甜口-脱毒、清峰、大果锦橙、改良橙、阳香、乳橘、兴春椪柑、福本脐橙、p420527032、路德红夏橙、麻坡橘柚、卡里佐枳橙、改良橙-脱毒、金水橘×桃叶橙、无核本地早、大果无核椪柑、qj07-5、文旦柚、龟井、明日见、清见×金水柑、金水橘×砂糖橘、爱媛30号

23、本发明开发的基于大片段的结构变异(sv)的分子标记组合，并利用特定的赋值规则给相应的检测结果进行赋值，用于构建柑橘分子身份证，可有效区分不同的柑橘品种，以及用于辅助杂交育种。本发明的方法采用普通琼脂糖凝胶即可完成检测，操作简便，成本低廉，检测效率高。

技术特征：

1.一种用于鉴定柑橘品种的结构变异标记组合，其特征在于，包括分别位于1-9号染色体上9个结构变异位点，参考序列分别如seq id no:1-9所示。

2.一种鉴定柑橘品种的方法，其特征在于，包括检测权利要求1所述的9个结构变异标记组合对应的pcr扩增产物的步骤。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，用于扩增所述9个结构变异位点引物对分别为引物对1-9，序列分别如seq id no:10和11、12和13、14和15、16和17、18和19、20和21、22和23、24和25、26和27所示。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，s4中，通过以下方法进行赋值：

6.根据权利要求2-5中任一项所述的方法，其特征在于，所述柑橘品种选自：甜口、甜口-脱毒、清峰、大果锦橙、改良橙、阳香、乳橘、兴春椪柑、福本脐橙、p420527032、路德红夏橙、麻坡橘柚、卡里佐枳橙、改良橙-脱毒、金水橘×桃叶橙、无核本地早、大果无核椪柑、qj07-5、文旦柚、龟井、明日见、清见×金水柑、金水橘×砂糖橘、爱媛30号。

7.权利要求1所述的结构变异标记组合在鉴定柑橘杂交后代中的应用。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述待鉴定的柑橘杂交后代为以下品种中的一种或多种的杂交后代：甜口、甜口-脱毒、清峰、大果锦橙、改良橙、阳香、乳橘、兴春椪柑、福本脐橙、p420527032、路德红夏橙、麻坡橘柚、卡里佐枳橙、改良橙-脱毒、金水橘×桃叶橙、无核本地早、大果无核椪柑、qj07-5、文旦柚、龟井、明日见、清见×金水柑、金水橘×砂糖橘、爱媛30号。

技术总结
本发明涉及一种用于鉴定柑橘品种的结构变异标记组合，包括分别位于1‑9号染色体上9个结构变异位点，参考序列分别如SEQ ID NO:1‑9所示，还涉及使用上述结构变异标记组合鉴定柑橘品种的方法。本发明开发的基于大片段的结构变异的分子标记组合，并利用特定的赋值规则给相应的检测结果进行赋值，用于构建柑橘分子身份证，可有效区分不同的柑橘品种，以及用于辅助杂交育种。本发明的方法采用普通琼脂糖凝胶即可完成检测，操作简便，成本低廉，检测效率高。

技术研发人员：宋放,吴黎明,潘莹安,蒋迎春,何利刚,王策,王志静,马小方
受保护的技术使用者：湖北省农业科学院果树茶叶研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12