猪PLXNA2基因中SNP分子标记在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用

本发明涉及猪分子标记，具体涉及一种猪plxna2基因中snp分子标记在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用。

背景技术：

1、公猪作为种猪群的重要组成部分，在整个养猪产业中占据重要地位。在实际生产中，公猪精液品质的高低直接影响母猪产仔数和情期受胎率，从而影响猪场的养猪生产水平和经济效益。种公猪的精液品质性状主要有精液体积、精子密度、精子活力和精子畸形率等。在养猪生产中，种公猪的精液品质不良是养猪业中普遍存在的问题，给养猪生产造成了一定的损失。因此，寻找控制公猪精液品质性状的关键分子遗传标记，并将其用于分子标记辅助育种，对提高公猪的繁殖性能，增加猪场的经济效益具有重要意义。

2、单核苷酸多态性(snp)被称为“第三代dna分子标记”，在基因组水平上由于单个核苷酸的改变而引起的dna序列的多态性变化，具体是指单个碱基在dna序列中的变异。这些变异已被证明在不同程度上影响基因的表达和功能，进而对个体的生理特征、疾病易感性和药物反应等方面产生影响。

3、神经丛蛋白a2(plexin a2，plxna2)作为鸟苷三磷酸酶激活蛋白发挥作用，参与调节整合素介导的细胞骨架动力学、细胞粘附以及丝裂原活化蛋白激酶和erk信号传导，进而参与骨稳态、肾损伤、血管发育和免疫调节。

4、然而，plxna2基因对公猪繁殖性状的影响还未见报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于克服上述现有技术的不足，提供一种猪plxna2基因中snp分子标记在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用，本发明发掘了plxna2基因下游区域中的一个snp与公猪繁殖性状关联，可作为公猪繁殖性状筛选和猪选育的分子标记。

2、第一方面，本发明提供了一种应用于公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的猪snp分子标记，所述繁殖性状为精子密度、精子活力和有效密度性状；所述分子标记位于猪plxna2基因下游区域中，其核苷酸序列如序列表seq id no.1所示，在该序列的第472bp处存在一处g472-c472碱基突变。

3、进一步的，序列seq id no.1中第472bp处的g或c碱基多态性位点，表现为gg、gc或cc三种基因型，其中g等位基因为优势等位基因。

4、第二方面，本发明提供了一种如第一方面所述的snp分子标记在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用。

5、第三方面，本发明提供了一种用于扩增如第一方面所述的分子标记的引物对，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物的核苷酸序列如seqid no.3所示。

6、第四方面，本发明提供了一种如第三方面所述的引物对在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用。

7、第五方面，本发明提供了一种利用如第一方面所述的应用于公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的猪snp分子标记进行快速选育的试剂盒，包含如第三方面所述的引物对。

8、第六方面，本发明提供了一种公猪繁殖性状筛选和/或猪育种的方法，包括以下步骤：

9、s1、提取公猪的基因组dna；

10、s2、以步骤s1得到的基因组dna作为模板，采用如权利要求4所述的引物对进行pcr扩增，得到如权利要求1所述的分子标记并纯化；

11、s3、对步骤s2纯化后的分子标记进行测序分析，保留该序列第472bp处携带有g等位基因的个体，淘汰携带有c等位基因的个体。

12、进一步的，步骤s1中，从待测公猪的耳缘组织中提取基因组dna。

13、进一步的，步骤s2中，pcr反应体系50μl，体系中各组分为：基因组dna 100ng、pcrmix 25μl、上游引物和下游引物各1μl、加ddh2o补至总体积50μl；pcr的运行程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，57℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。

14、与现有技术相比，本发明的有益效果包括：本发明首次发掘了猪plxna2基因下游区域中的一个snp分子标记与公猪的精液品质性状，具体为精子密度、精子活力和有效密度性状相关，因此可将该分子标记用于筛选公猪精液品质性状和选育，即提供了猪plxna2基因下游区域中一个snp分子标记在公猪精液品质性状的标记辅助育种的新用途，实现了对公猪精液品质性状的早期筛选，筛选方法简单快速。

技术特征：

1.一种应用于公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的猪snp分子标记，其特征在于，所述繁殖性状为精子密度、精子活力和有效密度性状；所述分子标记位于猪plxna2基因下游区域中，其核苷酸序列如序列表seq id no.1所示，在该序列的第472bp处存在一处g472-c472碱基突变。

2.根据权利要求1所述的应用于公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的猪snp分子标记，其特征在于，序列seq id no.1中第472bp处的g或c碱基多态性位点，表现为gg、gc或cc三种基因型，其中g等位基因为优势等位基因。

3.如权利要求1或2任一项所述的snp分子标记在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用。

4.一种用于扩增如权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。

5.如权利要求4所述的引物对在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用。

6.一种利用如权利要求1所述的应用于公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的猪snp分子标记进行快速选育的试剂盒，其特征在于，包含如权利要求4所述的引物对。

7.一种公猪繁殖性状筛选和/或猪育种的方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.根据权利要求7所述的公猪繁殖性状筛选和/或猪育种的方法，其特征在于，步骤s1中，从待测公猪的耳缘组织中提取基因组dna。

9.根据权利要求7所述的公猪繁殖性状筛选和/或猪育种的方法，其特征在于，步骤s2中，pcr反应体系50μl，体系中各组分为：基因组dna100ng、pcr mix 25μl、上下游引物各1μl、加ddh2o补至总体积50μl；

技术总结
本发明公开了一种猪PLXNA2基因中SNP分子标记在公猪繁殖性状筛选和/或猪育种中的应用，涉及猪分子标记技术领域。所述公猪繁殖性状为精子密度、精子活力和有效密度；所述分子标记位于猪PLXNA2基因下游区域中，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第472bp处存在一处G472‑C472碱基突变。本发明还提供了一种用于扩增上述分子标记的引物对以及利用上述分子标记进行猪繁殖性状筛选和/或猪育种的方法。本发明首次发掘了猪PLXNA2基因中的一个SNP分子标记与公猪的精子密度、精子活力和有效密度性状相关，因此可用于猪标记辅助选择育种，即提供了猪PLXNA2基因中一个SNP分子标记在公猪繁殖性状的标记辅助育种的新用途，实现了对公猪繁殖性状的早期筛选，筛选方法简单快速。

技术研发人员：冯越,雷润雨,张宇,梅书棋,彭先文,吴俊静,乔木,周佳伟,徐忠,李梓芃,孙华,李良华,赵海忠,宋忠旭
受保护的技术使用者：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16