与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对及其应用的制作方法

本发明涉及花鲈snp标记及其应用，具体涉及与花鲈生长性状相关的snp标记引物对及其应用。

背景技术：

1、花鲈(lateolabrax maculatus)隶属于鲈形目(perciformes)鮨科(serranidae)花鲈属(lateolabrax)，是我国产量位居前列的海水养殖经济鱼类。我国花鲈人工养殖过程中，由于长期近亲繁殖，导致群体遗传多样性显著降低，种质退化严重，对我国花鲈主养区养殖产业形成严峻挑战。

2、由于花鲈从幼鱼到性成熟需要3-4年，采用传统选择育种技术需要10年以上才能取得显著遗传进展，而结合现代基因组学信息、分子标记辅助选育、多性状复合选育等技术，可提高育种进程和育种效率。

3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，其具有覆盖率高，易于基因分型等优点，目前已被广泛应用。将遗传标记与生长性状相关联，从而实现在dna水平上进行育种，可实现在早期鉴定出具有优良性状的个体，筛选出优良的后备亲本，缩短育种周期，加快育种进程。

4、胰岛素样生长因子3(insulin-like growth factor 3,igf3)是一种新型生长因子，胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor,igfs)家族是一类具有促进生长作用的多肽物质，已被证明在生物体各种生理过程中具有重要的作用，且参与调控细胞的存活、分化、迁移以及细胞增殖的过程。igfs家族通过内分泌、旁分泌或自分泌机制介导垂体生长激素(gh)的生长促进作用。igf3基因为硬骨鱼类所特有。在整个胚胎发育过程中都可以检测到igf3基因的表达，igf3基因在鱼类胚胎体轴发育过程中发挥重要作用。研究显示，igf3同其同源基因igf1和igf2一样，均由igf1受体(igf-1r)识别，进而调控下游通路基因，调控生物体生长发育过程。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与花鲈生长性状相关的snp标记及其应用，该分子标记可作为花鲈生长性状的可靠标记，便于进行早期选择，从而缩短世代间隔，提高选择强度，提高选育效率和准确性。

2、本发明提供了一种与花鲈生长性状相关的snp标记引物对。

3、具体地，与花鲈生长性状相关的snp标记引物对，至少包括用于扩增以下s1至s4位点任一个的引物对：

4、s1位于igf3基因上第2990位，碱基为c或t；

5、s2位于igf3基因上第3037位，碱基为a或g；

6、s3位于igf3基因上第3303位，碱基为c或g；

7、s4位于igf3基因上第3602位，碱基为g或a。

8、各所述snp位点引物组对应的核苷酸序列为：

9、s1和s2位点的引物对：

10、f：aacaggtggtcataagtgg；

11、r：ggtctggttacggtgc。

12、s3和s4位点的引物对：

13、f：catgtctgtacccaaaacac；

14、r：aatgcatctcatggttactcc。

15、本发明的目的之二在于提供包含上述snp引物对的试剂盒。

16、本发明的目的之三涉及snp引物对或试剂盒在判断花鲈生长性状中的应用。

17、本发明的目的之四提供判断花鲈生长性状的方法。

18、发明人发现，s1、s2、s3和s4位点在所测群体中存在3种双倍型：ccggggcc，ccgaggcc和ctggcgcc基因型，分别命名为d1，d2，d3。发明人研究发现双倍型d2基因型，即ccgaggcc基因型个体在体重、体宽、体高、头长四个指标均显著大于其他基因型花鲈个体。进而可以利用本发明snp位点，筛选ccgaggc基因型的个体，便可快速获得生长速度快的花鲈品种。

19、具体地，判断花鲈生长性状的方法，包括以下步骤：

20、(1)提取花鲈的基因组dna，

21、(2)以花鲈的基因组dna为模板，进行pcr扩增，检测第2990位s1位点、第3037位s2位点、第3303位s3位点和第3602位s4位点的基因型是否为ccgaggcc；

22、pcr扩增使用的引物对如下：

23、s1和s2的引物对：

24、f：aacaggtggtcataagtgg；

25、r：ggtctggttacggtgc；

26、s3和s4的引物组：

27、f：catgtctgtacccaaaacac；

28、r：aatgcatctcatggttactcc。

29、有益效果

30、(1)本发明大大降低花鲈亲本筛选的盲目性，可以快速获得生长速度快的花鲈个体，同时淘汰掉生长速度慢的花鲈个体。

31、(2)本发明筛选快速生长花鲈亲本的方法既保证了检测结果的可靠性，又无需繁琐操作进行测序分析，提高了处理效率和精确性，建立了有效地鉴定具有优良生长性状的亲本。该方法与传统的方法相比，具有目的性强，作用效果直接的优点，且操作简单、检测快速、检测成本低，便于广泛推广使用。

技术特征：

1.一种与花鲈生长性状相关的snp标记引物对，其特征是，至少包括用于扩增以下s1至s4位点任一个的引物对：

2.根据权利要求1所述的与花鲈生长性状相关的snp标记引物对，其特征是，扩增所述s1和s2位点的引物对为：

3.包含权利要求1或2所述的snp引物对的试剂盒。

4.权利要求1或2所述的snp引物对在判断花鲈生长性状中的应用。

5.权利要求3所述的试剂盒在判断花鲈生长性状中的应用。

6.判断花鲈生长性状的方法，其特征是，包括以下步骤：

技术总结
本发明公开了一种与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记引物对至少包括用于扩增以下S1至S4位点任一个的引物对：S1位于igf3基因上第2990位，S2位于igf3基因上第3037位，S3位于igf3基因上第3303位，S4位于igf3基因上第3602位。其中，扩增所述S1和S2位点的引物对为：F：AACAGGTGGTCATAAGTGG；R：GGTCTGGTTACGGTGC。扩增所述S3和S4位点的引物对为：F：CATGTCTGTACCCAAAACAC；R：AATGCATCTCATGGTTACTCC。本发明大大降低花鲈亲本筛选的盲目性，可以快速获得生长速度快的花鲈个体，同时淘汰掉生长速度慢的花鲈个体。

技术研发人员：邱丽华,张博,陶欣,闫路路,王鹏飞,赵超,张博
受保护的技术使用者：中国水产科学研究院南海水产研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15