一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用与流程

本发明属于分子生物学分子标记领域，特别涉及一种鉴别云南西北部产金荞麦的snp分子标记组合及其方法与应用。

背景技术：

1、金荞麦为蓼科植物金荞麦的干燥根茎，金荞麦又叫野荞麦、天荞麦、开金锁、野荞麦根，金荞麦有清热解毒、散风化痰、活血散淤、健脾利湿的功效，金荞麦有治疗咽喉肿痛、肺热咳嗽、肺痈痰臭、风湿痹痛、肺脓疡、痢疾的作用。

2、不同产地的金荞麦的药效质量差异较大。具体到云南产地，云南中部地区（包括昆明、曲靖、玉溪等地）产的金荞麦总黄酮含量高；云南西北部地区（包括怒江、迪庆、楚雄等地）产的金荞麦含量较低，基本不合格；云南南部地区（包括文山州、红河州等地）产的金荞麦茎秆绿色，老茎稍红，含量中等，部分地区含量合格。药材的“道地性”是由于各个地区生态环境差异导致药材的药效不同，特定的地理气候种植的特定的药材，才能更好地发挥药效，也是道地药材的精髓。

3、金荞麦产地的鉴别一直是金荞麦物种鉴定的技术难点，也是当前中药资源产业面临的行业难题。当前金荞麦产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强。

技术实现思路

1、针对上述问题，本发明提供了一种鉴别云南西北部产金荞麦的snp分子标记组合及其方法与应用。

2、本发明首先提供一种鉴别云南西北部产金荞麦的snp分子标记组合，所述分子标记组合包括40个snp分子标记，所述40个snp分子标记的核苷酸序列如本申请中seq idno.1-no.40所示。

3、进一步地，所述snp分子标记组合的40个snp分子标记在染色体上的位置及碱基情况如下所示：

4、

5、其次，本发明提供一种利用鉴别云南西北部产金荞麦的snp分子标记组合鉴别金荞麦产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

6、获取待测样本dna；

7、对待测样本dna进行建库测序，获得样本dna测序数据；

8、对所述样本dna测序数据进行质控，获得样本dna质控数据；

9、将所述样本dna质控数据的序列与参考序列进行比对、去重后，进行snp检测得到所述待测样本snp基因型；

10、将相同基因组位置处的待测样本snp基因型与前述云南西北部产金荞麦的snp分子标记组合进行比对，判断所述待测样本是否有与所述云南西北部产金荞麦的snp分子标记seq id no.1- seq id no.20相同的19-20个snp分子标记，同时判断所述待测样本是否没有与所述云南西北部产金荞麦的snp分子标记seq id no.21- seq id no.40相同的19-20个snp分子标记；

11、若两次判断结果均为是，则判断待测样本为云南西北部产地金荞麦；若任一次判断结果为否，则所述待测样本为非云南西北部产地金荞麦。

12、进一步地，所述的测序之前还包括检测待测样本是否合格，所述样本dna的测序采用高通量测序。

13、进一步地，所述对所述样本dna测序数据进行质控包括：

14、对所述样本dna测序数据的原始reads进行过滤；

15、所述过滤规则包括：

16、去掉含有接头序列的reads；

17、去掉reads中n的比例大于10%的reads；

18、去掉测序质量低于20的碱基数量比例大于40%的reads。

19、进一步地，将所述样本dna质控数据的序列与参考序列进行比对、去重以及snp检测得到所述待测样本snp基因型包括：

20、以来自公共数据库的金荞麦基因组作为参考序列，利用比对软件进行序列比对，获得bam文件；

21、利用排序软件对所述bam文件进行排序，并移除重复序列；

22、利用基因分型软件处理排序去pcr重复序列和碱基质量值校正的bam文件，然后获得待测样本初步snp基因型；

23、利用“qual100&&fs10&&mq40”参数提高所述样本初步snp基因型的准确率，得到待测样本snp基因型。

24、本发明还提供一种利用上述snp分子标记组合在鉴别云南西北部产金荞麦中的应用。

25、本发明还提供一种含上述的snp分子标记组合的基因芯片或试剂盒。

技术特征：

1.一种鉴别云南西北部产金荞麦的snp分子标记组合，其特征在于，所述分子标记包括40个snp分子标记，所述40个snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.1-seq id no.40所示。

2.根据权利要求1所述的snp分子标记组合，其特征在于，所述40个snp分子标记在染色体上的位置及碱基情况如下所示：

3.一种利用权利要求1或2所述的snp分子标记组合鉴别金荞麦产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

4.根据权利要求3所述的鉴别金荞麦产地的方法，其特征进一步在于，所述的测序之前还包括检测待测样本是否合格；所述测序采用高通量测序。

5.根据权利要求3所述的鉴别金荞麦产地的方法，其特征进一步在于，所述对样本dna测序数据进行质控包括：

6.根据权利要求3所述的鉴别金荞麦产地的方法，其特征进一步在于，所述将样本dna质控数据的序列与参考序列进行比对、去重，进行snp检测得到所述待测样本snp基因型包括：

7.权利要求1或2的snp分子标记组合在鉴别云南西北部产金荞麦中的应用。

8.一种含权利要求1或2所述的snp分子标记组合的基因芯片或试剂盒。

技术总结
本发明属于分子生物学分子标记领域，涉及一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用，所述分子标记组合包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑SEQ ID No.40所示。本发明的鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用，采用基因组学技术，在金荞麦基因组层面获得SNP标记，能够快速准确确定所检测的金荞麦产地是否为云南西北部产地。

技术研发人员：王继永,郑司浩,李鹏英,刘美娟,赵莎,曾燕,李进瞳,林晖才,吴章艳,简建波
受保护的技术使用者：中国中药有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/14