与马头山羊多羔性状相关的SNP标记的用途

本发明涉及动物分子标记，具体涉及一种与马头山羊多羔性状相关的snp标记的用途。

背景技术：

1、马头山羊具有性格温顺、合群性强、抗病性强、生长速度快、肉用性能好等优良特性。然而，繁殖母羊存栏量不足、饲养成本高、养殖模式落后等因素使得马头山羊生产不能完全满足消费快速增长的需要，提高母羊的繁殖效率以及优质群体的存栏量是促进马头山羊养殖提质增效的关键。产羔数是衡量母羊繁殖性能的重要指标之一，由于多羔性状是受多基因调控的复杂性状，其遗传力相对较低，以表型为基础的传统育种方法无法在短时间内提高产羔数，且其准确性是基于山羊每个世代大量表型数据，这在一定程度上限制了马头山羊品种选育的进展和准确性。

2、虽然分子育种技术和分子标记辅助选择为畜禽育种开辟了全新快速的道路，但是目前很少有关于山羊多羔性状候选基因的报道，关于马头山羊多羔性状候选基因的报道更少，因此，通过分子辅助标记技术对马头山羊实施早期选择的手段匮乏。

技术实现思路

1、申请人发现apoe基因(见seqno.1)遗传变异对马头山羊产羔数有着一定的影响，进一步探究发现，apoe基因内含子4上的g.1489c>a位点与马头山羊产羔数显著相关，基于此，提供一种与马头山羊多羔性状相关的snp标记的用途。

2、第一方面，本发明提供snp标记在辅助鉴定马头山羊多羔性状中的用途，该snp标记位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处，为apoe基因内含子4上的g.1489c>a位点。cc基因型或ac基因型的马头山羊个体的产羔数显著高于aa基因型。

3、该snp标记丰富了山羊育种的分子标记遗传资源库，将其单独或与其他与马头山羊个体多羔性状相关的snp标记联用来对马头山羊多羔性状进行鉴定，提高了鉴定结果的准确性。

4、第二方面，本发明提供用于检测snp标记的试剂盒在辅助鉴定马头山羊多羔性状或选育具有多羔性状的马头山羊中的用途，该试剂盒含有引物对：

5、上游引物f：5’-ttaggatgttgctgggagcg-3’(见seqno.2)，

6、下游引物r：5’-gtgttggtgatggggacaga-3’(见seqno.3)；

7、该snp标记位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处。

8、该试剂盒中的引物对是针对18号染色体第53695869-53696787bp区间设计，包含了snp标记，可以扩增含snp标记的片段，提高待测物中snp标记的浓度。

9、第三方面，本发明提供一种鉴定马头山羊多羔性状的方法，包括：

10、提取待测马头山羊的基因组dna；

11、以待测马头山羊的基因组dna为模板进行扩增；

12、对扩增产物测序，确定snp标记的基因型；snp标记位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处；

13、根据snp标记的基因型预测马头山羊个体多羔性状。

14、在本发明提供的一些实施方式中，以待测马头山羊的基因组dna为模板进行扩增包括：

15、利用引物对将待测马头山羊的基因组dna进行pcr扩增，以获得pcr扩增产物；

16、引物对的上游引物为f：5’-ttaggatgttgctgggagcg-3’，

17、引物对的下游引物为r：5’-gtgttggtgatggggacaga-3’。

18、在本发明提供的一些实施方式中，根据snp标记的基因型确定马头山羊个体的多羔性状包括：

19、若此snp标记的基因型为cc基因型或ac基因型，则该马头山羊个体具有多羔性状；

20、若此snp标记的基因型为aa基因型，则该马头山羊个体不具有多羔性状。

21、第四方面，本发明提供一种选育具有多羔性状的马头山羊的方法，对待测马头山羊的snp标记进行检测，选择目标基因型的个体用于培育具有多羔性状的优势品种；

22、其中：该snp标记位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处。

23、在本发明提供的一些实施方式中，目标基因型最优为cc基因型，次优为ac基因型。

24、在本发明提供的一些实施方式中，包括以下步骤：

25、提取待测马头山羊的基因组dna；

26、以待测马头山羊的基因组dna为模板进行扩增反应；

27、对扩增产物测序，确定snp标记的基因型；snp标记位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处；

28、选择目标基因型的个体用于培育具有多羔性状的优势品种。

29、在本发明提供的一些实施方式中，以待测马头山羊的基因组dna为模板进行扩增包括：

30、利用引物对将待测马头山羊的基因组dna进行pcr扩增，以获得pcr扩增产物；

31、引物对的上游引物为f：5’-ttaggatgttgctgggagcg-3’，

32、引物对的下游引物为r：5’-gtgttggtgatggggacaga-3’。

33、本发明具有以下有益效果：

34、本发明利用位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处的snp标记，即apoe基因内含子4上的g.1489c>a位点对马头山羊进行多羔性状鉴定和多羔母羊选育，提高了多羔性状鉴定结果的准确性，使得母羊单胎平均产羔数量增加60％以上，育种成本降低，有利于加速建立马头山羊高繁群体。

技术特征：

1.snp标记在辅助鉴定马头山羊多羔性状中的用途，其特征在于：所述snp标记位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处。

2.根据权利要求1所述的snp标记在辅助鉴定马头山羊多羔性状中的用途，其特征在于：cc基因型或ac基因型的马头山羊个体的产羔数显著高于aa基因型。

3.用于检测snp标记的试剂盒在辅助鉴定马头山羊多羔性状中的用途，其特征在于：所述试剂盒含有引物对：

4.一种鉴定马头山羊多羔性状的方法，其特征在于，包括：

5.根据权利要求4所述的鉴定马头山羊多羔性状的方法，其特征在于：所述以待测马头山羊的基因组dna为模板进行扩增包括：

6.根据权利要求4所述的鉴定马头山羊多羔性状的方法，其特征在于：所述根据snp标记的基因型确定马头山羊个体的多羔性状包括：

7.一种选育具有多羔性状的马头山羊的方法，其特征在于：对待测马头山羊的snp标记进行检测，选择目标基因型的个体用于培育具有多羔性状的优势品种；

8.根据权利要求7所述的选育马头山羊的方法，其特征在于：所述目标基因型为cc基因型或ac基因型。

9.根据权利要求7所述的选育具有多羔性状的马头山羊的方法，其特征在于，包括以下步骤：

10.根据权利要求8所述的选育马头山羊的方法，其特征在于：所述以待测马头山羊的基因组dna为模板进行扩增包括：

技术总结
本发明提供一种与马头山羊多羔性状相关的SNP标记的用途，包括SNP标记及用于检测SNP标记的试剂盒在辅助鉴定马头山羊多羔性状或选育具有多羔性状的马头山羊中的用途，该SNP标记位于马头山羊18号染色体上第53696339bp处，为APOE基因内含子4上的g.1489C>A位点，该位点CC基因型或AC基因型的马头山羊个体的产羔数显著高于AA基因型。该SNP标记的使用提高了多羔性状鉴定结果的准确性，用其选育马头山羊，使得母羊单胎平均产羔数量增加60％以上，育种成本降低，有利于加速建立马头山羊高繁群体。

技术研发人员：程蕾,刘辰晖,陈杨,向敏,余婕,钟朱夏,胡修忠,周源,赵胜兰,王定发
受保护的技术使用者：武汉市农业科学院
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15