检测NF1基因突变的核酸产品及其应用的制作方法

本申请涉及分子生物学，特别是涉及一种检测nf1基因突变的核酸产品及其应用。

背景技术：

1、nf1基因突变导致的神经纤维瘤病是神经系统最常见的常染色体显性遗传病之一，累及神经、肌肉、骨骼、内脏、皮肤等全身各个系统，属于多系统疾病，主要特征为皮肤牛奶咖啡斑和周围神经多发性神经纤维瘤。nf1基因突变类型包括错义突变、无义突变、移码突变及缺失、重复等，其中，nf1缺失在患者中占比4.7％～11％，并且在大多数情况下与严重的临床表型相关。

2、目前对于染色体变异的遗传检测主要通过snp连锁分析间接排除基因缺陷，即karyomapping技术。该芯片上有30万个snp探针用于全基因组的连锁分析，是一种综合的单基因病pgt技术。但是karyomapping不能检测基因突变，所以必须要有先证者样本或合适的家系成员样本。如果没有足够的家系样本，则需要额外增加突变检测。snp芯片技术的测序深度低，而且对于需要明确筛查是否携带某基因突变及其上下游连锁标记时产生较多数据冗余，数据分析过程繁琐，不能直接检测突变，不利于本地化分析，成本高；此外，还有通过巢式pcr进行检测，但巢式pcr技术通用性低，检测效率低，时间成本高，涉及snp位点密度低，检测准确性不稳定。因此，亟需一种能对染色体中基因突变进行高效准确检出的相关技术和产品。

技术实现思路

1、基于此，本申请一实施例提供了一种检测chr17的nf1基因突变的核酸产品及其应用。

2、根据本申请第一方面，提供了一种用于检测nf1基因突变的核酸产品，所述核酸产品包括如下引物对中的一对或多对：seq id no.1～2、seq id no.3～4、seq id no.5～6、seq id no.7～8、seq id no.9～10、seq id no.11～12、seq id no.13～14、seq id no.15～16、seq id no.17～18、seq id no.19～20、seq id no.21～22、seq id no.23～24、seqid no.25～26、seq id no.27～28、seq id no.29～30、seq id no.31～32、seq id no.33～34、seq id no.35～36、seq id no.37～38、seq id no.39～40、seq id no.41～42、seqid no.43～44、seq id no.45～46、seq id no.47～48、seq id no.49～50、seq id no.51～52、seq id no.53～54、seq id no.55～56、seq id no.57～58、seq id no.59～60、seqid no.61～62、seq id no.63～64、seq id no.65～66、seq id no.67～68、seq id no.69～70、seq id no.71～72、seq id no.73～74、seq id no.75～76、seq id no.77～78、seqid no.79～80、seq id no.81～82、seq id no.83～84、seq id no.85～86、seq id no.87～88、seq id no.89～90、seq id no.91～92、seq id no.93～94、seq id no.95～96、seqid no.97～98和seq id no.99～100。

3、在其中一些实施例中，所述核酸产品包括seq id no.1～seq id no.100所示的50对引物对。

4、根据本申请的第二方面，提供了上述的核酸产品在制备神经纤维瘤病的检测试剂盒中的应用。

5、根据本申请的第三方面，提供了一种用于检测神经纤维瘤病的试剂盒，所述试剂盒包括上述的核酸产品。

6、在其中一些实施例中，所述试剂盒还包括pcr反应试剂。

7、在其中一些实施例中，所述pcr反应试剂包括pcr缓冲液、dna聚合酶、镁离子和dntps中的一种或多种。

8、在其中一些实施例中，其特征在于，所述试剂盒还包括dna提取试剂。

9、根据本申请的第四方面，提供了一种基于非诊断目的的检测nf1基因突变的方法，包括以下步骤：

10、以待测样本的dna为模板，使用上述的核酸产品或上述的试剂盒进行pcr扩增，根据所得扩增结果获取所述待测样本nf1基因及其上下游的snp位点的序列信息；

11、对所述序列信息进行分析处理，从而确定所述待测样本在nf1基因是否存在snp位点突变；

12、在其中一些实施例中，还包括以下步骤：

13、若所述待测样本在nf1基因存在snp位点突变，将所述待测样本序列信息与亲代双方的dna序列进行比对，确定突变发生的染色体。

14、在其中一些实施例中，还包括：

15、基于w值的嵌合比例公式，计算嵌合比例，其中，

16、w＝(n/m)×100％，

17、其中，n为发生缺失变异的亲本来源等位基因测序深度；

18、m为正常的亲本来源等位基因测序深度；

19、w为正常细胞的比例。

20、与传统技术相比，本申请具有如下有益效果：

21、使用本申请的核酸产品对chr17的nf1基因内部及其上下游的snp位点进行多重pcr，然后对pcr扩增产物进行高通量测序，结合家系信息构建风险染色体单体型，最终确定子代的神经纤维瘤病疾病检测结果，为其遗传咨询提供的指导；同时，本申请的核酸产品能够同时检测50个snp位点，可以对突变进行直接分析。

22、此外，本申请的检测方法能够同时检测多个样本，且具有成本低、通用性强、准确性高等优点。

技术特征：

1.一种用于检测nf1基因突变的核酸产品，其特征在于，所述核酸产品包括如下引物对中的一对或多对：seq id no.1～2、seq id no.3～4、seq id no.5～6、seq id no.7～8、seq id no.9～10、seq id no.11～12、seq id no.13～14、seq id no.15～16、seq idno.17～18、seq id no.19～20、seq id no.21～22、seq id no.23～24、seq id no.25～26、seq id no.27～28、seq id no.29～30、seq id no.31～32、seq id no.33～34、seq idno.35～36、seq id no.37～38、seq id no.39～40、seq id no.41～42、seq id no.43～44、seq id no.45～46、seq id no.47～48、seq id no.49～50、seq id no.51～52、seq idno.53～54、seq id no.55～56、seq id no.57～58、seq id no.59～60、seq id no.61～62、seq id no.63～64、seq id no.65～66、seq id no.67～68、seq id no.69～70、seq idno.71～72、seq id no.73～74、seq id no.75～76、seq id no.77～78、seq id no.79～80、seq id no.81～82、seq id no.83～84、seq id no.85～86、seq id no.87～88、seq idno.89～90、seq id no.91～92、seq id no.93～94、seq id no.95～96、seq id no.97～98和seq id no.99～100。

2.根据权利要求1所述的用于检测nf1基因突变的核酸产品，其特征在于，所述核酸产品包括seq id no.1～seq id no.100所示的50对引物对。

3.权利要求1或2所述的核酸产品在制备神经纤维瘤病的检测试剂盒中的应用。

4.一种用于检测神经纤维瘤病的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1～2任一项所述的核酸产品。

5.根据权利要求4所述的用于检测神经纤维瘤病的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括pcr反应试剂。

6.根据权利要求5所述的用于检测神经纤维瘤病的试剂盒，其特征在于，所述pcr反应试剂包括pcr缓冲液、dna聚合酶、镁离子和dntps中的一种或多种。

7.根据权利要求4～6任一项所述的用于检测神经纤维瘤病的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括dna提取试剂。

8.一种基于非诊断目的的检测nf1基因突变的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的基于非诊断目的的检测nf1基因突变的方法，其特征在于，还包括以下步骤：

10.根据权利要求8～9任一项所述的基于非诊断目的的检测nf1基因突变的方法，其特征在于，还包括：

技术总结
本申请提供了一种用于检测NF1基因突变的核酸产品及其应用，所述核酸产品选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.100中的至少一对。使用本申请的核酸产品对Chr17的NF1基因内部及其上下游的SNP位点进行多重PCR，然后对PCR扩增产物进行高通量测序，结合家系信息构建风险染色体单体型，最终确定子代的神经纤维瘤病疾病检测结果，为其遗传咨询提供新指导；同时，本申请的核酸产品能够同时检测50个SNP位点，覆盖到基因编码区的序列，可以对突变进行直接分析。

技术研发人员：胡晓,戴婧,张毅,万振兴,杜娟,卢光琇,林戈
受保护的技术使用者：中信湘雅生殖与遗传专科医院有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16