与东乡普通野生稻耐盐基因qSST4相连锁的分子标记及其应用

本发明属于植物基因工程和生物，具体涉及与东乡普通野生稻耐盐基因qsst4相连锁的分子标记及其应用。

背景技术：

1、盐胁迫是影响作物产量和品质的主要非生物胁迫之一。水稻属于中度盐敏感作物，在高盐碱条件下发芽率显著降低，幼苗生长受到抑制，有效分蘖数、结实率、穗数和千粒重等降低明显，单位面积产量下降严重；培育耐盐品种是解决在盐碱地上种植水稻的有效方式之一。

2、水稻耐盐性是由多基因控制的数量性状，多个研究人员利用重组自交系、近等基因系、染色体片段置换系等群体开展连锁定位和全基因组关联分析，已定位和克隆了多个贡献率大的水稻耐盐qtl。但是，当前研究大多利用的是水稻育成品种或者地方品种，而从野生稻资源中发掘耐盐相关基因还鲜有报道。野生稻是水稻的近缘野生种，蕴藏了大量抗逆基因；利用野生稻资源发掘耐盐基因，进而创制耐盐新种质，对于改良水稻品种耐盐性、扩大品种的遗传基础具有重要意义。

技术实现思路

1、针对上述研究背景，本发明目的在于提供一种快速鉴定水稻苗期耐盐性的方法。为了解决该问题，本发明利用强耐盐东乡普通野生稻渗入系为研究材料，在第4染色体上定位到耐盐性相关的基因位点qsst4，其耐盐性的增效效应来源于东乡普通野生稻，与分子标记sst4-1连锁。利用分子标记sst4-1，可用于品种耐盐性的鉴定和分子育种。

2、为了解决上述问题，本发明首先提供了一种东乡普通野生稻耐盐基因qsst4相连锁的分子标记，是位于水稻第4染色体的sst4-1，在染色体位置为chr4:1713994---1714182，对于耐盐品种而言，该位点在1714036处有gtttgtgaactgagagta的18 bp 插入（seq id no.5）。更详细的，敏盐品种中该段核苷酸序列为189 bp：

3、gtgggtaggttggtaaggggtattgaaggaataaaaatttttgatgggtattttgggacaaagtttgaattctagaaatagaaatagatttattttgtcaaacagtaaatacataatttgacaaaatagctgtagttatctgaaatttactcaaattaattgaaatgtgtacaaatttgatgttttccg（seq id no.3）；而耐盐品种相应的该段核苷酸序列为207 bp：gtgggtaggttggtaaggggtattgaaggaataaaaatttttggtttgtgaactgagagtaatgggtattttgggacaaagtttgaattctagaaatagaaatagatttattttgtcaaacagtaaatacataatttgacaaaatagctgtagttatctgaaatttactcaaattaattgaaatgtgtacaaatttgatgttttccg（seq id no.4）。

4、本发明进而提供了鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的引物对。优选地，本发明提供的引物对由引物a和引物b组成；

5、所述引物a为如下：gtgggtaggttggtaaggggtat所示的单链dna分子（seq idno.1）；

6、所述引物b为如下：cggaaaacatcaaatttgtacacat所示的单链dna分子（seq idno.2）。

7、上述引物对中，所述引物a和所述引物b的摩尔浓度比为1:1。

8、本发明提供了上述引物对在鉴定或辅助鉴定或辅助培育水稻耐盐性植株或品种中的应用。

9、为了解决上述问题，本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的方法。

10、本发明提供的鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的方法包括如下过程：以待测水稻的基因组dna为模板，采用上述的引物对进行pcr扩增，得到pcr产物；根据所述pcr产物鉴定待测水稻的耐盐性：

11、若pcr产物大小为189 bp，则待测水稻为或候选为敏盐水稻品种；

12、若pcr产物大小为207 bp，则待测水稻为或候选为耐盐水稻品种。

13、为了解决上述问题，本发明还提供了一种选育耐盐水稻品种的方法。

14、本发明提供的选育耐盐水稻品种的方法包括如下过程：以待测水稻的基因组dna为模板，采用上述引物对进行pcr扩增，得到pcr产物；选择pcr产物大小为207 bp的待测水稻材料进行育种。

15、本发明的优点是：本发明利用强耐盐东乡普通野生稻渗入系研究材料，定位到野生稻耐盐基因位点qsst4，利用与该基因紧密连锁的分子标记sst4-1可以鉴定筛选耐盐水稻资源，为培育耐盐水稻品种提供亲本资源。本发明的分子标记可用于水稻苗期基因型鉴定和筛选，获得携带优异等位变异的植株，可以缩短育种周期。

技术特征：

1.一种与东乡普通野生稻耐盐基因qsst4相连锁的分子标记sst4-1，其特征在于，其位于水稻第4染色体，具体位置为chr 4:1713994---1714182，对于耐盐品种而言，在位点1714036处18 bp 的核苷酸序列插入，该序列如seq id no.5所示，其中敏盐品种中该段核苷酸序列为189 bp，序列如seq id no.3所示；耐盐品种相应的该段核苷酸序列为207 bp，序列如seq id no.4所示。

2.如权利要求1所述的分子标记sst4-1在鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性，或与水稻耐盐性的水稻品种育种中的应用。

3.鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的引物对，其特征在于，所述引物对用于检测如权利要求1所述的分子标记sst4-1，以区分敏盐品种或耐盐品种。

4.如权利要求3所述的鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的引物对，其由引物a和引物b组成；

5.鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的试剂盒，其特征在于，其包括如权利要求4所述的引物对。

6.如权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述引物a和所述引物b的摩尔浓度比为1：1。

7.如权利要求3或4所述的引物对在鉴定或辅助鉴定或辅助培育耐盐水稻植株或品种中的应用。

8.如权利要求7所述的应用，其特征在于，以待测水稻的基因组dna为模板，采用权利要求3或4所述的引物对进行pcr扩增，得到pcr产物；根据所述pcr产物鉴定待测水稻的耐盐性：

9.如权利要求8所述的应用，其特征在于，还包括选择pcr产物大小为207 bp的待测水稻材料进行后续育种的步骤。

10.如权利要求8或9所述的应用，其特征在于，通过电泳或测序的方法检测pcr产物的大小。

技术总结
本发明公开了与东乡普通野生稻耐盐基因qSST4相连锁的分子标记及其在水稻耐盐性状鉴定和育种中的应用。本发明以强耐盐东乡普通野生稻渗入系为研究材料，利用连锁分析、BSA分析方法，在第4染色体上发掘到与水稻耐盐性相关的基因位点qSST4，具体位置为chr 4:1713994‑‑‑1714182，其与分子标记SST4‑1紧密连锁，并基于分子标记SST4‑1提供了鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的方法，可用于水稻品种耐盐性的改良。

技术研发人员：马小定,韩龙植,崔迪,韩冰,纪志远
受保护的技术使用者：中国农业科学院作物科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15