肉鸽IGF2BP3基因中与生长和屠宰性状相关的Indel分子标记及其应用

本发明属于分子标记，具体涉及肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记及其应用。

背景技术：

1、据《2021年中国禽业发展报告》统计，国内肉鸽种鸽存栏4080.5万对，商品乳鸽存栏6.02亿只，肉鸽产业以不断增长的商业乳鸽为主，屠宰性状是肉鸽生产的重要经济指标。鸽子的功能基因组学分析为分析表型变异的遗传机制提供了可能，先前的基因组学研究揭示了影响羽冠、羽色、脚羽、虹膜色彩等衍生性状的分子机制。然而，肉鸽分子育种基础研究远远落后于其他家禽，与重要经济性状相关分子标记的挖掘报道较少。由于缺乏有效的分子标记，目前肉鸽的选育主要以表型选育为主，大大降低了育种进展和选择的准确性。另一方面，肉鸽的屠宰性状很难通过活体进行测量，表型数据的获得需要较高的时间和经济成本，无法直接对优秀种鸽进行选育，而通过分子标记辅助选择可以突破这一育种瓶颈。

2、哺乳动物igf2 mrna结合蛋白家族(基因符号：igf2bp)包含三种具有保守结构域的rna结合蛋白(igf2bp1、igf2bp2、igf2bp3)，其中胰岛素样生长因子2mrna结合蛋白3(igf2bp3)是igfbp家族的重要成员之一，在细胞发育过程中具有促进生长的作用，作为一种强大的生长因子，对脊椎动物的发育至关重要。igf2bp3在细胞发育过程中具有促进作用，可与胰岛素样生长因子2(igf2)结合，在细胞增殖和迁移中发挥重要作用，前期研究表明igf2bp3基因是影响肉鸽生长性状的重要候选基因。因此，检测igf2bp3基因的分子标记多态性并开发与肉鸽屠宰性状相关的分子标记将有助于加快育种遗传进展并提高选择的准确性。

技术实现思路

1、本发明的主要目的是提供肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记，鸽子igf2bp3基因3'utr区域存在一个indel突变，该突变位于鸽参考基因组assembly cliv_1.0nw_004973668.1scaffold上物理位置267209-267233区间25bp的缺失(g.267209_267233del)，经验证该突变与肉鸽的生长和屠宰性状相关，获得肉鸽选育高效的分子标记。

2、本发明的另一目的是提供肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记在肉鸽生长和屠宰性状改良辅助育种中的应用。

3、本发明通过以下技术方案来实现上述目的：

4、本发明提供肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记，所述indel分子标记为肉鸽igf2bp3基因3'utr区域存在一个indel突变，该突变位于肉鸽参考基因组assembly cliv_1.0nw_004973668.1scaffold上物理位置267209-267233区间25bp的缺失(g.267209_267233del)，其序列为gaatggaataaagagtttaactcct(seq id no:1)。

5、作为优选，所述生长性状包括活重、体斜长、龙骨长、胸深、胸宽、胫长和胫围；所述屠宰性状包括屠体重、心脏重、肝脏重、肌胃重、翅膀重、腿肌重、半净膛重和全净膛重。

6、本发明还提供所述肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记在肉鸽生长和屠宰性状改良辅助育种中的应用。

7、作为优选，所述肉鸽品种为欧洲肉鸽。

8、本发明还提供用于扩增所述肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记的引物，其核苷酸序列如下：

9、1st-pcrp:acgttggatgaatgcagctccacttgccag(正向引物5'->3')(seq id no:3)；

10、2nd-pcrp:acgttggatgtagaacagtctgtccctgtg(反向引物5'->3')(seq id no:4)。

11、本发明还提供一种肉鸽生长和屠宰性状改良育种方法，包括以下步骤：

12、步骤a：提取待检测肉鸽的血液基因组dna，同时合成序列如seq id no:3和seq idno:4所示的两条pcr引物和如seq id no:5所示的一条uep引物；

13、步骤b：通过所述两条pcr引物将含有snp位点的基因片段从gdna基因组进行pcr扩增，得到pcr产物；

14、步骤c：碱性磷酸酶反应；

15、步骤d：通过所述uep引物进行单碱基延伸反应；

16、步骤e：树脂纯化；

17、步骤f：树脂纯化后的延伸产物进行基因分型，其中del.in基因型为优势基因型，所述待检测肉鸽中del.in杂合子个体作为生长和屠宰性状改良肉鸽留种。

18、与现有技术相比，本发明的有益效果在于：本发明提供肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记，并将其用于肉鸽生长和屠宰性状改良辅助育种，可以大大提高肉鸽生长和屠宰性状改良育种的准确性，同时加快遗传进展，从而解决实际育种过程需要对肉鸽屠宰后进行胸肌测定成本高且效率低等问题。

技术特征：

1.肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记，其特征在于，所述indel分子标记为肉鸽igf2bp3基因3'utr区域存在一个indel突变，位于肉鸽参考基因组assembly cliv_1.0nw_004973668.1scaffold上物理位置267209-267233区间25bp的缺失，序列如seq id no:1所示。

2.根据权利要求1所述肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记，其特征在于，所述生长性状包括活重、体斜长、龙骨长、胸深、胸宽、胫长和胫围；

3.权利要求1或2所述肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记在肉鸽生长和屠宰性状改良辅助育种中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述肉鸽品种为欧洲肉鸽。

5.一种用于扩增权利要求1或2所述肉鸽igf2bp3基因中与生长和屠宰性状相关的indel分子标记的引物，其核苷酸序列如seq id no:3和seq id no:4所示。

6.一种肉鸽生长和屠宰性状改良育种方法，其特征在于，包括以下步骤：

技术总结
本发明公开了肉鸽IGF2BP3基因中与生长和屠宰性状相关的Indel分子标记及其应用，Indel分子标记为肉鸽IGF2BP3基因3'UTR区域存在一个Indel突变，位于肉鸽参考基因组Assembly Cliv_1.0NW_004973668.1Scaffold上物理位置267209‑267233区间25bp的缺失，序列如SEQ ID NO:1所示，生长性状包括活重、体斜长、龙骨长、胸深、胸宽、胫长和胫围；屠宰性状包括屠体重、心脏重、肝脏重、肌胃重、翅膀重、腿肌重、半净膛重和全净膛重。该Indel分子标记用于肉鸽生长和屠宰性状改良辅助育种，大大提高改良育种的准确性，成本低且效率高。

技术研发人员：姚俊峰,侯浩宾,杨长锁,丁卫星,涂盈盈,王晓亮
受保护的技术使用者：上海市农业科学院
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15