与绵羊繁殖性状相关的SNP分子标记及其应用

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种与绵羊繁殖性状相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)是指在基因组水平上由于单个核苷酸的转换(嘌呤与嘌呤或者嘧啶与嘧啶之间的互换)或者颠换(嘌呤与嘧啶之间的互换)所引起的变异，snp标记在基因组中广泛存在，且已广泛的应用于基因精确定位、群体遗传结构分析及遗传育种等方面。

2、spata9(spermatogenesis associated 9)是精子发生相关基因，在睾丸中特异性表达，与睾丸发育、精子发生有关，是雄性不育的重要因素。该基因的表达具有发育依赖性，在成熟睾丸中的表达显著高于胎儿时期，其编码蛋白属于膜蛋白，在成熟精子的头部表达，在精子获能和顶体反应中起重要作用，经过顶体反应后表达降低，是受精所必需的，以上研究均是在人和小鼠上的报道，有关该基因在绵羊中的功能并不清楚。

3、绵羊是重要的农业经济之一，也是人类肉类食物的重要来源，产羔数作为衡量绵羊繁殖性能的主要指标，受到广泛关注，提高培育产多羔的绵羊对生产效率和产业化水平的提高具有重要意义，是增加经济效益的重要一环。在集约化养殖模式下，人工授精作为家畜育种的有力手段，在该过程中雄性精液品质是影响受精率的重要因素，如果将精液品质性状运用到绵羊育种工作中，则需要利用分子标记鉴定精液品质较好的个体用于人工授精。但是目前并未在绵羊中发现可用于选育精液品质好、能够影响母畜繁殖能力的spata9点突变。

技术实现思路

1、本发明所要解决的技术问题为：提供一个与绵羊繁殖性状相关的snp分子标记及其应用。

2、本发明的技术方案为：snp分子标记在绵羊繁殖相关性状鉴定或辅助育种中的应用，所述snp分子标记位于绵羊参考基因组oar_v4.0的5号染色体第92277625位，该位点碱基具有t/g多态性，从而影响产羔数量。

3、进一步地，检测snp位点的基因型，当基因型为tt时，产羔数和产活羔数显著高于tg型和gg型。

4、与绵羊繁殖性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸的第114位，具有t/g多态性，当该位点基因型为tt时，产羔数和产活羔数显著高于tc型和cc型。

5、检测上述所述snp分子标记的试剂在绵羊产羔数相关性状鉴定或辅助育种中的应用。

6、进一步地，所述试剂为引物对，所述引物对的上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq id no.3所示。

7、一种试剂盒，含有seq id no.2和seq id no.3所示的引物对。

8、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

9、本发明提供的snp分子标记与绵羊产羔数相关性状相关，通过对该位点进行基因分型，选择优势基因型tt个体，筛选出具有较高产活羔数的公羊和母羊，进行早期分子标记辅助选择，具有重要的育种价值和经济价值。

技术特征：

1.snp分子标记在绵羊繁殖相关性状鉴定或辅助育种中的应用，所述snp分子标记位于绵羊参考基因组oar_v4.0的5号染色体第92277625位，该位点碱基具有t/g多态性，影响产羔数量。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，检测snp位点的基因型，当基因型为tt时，产羔数和产活羔数显著高于tc型和cc型。

3.与绵羊繁殖性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸的第114位，具有t/g多态性，当该位点基因型为tt时，产羔数和产活羔数显著高于tc型和cc型。

4.检测权利要求3所述snp分子标记的试剂在绵羊产羔数相关性状鉴定或辅助育种中的应用。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂为引物对，所述引物对的上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq id no.3所示。

6.一种试剂盒，含有seq id no.2和seq id no.3所示的引物对。

技术总结
本发明公开了一种与绵羊繁殖性状相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于绵羊参考基因组Oar_v4.0的5号染色体第92277625位，该位点碱基具有T/G多态性，不同基因型会影响最终的产羔数量。本发明提供的SNP分子标记与绵羊繁殖性状相关，通过对该位点进行基因分型，可以筛选出具有较高产羔数及产活羔数的绵羊，进行早期分子标记辅助选择，具有重要的育种价值和经济价值。

技术研发人员：刘秋月,张娜,王海涛,黄勋,马润林,王大祥,蔡实实
受保护的技术使用者：中国科学院遗传与发育生物学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/3/12