一种凡纳滨对虾生长相关的分子标记及其应用的制作方法

本发明属于分子标记，具体涉及一种凡纳滨对虾生长相关的分子标记及其应用。

背景技术：

1、凡纳滨对虾（ penaeus vannamei）又称南美白对虾、白虾，隶属于节肢动物门（arthropoda）、软甲纲（malacostraca）、十足目（decapoda）、枝鳃亚目（dendrobranchiata）、对虾科（penaeidae）、对虾属（ penaeus）。它是世界养殖虾类产量最高的三大种类之一，也是全球单一经济价值最高的海水养殖种类，全球产量超过630万吨，直接产值2000多亿元人民币。中国的凡纳滨对虾产业养殖总量牢牢占据世界第一的位置。根据《中国渔业统计年鉴》，2015年来，我国凡纳滨对虾年总产量在162.5~209.8万吨之间，产值超过800亿元，占世界总产量的30%以上，占我国对虾养殖量的70%以上。凡纳滨对虾的特点是生长快、适应性强，在人工控制的条件下，生长速度可达到0.3~0.5g/天，养殖周期3个月以内即可达到商品规格，因此生长速度一直是对虾遗传改良首先关注的极重要的经济性状。

2、以规模化家系选育和数量遗传学为基础的选择育种技术，已经广泛应用于凡纳滨对虾育种项目，以此选育出的快速生长品系，生长速度得到了明显改良。然而相比于畜牧物种和农作物，对虾选育仍存在选择进展慢、效率低等问题。其一方面重要原因是仅利用表型及系谱数据选育，选择的准确性和可靠性仍有待提高。而利用高通量基因组学信息，筛选出与生长显著关联的snp位点，鉴定出关键基因及通路，开展分子标记辅助育种可有效提高选择的准确性和可靠性，进一步加快遗传改良的进程。

3、分子标记目前在遗传改良中主要应用于亲缘关系鉴定、群体遗传背景分析等场景，而其更直接高效的利用方法是筛查到与目的性状基因紧密连锁的标记，进一步对选育群体个体进行包含目标位点的基因组位点分型、根据等位基因/基因型选择优良个体。虽然目前已有利用全基因组关联分析（genome-wide association study，gwas）筛选出可能与凡纳滨对虾体重相关的snp位点，但单位点gwas分析方法未充分利用系谱信息及多位点分析模型，大都没有经过验证，可信度不高；且缺乏一种高通量低成本的快速位点检测分型方法，极大限制了生长相关位点的筛查和在育种中的实际应用。因此，筛选出有利于高效选育快速生长凡纳滨对虾的分子标记非常重要。

技术实现思路

1、本发明旨在提供一种凡纳滨对虾生长相关的分子标记及其应用。所述分子标记lvkdz-s3可通过高通量低成本的芯片检测方法快速检测，从而用于凡纳滨对虾快速生长性状的高效辅助选育。

2、为实现上述发明目的，本发明采用以下技术方案予以实现：

3、本发明提供了一种凡纳滨对虾生长相关的分子标记，其核苷酸序列如seq idno.1所示。

4、进一步的，所述分子标记的多态位点为a/g，即所述分子标记的核苷酸序列的第101位碱基为a或者g。

5、进一步的，所述分子标记位于凡纳滨对虾基因组39号连锁群的164,995物理位置。

6、本发明还提供了一种筛选生长快速的凡纳滨对虾的方法，其包括以下步骤：

7、（1）提取待测的凡纳滨对虾的基因组dna；

8、（2）检测凡纳滨对虾基因组dna的39号连锁群的164,995物理位置的所述的分子标记是否具有多态性并检测基因型；

9、（3）根据基因型的分型结果，筛选出生长快速的凡纳滨对虾。

10、进一步的，所述生长快速的凡纳滨对虾的基因型为aa基因型。

11、进一步的，所述基因型的检测利用的是通过genobaits探针捕获技术的55k“黄海芯1号”凡纳滨对虾液相芯片。

12、本发明还提供了所述的分子标记在凡纳滨对虾快速生长性状的鉴定和筛选中的应用。

13、本发明还提供了所述的分子标记在凡纳滨对虾快速生长新品种/系的选育中的应用。

14、进一步的，所述凡纳滨对虾快速生长新品种/系为aa基因型。

15、进一步的，在选育过程中，提取凡纳滨对虾父本和母本的基因组dna，检测所述分子标记lvkdz-s1位点的基因型，根据分型结果：（1）保留均为aa基因型的父本和母本进行留种和传代；（2）若父本和母本并不均为aa基因型，则选择父本和母本分别为aa基因型与ag基因型进行交配；或者选择父本和母本均为ag基因型进行交配，并在交配后代中继续筛选出具有aa基因型的个体。

16、本发明与现有技术相比，具有以下优点：

17、1、本发明提供的凡纳滨对虾快速生长相关分子标记lvkdz-s3可以从分子水平上对生长快速个体进行选择，不受生长阶段和个体大小的限制，且能够在早期进行选择，提高选择的准确率和效率，加快生长速度的选育进程。

18、2、本发明提供的分子标记lvkdz-s3可使用高通量自动化的商品化液相芯片55k“黄海芯1号”检测，检测流程标准化、检测速度快，且成本远低于传统的重测序、简化基因组测序等技术方法，具有较高的实际应用价值。

技术特征：

1.一种凡纳滨对虾生长相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示。

2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述分子标记的多态位点为a/g，即所述分子标记的核苷酸序列的第101位碱基为a或者g。

3.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述分子标记位于凡纳滨对虾基因组39号连锁群的164,995物理位置。

4.一种筛选生长快速的凡纳滨对虾的方法，其特征在于，包括以下步骤：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述生长快速的凡纳滨对虾的基因型为aa基因型。

6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤（2）中基因型的检测利用的是通过genobaits探针捕获技术的55k“黄海芯1号”凡纳滨对虾液相芯片。

7.分子标记在凡纳滨对虾快速生长性状的鉴定和筛选中的应用，其特征在于，所述分子标记为权利要求1-3任一项所述的分子标记。

8.分子标记在凡纳滨对虾快速生长新品种/系的选育中的应用，其特征在于，所述分子标记为权利要求1-3任一项所述的分子标记。

9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述凡纳滨对虾快速生长新品种/系为aa基因型。

10.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，在选育过程中，提取凡纳滨对虾父本和母本的基因组dna，检测所述分子标记lvkdz-s1位点的基因型，根据分型结果：（1）保留均为aa基因型的父本和母本进行留种和传代；（2）若父本和母本并不均为aa基因型，则选择父本和母本分别为aa基因型与ag基因型进行交配；或者选择父本和母本均为ag基因型进行交配，并在交配后代中继续筛选出具有aa基因型的个体。

技术总结
本发明公开了一种凡纳滨对虾生长相关的分子标记及其应用。所述分子标记LvKDZ‑S3的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，其位于凡纳滨对虾基因组39号连锁群的164,995物理位置，多态位点为A/G。在凡纳滨对虾亲本促熟阶段或更早期可通过对虾须、游泳足等活体取样的方式提取基因组DNA，然后利用55K“黄海芯1号”凡纳滨对虾液相芯片检测LvKDZ‑S3位点的基因型；再根据分型结果制定亲虾留种、交配策略。所述分子标记LvKDZ‑S3可以从分子水平上对生长快速个体进行选择，不受生长阶段和个体大小的限制，且能够在早期进行选择，提高选择的准确率和效率，加快生长速度的选育进程。

技术研发人员：傅强,栾生,孔杰,强光峰,孟宪红,罗坤,代平,陈宝龙
受保护的技术使用者：中国水产科学研究院黄海水产研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15