位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的SNP分子标记及应用

本发明属于分子生物技术和分子标记，具体涉及一种位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、随着人们饮食习惯的变化和生活水平的提高，猪的选育逐渐开始走向瘦肉型，提高猪瘦肉率是当前的主要育种目标。我国优良种猪长期依赖进口的瘦肉型品种，且传统的育种手段存在选育周期长、成本高、效率低等问题，已经不能满足猪育种的需要。分子标记辅助选择(marker assisted selection，mas)的出现进一步加快了猪育种的进程，它是利用与特定性状相关联的分子标记作为辅助手段进行选择育种，不仅能大大减少育种的人力和物力消耗，而且能缩短育种时限。全基因组关联分析(genome-wide association study，gwas)是一种在全基因组范围内用于识别遗传区域(基因座)和性状之间关联的方法，以连锁不平衡为基础，通过比较在不同个体中目标性状的表型差异与基因座上的多态性之间的关系，鉴定出与表型变异密切相关的标记位点。通过挖掘与猪瘦肉率性状相关的分子标记，能有效加快猪肉质性状的遗传改良，有助于养猪业的可持续性发展。

2、杜洛克猪作为种猪，直接影响着杜长大商品猪(杜洛克猪×(长白猪×大白猪))的生产性能，其肉质、瘦肉率和生长速度等对于整个养殖产业的经济效益至关重要。通过改良核心群的杜洛克猪的瘦肉率性状，可以较大程度地将这些优势遗传品质传递给商品猪后代，进一步提高其生产竞争力。

技术实现思路

1、为了克服现有技术的不足和缺点，本发明的首要目的在于提供一种位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记。

2、本发明的另一目的在于提供上述snp分子标记的应用。

3、本发明的再一目的在于提供一种鉴定上述snp分子标记的引物对。

4、本发明的第四个目的在于提供上述引物对的应用。

5、本发明的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。

6、本发明的目的通过下述技术方案实现：

7、一种位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记，其snp位点对应于国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第79679919bp处的g>a突变；

8、所述的位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记的核苷酸序列为seq idno.1所示，其中序列中的m是g或a，导致猪瘦肉率的差异；

9、所述的位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记的snp位点为seq id no:1序列标注位置为129位的g129-a129的核苷酸突变(国际猪基因组11.1版本参考序列2号染色体上第79679919位，命名为：g.79679919g>a)；

10、所述的位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记在鉴定杜洛克猪瘦肉率性状和遗传育种中应用；

11、一种检测猪瘦肉率性状的方法，包含如下步骤：

12、检测猪2号染色体上上述snp分子标记，所述的snp分子标记的snp位点核苷酸是g还是a；

13、所述的猪为杜洛克猪及其合成系；

14、所述的猪优选为s21系杜洛克及其合成系；

15、一种用于鉴定上述snp分子标记的引物对，包含引物primer-f和primer-r，其核苷酸序列如下：

16、上游引物primer-f：5’-ctgctgattttgtggggacg-3’；

17、下游引物primer-r：5’-aggaagctttagggtcgctc-3’；

18、一种用于检测上述snp分子标记的试剂盒，包含上述引物对；

19、所述的引物对或试剂盒在鉴定影响猪瘦肉率性状中的应用；

20、所述的引物对或试剂盒在猪分子标记辅助育种中的应用；

21、所述的引物对或试剂盒在提高猪瘦肉率中的应用；

22、一种筛选高瘦肉率性状的猪品种的方法，包含如下步骤：

23、检测猪的国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第79679919个核苷酸位点的基因型，选择第79679919个核苷酸位点为gg型或ag型个体作为种猪；

24、所述的检测猪的国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第79679919bp处核苷酸位点的基因型的方法，包含如下步骤：

25、(1)提取待测猪的基因组dna；

26、(2)采用上述引物对或上述试剂盒中的引物对作为扩增引物，以步骤(1)获得的待测猪的基因组dna为模板dna，进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；

27、(3)对pcr扩增产物进行测序，得到测序结果；

28、(4)基于测序结果，确定所述的snp分子标记的基因型；

29、所述的猪为杜洛克猪及其合成系；

30、所述的猪优选为s21系杜洛克猪及其合成系；

31、一种猪的遗传改良的方法，包含如下步骤：

32、确定种猪核心群中种猪的上述snp分子标记，并根据所述分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第79679919个核苷酸位点为gg基因型和ag基因型的种猪个体，淘汰该位点为aa基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率，从而提高后代猪的瘦肉率；

33、所述的猪为杜洛克猪及其合成系；

34、所述的猪优选为s21系杜洛克及其合成系；

35、本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：

36、(1)本发明研究并确定影响猪瘦肉率的分子标记位于猪2号染色体上的核苷酸序列，验证其对瘦肉率性状的影响效应，最终建立对猪瘦肉率性状进行快速改良的分子标记辅助选择育种技术，极大地改善了杜洛克及其合成系的选育进程，适应活猪市场的需求，提高了肉猪的价格，为企业增加了销售利润，提升核心竞争力。

37、(2)本发明提供一种用于鉴定位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记的引物对，通过该引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确的对性状进行选育，加快育种进程。

38、(3)本发明通过优选该分子标记的优势等位基因，提供了一种猪选育的方法，能够加快杜洛克猪的遗传进展，缩短了杜洛克改良的时间，从而有效提高种猪育种的经济效益，其中，若本发明将影响猪瘦肉率性状的分子标记的aa型个体全部选育成gg型个体，则每头猪在100kg体重时，瘦肉率可以提高0.65％，在一个规模化万头猪场则可以增加6.5吨瘦肉，由此可见提高瘦肉率为养猪产业提供收益的潜力是巨大的，可最终实现提高商品猪的经济效益，从而增加企业的收益。

技术特征：

1.一种位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记，其特征在于其snp位点对应于国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第79679919bp处的g>a突变；

2.权利要求1所述的位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的snp分子标记在鉴定杜洛克猪瘦肉率性状和遗传育种中应用。

3.一种检测猪瘦肉率性状的方法，其特征在于包含如下步骤：

4.根据权利要求3所述的检测猪瘦肉率性状的方法，其特征在于：

5.一种用于鉴定权利要求1所述的snp分子标记的引物对，其特征在于包含引物primer-f和primer-r，其核苷酸序列如下：

6.一种用于检测权利要求1所述的snp分子标记的试剂盒，其特征在于包含权利要求5所述的引物对。

7.权利要求5所述的引物对或权利要求6所述的试剂盒在鉴定影响种猪瘦肉率性状中的应用。

8.权利要求5所述的引物对或权利要求6所述的试剂盒在猪分子标记辅助育种中的应用。

9.权利要求5所述的引物对或权利要求6所述的试剂盒在提高种猪瘦肉率中的应用。

10.一种猪的遗传改良的方法，其特征在于包含如下步骤：

技术总结
本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的SNP分子标记及应用。所述的位于猪2号染色体上与瘦肉率相关的SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第79679919bp处的G>A突变；该分子标记是通过全基因组关联分析得到，可显著影响猪100kg体重时瘦肉率的性状。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高猪瘦肉率，加快猪遗传育种进展并提高企业利润。

技术研发人员：吴珍芳,杨杰,刘艺轶,吴杰,张宇玲,郑恩琴,蔡更元,张泽宾,刘琅青,马福才,杨化强,徐峥
受保护的技术使用者：华南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/4/17