调节CXCL的组合物和方法与流程

背景技术：

1、基因表达的错误调控是许多疾病的根本原因(例如，在哺乳动物中，例如人)。许多疾病和病症与多个相关基因有关。需要新的工具、系统和方法来改变(例如，减少)多个相关基因的表达。

技术实现思路

1、本披露尤其提供了表达阻遏物或包含表达阻遏物的系统，其可用于调节(例如降低)位于cxcl基因座内的一个或多个靶基因(例如，一个或多个cxcl基因)的表达，该cxcl基因座包括顺式作用调节元件。

2、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

3、与靶位点结合的第一靶向部分，该靶位点包含顺式作用调节元件，例如增强子(例如cxcl基因的增强子)；以及

4、第一效应子部分。

5、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

6、与靶位点结合的第一靶向部分，其中该靶位点在cxcl基因座的顺式作用调节元件内，以及

7、任选地，第一效应子部分，

8、其中该表达阻遏物能够降低cxcl基因的表达。

9、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

10、结合包含il-8启动子的靶位点的第一靶向部分；以及

11、第一效应子部分。

12、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

13、与靶位点结合的第一靶向部分，其中该靶位点在cxcl基因座的e1顺式作用调节元件内或cxcl基因座的e2顺式作用调节元件内，以及

14、任选地，第一效应子部分，

15、其中该表达阻遏物能够降低cxcl基因的表达。

16、在一些实施例中，靶位点在基因组坐标chr4:74591400-74593000或chr4:74982639-74983600内(基于hg19人基因组参考组装)。

17、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

18、第一靶向部分，其结合在基因组坐标chr4:74591400-74593000或chr4:74982639-74983600(基于hg19人基因组参考组装)内的靶位点，以及

19、任选地，第一效应子部分，

20、其中该表达阻遏物能够降低cxcl基因的表达。

21、在一些实施例中，该靶位点选自：

22、a)grch37：chr4:74591777-74591797；

23、b)grch37：chr4:74591834-74591854；

24、c)grch37：chr4:74591896-74591916；

25、d)grch37：chr4:74592082-74592102；

26、e)grch37：chr4:74592107-74592127；

27、f)grch37：chr4:74592156-74592176；

28、g)grch37：chr4:74592210-74592230；

29、h)grch37：chr4:74592057-74592077；

30、i)grch37：chr4:74591977-74591997；

31、j)grch37：chr4:74591856-74591876；

32、k)grch37：chr4:74591768-74591790；

33、l)grch37：chr4:74591844-74591866；

34、m)grch37：chr4:74591892-74591914；

35、n)grch37：chr4:74592088-74592110；

36、o)grch37：chr4:74982748-74982770；

37、p)grch37：chr4:74982841-74982863；

38、q)grch37：chr4:74982882-74982904；

39、r)grch37：chr4:74982960-74982982；

40、s)grch37：chr4:74983108-74983130；以及

41、t)grch37：chr4:74983181-74983203。

42、在某些实施例中，第一靶向部分与选自以下的靶位点上游或下游500、300、200、100或50个核苷酸内结合：

43、a)grch37：chr4:74591777-74591797；

44、b)grch37：chr4:74591834-74591854；

45、c)grch37：chr4:74591896-74591916；

46、d)grch37：chr4:74592082-74592102；

47、e)grch37：chr4:74592107-74592127；

48、f)grch37：chr4:74592156-74592176；

49、g)grch37：chr4:74592210-74592230；

50、h)grch37：chr4:74592057-74592077；

51、i)grch37：chr4:74591977-74591997；

52、j)grch37：chr4:74591856-74591876；

53、k)grch37：chr4:74591768-74591790；

54、l)grch37：chr4:74591844-74591866；

55、m)grch37：chr4:74591892-74591914；

56、n)grch37：chr4:74592088-74592110；

57、o)grch37：chr4:74982748-74982770；

58、p)grch37：chr4:74982841-74982863；

59、k)grch37：chr4:74982882-74982904；

60、r)grch37：chr4:74982960-74982982；

61、s)grch37：chr4:74983108-74983130；以及

62、t)grch37：chr4:74983181-74983203。

63、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

64、与靶位点结合的第一靶向部分，该第一靶向部分包含seq id no:163或164中任一个的序列的至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28或29个核苷酸、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％同一性的序列、或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、或1个位置的序列，以及

65、任选地，第一效应子部分，

66、其中该表达阻遏物能够降低cxcl基因的表达。

67、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

68、与靶位点结合的第一靶向部分，其中该靶位点在il-8启动子内，以及

69、任选地，第一效应子部分，

70、其中该表达阻遏物能够降低il-8的表达。

71、在一些实施例中，靶位点(例如，il8启动子内的靶位点)在基因组坐标chr4:74606112-74606462(hg19)内。在一些实施例中，靶位点(例如，il8启动子内的靶位点)位于距离以下1kb以内：chr:74606112-74606462(例如，chr4:74606112-74606662、chr4:74606112-74606862、chr4:74606112-74607062、chr4:74606112-74607262、chr4:74606112-74607462、chr4:74605912-74606462、chr4:74605712-74606462、chr4:74605512-74606462、chr4:74605312-74606462、chr4:74605112-74606462、chr4:74605912-74606662、chr4:74605912-74606862、chr4:74605912-74607062、chr4:74605912-74607262、chr4:74605912-74607462、chr4:74605712-74606662、chr4:74605712-74606862、chr4:74605712-74607062、chr4:74605712-74607262、chr4:74605712-74607462、chr4:74605512-74606662、chr4:74605512-74606862、chr4:74605512-74607062、chr4:74605512-74607262、chr4:74605512-74607462、chr4:74605312-74606662、chr4:74605312-74606862、chr4:74605312-74607062、chr4:74605312-74607262、chr4:74605312-74607462、chr4:74605112-74606662、chr4:74605112-74606862、chr4:74605112-74607062、chr4:74605112-74607262或chr4:74605112-74607462)。在某些实施例中，靶位点(例如il8启动子内的靶位点)位于转录起始位点上游500bp处。在某些实施例中，靶位点(例如，il8启动子内的靶位点)位于chr4:74605723-74606223处。在一些实施例中，靶位点(例如，il8启动子内的靶位点)位于chr4:74605723-74606426、chr4:74605723-74606626、chr4:74605723-74606826、chr4:74605723-74607026、chr4:74605723-74607226、chr4:74605523-74606226、chr4:74605323-74606226、chr4:74605123-74606226、chr4:74604923-74606226、chr4:74604723-74606226、chr4:74605523-74606426、chr4:74605523-74606626、chr4:74605523-74606826、chr4:74605523-74607026、chr4:74605523-74607226、chr4:74605323-74606426、chr4:74605323-74606626、chr4:74605323-74606826、chr4:74605323-74607026、chr4:74605323-74607226、chr4:74605123-74606426、chr4:74605123-74606626、chr4:74605123-74606826、chr4:74605123-74607026、chr4:74605123-74607226、chr4:74604923-74606426、chr4:74604923-74606626、chr4:74604923-74606826、chr4:74604923-74607026、chr4:74604923-74607226、chr4:74604723-74606426、chr4:74604723-74606626、chr4:74604723-74606826、chr4:74604723-74607026或chr4:74604723-74607226。在一些实施例中，靶位点(例如il8启动子内的靶位点)位于转录起始位点上游1000bp处。在某些实施例中，靶位点(例如，il8启动子内的靶位点)位于chr4:74605223-74606223处。在一些实施例中，靶位点(例如，il8启动子内的靶位点)位于chr4:74605226-74606426、chr4:74605226-74606626、chr4:74605226-74606826、chr4:74605226-74607026、chr4:74605226-74607226、chr4:74605026-74606226、chr4:74604826-74606226、chr4:74604626-74606226、chr4:74604426-74606226、chr4:74604226-74606226、chr4:74605026-74606426、chr4:74605026-74606626、chr4:74605026-74606826、chr4:74605026-74607026、chr4:74605026-74607226、chr4:74604826-74606426、chr4:74604826-74606626、chr4:74604826-74606826、chr4:74604826-74607026、chr4:74604826-74607226、chr4:74604626-74606426、chr4:74604626-74606626、chr4:74604626-74606826、chr4:74604626-74607026、chr4:74604626-74607226、chr4:74604426-74606426、chr4:74604426-74606626、chr4:74604426-74606826、chr4:74604426-74607026、chr4:74604426-74607226、chr4:74604226-74606426、chr4:74604226-74606626、chr4:74604226-74606826、chr4:74604226-74607026或chr4:74604226-74607226。

72、一方面，本披露提供了表达阻遏物，其包含：

73、第一靶向部分，其与以下基因组坐标内的靶位点结合：grch37：chr4:74606162-74606184，grch37：chr4:74605723-74606223或grch37：chr4:74605223-74606223(基于hg19人基因组参考组装)；以及

74、任选地，第一效应子部分，

75、其中该表达阻遏物能够降低il-8的表达。

76、在一些实施例中，该表达阻遏物结合的靶位点选自：

77、i)grch37：chr4:74605780-74605800；

78、ii)grch37：chr4:74605961-74605981；

79、iii)grch37：chr4:74606122-74606142；

80、iv)grch37：chr4:74605955-74605975；

81、v)grch37：chr4:74605842-74605862；

82、vi)grch37：chr4:74606145-74606165；

83、vii)grch37：chr4:74606039-74606056；

84、viii)grch37：chr4:74606113-74606130；

85、ix)grch37：chr4:74606137-74606154；

86、x)grch37：chr4:74606150-74606167；

87、xi)grch37：chr4:74591882-74591899；

88、xii)grch37：chr4:74591923-74591940；

89、xiii)grch37：chr4:74591897-74591914；以及

90、xiv)grch37：chr4:74591873-74591890。

91、在某些实施例中，第一靶向部分与选自以下的靶位点上游或下游500、300、200、100或50个核苷酸内结合：

92、i)grch37：chr4:74605780-74605800；

93、ii)grch37：chr4:74605961-74605981；

94、iii)grch37：chr4:74606122-74606142；

95、iv)grch37：chr4:74605955-74605975；

96、v)grch37：chr4:74605842-74605862；

97、vi)grch37：chr4:74606145-74606165；

98、vii)grch37：chr4:74606039-74606056；

99、viii)grch37：chr4:74606113-74606130；

100、ix)grch37：chr4:74606137-74606154；

101、x)grch37：chr4:74606150-74606167；

102、xi)grch37：chr4:74591882-74591899；

103、xii)grch37：chr4:74591923-74591940；

104、xiii)grch37：chr4:74591897-74591914；以及

105、xiv)grch37：chr4:74591873-74591890。

106、在一些实施例中，第一效应子部分包含本文描述的效应子，例如，krab、mq1、dnmt1、dnmt3a1、dnmt3a2、dnmt3b1、dnmt3b2、dnmt3b3、dnmt3b4、dnmt3b5、dnmt3b6、dnmt3l、ezh2、hdac8、mecp2、hp1、rbbp4、rest、fog1、suz12、setdb1、setdb2、ehmt2(即g9a)、ehmt1(即glp)、suv39h1、hdac1、hdac2、hdac3、hdac4、hdac5、hdac6、hdac7、hdac8、hdac9、hdac10、hdac11、sirt1、sirt2、sirt3、sirt4、sirt5、sirt6、sirt7、sirt8、sirt9、ezh1、suv39h2、setd8、suv420h1、suv420h2或dnmt3或其任一个的功能变体或片段。

107、在某些实施例中，第一效应子部分通过接头与靶向部分连接。在一些实施例中，接头是肽接头。在一些实施例中，接头的长度可以在2-30、5-30、10-30、15-30、20-30、25-30、2-25、5-25、10-25、15-25、20-25、2-20、5-20、10-20、15-20、2-15、5-15、10-15、2-10、5-10、或2-5个氨基酸之间，或者长度大于或等于2、5、10、15、20、25或30个氨基酸(并且任选地，长度高达50、40、30、25、20、15、10或5个氨基酸)。

108、在一些实施例中，第一效应子部分在靶向部分的c末端。

109、在某些实施例中，第一效应子部分在靶向部分的n末端。

110、在一些实施例中，该第一效应子部分由核苷酸序列编码，该核苷酸序列选自seqid no:10、14、16、18、66、68中任一个，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

111、在某些实施例中，该第一效应子部分包含根据seq id no:11、12、13、15、17、19、67中任一个的氨基酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

112、在一些实施例中，第一效应子部分为mq1或其功能变体或片段，例如，其中第一效应子部分包含seq id no:11或12的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该第一效应子部分在该第一靶向部分的c末端。

113、在某些实施例中，第一效应子部分为krab或其功能变体或片段，例如，其中第一效应子部分包含seq id no:13的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该第一效应子部分在该第一靶向部分的c末端。

114、在一些实施例中，第一效应子部分为dnmt3a/3l或其功能变体或片段，例如，其中第一效应子部分包含seq id no:15的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该第一效应子部分在该第一靶向部分的c末端。

115、在某些实施例中，第一效应子部分为ezh2或其功能变体或片段，例如，其中第一效应子部分包含seq id no:17的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

116、在一些实施例中，第一效应子部分为hdac8或其功能变体或片段，例如，其中第一效应子部分包含seq id no:19的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该第一效应子部分在该第一靶向部分的c末端。

117、在某些实施例中，第一效应子部分为g9a或其功能变体或片段，例如，其中第一效应子部分包含seq id no:67的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该第一效应子部分为该第一靶向部分的n末端。

118、在一些实施例中，效应子部分包含dna甲基转移酶，例如mq1或其片段或变体。

119、在某些实施例中，效应子部分包含转录阻遏物，例如包含krab或其片段或变体。

120、在一些实施例中，靶位点具有15-20、20-25、25-30或30-35个核苷酸的长度。

121、在一些实施例中，第一靶向部分包含锌指结构域。

122、在某些实施例中，锌指结构域包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个锌指(并且任选地不多于11、10、9、8、7、6或5个锌指)。

123、在一些实施例中，该锌指结构域包含1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、4-5、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、6-10、6-9、6-8、6-7、7-10、7-9、7-8、8-10、8-9、或9-10个锌指。

124、在一些实施例中，锌指结构域包含3、7或9个锌指。在一些实施例中，锌指结构域靶向包含21个核苷酸的位点。

125、在某些实施例中，第一靶向部分包含crispr-cas结构域。

126、在某些实施例中，本文描述的表达阻遏物能够减少多个cxcl基因(例如，2、3、4、5、6、7个或8个cxcl基因)的表达。在某些实施例中，本文描述的表达阻遏物能够降低cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8中的一个或多个(例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个)的表达。

127、在某些实施例中，第一效应子部分是持久效应子部分或瞬时效应子部分。

128、在一些实施例中，第一靶向部分包含锌指结构域，并且第一效应子部分包含转录阻遏物，例如krab或其片段或变体。

129、在一些实施例中，第一靶向部分包含锌指结构域，并且第一效应子部分包含表观遗传修饰部分，例如dna甲基转移酶，例如mq1或其片段或变体。

130、在一些实施例中，表达阻遏物包含seq id no:152-161中任一个的氨基酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％同一性的序列、或与其差异不多于20个、19个、18个、17个、16个、15个、14个、13个、12个、11个、10个、9个、8个、7个、6个、5个、4个、3个、2个或1个位置的序列。

131、在一些实施例中，本文描述的表达阻遏物：(i)包含一个或多个核定位信号序列(nls)，或(ii)不包含nls。

132、在一些实施例中，本文描述的表达阻遏物在n末端包含第一nls，例如，其中第一nls具有seq id no:63或64的序列。

133、在一些实施例中，本文描述的表达阻遏物包含位于c末端的nls，例如第二nls，例如具有seq id no:63或64的序列。

134、在一些实施例中，第一和第二nls具有相同的序列。在某些实施例中，第一和第二nls具有不同的序列。

135、在某些实施例中，表达阻遏物与靶位点的结合增加了cxcl基因座中的位点处的甲基化，例如增加了cxcl基因座的e1顺式作用调节元件或cxcl基因座的e2顺式作用调节元件处的甲基化。

136、一方面，本披露提供了一种系统，该系统包括：

137、a)根据前述任一实施例的第一表达阻遏物，以及

138、b)第二表达阻遏物，例如，降低cxcl基因表达的第二表达阻遏物。

139、在一些实施例中，第二表达阻遏物包括：

140、与该cxcl基因座内的第二靶位点结合的第二靶向部分，以及

141、任选地，第二效应子部分。

142、在某些实施例中，第二表达阻遏物结合cxcl基因座的e1顺式作用调节元件、cxcl基因座的e2顺式作用调节元件或il8启动子。

143、在某些实施例中，第二靶位点在以下坐标内：grch37：chr4:74606162-74606184，grch37：chr4:74605723-74606223或grch37：chr4:74605223-74606223。在一些实施例中，第二靶位点在以下坐标内：

144、a)chr4:74606112-74606462、chr4:74606112-74606662、chr4:74606112-74606862、chr4:74606112-74607062、chr4:74606112-74607262、chr4:74606112-74607462、chr4:74605912-74606462、chr4:74605712-74606462、chr4:74605512-74606462、chr4:74605312-74606462、chr4:74605112-74606462、chr4:74605912-74606662、chr4:74605912-74606862、chr4:74605912-74607062、chr4:74605912-74607262、chr4:74605912-74607462、chr4:74605712-74606662、chr4:74605712-74606862、chr4:74605712-74607062、chr4:74605712-74607262、chr4:74605712-74607462、chr4:74605512-74606662、chr4:74605512-74606862、chr4:74605512-74607062、chr4:74605512-74607262、chr4:74605512-74607462、chr4:74605312-74606662、chr4:74605312-74606862、chr4:74605312-74607062、chr4:74605312-74607262、chr4:74605312-74607462、chr4:74605112-74606662、chr4:74605112-74606862、chr4:74605112-74607062、chr4:74605112-74607262或chr4:74605112-74607462；

145、b)chr4:74605723-74606223、chr4:74605723-74606426、chr4:74605723-74606626、chr4:74605723-74606826、chr4:74605723-74607026、chr4:74605723-74607226、chr4:74605523-74606226、chr4:74605323-74606226、chr4:74605123-74606226、chr4:74604923-74606226、chr4:74604723-74606226、chr4:74605523-74606426、chr4:74605523-74606626、chr4:74605523-74606826、chr4:74605523-74607026、chr4:74605523-74607226、chr4:74605323-74606426、chr4:74605323-74606626、chr4:74605323-74606826、chr4:74605323-74607026、chr4:74605323-74607226、chr4:74605123-74606426、chr4:74605123-74606626、chr4:74605123-74606826、chr4:74605123-74607026、chr4:74605123-74607226、chr4:74604923-74606426、chr4:74604923-74606626、chr4:74604923-74606826、chr4:74604923-74607026、chr4:74604923-74607226、chr4:74604723-74606426、chr4:74604723-74606626、chr4:74604723-74606826、chr4:74604723-74607026或chr4:74604723-74607226；或

146、c)chr4:74605223-74606223、chr4:74605226-74606426、chr4:74605226-74606626、chr4:74605226-74606826、chr4:74605226-74607026、chr4:74605226-74607226、chr4:74605026-74606226、chr4:74604826-74606226、chr4:74604626-74606226、chr4:74604426-74606226、chr4:74604226-74606226、chr4:74605026-74606426、chr4:74605026-74606626、chr4:74605026-74606826、chr4:74605026-74607026、chr4:74605026-74607226、chr4:74604826-74606426、chr4:74604826-74606626、chr4:74604826-74606826、chr4:74604826-74607026、chr4:74604826-74607226、chr4:74604626-74606426、chr4:74604626-74606626、chr4:74604626-74606826、chr4:74604626-74607026、chr4:74604626-74607226、chr4:74604426-74606426、chr4:74604426-74606626、chr4:74604426-74606826、chr4:74604426-74607026、chr4:74604426-74607226、chr4:74604226-74606426、chr4:74604226-74606626、chr4:74604226-74606826、chr4:74604226-74607026或chr4:74604226-74607226。

147、在某些实施例中，第二靶位点在以下内：grch37：chr4:74606162-74606184。

148、在一些实施例中，该第二靶位点选自：

149、i)grch37：chr4:74605780-74605800；

150、ii)grch37：chr4:74605961-74605981；

151、iii)grch37：chr4:74606122-74606142；

152、iv)grch37：chr4:74605955-74605975；

153、v)grch37：chr4:74605842-74605862；

154、vi)grch37：chr4:74606145-74606165；

155、vii)grch37：chr4:74606039-74606056；

156、viii)grch37：chr4:74606113-74606130；

157、ix)grch37：chr4:74606137-74606154；

158、x)grch37：chr4:74606150-74606167；

159、xi)grch37：chr4:74591882-74591899；

160、xii)grch37：chr4:74591923-74591940；

161、xiii)grch37：chr4:74591897-74591914；以及

162、xiv)grch37：chr4:74591873-74591890。

163、在某些实施例中，第二靶位点位于选自以下的靶位点上游或下游500、300、200、100或50个核苷酸内：

164、i)grch37：chr4:74605780-74605800；

165、ii)grch37：chr4:74605961-74605981；

166、iii)grch37：chr4:74606122-74606142；

167、iv)grch37：chr4:74605955-74605975；

168、v)grch37：chr4:74605842-74605862；

169、vi)grch37：chr4:74606145-74606165；

170、vii)grch37：chr4:74606039-74606056；

171、viii)grch37：chr4:74606113-74606130；

172、ix)grch37：chr4:74606137-74606154；

173、x)grch37：chr4:74606150-74606167；

174、xi)grch37：chr4:74591882-74591899；

175、xii)grch37：chr4:74591923-74591940；

176、xiii)grch37：chr4:74591897-74591914；以及

177、xiv)grch37：chr4:74591873-74591890。

178、在某些实施例中，第二靶向部分是聚簇的调节间隔短回文重复(crispr)cas结构域。

179、一方面，本披露提供编码本文所述的表达阻遏物的核酸。

180、一方面，本披露提供了编码以下的核酸：本文描述的任一种的第一表达阻遏物和第二表达阻遏物，例如降低cxcl基因的表达的第二表达阻遏物，例如实施例的前述方面中任一个的系统的表达阻遏物。

181、一方面，本披露提供了核酸系统，其包含：

182、a)编码本文所述的第一表达阻遏物的第一核酸，和

183、b)第二核酸，该第二核酸编码第二表达阻遏物，例如降低cxcl基因的表达的第二表达阻遏物，例如实施例的前述方面中任一个的系统的表达阻遏物。

184、在一些实施例中，核酸或核酸系统包含编码第一靶向部分的区域，其中编码第一靶向部分的区域包含seq id no:122-131中任一个的核苷酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

185、在一些实施例中，核酸或核酸系统包含编码第一靶向部分的区域，其中编码第一靶向部分的区域包含seq id no:194-199、248-253或276-291中任一个的核苷酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

186、在一些实施例中，核酸或核酸系统包含编码第一效应子部分的区域，其中编码第一效应子部分的区域包含seq id no:10、14、16、18、66、68中任一个的核苷酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

187、在一些实施例中，核酸或核酸系统进一步包含编码nls的区域。在某些实施例中，编码nls的区域包含seq id no:63或64的核苷酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

188、在某些实施例中，核酸或核酸系统包含dna或rna(例如mrna)。

189、一方面，本披露提供了包含前述方面或实施例中任一项的核酸或核酸系统的载体。

190、一方面，本披露提供了包含前述方面或实施例中任一项的表达阻遏物、核酸或核酸系统的药物组合物。

191、在一些实施例中，药物组合物包含lnp，例如其中核酸或核酸系统被配制为lnp。

192、一方面，本披露提供了人细胞，其包含：如本文所述的表达阻遏物、如本文所述的核酸或核酸系统、或如本文所述的载体。

193、一方面，本披露提供了一种具有cxcl基因表达降低的人细胞，其中该细胞是通过包括使该细胞与前述方面或实施例中任一个的表达阻遏物、前述方面或实施例中任一个的核酸或核酸系统、或前述方面或实施例中任一个的载体接触的方法产生的。

194、在一些实施例中，人细胞具有第一和第二cxcl基因的降低的表达。在某些实施例中，人细胞具有第三cxcl基因的降低的表达。在某些实施例中，人细胞具有第四cxcl基因的降低的表达。在一些实施例中，人细胞具有第五cxcl基因的降低的表达。在某些实施例中，人细胞具有第六cxcl基因的降低的表达。在一些实施例中，人细胞具有第七cxcl基因的降低的表达。在一些实施例中，人细胞具有第八cxcl基因的降低的表达。在一些实施例中，人细胞具有cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8中的一个或多个(例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个)的降低的表达。在一些实施例中，人细胞具有cxcl1、cxcl2、cxcl3和il8中的一个或多个的降低的表达。

195、一方面，本披露提供了一种降低细胞中一个或个种cxcl基因的表达的方法，该方法包括使该细胞与前述方面或实施例中任一个的表达阻遏物、系统、核酸或核酸系统、或载体接触。

196、一方面，本披露提供了一种降低细胞中il-8表达的方法，该方法包括使该细胞与本文描述的表达阻遏物、系统、核酸或核酸系统接触。

197、一方面，本披露提供了一种降低细胞中一个或多个cxcl基因的表达的方法，该方法包括使该细胞与表达阻遏物或包含编码该表达阻遏物的序列的核酸接触，其中该表达阻遏物包含：

198、与靶位点结合的第一靶向部分，其中该靶位点在cxcl基因座的e1顺式作用调节元件内或cxcl基因座的e2顺式作用调节元件内，以及

199、任选地，第一效应子部分，

200、从而降低cxcl基因的表达。

201、在一些实施例中，靶位点在基因组坐标chr4:74591400-74593000或chr4:74982639-74983600内(基于hg19人基因组参考组装)。

202、在某些实施例中，cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7或il-8中的一种或多种(例如，2、3、4、5、6、7或8)的表达降低。

203、在一些实施例中，表达降低至少1、2、3、4、5、6、7、10、或14天、或至少1、2、3、4、或5周。

204、在一些实施例中，细胞是患有炎性疾病例如免疫介导的炎性疾病的受试者的细胞。在某些实施例中，炎性疾病是自身免疫障碍，例如类风湿性关节炎。

205、在一些实施例中，炎性疾病与致病性感染，例如病毒感染，例如sars-cov2感染相关。

206、在某些实施例中，炎性疾病与重复感染相关，例如由两种或更多种病原体引起的感染，例如由病毒和细菌(例如，由sars-cov2和肺炎链球菌(streptococcus pneumoni))引起的感染，例如由病毒和真菌(例如，由sars-cov2和毛霉菌病)引起的感染。

207、在一些实施例中，细胞为患有类风湿性关节炎、炎症、关节炎、痛风、哮喘、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、足肿胀、急性呼吸系统疾病综合征(ards)、covid-19、银屑病、炎性肠病、感染(例如，由病原体，例如细菌、病毒或真菌引起的)、外伤(例如，擦伤或异物)、辐射或化学损伤的影响、骨关节炎、骨关节炎性关节疼痛、关节疼痛、炎性痛、急性痛、慢性痛、膀胱炎、支气管炎、皮炎、皮肤病、心血管疾病、神经退行性疾病、肝病、肺病、肾病、疼痛、肿胀、僵硬、压痛、发红、发热或与疾病状态相关的生物标志物(例如，细胞因子、趋化因子、生长因子、免疫受体、感染标志物或炎症标志物)升高的受试者的细胞。

208、在一些实施例中，细胞是患有类风湿性关节炎、银屑病或炎性肠病的受试者的细胞。

209、在某些实施例中，细胞是患有类风湿性关节炎、痛风、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、急性呼吸系统疾病综合征(ards)或covid-19的受试者的细胞。

210、在一些实施例中，细胞是患有癌症的受试者的细胞。

211、在某些实施例中，癌症为肺癌(例如，非小细胞肺癌)、乳腺癌、肝细胞癌(hcc)、前列腺癌、结肠癌、皮肤癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜样癌、子宫内膜癌、成熟b细胞淋巴瘤、膀胱癌、食管胃癌、食管腺癌、骨癌、黑素瘤、肝胆管癌、甲状腺癌、成熟b细胞肿瘤、神经胶质瘤、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、胰腺癌(例如，胰腺导管腺癌)、肉瘤、或胃腺癌。

212、在一些实施例中，细胞位于受试者中。

213、在某些实施例中，细胞是离体的。

214、在一些实施例中，细胞是哺乳动物细胞，例如人细胞。

215、在某些实施例中，细胞是体细胞。

216、在一些实施例中，细胞是原代细胞。

217、在一些实施例中，接触步骤离体进行。

218、在一些实施例中，方法进一步包括在接触步骤之前，从受试者移除细胞(例如哺乳动物细胞)的步骤。

219、在一些实施例中，方法进一步包括在接触步骤之后，向受试者施用细胞(例如，哺乳动物细胞)的步骤。

220、在某些实施例中，接触步骤包括向受试者施用包含表达阻遏物的组合物。

221、在一些实施例中，表达阻遏物作为单一疗法施用。

222、在某些实施例中，表达阻遏物与第二治疗剂组合施用。

223、一方面，本披露提供了反应混合物，其包含前述方面或实施例中任一个的细胞(例如，人细胞，例如，原代人细胞)和表达阻遏物、或系统。

224、一方面，本披露提供了治疗患有炎性障碍的受试者的方法，该方法包括：

225、以足以治疗障碍(例如，炎性障碍)的量向该受试者施用前述方面或实施例中任一个的表达阻遏物、系统、核酸、核酸系统或反应混合物，

226、从而治疗该障碍(例如炎性障碍)。

227、在一些实施例中，炎性障碍是类风湿性关节炎、银屑病或炎性肠病。

228、在一些实施例中，炎性障碍是类风湿性关节炎、痛风、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、急性呼吸系统疾病综合征(ards)、酒精性肝炎、慢性阻塞性肺病(copd)或covid-19。

229、在某些实施例中，炎性障碍是自身免疫障碍，例如类风湿性关节炎。

230、在一些实施例中，炎性疾病与致病性感染，例如病毒感染，例如sars-cov2感染相关。

231、在某些实施例中，炎性疾病与重复感染相关，例如由两种或更多种病原体引起的感染，例如由病毒和细菌(例如，由sars-cov2和肺炎链球菌(streptococcus pneumoni))引起的感染，例如由病毒和真菌(例如，由sars-cov2和毛霉菌病)引起的感染。

232、一方面，本披露提供了治疗患有癌症的受试者的方法，该方法包括：

233、向该受试者以足以治疗该癌症的量施用如权利要求1-102中任一项所述的表达阻遏物、系统、核酸、核酸系统或反应混合物，

234、从而治疗该癌症。

235、在某些实施例中，癌症为肺癌(例如，非小细胞肺癌)、乳腺癌、肝细胞癌(hcc)、前列腺癌、结肠癌、皮肤癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜样癌、子宫内膜癌、成熟b细胞淋巴瘤、膀胱癌、食管胃癌、食管腺癌、骨癌、黑素瘤、肝胆管癌、甲状腺癌、成熟b细胞肿瘤、神经胶质瘤、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、胰腺癌(例如，胰腺导管腺癌)、肉瘤、或胃腺癌。

236、在一些实施例中，受试者具有包含以下的e1顺式作用调节元件序列：seq id no:162的序列或相对于其具有不多于8、7、6、5、4、3、2或1个改变的序列。

237、在某些实施例中，受试者具有包含以下的e2顺式作用调节元件序列：seq id no:163的序列或相对于其具有不多于8、7、6、5、4、3、2或1个改变的序列。

238、在一些方面，本披露涉及编码第一表达阻遏物、第二表达阻遏物、两者或其组分(例如，grna，mrna)的核酸。在一些实施例中，编码表达阻遏物系统的核酸是多顺反子序列。在一些实施例中，多顺反子序列是双顺反子序列。

239、在一些方面，本披露提供了一种表达阻遏物，该表达阻遏物包含靶向部分，该靶向部分靶向与多个基因可操作地连接的增强子。在一些方面中，本披露提供了一种降低多个基因的表达的方法，该方法包括使包含该多个基因的细胞与表达阻遏物接触，该表达阻遏物包含靶向部分，该靶向部分靶向与该多个基因可操作地连接的增强子。在一些实施例中，多个基因包含cxcl基因。在一些实施例中，表达阻遏物靶向cxcl基因座的e1 cre。

240、一方面，表达阻遏物或包含表达阻遏物的系统可以与本文所述的位点特异性破坏剂组合使用。例如，靶向cxcl基因座的顺式作用调节元件的表达阻遏物可以与靶向cxcl基因座的锚序列的位点特异性破坏剂组合使用。在一些实施例中，位点特异性破坏剂是如实施例b1-b232中任一项所述的位点特异性破坏剂。在一些实施例中，位点特异性破坏剂是本文所述的位点特异性破坏剂。在一些实施例中，位点特异性破坏剂是国际申请pct/us2021/052720中描述的位点特异性破坏剂，该申请通过引用整体并入本文。

241、一方面，位点特异性破坏剂包含特异性结合至asmc中的第一锚序列或该第一锚序列的近端的靶向部分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂的结合以足以调节(例如降低)多个靶基因(例如第一基因和第二基因)的表达的量发生。在一些实施例中，位点特异性破坏剂进一步包含效应子部分。通常，位点特异性破坏剂对靶多个基因表达的调节涉及位点特异性破坏剂结合第一锚序列或结合在第一锚序列的近端。在一些实施例中，位点特异性破坏剂与第一锚序列的结合可以破坏成核多肽(例如ctcf)与第一锚序列的结合，例如从而破坏asmc的形成和/或维持，例如从而调节(例如降低)多个基因的表达。在一些实施例中，位点特异性破坏剂结合第一锚序列或结合在第一锚序列的近端可将效应子部分的功能定位于第一锚序列和/或asmc，例如，从而破坏asmc的形成和/或维持，例如，从而调节(例如，降低)降低多个基因的表达。在一些实施例中，位点特异性破坏剂结合第一锚序列或结合在第一锚序列的近端可以将效应子部分的功能定位于第一锚序列和/或asmc，例如，从而调节(例如，降低)多个基因的表达。不希望受理论束缚，在一些实施例中，人们认为靶向同一asmc内的多个基因可以更有效地调节(例如降低)多个基因的表达和/或更有效地实现与多个基因的功能相关的治疗效果。例如，在一些实施例中，靶向的多个基因可能都是促炎基因；如本文所教导的，靶向多个促炎基因进行调节(例如，减少)表达可以比靶向单个基因更有效地减少炎症。与靶向多个基因中的个别基因的效应相比，靶向包含在同一基因组复合物(例如，asmc)内的多个基因(例如，通过靶向asmc或asmc的锚序列)可以具有更大的叠加或协同效应(例如，关于表达调节或调节的稳定性/持续时间)。

242、在一些实施例中，本文所述的方法包括降低细胞中第一基因和第二基因的表达。在一些实施例中，该方法包括：使细胞与包含特异性结合至第一锚序列或位于第一锚序列近端的位点的靶向部分的位点特异性破坏剂以足以降低该第一和第二基因的表达的量接触，该第一和第二基因在包含该第一锚序列和第二锚序列的锚序列介导的联接体内。在一些实施例中，第一基因和第二基因是促炎基因。在一些实施例中，第一基因和第二基因是cxcl基因。

243、在一些实施例中，本文描述的系统包含以下或者本文描述的方法涉及使用以下：dna结合部分，例如靶向部分，其特异性结合细胞内第一锚序列或结合在细胞内第一锚序列的近端。在一些实施例中，第一锚序列是锚序列介导的联接体的一部分，该联接体进一步包含第二锚序列、第一基因和第二基因。在一些实施例中，第一基因和第二基因是cxcl基因。

244、在一些实施例中，本文所述的系统包括，或本文所述的方法涉及使用位点特异性破坏剂，该位点特异性破坏剂包括：靶向部分，该靶向部分特异性结合细胞内第一锚序列或结合在细胞内第一锚序列的近端，其中该第一锚序列是锚序列介导的联接体的一部分，该锚序列介导的联接体进一步包含第二锚序列、第一基因和第二基因，其中该第一基因和该第二基因是cxcl基因。

245、在一些实施例中，本文所述的方法包括降低细胞中第一基因和第二基因的表达，该方法包括：使该细胞与包含特异性结合至第一锚序列或位于第一锚序列近端的位点的靶向部分的位点特异性破坏剂以足以降低该第一和第二基因的表达的量接触，该第一和第二基因在包含该第一锚序列和第二锚序列的锚序列介导的联接体内，其中该第一基因和第二基因是cxcl基因；从而降低该第一和第二基因的表达。

246、在另一个方面中，本披露涉及反应混合物，其包含本文描述的细胞(例如，人细胞，例如，原代人细胞)、系统(例如，包含本文描述的表达阻遏物并且任选地进一步包含本文描述的位点特异性破坏剂的系统)。

247、在另一个方面中，本披露涉及一种治疗患有炎性障碍的受试者的方法，该方法包括以足以治疗炎性障碍的量向受试者施用本文描述的系统(例如，包含本文描述的表达阻遏物并且任选地进一步包含本文描述的位点特异性破坏剂的系统)。

248、在另一个方面中，本披露涉及一种治疗患有感染(例如病毒感染，例如covid-19)的受试者中的炎症(例如局部炎症)的方法，该方法包括以足以治疗该炎症的量向该受试者施用本文描述的系统(例如，包含本文描述的表达阻遏物并且任选地进一步包含本文描述的位点特异性破坏剂的系统)。

249、在另一个方面中，本披露涉及一种具有第一基因和第二基因的表达降低的人细胞，其中该第一基因和该第二基因为促炎基因，其中该细胞包含破坏的(例如，完全破坏的)锚序列-介导的联接体，该联接体包含该第一基因和该第二基因。在一些实施例中，人细胞先前与本文描述的系统(例如，包含本文描述的表达阻遏物并且任选地进一步包含本文描述的位点特异性破坏剂的系统)接触。在一些实施例中，人细胞不再包括本文所述的系统。

250、在一些实施例中，本文描述的人细胞包含突变，该突变在基因组坐标chr4:74595464-74595486、chr4:74595457-74595479、chr4:74595460-74595482、chr4:74595472-74595494、chr4:75000088-75000110、chr4:75000091-75000113、chr4:75000085-75000107、chr4:75000157-75000179、chr4:75000156-75000178、chr4:74595215-74595237、chr4:74595370-74595392、chr4:74595560-74595582、chr4:74595642-74595664、chr4:74595787-74595809、chr4:74528428-74528450、chr4:74528567-74528589、chr4:74528609-74528631、chr4:74789132-74789154、chr4:74789250-74789272、chr4:74789312-74789334、chr4:74964853-74964875、chr4:74964906-74964928、chr4:74965538-74965560、chr4:74965737-74965759、chr4:75000031-75000053、chr4:75000115-75000137、chr4:75000231-75000253、chr4:74975146-74975168、chr4:74975369-74975391、chr4:74976318-74976340、chr4:74570348-74570370、chr4:74570503-74570525或chr4:74570526-74570548处或在所述区域的5、10、15、20、30、40或50个核苷酸内。

251、编号实施例b

252、b1.一种降低细胞中第一基因和第二基因的表达的方法，该方法包括：

253、使该细胞与位点特异性破坏剂以足以降低该第一和第二基因的表达的量接触，该位点特异性破坏剂包含特异性结合第一锚序列或第一锚序列近端的位点的靶向部分，

254、该第一和第二基因位于锚序列介导的联接体中，该联接体包括该第一锚序列和第二锚序列，

255、其中任选地，该第一基因和该第二基因是促炎基因；

256、从而降低该第一和第二基因的表达。

257、b2.一种位点特异性破坏剂，其包含：

258、dna结合部分，例如，特异性结合至细胞内的第一锚序列或其近端的靶向部分，

259、其中该第一锚序列是锚序列介导的连接的一部分，该锚序列介导的连接进一步包含第二锚序列、第一基因和第二基因，

260、其中任选地，该第一基因和该第二基因是促炎基因。

261、b3.如实施例b2所述的位点特异性破坏剂，其中该第一或第二锚序列位于il-8和rassf6之间；il-8增强子和rassf6之间；cxcl1和cxcl4之间；cxcl2和epgn之间；或在e2增强子和epgn之间。

262、b4.如实施例b2或b3所述的位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂进一步包含效应子部分。

263、b5.如实施例b2-b4中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向部分包含tal效应子分子、crispr/cas分子(例如，无催化活性的crispr/cas蛋白)、锌指结构域、tetr结构域、大范围核酸酶或寡核苷酸。

264、b6.如实施例b2-b5中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分包含本文所述的效应子，例如，mq1、dnmt1、dnmt3a1、dnmt3a2、dnmt3b1、dnmt3b2、dnmt3b3、dnmt3b4、dnmt3b5、dnmt3b6、dnmt3l、ezh2、hdac8、krab、mecp2、hp1、rbbp4、rest、fog1、suz12、setdb1、setdb2、ehmt2(即g9a)、ehmt1(即glp)、suv39h1、hdac1、hdac2、hdac3、hdac4、hdac5、hdac6、hdac7、hdac8、hdac9、hdac10、hdac11、sirt1、sirt2、sirt3、sirt4、sirt5、sirt6、sirt7、sirt8、sirt9、ezh1、suv39h2、setd8、suv420h1、suv420h2或dnmt3，或其任一个的功能变体或片段。

265、b7.如实施例b2-b6中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分经由接头连接到该靶向部分。

266、b8.如实施例b2-b7中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分在该靶向部分的c末端。

267、b9.如实施例b2-b7中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分是该靶向部分的n末端。

268、b10.如实施例b2-b9中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分由核苷酸序列编码，该核苷酸序列选自seq id no:10、14、16、18、66、68中任一个，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

269、b11.如实施例b2-b10中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分包含根据seq id no:11、12、13、15、17、19、67中任一个的氨基酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

270、b12.如实施例b2-b11中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分为mq1或其功能变体或片段，例如，其中该效应子部分包含seq id no:11或12的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该效应子部分在该靶向部分的c末端。

271、b13.如实施例b2-b11中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分为krab或其功能变体或片段，例如，其中该效应子部分包含seq id no:13的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该效应子部分在该靶向部分的c末端。

272、b14.如实施例b2-b11中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分为dnmt3a/3l或其功能变体或片段，例如，其中该效应子部分包含seq id no:15的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该效应子部分在该靶向部分的c末端。

273、b15.如实施例b2-b11中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分为ezh2或其功能变体或片段，例如，其中该效应子部分包含seq id no:17的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

274、b16.如实施例b2-b11中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分为hdac8或其功能变体或片段，例如，其中该效应子部分包含seq id no:19的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该效应子部分在该靶向部分的c末端。

275、b17.如实施例b2-b11中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分为g9a或其功能变体或片段，例如，其中该效应子部分包含seq id no:67的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该效应子部分为该靶向部分的n末端。

276、b18.如实施例b2-b17中任一项所述的位点特异性破坏剂，其进一步包含第二效应子部分。

277、b19.如实施例b18所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向部分位于该第一效应子部分和该第二效应子部分之间。

278、b20.如实施例b2-b19中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该效应子部分包含聚合物，例如寡核苷酸；例如，grna。

279、b21.如实施例b20所述的位点特异性破坏剂，其中该寡核苷酸具有以下序列，该序列包含该锚序列的互补序列或靠近该锚序列的序列的互补序列。

280、b22.如实施例b2-b21中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向部分进一步包含grna，例如结合包含seq id no:20-62中任一个的序列的至少14、15、16、17、18、19或20个核苷酸的基因组基因座的grna，例如，其中该grna包含含有seq id no:20-62中任一个的序列的至少14、15、16、17、18、19或20个核苷酸的序列。

281、b23.如实施例b2-b22中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向结构域包含crispr/cas分子，例如无催化活性的crispr/cas蛋白，和grna，例如结合包含seq id no:20-62中任一个的序列的至少14、15、16、17、18、19或20个核苷酸的基因组基因座的grna，例如，其中该grna包含含有seq id no:20-62中任一个的序列的至少14、15、16、17、18、19或20个核苷酸的序列并且该效应子部分包含选自dnmt3a/3l、mq1、krab、g9a、hdac8或ezh2的效应子。

282、b24.如实施例b23所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向结构域包含crispr/cas分子，例如无催化活性的crispr/cas蛋白、和grna，例如结合包含seq id no:20-62中任一个的序列的至少14、15、16、17、18、19或20个核苷酸的基因组基因座的grna，例如，其中该grna包含含有seq id no:20-62中任一个的序列的至少14、15、16、17、18、19或20个核苷酸的序列，该第一效应子部分包含选自dnmt3a/3l、mq1、krab、g9a、hdac8、或ezh2的效应子，并且该第二效应子部分包含选自dnmt3a/3l、mq1、krab、g9a、hdac8、或ezh2的效应子。

283、b25.如实施例b2-b24中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向结构域结合包含seq id no:20-62中任一个的序列的至少14、15、16、17、18、19或20个核苷酸的基因组基因座。

284、b26.如实施例b2-b25中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向结构域结合位于seq id no:20-62中任一个的序列的50个核苷酸内(例如，上游或下游)的基因组基因座。

285、b27.如实施例b2-b26中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向结构域结合位于seq id no:20-62中任一个的序列的100个核苷酸内(例如，上游或下游)的基因组基因座。

286、b28.如实施例b2-b27中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向结构域结合位于seq id no:20-62中任一个的序列的200个(例如，上游或下游)核苷酸内的基因组基因座。

287、b29.如实施例b2-b28中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该靶向结构域结合位于seq id no:20-62中任一个的序列的300个核苷酸内(例如，上游或下游)的基因组基因座。

288、b30.如实施例b2-b29中任一项所述的位点特异性破坏剂，其：(i)包含一个或多个核定位信号序列(nls)，或(ii)不包含nls，任选地其中该nls包含seq id no:63和/或64的氨基酸序列。

289、b31.如实施例b18-b30中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该第一效应子部分和/或第二效应子部分包含dna甲基转移酶、组蛋白甲基转移酶、组蛋白脱乙酰酶、组蛋白脱甲基酶或组蛋白修饰复合物的募集剂。

290、b32.如实施例b2-b31所述的位点特异性破坏剂，其中该asmc包含两个环。

291、b33.如实施例b2-b32中任一项所述的位点特异性破坏剂或如实施例b1所述的方法，其中该第一基因位于该asmc的第一环中，并且该第二基因位于该asmc的第二环中。

292、b34.如实施例b33所述的位点特异性破坏剂或方法，其中该第一锚序列位该于第一环和第二环之间。

293、b35.一种核酸，其编码如实施例b2-b34中任一项所述的位点特异性破坏剂。

294、b36.如实施例b1所述的方法或如实施例b2-b36中任一项所述的位点特异性破坏剂，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第三基因，并且任选地其中该方法导致该第三基因的表达降低。

295、b37.如实施例b36所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第四基因，并且任选地其中该方法导致该第四基因的表达降低。

296、b38.如实施例b37所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第五基因，并且任选地其中该方法导致该第五基因的表达降低。

297、b39.如实施例b38所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第六基因，并且任选地其中该方法导致该第六基因的表达降低。

298、b40.如实施例b39所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第七基因，并且任选地其中该方法导致该第七基因的表达降低。

299、b41.如实施例b40所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第八基因，并且任选地其中该方法导致该第八基因的表达降低。

300、b42.一种人细胞，其具有第一基因和第二基因的降低的表达，

301、其中该第一基因和该第二基因是促炎基因，

302、其中该细胞包含破坏的(例如，完全破坏的)锚序列介导的联接体，该联接体包含该第一和第二基因。

303、b43.如实施例b42所述的人细胞，其与由该锚序列介导的联接体所包含的锚序列的ctcf结合降低，例如降低至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％。

304、b44.如实施例b42或b43中任一项所述的人细胞，其中该人细胞降低了第三促炎基因的表达。

305、b45.如实施例b44所述的人细胞，其中该人细胞具有第四促炎症基因的降低的表达。

306、b46.如实施例b45所述的人细胞，其中该人细胞具有第五促炎症基因的降低的表达。

307、b47.如实施例b46所述的人细胞，其中该人细胞具有第六促炎症基因的降低的表达。

308、b48.如实施例b47所述的人细胞，其中该人细胞具有第七促炎症基因的降低的表达。

309、b49.如实施例b48所述的人细胞，其中该人细胞具有第八促炎症基因的降低的表达。

310、b50.如实施例b42-b49中任一项所述的人细胞，其中该人细胞包含突变，该突变在chr4:74595464-74595486、chr4:74595457-74595479、chr4:74595460-74595482、chr4:74595472-74595494、chr4:75000088-75000110、chr4:75000091-75000113、chr4:75000085-75000107、chr4:75000157-75000179、chr4:75000156-75000178、chr4:74595215-74595237、chr4:74595370-74595392、chr4:74595560-74595582、chr4:74595642-74595664、chr4:74595787-74595809、chr4:74528428-74528450、chr4:74528567-74528589、chr4:74528609-74528631、chr4:74789132-74789154、chr4:74789250-74789272、chr4:74789312-74789334、chr4:74964853-74964875、chr4:74964906-74964928、chr4:74965538-74965560、chr4:74965737-74965759、chr4:75000031-75000053、chr4:75000115-75000137、chr4:75000231-75000253、chr4:74975146-74975168、chr4:74975369-74975391、chr4:74976318-74976340、chr4:74570348-74570370、chr4:74570503-74570525或chr4:74570526-74570548处或在所述区域的5、10、15、20、30、40或50个核苷酸内。

311、b51.一种人细胞，其包含突变，该突变在chr4:74595464-74595486、chr4:74595457-74595479、chr4:74595460-74595482、chr4:74595472-74595494、chr4:75000088-75000110、chr4:75000091-75000113、chr4:75000085-75000107、chr4:75000157-75000179、chr4:75000156-75000178、chr4:74595215-74595237、chr4:74595370-74595392、chr4:74595560-74595582、chr4:74595642-74595664、chr4:74595787-74595809、chr4:74528428-74528450、chr4:74528567-74528589、chr4:74528609-74528631、chr4:74789132-74789154、chr4:74789250-74789272、chr4:74789312-74789334、chr4:74964853-74964875、chr4:74964906-74964928、chr4:74965538-74965560、chr4:74965737-74965759、chr4:75000031-75000053、chr4:75000115-75000137、chr4:75000231-75000253、chr4:74975146-74975168、chr4:74975369-74975391、chr4:74976318-74976340、chr4:74570348-74570370、chr4:74570503-74570525或chr4:74570526-74570548处或在所述区域的5、10、15、20、30、40或50个核苷酸内。

312、b52.如实施例b27或b28中任一项所述的人细胞，其中该突变包括缺失、替换或插入(例如1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3或1-2个核苷酸)。

313、b53.如实施例b50-b52中任一项所述的人细胞，其与该突变的ctcf结合降低，例如与具有未破坏的asmc的人细胞相比，降低至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％。

314、b54.如实施例b42-b53中任一项所述的人细胞，其中与具有未破坏的asmc的人细胞相比，该第一基因和第二基因的表达降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。

315、b55.一种系统，其包含：

316、包含第一靶向部分和任选的第一效应子部分的第一位点特异性破坏剂，其中该第一位点特异性破坏剂特异性结合至锚序列介导的联接体(asmc)的第一锚序列，其中该asmc包含第一基因和第二基因，以及

317、包含第二靶向部分和任选的第二效应子部分的第二位点特异性破坏剂，其中该第二位点特异性破坏剂结合该asmc的第二锚序列。

318、b56.如实施例b55所述的系统，其中该第一锚序列在il-8和rassf6之间；il-8增强子和rassf6之间；cxcl1和cxcl4之间；cxcl2和epgn之间；或在e2增强子和epgn之间。

319、b57.如实施例b55或b56所述的系统，其中该第二锚序列在il-8和rassf6之间；il-8增强子和rassf6之间；cxcl1和cxcl4之间；cxcl2和epgn之间；或在e2增强子和epgn之间。

320、b58.如实施例b55-b57中任一项所述的系统，其中该第一锚序列至该il-8增强子和rassf6之间并且该第二锚序列在cxcl1和cxcl4之间。

321、b59.如实施例b55-b58中任一项所述的系统，其中该第一锚序列至该il-8增强子和rassf6之间并且该第二锚序列在e2增强子和epgn之间。

322、b60.如实施例b55-b59中任一项所述的系统，其中该第一锚序列在cxcl1和cxcl4之间，并且该第二锚序列在e2增强子和epgn之间。

323、b61.如实施例b55-b60中任一项所述的系统，其中该第一位点特异性破坏剂是本文所述的位点特异性破坏剂，例如实施例b2-b9中任一项所述的位点特异性破坏剂。

324、b62.如实施例b55-b61中任一项所述的系统，其中该第二位点特异性破坏剂是本文所述的位点特异性破坏剂，例如实施例b2-b9中任一项所述的位点特异性破坏剂。

325、b63.如实施例b55-b62中任一项所述的系统，其中该第一靶向部分和该第二靶向部分各自独立地包含tal效应子分子、crispr/cas分子、锌指结构域、tetr结构域、大范围核酸酶或寡核苷酸。

326、b64.如实施例b55-b63中任一项所述的系统，其中该第一效应子和该第二效应子各自独立地包含本文描述的效应子，例如mq1、ezh2、hdac8、krab、g9a或dnmt3a/3l，或其任一个的功能变体或片段。

327、b65.如实施例b55-b62中任一项所述的系统，其中该第一效应子和该第二效应子各自独立地包含选自以下的蛋白质：setdb1、setdb2、ehmt2(即，g9a)、ehmt1(即，glp)、suv39h1、ezh2、ezh1、suv39h2、setd8、suv420h1、suv420h2、或其任一个的功能变体或片段。

328、b66.如实施例b55-b65中任一项所述的系统，其中该第一效应子和该第二效应子各自独立地包含选自以下的蛋白质：hdac1、hdac2、hdac3、hdac4、hdac5、hdac6、hdac7、hdac8、hdac9、hdac10、hdac11、sirt1、sirt2、sirt3、sirt4、sirt5、sirt6、sirt7、sirt8、sirt9、或其任一个的功能变体或片段。

329、b67.如实施例b55-b43中任一项所述的系统，其中该第一效应子和该第二效应子各自独立地包含选自以下的蛋白质：mq1、dnmt1、dnmt3a1、dnmt3a2、dnmt3b1、dnmt3b2、dnmt3b3、dnmt3b4、dnmt3b5、dnmt3b6、dnmt3l、dnmt3a/3l、或其任一个的功能变体或片段。

330、b68.如实施例b55-b67中任一项所述的系统，其中该第一效应子和该第二效应子各自独立地包含选自以下的蛋白质：krab、mecp2、hp1、rbbp4、rest、fog1、suz12、或其任一个的功能变体或片段。

331、b69.如实施例b55-b68中任一项所述的系统，其中该第一效应子和该第二效应子各自独立地包括聚合物，例如寡核苷酸。

332、b70.如实施例b55-b69中任一项所述的系统，其中该第一寡核苷酸和该第二寡核苷酸相同。

333、b71.如实施例b55-b70中任一项所述的系统，其中该第一寡核苷酸和该第二寡核苷酸不同。

334、b72.如实施例b55-b71中任一项所述的系统，其中该第一寡核苷酸具有包含该第一锚序列的互补序列或该第一锚序列的近端的序列的互补序列的序列并且该第二寡核苷酸具有包含该第二锚序列的互补序列或该第二锚序列的近端的序列的互补序列的序列。

335、b73.如实施例b55-b72中任一项所述的系统，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第三基因。

336、b74.如实施例b55-b73中任一项所述的系统，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第四基因。

337、b75.如实施例b55-b74中任一项所述的系统，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第五基因。

338、b76.如实施例b55-b75中任一项所述的系统，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第六基因。

339、b77.如实施例b55-b76中任一项所述的系统，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第七基因。

340、b78.如实施例b55-b77中任一项所述的系统，其中该锚序列介导的联接体进一步包含第八基因。

341、b79.如实施例b55-b78中任一项所述的系统，其中该asmc包括两个环。

342、b80.一种核酸组合物，其编码如实施例b55-b79中任一项所述的系统。

343、b81.如实施例b80所述的核酸，其中单个核酸编码该第一位点特异性破坏剂和该第二位点特异性破坏剂两者。

344、b82.如实施例b81所述的核酸，其中第一核酸编码该第一位点特异性破坏剂，且第二核酸编码该第二位点特异性破坏剂。

345、b83.一种降低细胞中第一基因和第二基因的表达的方法，该方法包括使该细胞与如实施例b80-b82中任一项所述的核酸组合物的如实施例b55-b79中任一项所述的系统接触。

346、b84.如实施例b83所述的方法，其中该细胞与该第一位点特异性破坏剂和该第二位点特异性破坏剂同时接触。

347、b85.如实施例b83所述的方法，其中该细胞相继地与该第一位点特异性破坏剂和该第二位点特异性破坏剂同时接触。

348、b86.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl1并且该第二基因是cxcl2。

349、b87.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl1并且该第二基因是cxcl3。

350、b88.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl1并且该第二基因是il-8。

351、b89.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl1并且该第二基因是cxcl4。

352、b90.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl1并且该第二基因是cxcl5。

353、b91.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl1并且该第二基因是cxcl6。

354、b92.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl1并且该第二基因是cxcl7。

355、b93.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl2并且该第二基因是cxcl3。

356、b94.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl2并且该第二基因是il-8。

357、b95.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl2并且该第二基因是cxcl4。

358、b96.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl2并且该第二基因是cxcl4。

359、b97.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl2并且该第二基因是cxcl5。

360、b98.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl2并且该第二基因是cxcl6。

361、b99.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl2并且该第二基因是cxcl7。

362、b100.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl3并且该第二基因是il-8。

363、b101.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl3并且该第二基因是cxcl4。

364、b102.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl3并且该第二基因是cxcl5。

365、b103.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl3并且该第二基因是cxcl6。

366、b104.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl3并且该第二基因是cxcl7。

367、b105.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl4并且该第二基因是cxcl5。

368、b106.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl4并且该第二基因是cxcl6。

369、b107.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl4并且该第二基因是cxcl7。

370、b108.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl4并且该第二基因是il-8。

371、b109.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl5并且该第二基因是cxcl6。

372、b110.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl5并且该第二基因是cxcl7。

373、b111.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl5并且该第二基因是il-8。

374、b112.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl6并且该第二基因是cxcl7。

375、b113.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl6并且该第二基因是il-8。

376、b114.如实施例b1-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是cxcl7并且该第二基因是il-8。

377、b115.如实施例b36-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因为cxcl1，该第二基因为cxcl2，并且该第三基因为cxcl3。

378、b116.如实施例b36-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因、第二基因和第三基因选自cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8。

379、b117.如实施例b36-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因、第二基因、第三基因和第四基因选自cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8。

380、b118.如实施例b36-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因、第二基因、第三基因、第四基因和第五基因选自cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8。

381、b119.如实施例b36-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因、第二基因、第三基因、第四基因、第五基因和第六基因选自cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8。

382、b120.如实施例b36-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因、第二基因、第三基因、第四基因、第五基因、第六基因和第七基因选自cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8。

383、b121.如实施例b36-b85中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因、第二基因、第三基因、第四基因、第五基因、第六基因、第七基因和第八基因是cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8。

384、b122.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一基因是细胞因子。

385、b123.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第二基因是细胞因子。

386、b124.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第三基因是细胞因子。

387、b125.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第四基因是细胞因子。

388、b126.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第五基因是细胞因子。

389、b127.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第六基因是细胞因子。

390、b128.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第七基因是细胞因子。

391、b129.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该第八基因是细胞因子。

392、b130.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该锚序列介导的联接体包含3、4或5个促炎基因。

393、b131.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含核酸(例如，dna或rna)，该核酸包含选自seq id no:20-62的核苷酸序列，或与其具有至少90％、95％、98％或99％同一性的序列，或相对于其在不多于1、2、3、4或5个位置处具有差异的序列。

394、b132.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含核酸(例如，dna或rna)，该核酸包含选自seq id no:21、22、24、40的核苷酸序列，或与其具有至少90％、95％、98％或99％同一性的序列，或相对于其在不多于1、2、3、4或5个位置处具有差异的序列。

395、b133.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂结合与具有选自表4、5、6、7的基因组坐标的区域至少部分重叠的序列，或结合在所述区域的5、10、15、20、30、40、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000个核苷酸内的序列。

396、b134.如前述实施例中任一项所述的方法，其导致例如在用tnf-α刺激该细胞后细胞因子例如趋化因子的水平降低，例如如实例2-11中所述测量。

397、b135.如前述实施例中任一项所述的方法或人细胞，其中细胞因子(例如，趋化因子)的水平例如在用tnf-α刺激该细胞后降低，例如如实例2-11中所述测量。

398、b136.如前述实施例中任一项所述的方法或人细胞，其中cxcl1、cxcl2、cxcl3和il8中的一个或多个(例如，2个、3个或全部)的转录物水平例如在用tnf-α刺激细胞后降低，例如如实例2或4-11中所述测量。

399、b137.如前述实施例中任一项所述的方法或人细胞，其中cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7和il8中的一个或多个(例如，2个、3个或全部)的转录物水平例如在用tnf-α刺激细胞后降低。

400、b138.如实施例b132-b137中任一项所述的方法或人细胞，其中该降低是与治疗前水平或与具有未破坏的asmc的人细胞相比，降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。

401、b139.如前述实施例中任一项所述的方法或人细胞，其中cxcl1、cxcl2、cxcl3和il8中的一个或多个(例如，2个、3个或全部)的蛋白质水平(例如，分泌性蛋白质水平)例如在用tnf-α刺激细胞后降低，例如如实例3所述测量。

402、b140.如前述实施例中任一项所述的方法或人细胞，其中cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7和il8中的一个或多个(例如，2个、3个或全部)的蛋白质水平(例如，分泌的蛋白质水平)例如在用tnf-a刺激该细胞后降低。

403、b141.如实施例b140所述的方法或人细胞，其中该降低是与治疗前水平或与具有未破坏的asmc的人细胞相比，降低至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。

404、b142.如前述实施例中任一项所述的方法，其导致ctcf与该第一锚序列的结合降低，例如与具有未破坏的asmc的人细胞相比，结合完全丧失或丧失至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％，例如通过chip和定量pcr测量。

405、b143.如前述实施例中任一项所述的方法，其导致该锚序列介导的联接体的破坏。

406、b144.如前述实施例中任一项所述的方法，其中这些细胞的群体与该位点特异性破坏剂接触，并且其中该第一锚序列在该群体中至少50％、60％、70％、80％、90％或95％的细胞中被编辑。

407、b145.如前述实施例中任一项所述的方法，其中与单独抑制该第一基因或该第二基因的效应相比，该效应(例如，细胞因子水平的降低)是加性效应或协同效应。

408、b146.如前述实施例中任一项所述的方法，其中表达降低持续至少1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天或14天，或至少1周、2周、3周、4周或5周。

409、b147.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞是患有炎性疾病(例如免疫介导的炎性疾病)的受试者的细胞。

410、b148.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该炎性疾病是自身免疫障碍，例如类风湿性关节炎。

411、b149.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该炎性疾病与病原性感染(例如，病毒感染，例如sars-cov2感染)相关。

412、b150.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该炎性疾病与重复感染相关，例如由两种或更多种病原体引起的感染，例如由病毒和细菌(例如，由sars-cov2和肺炎链球菌(streptococcus pneumoni))引起的感染，例如由病毒和真菌(例如，由sars-cov2和毛霉菌病)引起的感染。

413、b151.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞是患有以下的受试者的细胞：类风湿性关节炎、炎性关节炎、痛风、哮喘、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、爪水肿、急性呼吸系统疾病综合征(ards)、covid-19、牛皮癣、炎症性肠病、感染(例如，由病原体，例如，细菌、病毒或真菌引起)、外部损伤(例如，擦伤或异物)、辐射或化学损伤的影响、骨关节炎、骨关节炎关节痛、关节痛、炎症性疼痛、急性疼痛、慢性疼痛、膀胱炎、支气管炎、皮炎、皮肤病、心血管疾病、神经退行性疾病、肝病、肺病、肾病、疼痛、肿胀、僵硬、压痛、发红、发热或与疾病状态相关的生物标志物(例如，细胞因子、趋化因子、生长因子、免疫受体、感染标志物或炎症标志物)升高。

414、b152.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞为患有类风湿性关节炎、银屑病或炎性肠病的受试者的细胞。

415、b153.如前述实施例中任一项所述的方法、人细胞、位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞为患有类风湿性关节炎、痛风、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、急性呼吸系统疾病综合征(ards)或covid-19的受试者的细胞。

416、b154.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该锚序列介导的联接体包括内部增强序列。

417、b155.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该第二基因(以及任选地该第三基因、第四基因、第五基因、第六基因、第七基因或第八基因)以与该第一基因相同的方向转录。

418、b156.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一锚序列包含选自ctcf结合基序、usf1结合基序、yy1结合基序、taf3结合基序或znf143结合基序的结合基序。

419、b157.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该第一锚序列包括ctcf结合基序。

420、b158.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂以足以与该细胞内的内源成核多肽(例如，ctcf、usf1、yy1、taf3或znf143)竞争结合的亲和力特异性结合该第一锚序列或结合在该第一锚序列的近端。

421、b159.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂在该第一锚序列内或近端添加、缺失或取代一个或多个核苷酸。

422、b160.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含靶向部分或效应子部分(该靶向部分或效应子部分包含含有第一crispr/cas蛋白的第一crispr/cas分子)和第一指导rna。

423、b161.如前述实施例中任一项所述的方法或系统，其中该第一位点特异性破坏剂包含第一靶向部分或第一效应子部分(该第一靶向部分或第一效应子部分包含含有第一crispr/cas蛋白的第一crispr/cas分子)和第一指导rna，并且该第二位点特异性破坏剂包含第二靶向部分或第二效应子部分(该第二靶向部分或第二效应子部分包含含有第二crispr/cas蛋白的第二crispr/cas分子)和第二指导rna。

424、b162.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含靶向部分或效应子部分，该靶向部分或效应子部分包含tal效应子分子、crispr/cas分子、锌指结构域、tetr结构域、大范围核酸酶或寡核苷酸。

425、b163.如前述实施例中任一项所述的方法或系统，其中该第一位点特异性破坏剂包含第一靶向部分或第一效应子部分，该第一靶向部分或第一效应子部分包含tal效应子分子、crispr/cas分子、锌指结构域、tetr结构域、大范围核酸酶、或寡核苷酸，并且该第二位点特异性破坏剂包含第二靶向部分或第二效应子部分，该第二靶向部分或第二效应子部分包含tal效应子分子、crispr/cas分子、锌指结构域、tetr结构域、大范围核酸酶、或寡核苷酸。

426、b164.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含效应子部分，该效应子部分包含组蛋白修饰功能，例如组蛋白甲基转移酶、组蛋白脱甲基酶或组蛋白脱乙酰酶活性。

427、b165.如前述实施例中任一项所述的方法或系统，其中该第一位点特异性破坏剂和/或该第二位点特异性破坏剂包含效应子部分，该效应子部分包含组蛋白修饰功能，例如组蛋白甲基转移酶、组蛋白脱甲基酶或组蛋白脱乙酰酶活性。

428、b166.如实施例b164或b165所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含选自以下的蛋白质：setdb1、setdb2、ehmt2(即，g9a)、ehmt1(即，glp)、suv39h1、ezh2、ezh1、suv39h2、setd8、suv420h1、suv420h2、或其任一个的功能变体或片段。

429、b167.如实施例b164或b165所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含选自以下的蛋白质：hdac1、hdac2、hdac3、hdac4、hdac5、hdac6、hdac7、hdac8、hdac9、hdac10、hdac11、sirt1、sirt2、sirt3、sirt4、sirt5、sirt6、sirt7、sirt8、sirt9、或其任一个的功能变体或片段。

430、b168.如实施例b164或b165所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含ezh2或其功能变体或片段。

431、b169.如实施例b164或b165所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含hdac8或其功能变体或片段。

432、b170.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含效应子部分，该效应子部分包含dna修饰功能，例如dna甲基转移酶。

433、b171.如前述实施例中任一项所述的方法或系统，其中该第一位点特异性破坏剂和/或第二位点特异性破坏剂包含效应子部分，该效应子部分包含dna修饰功能，例如dna甲基转移酶。

434、b172.如实施例b170或b171所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含选自以下的蛋白质：mq1、dnmt1、dnmt3a1、dnmt3a2、dnmt3b1、dnmt3b2、dnmt3b3、dnmt3b4、dnmt3b5、dnmt3b6、dnmt3l、dnmt3a/3l、或其任一个的功能变体或片段。

435、b173.如实施例b170或b171所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含mq1或其功能变体或片段。

436、b174.如实施例b170或b171所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含dnmt3(例如，dnmt3a、dnmt3l、dnmt3a/3l、dnmt3b1、dnmt3b2、dnmt3b3、dnmt3b4、dnmt3b5、或dnmt3b6)、或其任一个的功能变体或片段。

437、b175.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含效应子部分，该效应子部分包含转录阻遏物。

438、b176.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该第一和/或第二位点特异性破坏剂包含效应子部分，该效应子部分包含转录阻遏物。

439、b177.如实施例b175或b176所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含选自以下的蛋白质：krab、mecp2、hp1、rbbp4、rest、fog1、suz12、或其任一个的功能变体或片段。

440、b178.如实施例b177所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该效应子部分包含krab或其功能变体或片段。

441、b179.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含聚合物。

442、b180.如前述实施例中任一项所述的方法或系统，其中该第一和/或该第二位点特异性破坏剂包含聚合物。

443、b181.如实施例b179或b180所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该聚合物包含聚酰胺。

444、b182.如实施例b179或b180所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该聚合物是寡多核苷酸。

445、b183.如实施例b182所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该寡核苷酸具有包含该第一锚序列的互补序列或该第一锚序列的近端的序列的互补序列的序列。

446、b184.如实施例b182所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该寡核苷酸具有包含该第二锚序列的互补序列或靠近该第二锚序列的序列的互补序列的序列。

447、b185.如实施例b182-b184中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该寡核苷酸包含化学修饰。

448、b186.如实施例b179或b180所述的方法或位点特异性破坏剂或系统，其中该聚合物是肽核酸。

449、b187.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含肽-核酸混合物。

450、b188.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂(例如，该位点特异性破坏剂的靶向部分或效应子部分)包含肽或多肽。

451、b189.如实施例b188所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该多肽是锌指多肽。

452、b190.如实施例b188所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该多肽是或包含转录激活因子样效应子核酸酶(talen)多肽。

453、b191.如任何前述实施例所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含小分子。

454、b192.如任何前述实施例所述的方法或系统，其中该第一和/或第二位点特异性破坏剂包含小分子。

455、b193.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂进一步包含效应子部分，例如表观遗传修饰剂，例如dna甲基转移酶、组蛋白脱乙酰酶或组蛋白甲基转移酶。

456、b194.如任何前述实施例所述的方法或系统，其中该第一位点特异性破坏剂和/或该第二位点特异性破坏剂进一步包含效应子部分，例如表观遗传修饰剂，例如dna甲基转移酶、组蛋白脱乙酰酶或组蛋白甲基转移酶。

457、b195.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含融合分子。

458、b196.如任何前述实施例所述的方法或系统，其中该第一和/或第二位点特异性破坏剂包含融合分子。

459、b197.如任何前述实施例所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含含有crispr/cas分子的靶向部分和含有转录阻遏物的效应子部分，例如作为融合分子。

460、b198.如任何前述实施例所述的方法或系统，其中该第一位点特异性破坏剂和/或该第二位点特异性破坏剂包括含有crispr/cas分子的靶向部分和含有转录阻遏物的效应子部分，例如作为融合分子。

461、b199.如实施例b198所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该靶向部分包含dcas9和效应子部分krab或其功能变体或部分。

462、b200.如任何前述实施例所述的方法或系统，其中该第一和/或该第二靶向部分包含dcas9和该效应子部分krab或其功能变体或部分。

463、b201.如实施例b1-b177中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂，其中该位点特异性破坏剂包含含有crispr/cas分子的靶向部分和含有组蛋白甲基转移酶的效应子部分，例如作为融合分子。

464、b202.如任何前述实施例所述的方法或系统，其中该第一和/或该第二位点特异性破坏剂包含含有crispr/cas分子的靶向部分和含有组蛋白甲基转移酶的效应子部分，例如作为融合分子。

465、b203.如实施例b201所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该靶向部分包含dcas9，并且该效应子部分包含ezh2或其功能变体或部分。

466、b204.如实施例b1-b196中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含含有crispr/cas分子的靶向部分和含有dna甲基转移酶的效应子部分，例如作为融合分子。

467、b205.如实施例b204所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该靶向部分包含dcas9，并且该效应子部分包含mq1或其功能变体或部分。

468、b206.如实施例b203所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该靶向部分包含dcas9，并且该效应子部分包含dnmt3，例如，dnmt3a/3l或其功能变体或部分。

469、b207.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含含有crispr/cas分子的靶向部分、含有组蛋白甲基转移酶的第一效应子部分和含有转录阻遏物的第二效应子部分，例如作为融合分子。

470、b208.如实施例b207所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该靶向部分包含dcas9，该第一效应子部分包含ezh2或其功能变体或部分，并且该第二效应子部分包含krab或其功能变体或部分。

471、b209.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含含有crispr/cas分子的靶向部分和含有组蛋白脱乙酰酶的效应子部分，例如作为融合分子。

472、b210.如实施例b209所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该靶向部分包含dcas9，并且该效应子部分包含hdac8或其功能变体或部分。

473、b211.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含含有crispr/cas分子的靶向部分、含有组蛋白甲基转移酶的第一效应子部分和含有组蛋白脱乙酰酶的第二效应子部分，例如作为融合分子。

474、b212.如实施例b211所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该靶向部分包含dcas9，该第一效应子部分包含ezh2或其功能变体或部分，并且该第二效应子部分包含hdac8或其功能变体或部分。

475、b213.如实施例b195-b212中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含由选自seq id no:69、71、85、201、202、204、205、207、209、211、213、215、217、或219-242的核酸序列编码的氨基酸序列，其任一个的互补序列或反向互补序列，或包含与其任一个的序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的序列。

476、b214.如实施例b195-b213中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该位点特异性破坏剂包含选自seq id no:70、72、82、84、86、203、206、208、210、212、214、216、或218中任一个的氨基酸序列，或由选自seq id no:219-242中任一个的序列编码的氨基酸序列，或包含与其任一个的序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的序列。

477、b215.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞位于该受试者体内。

478、b216.如实施例b1-b215中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂，其中该细胞是离体的。

479、b217.如前述实施例中任一项所述的方法或位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞是哺乳动物细胞，例如人细胞。

480、b218.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞是体细胞。

481、b219.如前述实施例中任一项所述的方法、位点特异性破坏剂或系统，其中该细胞是原代细胞。

482、b220.如前述实施例中任一项所述的方法，其中该接触步骤离体进行。

483、b221.如实施例b220所述的方法，其进一步包括在该接触步骤之前从受试者移除该细胞(例如，哺乳动物细胞)的步骤。

484、b222.如实施例b220或b221中任一项所述的方法，其中其进一步包括(b)在该接触步骤之后向受试者施用这些细胞(例如，哺乳动物细胞)的步骤。

485、b223.如实施例b1-b222中任一项所述的方法，其中该接触步骤包括向受试者施用包含该位点特异性破坏剂的组合物。

486、b224.如实施例b223所述的方法，其中该位点特异性破坏剂作为单一疗法施用。

487、b225.如实施例b223所述的方法，其中该位点特异性破坏剂与第二治疗剂组合施用。

488、b226.一种反应混合物，其包含前述实施例中任一项所述的细胞(例如，人细胞，例如，原代人细胞)和位点特异性破坏剂，或系统。

489、b227.一种治疗患有炎性障碍的受试者的方法，该方法包括：

490、向该受试者以足以治疗该炎性障碍的量施用如任何前述实施例所述的位点特异性破坏剂、系统或反应混合物，

491、从而治疗该炎性障碍。

492、b228.如实施例b227所述的方法，其中该炎性障碍是类风湿性关节炎、银屑病或炎性肠病。

493、b229.如实施例b227或b228所述的方法，其中该炎性障碍是类风湿性关节炎、痛风、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、急性呼吸系统疾病综合征(ards)或covid-19。

494、b230.如实施例b227-b229中任一项所述的方法，其中该炎性障碍是自身免疫障碍，例如类风湿性关节炎。

495、b231.如实施例b227-b229中任一项所述的方法，其中该炎性疾病与致病性感染，例如病毒感染，例如sars-cov2感染相关。

496、b232.如实施例b227-b229中任一项所述的方法，其中该炎性疾病与重叠感染有关，该重叠感染是例如由两种或更多种病原体，例如病毒和细菌(例如，sars-cov2和肺炎链球菌)，例如病毒和真菌(例如，sars-cov2和毛霉菌病)引起的感染。

497、b232.一种治疗患有癌症的受试者的方法，该方法包括：

498、向该受试者以足以治疗该癌症的量施用如前述实施例中任一项所述的表达阻遏物、系统、核酸、核酸系统或反应混合物，

499、从而治疗该癌症。

500、b233.如权利要求b232所述的方法，其中该癌症是肺癌(例如，非小细胞肺癌)、乳腺癌、肝细胞癌(hcc)、前列腺癌、结肠癌、皮肤癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜样癌、子宫内膜癌、成熟b细胞淋巴瘤、膀胱癌、食管胃癌、食管腺癌、骨癌、黑素瘤、肝胆管癌、甲状腺癌、成熟b细胞肿瘤、神经胶质瘤、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、胰腺癌(例如，胰腺导管腺癌)、肉瘤、或胃腺癌。

501、本领域技术人员将会认识到，或者仅使用常规实验就能够确定本文所述本披露的具体实施例的许多等同形式。

502、本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考(例如，序列数据库参考号)通过引用以其全文而结合。例如，本文提及的所有genbank、unigene和entrez序列(例如，在本文的任一表中)均通过引用而结合。除非另外指明，否则本文指定的序列登录号(包括在本文任一表中)是指截至2022年3月30日的当前数据库条目。当一个基因或蛋白质参考多个序列登录号时，涵盖所有的序列变体。

503、定义

504、一个/一种(a/an)、该(这些)：如本文所用，单数形式“一个/一种(a/an)”以及“该(这些)”包括复数个指示物，除非上下文中另外明确指明。

505、锚序列：如本文所用的术语“锚序列”是指被成核剂识别的核酸序列，其充分结合以形成锚序列介导的联接体，例如复合物。在一些实施例中，锚序列包含一个或多个ctcf结合基序。在一些实施例中，锚序列不位于基因编码区内。在一些实施例中，锚序列位于基因间区域内。在一些实施例中，锚序列不位于增强子或启动子内。在一些实施例中，锚序列位于距离任何转录起始位点至少400bp、至少450bp、至少500bp、至少550bp、至少600bp、至少650bp、至少700bp、至少750bp、至少800bp、至少850bp、至少900bp、至少950bp、或至少1kb处。在一些实施例中，锚序列位于与基因组印记、单等位基因表达和/或单等位基因表观遗传标记物无关的区域内。在一些实施例中，锚序列具有一种或多种选自以下的功能：结合内源性成核多肽(例如，ctcf)、与第二种锚序列相互作用以形成锚序列介导的联接体，或与锚序列介导的联接体之外的增强子隔离。在本披露的一些实施例中，提供了可以特异性靶向一个或多个特定锚序列，而不靶向其他锚序列(例如，在不同上下文中可能含有成核剂(例如，ctcf)结合基序的序列)的技术；此类靶向的锚序列可以被称为“靶锚序列”。在一些实施例中，靶锚序列的序列和/或活性受到调节，而可能存在于与靶向的锚序列相同的系统中(例如，在相同的细胞中和/或在一些实施例中在相同的核酸分子(例如，相同的染色体)上)的一个或多个其他锚序列的序列和/或活性不受调节。在一些实施例中，锚序列包含或者是成核多肽结合基序。在一些实施例中，锚序列邻近成核多肽结合基序。

506、锚序列介导的联接体：如本文所用的术语“锚序列介导的联接体”是指一种dna结构，在一些情况下是一种复合物，其经由通过一种或多种多肽(如成核多肽)或者一种或多种蛋白质和/或核酸实体(如rna或dna)(其结合锚序列以实现锚序列之间的空间接近和功能性连接)与dna中至少两个锚序列的物理相互作用或结合而产生和/或维持。

507、相关联：如果一个事件或实体的存在、水平、形式和/或功能与另一个事件或实体相关联，则两个事件或实体彼此“相关”,如该术语在本文中所使用的。例如，在一些实施例中，如果特定实体(例如，多肽、遗传特征、代谢物、微生物等)的存在、水平、形式和/或功能与疾病、障碍或病症的发病率和/或易感性相关(例如，在相关群体中)，则其被认为与特定疾病、障碍或病症相关联。在一些实施例中，如果两个或更多个实体直接或间接地相互作用，使得它们在物理上彼此接近和/或保持在物理上彼此接近，则它们在物理上彼此“相关联”。在一些实施例中，在物理上彼此相关联的两个或更多个实体彼此共价连接；在一些实施例中，在物理上彼此相关联的两个或更多个实体不是彼此共价连接，而是非共价结合，例如通过氢键、范德华相互作用、疏水相互作用、磁性、及其组合。在一些实施例中，当核酸至少部分位于靶基因组或转录复合物内，并且dna序列中基因的表达受到靶基因组或转录复合物的形成或破坏的影响时，dna序列与靶基因组或转录复合物“相关联”。

508、cxcl基因座：如本文所用，术语“cxcl基因座”是指编码cxcl1-7和il-8、增强子e1和e2以及形成包含cxcl1-7和il-8的asmc的锚序列、或非人动物基因组的同源区域的人基因组的部分。在一些实施例中，cxcl基因座位于人4号染色体上。

509、cxcl基因：如本文所用，术语“cxcl基因”是指人cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7或il-8，或同源非人基因。人il-8有时也称为cxcl8。

510、位点特异性破坏剂：如本文所用，术语“位点特异性破坏剂”是指特异性抑制、解离、降解和/或修饰基因组复合物(例如asmc)的一种或多种组分，从而调节(例如降低)如本文描述的多个靶基因的表达的药剂或实体。在一些实施例中，位点特异性破坏剂与基因组复合物的一个或多个组分相互作用。在一些实施例中，位点特异性破坏剂(例如，直接地或在一些实施例中，间接地)结合到一种或多种基因组复合物组分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂结合可以是包含靶多个基因的asmc的一部分的锚序列，例如第一和/或第二锚序列。在一些实施例中，位点特异性破坏剂结合与可以是包含靶多个基因的asmc的一部分的锚序列(例如第一和/或第二锚序列)靠近的位点。在一些实施例中，位点特异性破坏剂修饰一种或多种基因组复合物组分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含寡核苷酸。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含多肽。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含抗体(例如，单特异性或多特异性抗体构建体)或抗体片段。在一些实施例中，位点特异性破坏剂通过靶向部分导向特定基因组位置和/或基因组复合物，如本文所述。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含基因组复合物组分或其变体。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含靶向部分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含效应子部分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含多个效应子部分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂包含靶向部分和一个或多个效应子部分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂以比基因组中的第二位点(例如，相对于基因组中的任何其他位点)更高的亲和力特异性结合基因组中的第一位点。在一些实施例中，相对于第二基因组复合物(例如，相对于任何其他基因组复合物)，位点特异性破坏剂优先抑制、解离、降解和/或修饰第一基因组复合物的一个或多个组分。在一些实施例中，位点特异性破坏剂可以是表达阻遏物，例如位点特异性破坏剂可抑制asmc，从而降低asmc中基因的表达。

511、结构域：如本文所用，术语“结构域”是指实体的区段或部分。在一些实施例中，“结构域”与实体的特定结构和/或功能特征相关联，使得当该结构域与其父实体的其余部分物理分离时，它基本上或完全保留该特定结构和/或功能特征。可替代地或另外地，在一些实施例中，结构域可以是或包括实体的一部分，该实体在与该(父)实体分离并与不同的(接收)实体连接时，基本上保留和/或赋予接收实体一个或多个在父实体中表征它的结构和/或功能特征。在一些实施例中，结构域是或包含分子(例如，小分子、碳水化合物、脂质、核酸、多肽等)的区段或部分。在一些实施例中，结构域是或包含多肽的区段。在一些此类实施例中，结构域的特征在于特定的结构元件(例如，特定的氨基酸序列或序列基序、α-螺旋特征、β-折叠特征、螺旋卷曲特征、随机卷曲特征等)，和/或特定的功能特征(例如，结合活性、酶活性、折叠活性、信号活性等)。

512、e1顺式作用调节元件(e1 cre)：如本文所用，术语“e1 cre”和“e1顺式作用调节元件”是指位于人基因组中il8近端(例如，上游约14kb)(参见图16b)并被充分结合以上调一个或多个cxcl基因的表达的反式作用因子(例如，转录因子，例如p65)识别的核酸序列。

513、e2顺式作用调节元件(e2 cre)：如本文所用，术语“e2 cre”和“e2顺式作用调节元件”是指位于人基因组中靠近cxcl2(参见图16b)并被充分结合以上调一个或多个cxcl基因的表达的反式作用因子(例如，转录因子，例如p65)识别的核酸序列。

514、效应子部分：如本文所用，术语“效应子部分”是指具有一种或多种功能的结构域，当适当地定位于细胞核中时，该功能调节(例如降低)细胞中靶多个基因的表达。在一些实施例中，效应子部分包括多肽。在一些实施例中，效应子部分包括多肽和核酸。与效应子部分相关联的功能可能直接影响靶多个基因的表达，例如，阻断会刺激该基因的表达的转录因子的募集。与效应子部分相关的功能可能会间接影响靶多个基因的表达，例如，引入表观遗传修饰或募集其他引入表观遗传修饰的因子，从而诱导染色体拓扑结构的变化，从而抑制靶多个基因的表达。

515、表达阻遏物：如本文所用，术语“表达阻遏物”是指具有一种或多种功能性的药剂或实体，其降低细胞中靶基因的表达并特异性结合dna序列(例如，与靶基因相关的dna序列，或可操作地连接至靶基因的转录控制元件)。表达阻遏物包含至少一个靶向部分和任选的一个效应子部分。在一些实施例中，表达阻遏物结合接近增强子序列的位点，该增强子序列可以可操作地连接至靶多个基因。在一些实施例中，表达阻遏物包含寡核苷酸。在一些实施例中，表达阻遏物包含多肽。在一些实施例中，表达阻遏物包含多个效应子部分。在一些实施例中，表达阻遏物包含靶向部分和一个或多个效应子部分。在一些实施例中，表达阻遏物以比基因组中的第二位点(例如，相对于基因组中的任何其他位点)更高的亲和力特异性结合基因组中的第一位点。

516、基因组复合物：如本文所用，术语“基因组复合物”是经由多个蛋白质和/或其他组分(可能包括基因组序列元件)之间和其中的相互作用，将在一条或多条染色体上彼此隔开的两个基因组序列元件聚集在一起的复合物。在一些实施例中，基因组序列元件是锚序列，复合物的一种或多种蛋白质组分与之结合。在一些实施例中，基因组复合物可以包含锚序列介导的联接体。在一些实施例中，基因组序列元件可以是或包含ctcf结合基序、启动子和/或增强子。在一些实施例中，基因组序列元件包括启动子和/或调节位点(例如，增强子)中的至少一者或二者。在一些实施例中，复合物形成在一个或多个基因组序列元件处成核和/或通过一种或多种蛋白质组分与一个或多个基因组序列元件的结合而成核。如本领域技术人员将理解的，在一些实施例中，经由形成复合物进行的基因组位点的共定位(例如，结合)改变了一个或多个基因组序列元件处或附近(在一些实施例中，包括它们之间)的dna拓扑结构。在一些实施例中，基因组复合物包含锚序列介导的联接体，其包含一个或多个环。在一些实施例中，如本文所述的基因组复合物由成核多肽(例如像ctcf和/或黏连蛋白)成核。在一些实施例中，如本文所述的基因组复合物可以包含例如ctcf、黏连蛋白(cohesin)、非编码rna(例如，erna)、转录机器蛋白(例如，rna聚合酶、一个或多个转录因子，例如选自由tfiia、tfiib、tfiid、tfiie、tfiif、tfiih等组成的组)、转录调节因子(例如，中介体(mediator)、p300、增强子结合蛋白、阻遏物结合蛋白、组蛋白修饰剂等)等。在一些实施例中，如本文所述的基因组复合物包含一个或多个多肽组分和/或一个或多个核酸组分(例如，一个或多个rna组分)，在一些实施例中，它们可以彼此相互作用和/或与一个或多个基因组序列元件(例如，锚序列、启动子序列、调节序列(例如，增强子序列))相互作用，以便将一段基因组dna限制到拓扑结构(例如，环)中，当复合物没有形成时，不会采用这种拓扑结构。

517、核酸：如本文所用，在其最广义上，术语“核酸”是指被并入或可并入寡核苷酸链中的任何化合物和/或物质。在一些实施例中，核酸是经由磷酸二酯键被掺入或可以被掺入寡核苷酸链的化合物和/或物质。从上下文可以清楚地看出，在一些实施例中，“核酸”是指单个核酸残基(例如，核苷酸和/或核苷)；在一些实施例中，“核酸”是指包含单个核酸残基的寡核苷酸链。在一些实施例中，“核酸”是或包含rna；在一些实施例中，“核酸”是或包含dna。在一些实施例中，核酸是、包含一个或多个天然核酸残基或由其组成。在一些实施例中，核酸是、包含一种或多种核酸类似物或由其组成。在一些实施例中，核酸类似物与核酸的不同之处在于它不利用磷酸二酯主链。例如，在一些实施例中，核酸是、包含一种或多种“肽核酸”或由其组成，这些肽核酸是本领域已知的，并且在主链中具有肽键而不是磷酸二酯键，被认为在本发明的范围内。可替代地或另外地，在一些实施例中，核酸具有一个或多个硫代磷酸酯和/或5'-n-亚磷酰胺键，而不是磷酸二酯键。在一些实施例中，核酸是、包含一种或多种天然核苷(例如，腺苷、胸苷、鸟苷、胞苷、尿苷、脱氧腺苷、脱氧胸苷、脱氧鸟苷和脱氧胞苷)或由其组成。在一些实施例中，核酸是、包含一种或多种核苷类似物(例如，2-氨基腺苷、2-硫代胸苷、肌苷、吡咯并嘧啶、3-甲基腺苷、5-甲基胞苷、c-5丙炔基-胞苷、c-5丙炔基-尿苷、2-氨基腺苷、c5-溴尿苷、c5-氟尿苷、c5-碘尿苷、c5-丙炔基-尿苷、c5-丙炔基-胞苷、c5-甲基胞苷、2-氨基腺苷、7-去氮腺苷、7-去氮鸟苷、8-氧腺苷、8-氧鸟苷、0(6)-甲基鸟嘌呤、2-硫代胞苷、甲基化碱基、插入碱基、及其组合)或由其组成。在一些实施例中，与天然核酸中的相比，核酸包含一种或多种修饰的糖(例如，2'-氟核糖、核糖、2'-脱氧核糖、阿拉伯糖和己糖)。在一些实施例中，核酸具有编码功能基因产物(如rna或蛋白质)的核苷酸序列。在一些实施例中，核酸包含一个或多个内含子。在一些实施例中，通过从天然来源分离、通过基于互补模板的聚合的酶促合成(体内或体外)、在重组细胞或系统中复制以及化学合成中的一种或多种来制备核酸。在一些实施例中，核酸长度是至少3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、20、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、5000或更多个残基。在一些实施例中，核酸部分或全部是单链的；在一些实施例中，核酸部分或全部是双链的。在一些实施例中，核酸具有包含至少一个编码多肽的元件或者是编码多肽的序列的互补序列的核苷酸序列。在一个实施例中，核酸具有酶活性。在一些实施例中，核酸是mrna核酸并且可以是单顺反子或多顺反子(例如，双顺反子、三顺反子等)。

518、可操作地连接：如本文所用，短语“可操作地连接”是指一种并列关系，其中所述组分处于允许它们以其预期方式发挥功能的关系中。“可操作地连接”至功能元件(例如基因)的基因组调节元件(例如转录控制元件)以使得功能元件(例如基因)的表达和/或活性在与基因组调节元件(例如转录控制元件)相容的条件下实现的方式相关联。在一些实施例中，“可操作地连接的”基因组调节元件(例如，转录控制元件)与目的编码元件(例如，基因)相邻(例如，共价连接)；在一些实施方案中，可操作地连接的基因组调节元件(例如，转录控制元件)以顺式作用于功能元件(例如，目的基因)或以其他方式与其保持一定距离。在一些实施例中，“可操作地连接的”基因组调节元件(例如，转录控制元件)与目的编码元件(例如，基因)相邻(例如，共价连接)；在一些实施例中，可操作地连接的基因组调节元件(例如，转录控制元件)以反式作用于目的功能元件(例如，目的基因)，或者以其他方式在距离目的功能元件(例如，目的基因)一定距离处起作用。在一些实施例中，两个可操作地连接的核酸序列包含在相同的核酸上。在另一个实施例中，两个可操作地连接的核酸序列在相同核酸上彼此靠近，例如彼此在1000、500、100、50或10个碱基对之内或彼此直接相邻。

519、肽、多肽、蛋白质：如本文所用，术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”是指由通过肽键或通过除了肽键之外的方式共价连接的氨基酸残基组成的化合物。蛋白质或肽必须含有至少两个氨基酸，并且对可以包含蛋白质或肽的序列的氨基酸的最大数量没有限制。多肽包括包含两个或更多个通过肽键或通过除了肽键之外的方式相互连接的氨基酸的任何肽或蛋白质。如本文所用，该术语是指短链和长链二者，该短链在本领域中通常也称为例如肽或寡肽，并且该长链在本领域中通常称为蛋白质，这些蛋白质具有许多类型。

520、近侧：如本文所用，“靠近”是指两个位点(例如，核酸位点)的接近，使得表达阻遏物或位点特异性破坏剂在第一位点处的结合和/或表达阻遏物或位点特异性破坏剂对第一位点的修饰将产生与其他位点的结合和/或修饰相同或基本上相同的效果。例如，dna靶向部分可以结合到锚序列的近端的第一位点(第二位点)，并且与所述dna靶向部分相关联的效应子部分可以表观遗传学地修饰第一位点，使得锚序列与内源成核多肽的结合被修饰，如果第二位点(锚序列)被结合和/或修饰，情况基本上相同。在一些实施例中，彼此靠近的位点彼此距离小于5000、4000、3000、2000、1000、900、800、700、600、500、400、300、200、100、50、40、30、20、10个或5个碱基对。

521、序列靶向多肽：如本文所用，术语“序列靶向多肽”如本文所用是指蛋白质，例如包含crispr/cas结构域、tal效应子结构域或锌指结构域的蛋白质，其识别或特异性结合靶核酸序列。在一些实施例中，序列靶向多肽是缺乏核酸内切酶活性的催化无活性蛋白质，例如dcas9、tal效应分子或zn指结构域。

522、特异性结合：如本文所用，术语“特异性结合”是指在结合发生的环境中区分可能的结合配偶体的能力。在一些实施例中，当其他潜在靶标存在时与一个特定靶标相互作用的结合剂被称为“特异性结合”至与其相互作用的靶标。在一些实施例中，特异性结合通过检测或确定结合剂与其配偶体之间的结合程度来评估；在一些实施例中，特异性结合通过检测或确定结合剂-配偶体复合物的解离程度来评估。在一些实施例中，特异性结合通过检测或确定结合剂与其配偶体和另一实体之间的选择性相互作用竞争的能力来评估。在一些实施例中，特异性结合是通过在一定浓度范围内进行此类检测或确定来评估的。

523、受试者：如本文所用，术语“受试者”或“测试受试者”是指任何生物体，根据本披露向该生物体施用所提供的化合物或组合物，例如用于实验、诊断、预防和/或治疗目的。典型的受试者包括动物(例如，哺乳动物，比如小鼠、大鼠、兔、非人灵长类动物和人；昆虫；蠕虫；等)和植物。在一些实施例中，受试者可能患有或易患疾病、障碍和/或病症。

524、基本上：如本文所用，术语“基本上”是指表现出感兴趣的特征或特性的全部或接近全部范围或程度的定性条件。本领域普通技术人员将理解，生物和化学现象很少(如果有的话)完成和/或进行到完全或实现或避免绝对结果。因此，术语“基本上”可以用于本文的一些实施例中，以捕捉许多生物和化学现象中固有的潜在不完整性。

525、症状减轻：如本文所用，当特定疾病、障碍或病症的一种或多种症状的程度(例如，强度、严重性等)和/或频率降低时，可以使用短语“症状减轻”。在一些实施例中，延迟特定症状的发作被认为是降低该症状频率的一种形式。

526、靶标：根据本披露，如果一种试剂或实体在它们彼此接触的条件下与靶向的试剂或实体特异性结合，则认为该试剂或实体“靶向”另一种试剂或实体。例如，在一些实施例中，抗体(或其抗原结合片段)靶向其同源表位或抗原。在一些实施例中，具有特定序列的核酸靶向基本上互补序列的核酸。在一些实施例中，特异性结合锚序列的靶向部分靶向锚序列、包含锚序列的asmc和/或asmc内的多个基因。

527、靶多个基因：如本文所用，术语“靶多个基因”是指被靶向用于调节(例如调节表达)的多于一个基因(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或更多个基因)的组。在一些实施例中，靶多个基因是靶向的基因组复合物的一部分。在一些实施例中，靶多个基因中的每个基因可操作地连接至增强子，例如e1增强子，其中增强子被本文描述的表达阻遏物靶向。在一些实施例中，调节包括抑制靶多个基因的表达。在一些实施例中，通过使靶多个基因或可操作地连接至一个或多个该靶多个基因的基因组调节元件(例如，转录控制元件)与本文描述的表达阻遏物接触来调节该靶多个基因。在一些实施例中，靶多个基因中的一个或多个在细胞(例如受试者(例如，患者)中的细胞)中异常表达(例如，过度表达)。在一些实施例中，靶多个基因具有相关功能。例如，靶多个基因中的基因在表达时可能都具有促炎作用；此类靶多个基因中的基因在本文中可称为促炎基因或靶促炎基因。在一些实施例中，靶多个基因的基因编码蛋白质。在一些实施例中，靶多个基因中的基因编码功能性rna。

528、靶向部分：本文中使用的术语“靶向部分”是指与组分或组分集(例如dna)特异性相互作用(例如靶向)的药剂或实体。在一些实施例中，该一种或多种组分参与本文所述的基因组复合物(例如，锚序列介导的联接体)。在一些实施例中，根据本披露的靶向部分靶向如本文所述基因组复合物的一个或多个靶组分。在一些实施例中，靶向部分靶向基因组调节元件(例如e1增强子)。在一些实施例中，靶向部分靶向锚序列。在一些实施例中，靶向部分靶向基因组复合物组分而不是基因组调节元件。在一些实施例中，靶向部分靶向多个基因组复合物组分或其组合，在一些实施例中，该多个基因组复合物组分可以包括基因组序列元件。在一些方面，如本文所述，通过靶向包含一个或多个基因组序列元件的一个或多个复合物组分，可以实现对一个或多个基因组复合物的有效抑制、解离、降解和/或修饰。在一些实施例中，本披露考虑了改善(例如，关于与给定系统中可能形成或存在的其他基因组复合物相比，特定基因组复合物的特异性程度，抑制、解离、降解或修饰的有效性[例如，在群体中检测到的复合物数量的影响方面])的抑制、解离、降解或修饰可以通过靶向一个或多个不是基因组序列元件的复合物组分来实现，并且任选地，可以替代地或另外地包括靶向基因组序列元件，其中改善的抑制、解离、降解或修饰是相对于通常通过靶向一个或多个单独基因组序列元件所实现的抑制、解离、降解或修饰。在一些实施例中，如本文所述的位点特异性破坏剂促进靶基因组复合物的抑制、解离、降解或修饰。例如，作为非限制性实例，在一些实施例中，本文描述的位点特异性破坏剂通过靶向给定基因组复合物(例如，包含锚序列介导的联接体)的至少一个组分来抑制、解离锚序列介导的联接体、降解锚序列介导的联接体(例如，其组分)和/或修饰锚序列介导的联接体(例如，其组分)。在一些实施例中，如本文所述的位点特异性破坏剂抑制、解离特定基因组复合体(即，靶基因组复合物)、降解特定基因组复合物(即，靶基因组复合物)(例如，其组分)和/或修饰特定基因组复合物(即，靶基因组复合物)(例如，其组分)，并且不抑制、解离至少一种其他特定基因组复合物(即，非靶基因组复合物)、不降解至少一种其他特定基因组复合物(即，非靶基因组复合物)(例如，其组分)和/或不修饰至少一种其他特定基因组复合物(例如，其组分)，该至少一种其他特定基因组复合物(即，非靶基因组复合物)例如可能存在于其他细胞中(例如，在非靶细胞中)和/或可能存在于同一细胞中的不同位点处(即，在靶细胞内)。本文所述的表达阻遏物或位点特异性破坏剂可包含靶向部分。在一些实施例中，靶向部分还充当效应子部分(例如，破坏部分)；在一些此类实施例中，所提供的表达阻遏物或位点特异性破坏剂可以缺乏与靶向部分分开(或有意图地不同)的任何效应子部分(例如，破坏型效应子部分、修饰型效应子部分或其他效应子部分)。

529、治疗有效量：如本文所用，术语“治疗有效量”意指当作为治疗方案的一部分施用时，引起所期望生物应答的物质(例如，治疗剂、组合物和/或配制品)的量。在一些实施例中，物质的治疗有效量是当施用至患有或易患疾病、障碍和/或病症的受试者时，足以治疗、诊断、预防疾病、障碍和/或病症和/或延迟其发作的量。如本领域普通技术人员将理解的，物质的有效量可以根据如一个或多个期望的生物终点、待递送的物质、一个或多个靶细胞或一个或多个组织等的此类因素而变化。例如，在一些实施例中，配制品中治疗疾病、障碍和/或病症的化合物的有效量是减轻、改善、缓解、抑制、预防疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征、延迟其发作、降低其严重性和/或降低其发生率的量。在一些实施例中，治疗有效量以单个剂量施用；在一些实施例中，需要多个单位剂量来递送治疗有效量。

530、基因组调节序列：如本文所用，术语“基因组调节序列”是指增加或减少基因转录的核酸序列。“增强序列”增加了基因转录的可能性。“沉默或阻遏序列”降低了基因转录的可能性。基因组调节序列的实例包括启动子和增强子。在一些实施例中，基因组调节序列是顺式作用调节元件。在一些实施例中，asmc包含基因组调节序列。这样的基因组调节序列被称为内部基因组调节序列(例如，包含在asmc内的增强序列被称为内部增强序列)。