本发明属于生物，具体涉及一种鸡bf2基因快速分型检测方法及其应用。
背景技术：
1、鸡的主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, mhc），亦称b复合体，位于第16号微小染色体上，由一簇高度多态且紧密连锁的基因群组成，遵循单元性遗传模式。bf2基因位于mhc区段内，其编码产物为mhc ⅰ类抗原递呈分子，在抗原递呈和免疫应答中发挥关键作用，其典型结构由三部分组成：一条重链（α链）、一条轻链（β2-微球蛋白）及结合的多肽片段。α链进一步可分为三个结构域（α1、α2和α3），其中α1与α2区共同形成肽结合槽，能够结合来源于胞内病原体或内源性蛋白降解产物的多肽抗原，并将其递呈给cd8⁺ t细胞，进而诱导细胞毒性t淋巴细胞的激活和靶细胞裂解反应。由于bf2基因具有高度的遗传多态性，其编码的ⅰ类分子氨基酸序列和结构呈现显著差异，尤其是肽结合槽的构象多样化，使其能够以不同的亲和力结合多种多样的抗原肽，从而影响机体的免疫应答特征、抗病能力乃至生产性能。
2、在家禽中，bf2基因型不仅与免疫功能密切相关，还被发现与多种经济性状存在连锁关系。例如，不同bf2基因型对马立克氏病、禽流感、球虫病等常见传染病的抗性差异显著，同时在生长速度、繁殖力以及饲料转化效率等性状上亦表现出一定的关联。bf2基因型的精准鉴定在家禽遗传育种、疫病防控以及基础免疫学研究中均具有重要应用价值。
3、然而，现有检测技术仍存在明显不足。传统pcr或snp标记方法在处理多基因型共存的情况时容易出现结果混淆，芯片技术则受限于探针设计与覆盖度，准确性存在偏差。sanger测序在小规模样本检测中虽然具备较高的准确性，但其在成本、通量以及杂合型解析方面均存在局限。尤其在大规模群体水平的基因型鉴定中，现有方法难以兼顾高效性、准确性与低成本。因此，本领域亟需开发一种高通量进行鸡bf2基因快速分型检测方法，以实现鸡bf2基因的快速、准确和经济的检测。
技术实现思路
1、本发明的目的之一在于提供一种鸡bf2基因快速分型检测方法，能够针对大规模群体对鸡bf2基因进行快速分型，价格低廉。
2、本发明的目的之二在于提供一种基于鸡bf2基因的分型检测的引物组。
3、本发明的目的之三在于提供一种基于鸡bf2基因的分型检测的引物组在检测鸡个体bf2基因型中的应用。
4、为了实现上述目的，本发明提供了一种鸡bf2基因快速分型检测方法，包括如下步骤：
5、提取待测样本基因组dna，以待测样本基因组dna为模板进行pcr扩增2个片段，扩增分别采用2对特定引物：
6、一对引物分别如seq id no.1和seq id no.2所示；
7、一对引物分别如seq id no.3和seq id no.4所示；
8、将所述2个片段加上测序接头以及barcode序列，构建ngs文库进行高通量测序得到高通量测序结果；基于高通量测序结果得到待测样本全部snp位点，确定每个待测样本的bf2基因型。
9、优选地，高通量测序采用北京贝瑞和康生物技术公司购置的illumina平台进行上机测序，选择novaseq-150pe测序模式。
10、优选地，所述数据分析采用生物信息学软件bwa、samtools等对测序数据进行质量控制、序列比对和变异检测，并基于参考序列获取待测样本的精确比对结果；进一步通过比对信息提取和统计分析，获得每个样本在目标基因区域的特定snp位点组合信息，用于基因型判定。所述参考序列选自鸡bf2基因的已知等位基因序列，所述样本为鸡。
11、本发明还提供一种基于鸡bf2基因分型检测的引物组，所述引物组如seq id no.1~seq id no.4所示。
12、本发明还提供了所述方法或所述引物组在检测鸡个体的bf2基因型中的应用。
13、优选地，所述应用还包括检测鸡的bf2基因型纯合和/或杂合个体。
14、相对于现有技术，本发明具有如下有益效果：
15、本发明提供了一种鸡bf2基因快速分型检测方法。针对所述bf2基因的高度多态区域进行靶向扩增和高通量测序，可一次性获取大规模样本的snp位点信息，实现基因型的快速判定。本发明进一步提供了一套适用于bf2序列的二代测序数据分析流程，结合参考等位基因数据库进行比对解析，能够高效识别多态位点，有效区分不同等位基因型，并准确判定个体的纯合或杂合状态，从而提高结果的可靠性和可重复性。本发明设计的引物组具有通用性好和扩增效率高等优点，对样品dna的质量和数量要求较低，适合大规模检测应用。与传统检测方式相比，利用高通量测序技术不仅提升了检测灵敏度和通量，还显著降低了测序成本，能够实现群体水平的快速分型分析，具有广泛的应用潜力。
1.一种鸡bf2基因快速分型检测方法，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述方法，其特征在于，高通量测序使用北京贝瑞和康生物技术公司购置的illumina平台进行上机测序，选择novaseq-150pe测序模式。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述数据分析采用生物信息学软件bwa、samtools等对测序数据进行处理，并基于参考序列获取待测样本的精确比对结果；进一步通过比对信息提取和统计分析，获得每个样本在目标基因区域的特定snp位点组合信息，用于基因型判定；
4.一种基于鸡bf2基因的分型检测的引物组，其特征在于，所述引物组如seq id no.1~seq id no.4所示。
5.根据权利要求1~3任一所述方法或权利要求4所述引物组在检测鸡个体的bf2基因型中的应用。
6.根据权利要求5所述应用，其特征在于，所述应用还包括检测鸡的bf2基因型纯合和/或杂合个体。