专利名称：基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法
技术领域：
本发明涉及分子生物学领域，尤其涉及一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记 遗传相似指数估计方法。
背景技术：
随着生物技术的发展，遗传多样性的检测从形态学、生理生化水平逐渐发展到染 色体及DNA水平，经历了从简单到复杂、从宏观到微观、从定性到定量的发展过程。DNA水平上检测遗传多样性主要是通过RFLP (限制片断长度多态性)、RAPD (随机 扩增多态性DNA)、SSR(微卫星多态性)等技术分析一些特定基因或DNA片断的核苷酸序 列，度量其变异性，检测基因组的一批识别位点，从而估计基因组的变异性(张德全和杨永 平，2008)。研究证明，DNA水平的检测方法都能够根据经过电泳分离而获得的个体DNA指 纹图谱，选择适当的统计方法，可以有效地判定品种或品系内的遗传纯度和品种或品系间 的遗传差异。选择合适的遗传相似指数计算方法是进行群体遗传多样性分析的基础 (Dalirsefat,2009)。Kosman和Leonard(2005)报道遗传相似系数计算方法的选择主要取 决于试验采用的分子标记类型。RFLP、SSR、SCAR分子标记等均属于共显性分子标记，能区 分二倍体植物的显性纯合子与杂合子。共显性分子标记中，显性纯合子、隐形纯合子均只有 一条带，而显性杂合子个体则会出现两条扩增条带。因此，共显性分子标记相似系数计算过 程中一般不会出现两个体片段均不存在的位点，即共有的0型条带值一般为0。目前，根据不同研究人员及一些应用分析软件(如Phyhp，PAUP及NTSYS等)引 用或采用的频率来看，共显性分子标记样本间的遗传相似指数的分析通常有以下两种计 算方法Sorensen-Dice 相似指数(Barth 等，2002 ；BeIaj 等，2003 ；Cordeiro 等，2003 ； Dearborn 等，2003)、Jaccard 相似指数(Teulat 等，2000 ；Anthony 等，2002 ；Cordeiro 等， 2003 ； SchSnswetter等，2003)。以上两种相似指数值位于0和1之间，可转化为相似百分 率(王成树和李增智，2002)，常被用于衡量个体间遗传相似程度，依此作为判断个体间亲 缘远近的依据。但是上述两种相似指数仅用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离 指数或相似指数，其本质上与个体间亲缘程度没有必然联系。鉴于此，本发明人根据亲缘相 关系数(relationship coefficient)的定义，提出一种新的遗传相似指数估计方法，用以 估计共显性分子标记品种或品系间的遗传相似指数。
发明内容
本发明的目的是克服现有遗传相似指数与个体间亲缘程度没有必然联系的缺陷， 提供一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法。基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法的步骤如下
1)采用共显性分子标记方法，获得植物品种或植物品系的电泳图谱，对植物品种 或植物品系的电泳图谱，按照扩增产物条带的有或无，分别用1或0进行读取记录；2)根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种 或植物品系间的a、b、c值；3)根据植物品种或植物品系间的a、b、c值分别计算植物品种或植物品系两两间 遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计。所述的根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物 品种或植物品系间的a、b、c值步骤为成对比较植物品种或植物品系的扩增谱带信息，获 得植物品种或植物品系间的a、b、c值，a值为植物品种或植物品系χ、y共有的1型谱带数 目；b值为植物品种或植物品系χ所含1型谱带数目；c值为植物品种或植物品系y所含1 型谱带数目；其中x、y分别表示成对比较的两个植物品种或植物品系。所述的分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作为相应植物品种间 或植物品系间亲缘程度的估计步骤为利用基于亲缘相关系数的遗传相似指数计算公式
权利要求
一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法，其特征在于它的步骤如下1)采用共显性分子标记方法，获得植物品种或植物品系的电泳图谱，对植物品种或植物品系的电泳图谱，按照扩增产物条带的有或无，分别用1或0进行读取记录；2)根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的a、b、c值；3)根据植物品种或植物品系间的a、b、c值分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于所述的根据植物品种或植物品系的扩增 谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的a、b、c值步骤为成对比较植 物品种或植物品系的扩增谱带信息，获得植物品种或植物品系间的a、b、c值，a值为植物品 种或植物品系x、y共有的1型谱带数目；b值为植物品种或植物品系χ所含1型谱带数目； c值为植物品种或植物品系y所含1型谱带数目；其中χ、y分别表示成对比较的两个植物 品种或植物品系。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于所述的分别计算植物品种或植物品系两 两间遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计步骤为利用基于亲缘相关系数的遗传相似指数计算公式
全文摘要
本发明公开了一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数计算方法。其技术方案是采用现行的某种共显性分子标记方法，获得植物各品种或品系的电泳图谱；根据植物品种或品系的扩增条带信息，进行成对比较，按照遗传相似指数的计算公式，分别计算各品种或品系两两间遗传相似指数，作为相应个体间亲缘程度的估计。本发明的遗传相似指数计算方法适用于共显性分子标记。所得的遗传相似指数计算方法基于亲缘相关系数，能有效地反映群体间的亲缘关系远近。
文档编号G06F19/00GK101984446SQ20101051654
公开日2011年3月9日 申请日期2010年10月22日 优先权日2010年10月22日
发明者关亚静, 李永平, 祝水金, 胡晋, 郑昀晔, 马文广, 黄歆贤 申请人:云南省烟草农业科学研究院;浙江大学