任务调度方法及实现该方法的电子装置制造方法【专利摘要】一种任务调度方法及实现该方法的电子装置，该方法包括如下步骤：导入每个项目的文件数据；根据预先确定的任务之间的依赖关系，依次将每个项目中的任务投递到集群；对每个项目中所有任务的运行状态和依赖关系进行实时监控和更新，并针对集群的异常状态进行处理。利用本发明可使得生物信息分析及其它分析项目的运行更加快捷简便。【专利说明】任务调度方法及实现该方法的电子装置【
技术领域：
】[0001]本发明涉及一种生物信息分析方法，尤其涉及一种生物信息分析中的任务调度方法及实现该方法的电子装置。【
背景技术：
】[0002]生物信息学研究需要高性能计算平台，通常以集群的形式构建。任务调度系统用于将用户提交的计算任务分配到集群上的各个节点，达到并行计算的目的。目前广泛应用的任务调度系统包括SGE(SunGridEngine)、PBS(PortableBatchSystem)、LSF(LoadSharingFacility)等,它们基本解决了任务分配的问题,但缺乏更高级的管理功能。以SGE为例，其主要缺点包括:[0003]1.只能投递单个的计算任务，不能处理具有复杂依赖关系的任务集合；[0004]2.不能对集群的异常情况进行处理；[0005]3.任务进度缺乏直观的反馈。【
发明内容】[0006]鉴于以上内容，有必要提供一种任务调方法及实现该方法的电子装置，其可将各任务统一为项目进行管理，对集群的异常情况进行自动处理，并以图形或表格的直观形式显示任务进度，使得生物信息分析及其它分析项目的运行更加快捷简便。[0007]—种任务调度方法，包括如下步骤:导入每个项目的文件数据；根据预先确定的任务之间的依赖关系，依次将每个项目中的任务投递到集群；对每个项目中所有任务的运行状态和依赖关系进行实时监控和更新，并针对集群的异常状态进行处理。[0008]进一步地，所述任务调度方法还包括步骤:以图形或表格方式显示每个项目中各任务的运行状态和依赖关系，如果以图形方式显示每个项目中各任务的运行状态，则用不同颜色标记各任务的不同运行状态。[0009]一种电子装置，该电子装置包括:存储器；一个或多个处理器；以及一个或多个模块，所述一个或多个模块被存储在所述存储器中并被配置成由所述一个或多个处理器执行，所述一个或多个模块包括:导入每个项目的文件数据的模块；根据预先确定的任务之间的依赖关系，依次将每个项目中的任务投递到集群的模块；对每个项目中所有任务的运行状态和依赖关系进行实时监控和更新，并针对集群的异常状态进行处理的模块。[0010]进一步地，所述一个或多个模块还包括:以图形或表格方式显示每个项目中各任务的运行状态和依赖关系的模块，如果以图形方式显示每个项目中各任务的运行状态，则用不同颜色标记各任务的不同运行状态。[0011]相较于现有技术，本发明使得信息分析流程的操作更简便，同时也提高了分析效率。传统信息分析流程需要用户根据任务的依赖关系手工投递任务，并人工监视和处理异常状态。本发明可自动判断依赖关系并投递任务，并集成了各种异常处理措施，不再需要人工干预。因此，用户提交项目后不需要任何操作即可自动完成，大大简化了用户的操作。同时本发明可以自动处理异常，不需要等待人工判断和干预，因此提高了整体效率，保证了结果的质量。[0012]现有的类似任务调度系统通常是以常驻内存的方式运行，需要消耗登录节点资源，同时对节点死机或断电的情况无法处理，仍需用户人工干预。本发明不需要常驻内存，并在设计上尽量降低了资源消耗，提高了运行效率，可使得生物信息分析及其它分析项目的运行更加快捷简便。【专利附图】【附图说明】[0013]图1是本发明任务调度方法的整体流程图；[0014]图2是图1中步骤SlO的具体流程图；[0015]图3A和图3B是图1中步骤S30的具体流程图；[0016]图4是以图形方式显示各任务的运行状态及依赖关系的示意图;[0017]图5是以表格方式显示各任务的运行状态的示意图。【具体实施方式】[0018]在介绍本发明(即任务调度方法或称之为任务调度程序)的具体实现方式之前为更好地说明本发明先简要介绍本发明支持的命令:[0019]【权利要求】1.一种任务调度方法，其特征在于，该方法包括如下步骤:导入每个项目的文件数据；根据预先确定的任务之间的依赖关系，依次将每个项目中的任务投递到集群；及对每个项目中所有任务的运行状态和依赖关系进行实时监控和更新，并针对集群的异常状态进行处理。2.如权利要求1所述的任务调度方法，其特征在于，该方法还包括步骤:以图形或表格方式显示每个项目中各任务的运行状态和依赖关系，如果以图形方式显示每个项目中各任务的运行状态，则用不同颜色标记各任务的不同运行状态。3.如权利要求2所述的任务调度方法，其特征在于，每个项目包括添加、删除、暂停、继续操作，多个项目设置为同时执行，且每个项目设置最大任务数量，从而为每个项目分配不同的优先级。4.如权利要求2所述的任务调度方法，其特征在于，每个任务的脚本文件包含一段特定字符串，并过判断输出信息中是否包含此特定字符串的方式判断任务是否正常完成。5.如权利要求2所述的任务调度方法，其特征在于，对于有依赖关系的任务，当被依赖的前置任务全部执行完毕后则执行当前任务。6.如权利要求5所述的任务调度方法，其特征在于，该方法还包括步骤:根据各任务的依赖关系生成依赖关系树，当每个树的子节点均为完成状态时，则执行父节点的任务，当子节点出错时，即便父节点已运行完毕也重置为出错状态。7.如权利要求5所述的任务调度方法，其特征在于，该方法还包括步骤:如果被依赖的前置任务尚未执行完毕，当前任务已经完成，则判定被依赖的前置任务已经更新，重新运行当前任务。8.如权利要求2所述的任务调度方法，其特征在于，所述集群的异常状态包括:任务异常退出、结果不完整，任务挂起，CPU时间为O、不动或增长缓慢，内存占用超出设定值，磁盘剩余空间不足，计算节点死机、登录节点死机及集群断电。9.一种电子装置，其特征在于，该电子装置包括:存储器；一个或多个处理器；以及一个或多个模块，所述一个或多个模块被存储在所述存储器中并被配置成由所述一个或多个处理器执行，所述一个或多个模块包括:导入每个项目的文件数据的模块；根据预先确定的任务之间的依赖关系，依次将每个项目中的任务投递到集群的模块；及对每个项目中所有任务的运行状态和依赖关系进行实时监控和更新，并针对集群的异常状态进行处理的模块。10.如权利要求1所述的电子装置，其特征在于，所述一个或多个模块还包括:以图形或表格方式显示每个项目中各任务的运行状态和依赖关系的模块，如果以图形方式显示每个项目中各任务的运行状态，则用不同颜色标记各任务的不同运行状态。【文档编号】G06F9/38GK103942034SQ201410108835【公开日】2014年7月23日申请日期:2014年3月21日优先权日:2014年3月21日【发明者】李淼,李祥春,李林,高志博申请人:深圳华大基因科技服务有限公司