专利名称：家禽品种ssr指纹技术鉴定方法
技术领域：
本发明涉及利用SSR指纹技术对家禽品种的基因组DNA进行分析，属于分子生物学技术领域背景技术由于我国家禽品种市场还欠规范，培育的品种良莠不齐，假冒伪劣、以次充好的现象时有发生，目前对家禽品种的鉴定主要是以形态学标记为依据来审查育种档案和进行生产性能测定，随着育种水平的不断提高，亲本与杂交后代的外貌特征有较大的相似性，比如以地方鸡种为父本、与隐性白羽鸡母本进行杂交，其杂交子一代与地方鸡种就特别相似，很难从外貌特征进行区分。现代的专门化品系主要注重生产性能，品系的外貌特征并不一定完全一致，比如国外引进的高产蛋鸡，通过羽色鉴别的商品代母鸡背部条纹有多种表现型，因此其品系间的鉴定不能简单地通过外貌来进行区分，所以利用形态学标记来进行家禽品种(品系)鉴定就不够科学。如果进行生产性能测定，不仅要花费较长时间(蛋鸡及种鸡约72周，肉种鸡约66周，肉鸡商品代约14周)，而且成本也很高，测定的结果还要受饲养各个环节因素的影响，难以准确反映各品系的种质特性。而用同工酶和蛋白质标记鉴定只能间接反映品种的极少部分DNA的多态性。因此，上述这些方法不能科学、准确地进行家禽品种的鉴定，而且鉴定时间长，成本也很高。
发明内容
本发明的目的就是要克服传统的品种鉴定方法存在的准确性差、成本高以及鉴定时间长等方面的缺陷，发明一种科学、准确的家禽品种鉴定方法。
本发明的技术方案是这样实现的，家禽品种SSR指纹技术鉴定方法，包括利用SSR指纹技术对随机抽样的家禽品种与标准对照样品的基因组DNA进行遗传检测，通过计算等位基因组成及其频率、建立并比较DNA指纹图谱，通过群体杂合度、多态信息含量、遗传距离、遗传聚类等遗传参数的分析进行准确鉴定品种。具体包括以下步骤(1)在拟鉴定家禽品种与标准对照样品中随机抽取血样用酚-氯仿法提取基因组DNA；(2)筛选SSR引物；(3)利用所筛选的SSR引物对所鉴定家禽的基因组DNA进行遗传参数的分析，计算各个家禽群体在SSR座位上的等位基因组成及其频率，各个群体的基因杂合度和多态信息含量，并计算两群体间遗传距离；(4)利用指纹图绘图软件根据各个家禽群体在SSR基因座上的扩增结果，绘制每个家禽群体的DNA指纹图谱，并比较是否有差异性；(5)根据基因杂合度和多态信息含量判定所鉴定家禽群体是原种(亲本纯系)还是其杂交后代；(6)通过分析两个群体之间遗传距离值，确定是否是同一品种；(7)利用Mega3.0软件按照UPGMA法对所鉴定家禽与对照品种进行聚类，确定是否属于同一品种或同一群体。
所述的家禽品种为鸡、鸭和鹅，随机抽取血样的禽种与标准对照样品中母禽与公禽的比例为3∶1。
筛选SSR引物的要求是获得的等位基因数目在4-6个；等位基因分子量的差异在4个bp以上；扩增效果好，条带清晰可辨；重复性好的引物。
所述的指纹绘制软件，是指以基因座位为横座标，分子量为纵座标为基础编制的ZWT1.0指纹图绘制软件。
所述的遗传距离是指的Nei氏标准遗传距离。
本发明由于SSR标记揭示的是遗传物质DNA的差异，与应用表型性状、生产性能、生化标记等方法相比，更能真实的反映各个禽种的遗传背景和亲缘关系。经研究表明了利用SSR指纹技术对不同家禽群体进行分析，通过建立基因频率特征、多态性分析、遗传距离分析、聚类分析和特异性条带分析这一套禽种鉴定程序，其分析结果可作为鉴定禽种真伪的科学依据。
具体实施例方式
1、在拟鉴定家禽品种和标准对照家禽品种中随机抽取15只公鸡和45只母鸡的血样用酚-氯仿法提取基因组DNA；2、筛选20对SSR引物，引物筛选的要求是获得的等位基因数目在4-6个；等位基因分子量的差异在4个bp以上；扩增效果好，条带清晰可辨；重复性好；3、利用20对SSR引物对所鉴定禽种的基因组DNA进行分析，计算各个禽群体在20个SSR座位上的等位基因组成及其频率，各个群体的基因杂合度和多态信息含量，并计算两群体间Nei氏标准遗传距离4、利用指纹图绘图软件ZWT1.0根据各个禽群体在20个SSR基因座上的扩增结果，绘制每个禽种的DNA指纹图谱，并比较是否有差异性；5、根据基因杂合度和多态信息含量判定所鉴定鸡群体是原种(亲本纯系)还是其杂交后代；
6、通过分析两个群体之间遗传距离值，确定是否是同一品种或同一群体。如果两者之间的遗传距离小于0.05，说明是同一品种或同一群体，如果两者之间的遗传距离在0.05-0.20，说明两者是亲本与其杂交后代的关系，如果大于0.20，表明两者可能亲缘关系相对较远或者不是来自同一群体。
7、利用Mega3.0软件按照UPGMA法对所鉴定鸡的品种与对照品种进行聚类，如果是属于同一品种或同一群体应在很小的聚类水平上(小于0.05)聚为一类。
权利要求
1.家禽品种SSR指纹技术鉴定方法，其特征是利用SSR指纹技术对随机抽样的家禽品种与标准对照样品的基因组DNA进行遗传检测，通过计算等位基因组成及其频率、建立并比较DNA指纹图谱，通过群体杂合度、多态信息含量、遗传距离、遗传聚类等遗传参数的分析进行准确鉴定品种，其步骤是(1)在拟鉴定家禽品种与标准对照样品中随机抽取血样用酚-氯仿法提取基因组DNA；(2)筛选SSR引物；(3)利用所筛选的SSR引物对所鉴定家禽的基因组DNA进行遗传参数的分析，计算各个家禽群体在SSR座位上的等位基因组成及其频率，各个群体的基因杂合度和多态信息含量，并计算两群体间遗传距离；(4)利用指纹图绘图软件根据各个家禽群体在SSR基因座上的扩增结果，绘制每个家禽种的DNA指纹图谱，并比较是否有差异性；(5)根据基因杂合度和多态信息含量判定所鉴定家禽群体是原种还是其杂交后代；(6)通过分析两个群体之间遗传距离值，确定是否是同一品种或同一群体；(7)利用Mega3.0软件按照UPGMA法对所鉴定家禽与对照品种进行聚类，确定是否属于同一品种或同一群体。
2.根据权利要求1所述的家禽品种SSR指纹技术鉴定方法，其特征是所述的家禽品种包括鸡、鸭和鹅，随机抽取血样的禽种与标准对照样品禽种中母禽与公禽的比例为3∶1。
3.根据权利要求1所述的家禽品种SSR指纹技术鉴定方法，其特征是所述的筛选SSR引物的要求是获得的等位基因数目在4-6个；等位基因分子量的差异在4个bp以上。
4.根据权利要求1所述的家禽品种SSR指纹鉴定技术方法，其特征是所述的指纹绘制软件，是以基因座位为横座标，分子量为纵座标为基础编制的ZWT1.0指纹图绘制软件。
5.根据权利要求1所述的家禽品种SSR指纹鉴定技术方法，其特征是所述的遗传距离是指的Nei氏标准遗传距离。
全文摘要
家禽品种SSR指纹技术鉴定方法，属于分子生物学技术领域。本发明的技术方案是这样实现的，家禽品种SSR指纹技术鉴定方法，包括利用SSR指纹技术对随机抽样的家禽品种与标准对照样品的基因组DNA进行遗传检测，通过计算等位基因组成及其频率、建立并比较DNA指纹图谱，通过群体杂合度、多态信息含量、遗传距离、遗传聚类等遗传参数的分析进行准确鉴定品种。本发明由于SSR标记揭示的是遗传物质DNA的差异，与应用表型性状、生产性能、生化标记等方法相比，更能真实的反映这些禽种的遗传背景和亲缘关系。利用家禽品种SSR指纹技术，其结果可作为鉴定家禽品种真伪的科学依据。
文档编号C12Q1/68GK1858251SQ20061003884
公开日2006年11月8日 申请日期2006年3月10日 优先权日2006年3月10日
发明者高玉时, 章明, 屠云洁, 王克华, 李慧芳, 陈宽维 申请人:江苏省家禽科学研究所